蛋白质异常与疾病.ppt
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1、第二讲 从基因组学到蛋白质组学,日本九州大学博士,重庆医科大学二级教授、博士生导师,华中科技大学兼职博导,国务院政府特殊津贴获得者,省部级有突出贡献的中青年专家,教育部首批“高等学校骨干教师计划”项目获得者,国家自然科学基金项目同行评审专家,中国细胞生物学会理事,中华医学会医学细胞生物学分会委员,重庆市生物化学与分子生物学会副理事长,重庆市首届学术技术带头人,重庆市生物化学与分子生物学重点学科带头人,重庆市首批教授级科技咨询专家,GeneCancer Biol.Ther.Molecular and Cellular Endocrinology中国生物化学与分子生物学学报医学分子生物学等杂志审稿
2、专家。,自我介绍,主要从事分子生物学、细胞生物学和遗传学的教学与研究工作,主持和承担国家自然科学基金及国家和省部级重点科研项目40余项,获省部级一等奖二项、二等奖一项,三等奖一项,获国家发明专利三项,先后在 Cancer Biol.Ther.、Food Chemistry、Genes Cells、Gene、Mol.Cell Endocrinol.和中国科学等国内外著名杂志发表论文150余篇,主编和参编教材、专著多部,已指导博士和硕士研究生40余名,现指导在读博士后1名、博士8名(1名印度博士留学生)、硕士12名。,自我介绍,主要研究方向:1.肿瘤的细胞与分子生物学;2.功能基因组学与蛋白质组学
3、;3.基因工程药物与基因治疗。联系电话:023-68485958(O)电子信箱:,自我介绍,教授的最高境界:中国有句古话 授人以鱼不如授人以渔!传授给人既有知识,不如 传授给人学习知识的方法。,生命科学的中心法则,一条主线:遗传信息的传递信息流二个阶段:遗传信息的表达转录和翻译三个层面:DNA RNA 蛋白质,人类目前面临的现状与形势 一个沉重的话题,地球怎么了?,地震暴雨干旱泥石流,SARS禽流感猪链球菌甲流感超级细菌蜱虫布尼亚病毒,有史以来,人类就在为认识自身进行着不懈的努力。但真正有系统地“解码生命”还是从1990年人类基因组计划启动后才开始。而把研究基因组、“解码生命”的工作推向深入和
4、推向高潮的还是在本世纪随着“后基因组计划”的启动而拉开了序幕,“从基因组学到蛋白质组学”跨越世纪的生命科学主旋律一、时间:跨越两个世纪,甚至更长,更 久远二、学科:涉及面广,学科交叉,需要多方 面的专门知识和专门人才的共同 参与,联合攻关;,三、目标:解决生命的奥秘、生命的本质:1.为什么生物的性状能遗传?2.人到底有多少个基因?3.为什么每一个细胞的基因都是一样的,而在不同细胞的表现却不相同?4.基因表达的时空性?5.疾病发生的机理?6.基因诊断与基因治疗 为人类所面临的急待解决的几大难题人口、食品、能源、资源、环境和健康等带来了希望。,(1)1859年 C.Darwin 在On the O
5、rigin of Species这一名著中,提出了物种进化的自然选择学说达尔文进化论。,一、基因组学的历史沿革,(一)1900年代以前 前遗传学时代,生物的来源进化 生物的性状遗传 进化的动力选择,(2)1865年G.Mendel 发表豌豆杂交实验结果,提出了遗传学的两大遗传规律分离规律和独立分配(自由组合)规律,并认为是生物体内的遗传因子或遗传颗粒控制生物性状。但他的结论直到1900年才被(De Vris、Tschermak、Correns)得到认可和重视,(被称为孟德尔规律再发现或重新发现)。,P:显性隐性 F1:显性 F2:显性:隐性 一对性状 3:1两对性状 9:3:3:1,1.分离规
6、律的实质:决定一对性状的一对基因位于一对染色体上,这对基因随着染色体的分离而分离。2.独立分配规律的实质:决定两对形状的两对基因位于两对染色体上,它们随着染色体的分离而分离,随着染色体的组合而组合,这种组合是随机的自由组合。,(二)19001950年代 经典遗传学时代,(标志:1900年 孟德尔遗传规律再发现 标志着遗传学的诞生),人们开始把控制生物遗传性状的遗传单位称为基因(gene)。生命科学的研究基本上都是围绕着基因来进行。,1839年 细胞学说的提出;,1869年 发现DNA;随后,RNA也被发现;,1879年 染色体的发现,并认为染色体最可能是DNA、RNA和蛋白质的一种;,1910
7、年 发现了遗传学的第三大遗传规律连锁遗传规律(决定两对性状的两对基因位于同一对染色体上,就会发生连锁遗传现象)证明基因的确存在于染色体上,并呈线状排列。,1902年 染色体学说的产生,合理解释了Mendel的实验结果;,1944年 证实了DNA是携带遗传信息、构成染色体的生物大 分子;,肺炎双球菌的转化实验(Griffith,1928;Avery,1944),遗传物质是DNA,遗传物质是RNA,噬菌体侵染细菌实验,遗传物质是DNA,烟草花叶病毒侵染实验,首先是对基因结构的研究。,总之,自从人们认识到“基因决定生物性状”,“基因的本质就是核酸主要是DNA”之后,就从来没有停止对基因的研究。,(三
8、)19501990年代 分子遗传学时代(前基因组学时代),(标志:Watson&Crick 的DNA双螺旋结构的发现Nature1953.4.25,标志着分子遗传学时代的开始),1953年,J.Watson F.Crick借助于几个实验室的研究成就,根据DNA的X射衍射图谱,提出了DNA双螺旋结构模型,用分子结构的特征解释了生命现象的最基本问题基因复制的机制,从而真正开始从分子水平上研究生命活动。生物学研究也从此进入了分子生物学时代。,(由于他们的杰出贡献,Watson、Crick以及Wilkins于1962年获得了诺贝尔生理及医学奖。)(实际上还有一位科学家(Franklin)在这个过程中做
9、出了突出贡献,但诺贝尔奖不颁奖给去世(已在几年前死于癌症,年仅37岁)的人,所以,他的名字不太为人知晓。),James Dewey Watson(1928),Francis Harry Compton Crick(19162004),19531970年,随着DNA双螺旋结构的发现和确定,带来了分子生物学的迅猛发展,也就是分子生物学理论和技术体系逐步形成的时期。mRNA、DNA聚合酶、RNA聚合酶的发现;DNA半保留复制机理、操纵子学说等的提出;遗传密码的发现,其通用性的证明;64个密码子破译;中心法则:“DNARNA蛋白质”的建立,标志着分子生物学学科理论体系形成;重组DNA技术的建立,使得分
10、子生物学的技术体系初步形成,或者说,生命科学进入了前基因组学时代。,上个世纪70年代以后,分子生物学飞速发展,理论体系和技术体系不断完善。,1.逆转录酶的发现,修正和完善了中心法则:,DNA RNA 蛋白质,(20世纪80年代)疯牛病和人类克雅病(Creutsfeldt-disease,CJD)为代表的可传染性海绵状脑病(transmissible spongi-form encephalopathies,TSE)为一类致死性神经系统疾病。其感染因子是一种与正常细胞膜蛋白(PrPC)一级结构完全相同,但高级结构、理化特性不同的PrPSc或prion蛋白(阮蛋白?)。目前的研究提示,这种不含有核
11、酸的prion蛋白似乎具有自身复制的能力,也就是说这种蛋白本身就储备了生命活动必需的遗传信息。,这就提示我们,在自然界中可能还存在着一种全新的微小生命体 一种无核酸的微小生物体。从而改变人类对整个生物界的认识。即蛋白质不仅可体现生物学功能,而且可储存遗传信息。而核酸成分可能在prion复制过程中完全缺如,这将有力地挑战目前的“生物中心法则”。PrP蛋白高级结构的改变不仅可造成蛋白质功能的变化,在某种意义上还是遗传信息传递的方式。,1.逆转录酶的发现,修正和完善了中心法则:,2.工具酶的发现、重组DNA技术的建立、表 达外源基因成为可能;,DNA RNA 蛋白质,3.“断裂基因”的发现,揭示了真
12、核生物与原核 生物基因结构的差异;,4.DNA测序方法建立,读取遗传信息成为可能;,5.PCR技术建立,基因克隆和基因分析有了强 有力的手段;,6.基因表达与调控研究的不断拓宽和深入;,7.转基因技术的建立与转基因动植物的成功;,8.人类疾病的基因诊断(1978年开创)和基因治疗(1990年9月首例腺苷脱氨酶缺陷病患者接受基 因治疗并获得疗效);,尽管人类很早就开始了对基因的研究,但真正有系统地研究基因组、解码生命还是于1990年人类基因组计划启动后才开始的。,(四)19902000年代 基因组学时代(标志:人类基因组计划的实施标志着基因 组学时代的开始),1.人类基因组计划,人们回顾过去的2
13、0世纪一百年中所取得的辉煌成就时,认为最激动人心的伟大创举之一就是和“曼哈顿原子弹计划”、“阿波罗人类登月计划”一起被誉为20世纪科学史上三个里程碑的“人类基因组计划”(human genome project,HGP)。,这项人类生命科学史上最伟大的工程第一次系统、全面地解读和研究人类遗传物质DNA,它不仅具有重大的理论意义,而且对国计民生特别是生物医学的发展更具有重大的现实意义和深远的历史意义。,1985年5月,美国能源部提出“人类基因组计划”草案;经过一番讨论后于1986年3月宣布实施这个草案;1986年3月7日,Dulbecco R 在Science上发表了一篇有关开展人类基因组计划的
14、短文,引起了全世界的强烈反响,不仅推动了美国,也推动了全世界的人类基因组计划的发展;,1988年2月,美国国家科学研究委员会的专家成立了“国家人类基因组研究中心”,1990年10月1日美国国会正式批准的“人类基因组计划”。计划在15年内投入30亿美元以上的资金进行人类基因组的分析,即对人类3109个核苷酸进行测序。,中国的HGP始于1994年,是在吴旻,强伯勤,陈竺,杨焕明等人的倡导下启动的。1998年3月由陈竺院士挂帅成立上海中心,10月改名为中国南方基因中心。1999年由强伯勤院士挑头在北京先后成立了中国科学院北京人类基因组中心和北方基因组中心。,(1)HGP的内容 人类基因组作图及序列分
15、析,基因的鉴定、基因组研究技术的建立与创新、模式生物基因组作图和测序、信息系统的建立、储存及相应软件的开发、相关产业的开发等。,2.HGP的内容、任务与进展,(2)HGP的任务,HGP的基本任务可用4张图谱来概括,即遗传图、物理图、转录图(基因图)、序列图。,A.遗传图(genetic map):又称连锁图(linkage map),是以具有遗传多态性的遗传标记作为“位标”,遗传学距离为“图距”的基因组图。需要应用多态性标志RFLP、VNTR(串联重复顺序多态性)、SNP。,B.物理图谱(physical map):是以一段已知核苷 酸的DNA片段为“位标”,以DNA实际长度(Mb或Kb)作
16、为图距的基因组图。,C.转录图(transcription map):是以表达序列标记(expressed sequence tags,EST)作为位标,实际上就是人类“基因图”的雏形,又称cDNA图或“表达序列图”。,D.序列图(sequence map):也就是人类基因组 核苷酸序列图,是分子水平上最高层次、最详 尽的物理图。,这四张图被誉为人类“分子水平上的的解剖图”或“生命元素周期表”,可见其重要性。,人类基因组计划要完成的四张图谱,3.HGP的几个阶段性工作,(1)在2000年6月完成“工作框架图”。,(2)在2001年2月15日国际联盟在Nature,Celera公司2月16日在S
17、cience几乎同时 发表了人类基因组的草图,人类基因组计划的 测序基本完成。,(3)随着工作的开展和私有企业压力的加大,时 间表也在不断提前,例如,原定2005年完成 的序列图谱已被两次提前至2001年。,插曲:人类基因组计划是指同期发表的两个框架序列之一。另外一个框架序列是由Celera基因组中心完成的。两个组织在基因组测序的过程中采用了不同的策略,激发了技术的进步。双方都是成功的独立的HGP和Celera结合HGP公开的数据及他们自己的测序努力,两个框架序列的获得赋予了关于基因组的结论更高的可信度,两个组织提供了一系列可供序列分析和开发的工具。,Celera Genomics公司及其工作
18、简介:Celera拉丁文意思是“迅速的”。Celera公司由J.Craig Venter于1998年在马里兰州的Rockville市创立,创立初始就提出了将在三年之内完成人类基因组测序的雄心勃勃的计划。宣传的口号是“发现决不等待”,所以,该公司以其高速度而著称。Celera的第一个主要项目就是果蝇Drosophila melanogaster基因组的测序。,在成功完成果蝇Drosophila melanogaster基因组的测序之后,Celera于1999年9月正式开始了人类基因组的测序工作。测序历时9个月。2000年6月26日,Celera和人类基因组计划发表联合声明,庆祝各自独立完成了人类
19、基因组的初步分析结果。2001年2月16日出版的 Science 杂志上发表了他们的初步分析结果;同一周,人类基因组计划作为公共的测序组织也在 Nature 杂志上报告了他们的工作成果。,Celera采用全基因组霰弹法来测定人类基因组序列。Celera进行的人类基因组测序的迅速进展,依赖于高效率的自动测序仪ABI Prism 3700。300台测序仪同时昼夜运转,每年的电费就为一百万美元。,(5)迄止2004年5月26日,已完成了9条染色体的测 序和分析;最近完成了第9号和10号染色体图 谱的绘制工作,认为癌症、糖尿病和阿耳茨海 默氏症与这两条染色体有关。),(6)美国科学家研究了71个人之间
20、150多万个微小 基因的差异,于2005年2月18日首次公布人类 基因差异图谱,从而向真正个人化医疗迈进了 一大步。,(4)2003年4月(DNA双螺旋结构发表50周年)HGP正式宣告 全部完成,各项指标均如期完成。,(7)1999年9月,中国积极加入这一研究计划,负 责测定人类基因组全部序列的1%,也就是3号染色 体上的3000万个碱基对,中国因此成为参与这一 研究计划的唯一发展中国家。截至2000年5月30 日,中国科学院遗传研究所人类基因组中心已经 完成了所承担的人类基因组3p区域“工作框架图”的任务,原申报的三项指标均如期完成。,(8)2001年(人类基因组计划完成时)认 为,人类基因
21、组中约有万到万个蛋白 编码基因,2004年10月21日,认为人类只有 2万到2.5万个基因,比原先预计的10万个 基因数要少得多。,最新研究显示人类基因数量比原先估计少得多,这是人类与其他种类基因数量的比较(2004.10.21Nature),英国The Daily Telegraph(每日电讯报)悲观地说道:“产生一个爱因斯坦只需比线虫多了约一万二千个基因(实际只多500-5500),或是比果蝇多了一万七个左右(实际只多6,400-11,400)的基因。”,生物体的复杂度为什么并没有与其基因数量之间建立必然的联系呢?其原因可能是:(1)在于RNA切割作用可以保证从单个基因产生 多个蛋白质产物
22、;(2)脊椎动物基因比无脊椎动物基因会产生更多 的这种切割;(3)神经系统发达的程度与这种数值是相关的。,比如说:线虫比果蝇迟钝,就需要更多的特异蛋白质(相应更多的基因数)来对环境或天敌做出反应。同样更迟钝的植物,需要不断地进化出新基因来对付不断出现的新敌人和各种天气环境的变化。,“我们之所以同苍蝇和线虫不同,是由于我们的蛋白质要复杂得多。我们额外的基因并没有翻译出许多新的蛋白质种类。然而,它们用新的方法重构了古老蛋白质的一些不同的部位;使我们成为人类的是那些在生命的不同时期控制基因开启和关闭的复杂内在机制。”,(五)2001-后基因组学时代,(标志:功能基因组学、蛋白质组学的 兴起标志着后基
23、因组学时代的开始),二、后基因组学产生的背景,人类基因组计划启动以来,公共媒体不断向大众勾画着一幅幅美丽的图景,使人们认为,一旦科学家把各种生物基因组的全部碱基排列顺序测定清楚,生命的遗传奥秘就会显露无余。,真实的图景远不像普通人想象的那样简单。,遗传信息并不直接参与生命活动。一个基因所 含的遗传信息,通过一系列复杂的反应,最终 导致了相应的蛋白质形成,蛋白质再参与到生 命的各种活动中去。,对于复杂生命系统的研究来说,注重整体性分 析的“大”生物学是必不可少的。生命科学又开始向“大”生物学进军,不管怎么说,人类基因组计划(HGP)被誉为20世纪的3大科技工程之一.经过各国科学家十几年的的努力,
24、人类基因组计划(HGP)已取得了巨大成绩,整个计划已提前完成.所取得的划时代研究成果人类基因草图的完成宣告了一个新的纪元“后基因组学(post-genomics)时代”的到来。,后基因组学时代要做的工作,就是如何将人 类基因组计划所获知的人类基因序列转变为 对人类自身认识的知识?如何对这些基因加 以利用?功能基因组学将成为新世纪最大战略资源 人类 基因资源夺战的重要“战场”,而蛋白质组学则是功能基因组学研究中的核心。,在过去的50多年内,实验生命科学的主 要目标是寻找特定的基因或蛋白质,从 而在分子水平上根据个别的基因或蛋白 质行为来解释生命活动。,随着科学的发展,人们逐渐认识到,过去得到的图
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