pubmed数据库简介-张玲.ppt

《pubmed数据库简介-张玲.ppt》由会员分享，可在线阅读，更多相关《pubmed数据库简介-张玲.ppt（88页珍藏版）》请在三一办公上搜索。

1、PubMed检索与利用,医药文献检索,药物化学教研室张玲,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,其他辅助检索,总结,检索结果的处理,一、简介,由美国国立医学图书馆（NLM）所属国家生物技术信息中心(NCBI)建立；,http:/,收录范围,MEDLINE记录标注PubMed-indexed for MEDLINE PreMedline是临时性医学文献数据库，每天接收新数据，经MeSH词表标引后，每周向medline移加一次。记录标注PubMed-in process Publisher supplied citations 出版商直接向Pub

2、Med递送的电子记录中不被Medline收录的部分。记录标注PubMed-as supplied by publisher,MEDLINE数据库由美国国家医学图书馆（National Library of Medicine，简称NLM）编制，是印刷刊Index Medicus（医学索引）、Index to Dental Literature（牙科文献索引）和Internationgal Nursing Index（国际护理索引）的光盘版，数据摘自3700种期刊，是生物医学的主要数据库。时间跨度1966年至今。,简介,PubMed的特点,二、PubMed的特点,免费提供题录和文摘可与提供原文的网

3、址链接(部分免费获取）提供检索词自动转换匹配操作简便、快捷,自动转换匹配：PubMed对输入检索框中的检索词进行智能化地校对，将其逐步地与其数据库中的各类术语匹配的原则。,MeSH Translation Table主题词注释表,Journals Translation Table期刊注释表,Common Phrase List常用词组表,Author Index作者索引表,No Mapping,检索词拆分AND,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,基本检索输入框,特征栏提供辅助检索功能,侧栏提供其他检索如期刊数据库检索、主题词数据库检索、特定文献检索,执行检索按钮,Journal

4、s DatabaseMeSH DatabaseSingle Citation MatcherBatch Citation MatcherClinical QueriesSpecial QueriesLinkOutMy NCBI,三、PubMed检索界面,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,PubMed基本检索功能,（一）单词、短语、词组检索,（二）作者姓名检索,（三）期刊名称检索,（四）截词检索,（五）带逻辑运算符的复合检索,在PubMed基本检索里面的前面四项其实也就是告诉我们在基本检索输入框中，可以输入任何具有实质性意义的词语，比如说：自由词、主题词、人名或者刊名，系统都会智能

5、化地同系统中词表的进行匹配后完成检索。,在基本检索里面，PubMed能够完成：,1、单词、短语、词组检索,2、作者检索,3、期刊名称检索,4、截词检索,5、带逻辑运算符的复合检索式,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,PubMed基本检索功能,（一）单词、短语、词组检索,主题词,以规范化的词汇来表达文献内容的主题，这种词汇叫主题词(叙词)。医学主题词表美国国立医学图书馆邀请专家、学者汇集约16,000多个医学主题词并加以整理，使之规范化，编制成的一个表，即医学主题词表(Medical Subject Headings，简称Mesh)。MeSH 附有各种参照和注释，它是对生物医学文献

6、进行标引和检索的依据。,医学主题词表的作用,在标引人员将情报输入检索系统以及检索者(用户)利用系统内情报这两个过程中，以主题词作为标准用语，使标引和检索之间用语一致，达到最佳检索效果。在手工和联机检索前，查阅医学主题词表是制定检索策略的重要依据。cancer、carcinoma、tumor、neoplasms,医学主题词表主要包括下面三部分 主题词变更表、年新增主题词、年删去主题词、年累积新增主题词 字顺表(Alphabetic List)字顺表将主题词、次要主题词(非主题词)、款目词(非主题词)按字顺统一排列。范畴表(Categories and Subcategories),选择规范化主题

7、词要注意的几个问题,1.对于自然医学语汇中同义词、近义词、学名与俗名的处理例：Cancer*Neoplasms(近义词)German Meales*Rubella(同义词)Vitaman C*Ascorbic Acid(学、俗名)Apoplexy*Cerbrovascular Disorders(同义词)Deoxyribonucleic Acid*DNA(繁、简称)有“*”者为IM规范化主题词。,2.倒置主题词倒置主题词就是把复合主题词中被修饰的名词作为标目，放前面。定语放在名词之后，并用逗号分开。这样，可使医学概念相近的族性词汇集中在同一主题下，便于检索。,例：SHOCK,CARDIOGEN

8、IC(心源性休克)SHOCK,HEMORRHAGIC(出血性休克)SHOCK,SEPTIC(败血性休克)SHOCK,SORGICAL(外科性休克)SHOCK,TRAUMATIC(创伤性休克)例中的复合主题词经倒置后，各种有关休克的文献都集中在SHOCK这个主题词下。,3.主题词与副主题词的组配使用,为了使主题词的专指性更强，主题词要与副主题词组配使用。副主题词又称限定词(Qualifiers)，用它将某一主题词的概念进行复分，使主题词具有更高的专指性。在一个主题词下面往往收录了许多篇文献，为了让读者不必花太多时间从关到尾一题不漏地看所有题录，就在每一个主题词下面又用若干副主题词，以便把内容相近

9、的文献集中到相应的副主题词下面，让读者有目的地选择查阅。1989-1990年IM使用的副主题词是77个，1991-1994年是80个。,范畴表(Categories and Subcategories),范畴表又称树形结构(Tree Structure)。此表是将字顺表中的主题词(主要叙词)、次要叙词按其学科性质、词义范围的上下类属及派生关系，分别划为15大类。依次用A-N，Z代表。在15个类目中，有9类又分若干子类目，加用数字代表，子类目共有101个。子类目下面又分若干更小的类目，这就是通常供检索使用的主题词，共一万六千多个，都按其医学概念的性质分别列入各自所属的类目之下。,GASTROIN

10、TESTINAL NEOPLASMS 胃肠肿瘤 INTESTINAL NEOPLASMS 肠肿瘤 CECAL NEOPLASMS 盲肠肿瘤 APPENDICEAL NEOPLASMS 阑尾肿瘤 COLONIC NEOPLASMS 结肠肿瘤 COLONIC POLYPS 结肠息肉.DUODENAL NEOPLASMS 十二指肠肿瘤 ILEAL NEOPLASMS 回肠肿瘤.,字顺表与树形结构(范畴表)在功能上的关系及如何利用,查全率与查准率是文献检索的两大要素，这两者关系到词表的科学设计。医学主题词表通过“字顺表”反映主题词之间的横向关系，通过“树状结构”揭示词与词之间的纵向隶属关系。两个表相互

11、配合，形成一个功能完善的检索体系，以满足检索者对文献查准与查全要求。,检索出文章总篇数,综述类文献总篇数,单词检索,系统自动进行转换匹配后生成的检索式,Liver cancer,固定搭配词组检索,可以保证查全率,自动转换匹配后，进行逻辑或的运算,短语检索,自动转换匹配后的结果,强制短语/词组检索,针对特定的短语和词组的检索，需要在短语或者词组上加上双引号。,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,PubMed基本检索功能,（一）单词、短语、词组检索,（二）作者姓名检索,作者姓名检索,格式：姓+名缩写(不用标点)，如要查找王智彪教授发表的文章，输入格式为：wang zb，系统会自动在作者

12、字段内进行检索。,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,PubMed基本检索功能,（一）单词、短语、词组检索,（二）作者姓名检索,（三）期刊名称检索,建议期刊检索使用期刊名称检索字段标识ta或者是so,这是因为：如果期刊名称正好是一个MeSH中的词，系统会将其作MeSH词进行检索。如果期刊名称是一个单词，系统会在所有字段中进行检索。,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,PubMed基本检索功能,（一）单词、短语、词组检索,（二）作者姓名检索,（三）期刊名称检索,（四）截词检索,在词的末尾加“*”号，PubMed就会检索出以该词为词根的所有的词。截词检索将关闭自动词语匹配功

13、能。,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,PubMed基本检索功能,（一）单词、短语、词组检索,（二）作者姓名检索,（三）期刊名称检索,（四）截词检索,（五）带逻辑运算符的复合检索,如我们要检索肿瘤的诊断和治疗方面的文献，我们可以在基本检索输入框中输入：cancer AND(diagnosis OR therapy)，点击“Go”进行检索。,复合检索式检索,布尔逻辑运算符有:AND，OR或NOT,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,限制字段和条件检索,检索史管理,预检索及浏览索引检索,详细匹配过程,剪贴板,界面介绍,简介,Pub

14、Med的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,限制字段和条件检索（Limits）,输入检索词，系统默认空格为AND关系,子文档,检索词字段,出版类型选择限制,文献发表日期,只要有文摘的文献,语种,研究对象年龄,限制字段和条件检索（Limits）,性别,数据输入时间,研究对象,将检索词限制在一个特定范围,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,限制字段和条件检索（Limits）,预检索/浏览索引检索（Preview/Index）,检索式,预检索/索引加词检索,预检索按钮,索引检索按钮,预检索/浏览索引检索界面（Pr

15、eview/Index）,检索结果数量,therapy,预览检索结果，修改和增删检索词,步骤2 输入待选词,步骤1 点击预览/索引按钮,hepatitis b,步骤3 点击index按钮,步骤5 确定与检索栏中检索提问的逻辑关系,步骤4 索引选词,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,限制字段和条件检索（Limits）,预检索/浏览检索（Preview/Index）,检索史管理（History）,检索历史回顾,检索式,检索时间,检出篇数,点击预检索按钮,#1 and therapy,用于查看检索记录和检索结果的数量，并进行各种逻辑运算。,检索

16、史管理界面（History）,检索号,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,限制字段和条件检索（Limits）,预检索/浏览检索（Preview/Index）,检索史管理（History）,剪贴板管理（Clipboard）,剪贴板管理界面（Clipboard）,暂存需下载或者是打印的记录，多项检索后集中存盘或者打印。最多允许存储1000条。,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,限制字段和条件检索（Limits）,预检索/浏览检索（Preview/Index）,检索史管理（History）,

17、剪贴板管理（Clipboard）,详细匹配过程（Details）,详细匹配过程界面（Details）,点击后，系统可以把我们真正执行了自动匹配转换功能的检索式显示出来，可以看见系统详细的转换过程。,数据库匹配过程,规范词转换,你输入的检索式,检索明细,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,其他辅助检索,期刊浏览检索,主题词浏览检索,单个引文匹配器,临床查询,期刊浏览检索,主题词浏览检索,单个引文匹配器,批引文匹配器,临床查询,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,其他辅助检索,期刊浏览检索,

18、（一）期刊浏览检索（Journal database）,cancer,点击,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,其他辅助检索,期刊浏览检索,主题词浏览检索,（二）主题浏览检索（Mesh Database）,功能：确定规范检索词 查看词义注释、树状结构表 副主题词、扩展、主要主题词,主题词数据库检索,1.输入检索词,3.点按此处可获详细注解,2.执行浏览,主题词注释,可选副主题词,限定作为主要主题词检索,不进行下位词扩检,该主题词所替代的非规范词形式,主题词树形结构表,发送至检索框,通过MeSH Database检索的结果，其中32篇综述文献

19、,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,其他辅助检索,期刊浏览检索,主题词浏览检索,单个引文匹配器,（三）单个引文匹配检索（Mesh Database）,输入题录信息，查找特定文献。刊名要准确，缩写要标准著者姓名大小写不敏感如查找：王智彪教授1997年发表在Ultrason Sonochem期刊上的一篇文章的其他作者的名字,单个引文匹配检索,Ultrason Sonochem,1997,Wang zb,得出其他著者,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,其他辅助检索,期刊浏览检索,主题词浏览

20、检索,单个引文匹配器,临床查询,（四）临床查询（Clinical Queries）,检索临床研究方法学（循证医学）文献，主要涉及治疗、诊断、病因、和预后四个分类，并提供强调选择，即敏感度（强调查全）或专指度（强调查准）。,有三个方面的内容：研究类别查询：治疗、诊断、病因学及预后系统评价查询医学遗传学查询：诊断、临床描述、管理、基因、分子遗传学、基因测试等内容。,研究类别查询,系统评价查询,医学遗传学查询,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,其他辅助检索,检索结果的处理,显示检索结果(Display),输出检索结果（send to),输出到文

21、本（send to Text),输出到文件（send to File),输出到E-mail（send to E-mail),简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,其他辅助检索,检索结果的处理,显示检索结果(Display),显示检索结果(Display),检索格式选择,显示记录数,排序方式,有摘要,有free全文,无摘要,全文链接图标,点击下载PDF格式的全文,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,其他辅助检索,检索结果的处理,显示检索结果(Display),输出检索结果（send to),

22、检索结果输出（send to),Text：当前网页所显示记录的文本格式，用浏览器文件菜单中的保存文件的功能保存文件。File：所有记录纯文本文件格式，用对话框保存。Clipboad：剪贴板，暂存需下载记录，多项检索后一起保存。Email：通过邮件发送文献，最多500篇文献。,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,其他辅助检索,检索结果的处理,显示检索结果(Display),输出检索结果（send to),输出到文本（send to Text),检索结果输出（send to Text)：当前网页所显示记录的文本格式，用浏览器文件保存。,保存该文

23、本文件,打印该文本文件,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,其他辅助检索,检索结果的处理,显示检索结果(Display),输出检索结果（send to),输出到文本（send to Text),输出到文件（send to File),检索结果输出（send to File)：以纯文本文件保存，注意的是，在display中的显示格式就是存盘的格式,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,其他辅助检索,检索结果的处理,显示检索结果(Display),输出检索结果（send to),输出到文本（s

24、end to Text),输出到文件（send to File),输出到E-mail（send to E-mail),检索结果输出（send to E-mail)：通过邮件发送检索结果。,简介,PubMed的特点,PubMed检索界面,特征栏辅助检索,PubMed基本检索功能,其他辅助检索,总结,检索结果的处理,八、总结,Preview/Index：建议多使用，便于节省检索时间，修正检索策略，得出最佳检索策略。History：进行多项组合检索检索词：不区分检索词的大小写,双引号作用：在对一些特定内容（如作者名，期刊名）进行检索时进行特定短语搜索时，强制短语检索检索标签：应用方括号括起来，不区分字母大小写，不区分检索标签与检索词之间是否有空格利用通配符*进行检索：可以查全因为词性变化的文献,The End,