粉末图指标化原理和应用指南.ppt
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1、粉末衍射图指标化原理和应用指南,董成中国科学院物理研究所,提纲,粉末衍射图指标化,1.引言意义 问题和困难发展简史结果可靠性判断2.经典方法比值法(立方晶系)图解法(四方、六方)解析法,3.计算机程序ITO:晶带法 TREOR:晶面指标尝试法DICVOL:连续二分法 4.新近的算法和软件Crysfire,McMaile,。SVD,X-Cell,5.总结,引言(Introduction),粉末衍射图指标化(Powder pattern indexing),由粉末衍射数据出发,推出其中的各个衍射峰对应的晶面指标的过程。,引言(Introduction),Indexing result for Y2
2、O3 powder patternCubic,a=10.606h+k+l=2n for all diffraction Body centered I(体心)lattice.,Indexing result for Y2O3 powder pattern,TOTAL NUMBER OF LINES=40 A=10.605973 0.000057 A ALFA=90.000000 0.000000 DEG.B=10.605973 0.000057 A BETA=90.000000 0.000000 DEG.C=10.605973 0.000057 A GAMMA=90.000000 0.0000
3、00 DEG.UNIT CELL VOLUME=1193.03 H K L SST-OBS SST-CALC DELTA 2TH-OBS 2TH-CALC D-OBS FREE PARAM.2 1 1 0.031649 0.031650 0.000000 20.495 20.495 4.3299 93 2 2 2 0.063299 0.063299 0.000000 29.144 29.144 3.0617 1000 3 2 1 0.073857 0.073849 0.000008 31.539 31.537 2.8344 4 4 0 0 0.084397 0.084399-0.000002
4、33.777 33.778 2.6515 191 3 3 0 0.094955 0.094949 0.000006 35.895 35.894 2.4998 39 4 2 0 0.105493 0.105499-0.000006 37.907 37.908 2.3716 9 3 3 2 0.116043 0.116049-0.000006 39.833 39.834 2.2613 47 4 2 2 0.126611 0.126599 0.000013 41.688 41.686 2.1648 7 5 1 0 0.137133 0.137148-0.000016 43.470 43.473 2.
5、0801 65 5 2 1 0.158229 0.158248-0.000019 46.879 46.882 1.9365 20 4 4 0 0.168808 0.168798 0.000009 48.518 48.517 1.8748 335 5 3 0 0.179362 0.179348 0.000014 50.113 50.111 1.8188 17 6 0 0 0.189960 0.189898 0.000062 51.678 51.669 1.7674 4 6 1 1 0.200439 0.200448-0.000009 53.193 53.194 1.7206 38 6 2 0 0
6、.210986 0.210998-0.000012 54.688 54.690 1.6770 9 5 4 1 0.221548 0.221548 0.000000 56.158 56.158 1.6365 30 6 2 2 0.232101 0.232097 0.000004 57.602 57.601 1.5989 211 6 3 1 0.242646 0.242647-0.000002 59.022 59.022 1.5638 45 4 4 4 0.253196 0.253197-0.000001 60.422 60.422 1.5308 34 7 1 0 0.263771 0.26374
7、7 0.000024 61.806 61.803 1.4998 15 6 4 0 0.274289 0.274297-0.000008 63.165 63.166 1.4708 10 7 2 1 0.284847 0.284847 0.000000 64.513 64.513 1.4433 23 6 4 2 0.295429 0.295397 0.000032 65.849 65.845 1.4172 11 6 5 1 0.327048 0.327046 0.000002 69.763 69.763 1.3470 16 8 0 0 0.337587 0.337596-0.000009 71.0
8、45 71.046 1.3258 30 8 1 1 0.348150 0.348146 0.000004 72.320 72.320 1.3055 25 8 2 0 0.358637 0.358696-0.000059 73.577 73.584 1.2863 14 6 5 3 0.369242 0.369246-0.000004 74.840 74.840 1.2677 16 6 6 0 0.379818 0.379796 0.000022 76.092 76.089 1.2499 9 7 5 0 0.390315 0.390346-0.000030 77.328 77.332 1.2330
9、 23 6 6 2 0.400889 0.400896-0.000007 78.567 78.568 1.2166 51,8 4 0 0.421972 0.421995-0.000023 81.022 81.025 1.1858 33 9 1 0 0.432540 0.432545-0.000005 82.246 82.247 1.1712 7 8 4 2 0.443069 0.443095-0.000026 83.462 83.465 1.1572 8 9 2 1 0.453641 0.453645-0.000004 84.680 84.680 1.1437 16 9 3 0 0.47475
10、6 0.474745 0.000011 87.106 87.105 1.1180 16 9 3 2 0.495829 0.495845-0.000016 89.522 89.524 1.0939 16 8 4 4 0.506388 0.506394-0.000007 90.732 90.733 1.0825 36 7 7 0 0.516961 0.516944 0.000017 91.944 91.942 1.0713 18 10 0 0 0.527554 0.527494 0.000059 93.159 93.152 1.0605 11 NUMBER OF OBS.LINES=40 NUMB
11、ER OF CALC.LINES=40 M(20)=235 AV.EPS=0.0000106 F20=229.(0.001650,53)M(30)=189 AV.EPS=0.0000128 F30=208.(0.001783,0)M(40)=162 AV.EPS=0.0000139 F40=186.(0.001841,117)M CF.J.APPL.CRYST.1(1968)108 F CF.J.APPL.CRYST.12(1979)60 0 LINES ARE UNINDEXED.,粉末衍射图指标化的意义,晶体结构分析:指标化是粉末衍射晶体结构测定必要的关键步骤。指标化能给出每个衍射峰对应的
12、晶面指标,同时也得到了晶胞参数(a,b,c,a,b,g),实现晶体点阵和倒易点阵的重建;指标化也给出了晶体对称性的重要信息(晶体所属的晶系、点阵类型、可能的空间群等)。单相确认:用一套晶胞参数(a,b,c,a,b,g)能成功指标化衍射图中所有衍射线,是确认样品是纯相的重要依据。同晶型判断:和衍射图理论计算结合,可以判明样品是否与已知化合物具有相同的晶型。其它:指标化是晶格参数精修的基础。,粉末衍射图指标化的问题和困难,粉末图指标化的基本原理是根据倒易点阵矢量长度的一维分布(三维倒易点阵的一维投影)来重构整个三维倒易点阵。,二维倒易点阵(上)和它的一维投影的1/d 轴(下)的示意图。其中两个部分
13、的标度是相同的。倒易点阵点(32)在晶格及其投影中表示为黑色实心圆。,逆问题-难,已知晶胞参数求晶面间距d问题-易,倒易点阵,定义:,r*hkl矢量垂直于晶面(hkl),且它的模等于(hkl)晶面的面间距dhkl.,计算:,性质:,o,b/k,a/h,c/l,r*hkl,(1)倒易点阵矢量与自身的点积,(2)点积的结果,(3)粉末衍射图中只有d值可从Bragg公式计算得到。,粉末衍射图指标化的问题和困难,(4)从衍射角q可以推出r*模的平方,简记为Q。(有时为计算方便,也用Q=104Q),上式中把倒易晶胞参数有关的量进行简化了表示:,(5)指标化的基本方程,粉末衍射图指标化的问题和困难,三斜,
14、单斜,正交,六方,四方,立方,粉末衍射图指标化的问题和困难,用倒易点阵描述和计算Q值和晶面间距更为方便。,粉末衍射图指标化的问题和困难,如果有n条衍射线,方程数=n;未知数个数=3n+1(立方)3n+6(三斜)未知数个数 方程数 多解,粉末衍射图指标化方法和发展简史,早期指标化主要依靠d值比值关系等进行尝试,只能用于对称性高的立方、四方和六方晶系的简单结构(如单质元素、NaCl等)。1917年,C.Runge 提出晶带法,1949年以前很少被应用。1921年,A.W.Hull&W.P.Davey 提出四方和六方晶系指标化的图解法。1945年,C.W.Bunn 改进了Hull&Davey 图解法
15、。1948年,R.Hesse 提出指标化四方和六方晶系的数值解析法。1949年,H.Lipson 提出可以用于正交晶系的解析法。1949年,T.Ito 重新发现Runge的晶带法,可用于任意晶系的指标化。,Carl David Tolm Runge1836-1927German mathematician,physicist,粉末衍射图指标化方法和发展简史,1958年,P.M.de Wolff 提出寻找晶带关系的新方法。上世纪60年代,指标化的计算机程序不断出现:1961年,等-Hesse解析法。1963年,等人-ITO解析法。1964年,Per-Erik Werner-首次提出面指数尝试方法
16、。1966年,等人-Lipson解析法;1968年,D.Taupin-面指数尝试法的优化改进。1969年,J.W.Visser-de Wolff 晶带法指标化。,Pieter Maarten de Wolff(1919-1998),Daniel Taupin,粉末衍射图指标化方法和发展简史,1972年,Lour 首次提出二分法指标化方法。1972年,P.M.de Wolff 提出指标化结果品质因数M20。1979年,Smith 和 Snyder 提出指标化结果品质因数F20。1980年,陆学善提出一种三线图解法。1985年,Werner 等发表面指数尝试法计算机程序TREOR。20世纪80年代
17、以后,指标化主要依赖计算机,计算原理主要是晶带法、面指数尝试法和连续二分法,代表性的软件为ITO,DICVOL和TREOR.。,陆学善1905-1981,Daniel Lour,粉末衍射图指标化结果的可靠性判断,最常用的两个品质因数是de Wolff 提出的 M20和 Smith 提出的 FN.,式中Q20是观察到(并已指标化)的第20条衍射线的Q值;N20是计算Q值到Q20时所得出的不同Q值的个数。显然,观察到线条数与计算出的线条数的比值为20/N20.是Q观察值和计算值之间的平均偏差。,根据 de Wolff 的分析,在不能指标化的线条少于2,且 M20 10 时结果基本正确。M20 6时
18、结果值得怀疑,M20 3 时几乎没有意义(都有例外)。,粉末衍射图指标化结果的可靠性判断,式中:Nposs是到第N条观察衍射线的可能衍射线的数目;|D2q|是2q观察值与计算值之间偏差的绝对值的平均。,MN和FN相近时,要优先选择:(a)有更高对称性的晶胞;(b)体积最小的晶胞;(c)理论衍射线数目小的晶胞。,FN定义为两项的乘积,前一项与准确性有关,后一项与数据完备性有关。,Smith 建议N值取30,如果衍射线不够30,则取为全部衍射线数目。FN值越大,结果越可靠。很难确定地说FN值多大就对应正确解。但多数正确解FN值在10以上。,粉末衍射图指标化结果的可靠性判断,除了考虑品质因数M和F外
19、,也必须综合其它有关信息进行判断:(1)最初输入的全部衍射线是否都能被指标化,未被指标化的衍射线要找出解释。(2)如果未参与最初指标化的低角度弱峰和高角度峰也都能基于所得晶胞给 以恰当的指标,标志结果较可靠。(3)如果指标化结果中含有明确的系统消光规律,则结果更可靠。(4)通过检索数据库,找到具有类似结构的化合物;与电子衍射和高分辨电子显微图的结果一致。,粉末衍射图指标化结果的可靠性判断,(5)如已知分子式和样品密度,可根据单胞内的分子数Z为整数来判断结果是否合理。,对有机分子,晶胞体积V和晶胞内分子个数Z之间有如下近似关系:NNHA是分子中非氢原子(C,N,O等)的总数。,V 18 Z NN
20、HA,(6)用多种计算程序,都得到相同的结果。,粉末衍射图指标化结果的可靠性判断,(7)根据衍射线数目和单胞体积的关系判断指标化结果的正确性:,K值是与晶系(对称性)、系统消光和多重性因子等有关的数。对三斜晶系,K=2;正交晶系=8。也可以利用Smith给出的从单个衍射线的d值估算晶胞体积的经验公式:,V=13.39d320 V=17.24d325V=21.32d330,d320、d325、d330 分别是第20、25和30条线的d值。,(8)根据指标化结果,进行全谱拟合,最终能解出合理的晶体结构。,三斜晶胞,粉末衍射图指标化经典方法比值法(立方晶系指标化),立方晶系只有一个晶胞参数需要确定;
21、立方晶系衍射图可用手工指标化:,粉末衍射图指标化经典方法比值法(立方晶系指标化),International Table for Crystallography Vol.C,粉末衍射图指标化经典方法比值法(立方晶系指标化),基本步骤:(有关计算如用Origin等软件进行更简便。)(1)从各个衍射峰角q计算Q值,并按Q值从小到大列表。(2)列表计算各个Qi与最小Q值Q1的比值Qi/Q1。(或计算相邻Q值间差值DQi=Qi+1-Qi,找出DQi的最小值DQmin,求出各Q值与DQmin的比:Qi/DQmin)(3)如Qi/Q1值(或Qi/DQmin)都接近整数,就化为整数Ni;如有比值不接近整数,
22、就都乘以一个小的整数K(K=2,3,4,)使其都成为接近整数的值,化成整数Ni。(4)检查是否为带心的点阵(如Ni中有7,15,23,28等,就把Ni乘以2)。(5)在h2+k2+l2数值列表找出各个Ni值对应的晶面指标hkl值,并根据公式计算晶胞参数(可随后精修)。,粉末衍射图指标化经典方法比值法(立方晶系指标化),PDF#49-0016;Ca3SnN,Cubic,Pm3m(221)l=1.5406;a=4.946,粉末衍射图指标化经典方法比值法(立方晶系指标化),PDF#22-0030,NH4Br,l=1.5406;Cubic,Fm-3m(225);a=6.867,粉末衍射图指标化经典方法
23、比值法(立方晶系指标化),Y2O3,l=1.5406,Cubic,Ia-3(206),a=10.605.(PDF#43,a=10.604),粉末衍射图指标化经典方法晶带法(Runge-ITO-de Wolff),由指标化基本方程:,容易得出:,以上两式相减,可推出:,以上两式相加,可得:,粉末衍射图指标化经典方法晶带法(Runge-ITO-de Wolff),类似推导,可以得到:,晶带解析法的基本方程,粉末衍射图指标化经典方法晶带法(Runge-ITO-de Wolff),晶带解析法基本步骤:(1)计算出Q值和任意两个Q值的和(Qi+Qj)后列表。(2)假定2个最小的Q值对应的面指标(hkl)
24、分别为100,010:Q100=a*2,Q010=b*2;算出2(Q100+Q010)值。(3)在(Qi+Qj)和值表中寻找在实验误差范围内等于 2(Q100+Q010)的 值。如果找到了,就可用公式算出cosg*值。如找不到,可再假定其中的一个Q值对应200或020来继续尝试;也可另选别的小Q值来做类似的尝试。,接下页,粉末衍射图指标化经典方法晶带法(Runge-ITO-de Wolff),(4)根据a*、b*和cosg*值,就可以根据公式计算出属于所有hk0晶带的衍射线位置。把不属于hk0晶带的最小Q值作为Q001,可用类似(3)的步骤计算出cosa*和cosb*。(5)得出所有倒易晶胞参
25、数后计算全部可能的Q值,与实验结果在误差范围内符合,就认为得到了初步的指标化结果。随后可能还要对所得的初步晶胞进行约化。,接上页,粉末衍射图指标化经典方法晶带法(Runge-ITO-de Wolff),(1)取最小的Q值(Q1和Q2)对应的晶面指标分别为100和010。(2)求两者的和,Q110=Q1+Q2=0.04950,Q3+Q4几乎正好是Q110的两倍:(Q3+Q4)=(0.04494+0.05404)=2x0.04949所以:Q3和 Q4分别对应110和1-10。,(3)随后可取下一个最小的Q值(Q5=0.08262)为Q001,继续类似推演,就可能求算出其它未知参数。,粉末衍射图指标
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