生物化学01第一章核酸.ppt
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1、第一篇 生物分子的结构与功能,第一章 核 酸(Nucleic acid)第一军医大学 解放军基因工程研究所 马文丽,内容纲要,核酸的种类与分子组成 DNA的一级结构、二级结构及组装 RNA的种类、结构与功能 核酸的理化性质 核酸具有催化活性 真核生物基因组的特点 人类基因组计划,核酸的种类,脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid,DNA)遗传信息的贮存和携带者 核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)参与遗传信息的表达,第一节核酸的基本组成单位核苷酸,核酸的基本组成单位是核苷酸,核苷酸则由碱基(base)、核糖(ribose)或脱氧核糖(deoxyribose)、
2、磷酸(phosphate)三种成分通过共价键连接而成。,图1-1 核酸的构成,一、核苷酸的组成,(一)碱基 参与核苷酸构成的碱基主要有五种,它们都是嘌呤(purine)或嘧啶(pyrimidine)类化合物。嘌呤类碱基主要有腺嘌呤(adenine,A)和鸟嘌呤(guanine,G)两种,嘧啶类碱基主要有三种,即胞嘧啶(cytosine,C)、胸腺嘧啶(thymine,T)和尿嘧啶(uracil,U),图1-2 构成核苷酸的主要碱基,腺嘌呤(A),鸟嘌呤(G),胞嘧啶(C),胸腺嘧啶(T),DNA,尿嘧啶(U),RNA,表1-1 核酸中的部分稀有碱基,图1-3 碱基的互变异构,嘌呤和嘧啶碱基都是
3、含氮杂环化合物,分子中的酮基或氨基均位于杂环上氮原子的邻位,受介质中pH的影响,会发生酮式-烯醇式互变异构,或氨基-亚氨基互变异构,碱基的紫外吸收性质,嘌呤环和嘧啶环中含有共轭双键,因而都有吸收紫外光的性质,吸收高峰在波长260nm左右。在研究核酸、核苷酸、核苷及碱基时,可以此对核酸进行定性及定量分析。另外,紫外线照射可引起DNA突变,也是由于存在于DNA中的核苷酸吸收紫外光所造成的。,一、核苷酸的组成,(二)戊糖 构成核苷酸的戊糖有两种,DNA分子中含有-D-2脱氧核糖,RNA分子中的戊糖为-D-核糖。碱基杂环中的原子编号一般以1,2,3,表示,为了与此区分开来,糖环上的碳原子则标以1,2,
4、3等。,图1-4 两种核糖的结构,一、核苷酸的组成,(三)核苷与核苷酸 碱基与戊糖通过-N-糖苷键(-N-glycosidic bond)缩合形成核苷(nucleoside)。嘌呤类核苷是由嘌呤环上的N-9与戊糖的C-1连接,嘧啶类核苷是由嘧啶环上的N-1与糖的C-1相连。,图1-5 核糖核苷与脱氧核糖核苷,构成核苷酸的戊糖有两种,因此核苷又可分为核糖核苷及脱氧核糖核苷。,核苷的戊糖羟基与磷酸之间脱水以酯键相连,即形成核苷酸。最常见的酯化部位是在核糖或脱氧核糖的C-5和C-3位上。单核苷酸分子中的磷酸主要连接在C-5位上,称为5-核苷酸。,图1-6 不同类型的核苷酸,含有一个磷酸基团的核苷酸称
5、为核苷一磷酸(nucleoside monophosphate,NMP),第二个磷酸基团通过酸酐键与核苷一磷酸的磷酸基团相连则形成核苷二磷酸(nucleoside diphosphate,NDP),同样,第三个磷酸基团连在核苷二磷酸的焦磷酸基团上则形成核苷三磷酸(nucleoside triphosphate,NTP)。在对核苷及核苷酸命名时,须先冠以碱基的名称。如为脱氧核苷或脱氧核苷酸,则在相应的核苷或核苷酸前面加上脱氧,在缩写名词前加上d字符。,表1-2 构成DNA及RNA的碱基、核苷和核苷酸,(续表)表1-2 构成DNA及RNA的碱基、核苷和核苷酸,二、核苷酸的连接方式,DNA和RNA都
6、是通过核苷酸间的3,5-磷酸二酯键连接而成,即前一个核苷酸的C3-OH与下一核苷酸的C5位磷酸之间脱水形成酯键。核苷酸的连接具有严格的方向性。通过3,5-磷酸二酯键连接形成的核酸是一个没有分支的线性分子,它们的两个末端分别为5末端(游离磷酸基)和3末端(游离羟基),在书写时,方向应该从53。,图1-7 核苷酸的连接方式,核酸的一级结构,不同的核苷酸在核酸长链上的排列顺序,就是核酸的一级结构。由于核苷酸之间的差异主要是碱基的不同,所以核酸的一级结构也称为核苷酸序列或碱基序列。,第二节 DNA的结构,Oswald Avery(1877-1955),R型细菌:无毒型肺炎球菌S型细菌:有毒型肺炎球菌,
7、肺炎球菌转化实验,DNA是遗传的物质基础,一、DNA的一级结构,组成DNA分子的脱氧核糖核苷酸主要有四种,即脱氧腺苷酸(dAMP)、脱氧鸟苷酸(dGMP)、脱氧胞苷酸(dCMP)和脱氧胸苷酸(dTMP)。DNA分子的一级结构就是这四种脱氧核糖核苷酸的排列顺序,或者四种碱基的顺序。,二、DNA的二级结构,Erwin Chargaff(19051995),Chargaff s rule:A%T%G%C%,DNA 分子X射线衍射照片,Rosalind Franklin,James Watson&Francis Crick,(一)DNA二级结构模型,DNA分子由两条脱氧核糖核苷酸链组成,两条链的走向呈
8、反向平行 DNA是右手螺旋结构脱氧核糖-磷酸骨架位于螺旋的外侧;碱基位于双螺旋的内侧,每个碱基均与对应链上的碱基处于同一平面而以氢键(hydrogen bond)结合碱基互补原则,(一)DNA二级结构模型,碱基平面与双螺旋的长轴垂直,糖环的平面则与长轴平行 DNA分子两条链间互补碱基的氢键维持双螺旋结构的横向稳定性,纵向则靠碱基平面间的疏水性碱基堆积力(base stacking force)来维系 双螺旋结构上存在着两条凹沟,与脱氧核糖-磷酸骨架平行。较深的沟称为大沟(major groove),较浅的称为小沟(minor groove),图1-8 DNA双螺旋结构示意图,碱基互补原则:腺嘌
9、呤(A)总是跟胸腺嘧啶(T)配对,形成两个氢键;鸟嘌呤(G)总是跟胞嘧啶(C)配对,形成三个氢键,图1-9 碱基互补原则,(二)DNA二级结构的多样性,上述DNA的二级结构特征是以B-DNA为模型。B-DNA是DNA分子在生理条件下最稳定的结构,如果改变溶液的离子强度或相对湿度,DNA螺旋结构的上述特征都会发生变化。,图1-10 不同类型的DNA双螺旋结构,三、DNA的高级结构,所有生物的基因组DNA的长度通常比含有DNA的细胞直径大得多。因此,DNA在形成双螺旋结构的基础上,必须进一步折叠成超级螺旋结构,并且在蛋白质的参与下,再进行精密的包装,。这样,DNA才能存在于小小的细胞。甚至细胞核中
10、。,(一)原核生物细胞中DNA的组装,绝大部分原核生物的DNA都是闭合环状双螺旋结构,裸露而不与蛋白质结合,这种双螺旋分子还进一步螺旋化形成超螺旋结构。环状DNA分子的生物活性形式为超螺旋结构。,图1-11 环状DNA结构示意图,(二)真核生物细胞中DNA的组装,在真核细胞内,由于DNA分子较原核细胞大得多,所以它们压缩得更为致密。真核细胞的DNA与蛋白质结合,以染色质(chromatin)或染色体(chromosome)的形式存在于细胞核内。它们的基本结构单位都是核小体(nucleosome)。,图1-12 核小体结构示意图,四、线粒体DNA,在真核细胞中,DNA除了存在于细胞核内,还有少量
11、的DNA位于细胞的线粒体(mitochondrion)中,称为线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)。mtDNA与细菌的DNA相似,也是超螺旋双链环状分子,裸露而不与组蛋白结合,分散在线粒体基质的不同区域。,第三节 RNA的结构与功能,表1-3 RNA与DNA的比较,表1-4 真核细胞内RNA的种类及功能,(续表)表1-4 真核细胞内RNA的种类及功能,一、信使RNA,信使RNA(mRNA)的作用就好像一种信使,将存在于细胞核内的基因的遗传信息转移到细胞质中,作为模板指导蛋白质的合成。真核生物的mRNA前身称为不均一核RNA(heterogenous nuclear R
12、NA,hnRNA)。hnRNA在核内经过一系列的剪接、修饰和加工,成为成熟的mRNA并转移到细胞质中。,图1-13 真核生物成熟mRNA的结构示意图,真核生物mRNA的结构特征,5-端有一个特殊结构:7mG-5ppp5-Nm-3-P,称为帽子结构。3-端有一段长约20250个核苷酸的多聚腺苷酸(poly A),称为多聚A尾巴(poly A tail)mRNA分子上的每三个核苷酸为一组,构成遗传密码(genetic code),可以决定多肽链上某一个氨基酸,又称为三联体密码(triplet code)。,二、转运RNA,转运RNA约占细胞中RNA总量的10%15%,是分子量最小的一类核酸,由74
13、95个核苷酸构成。tRNA的功能是转运氨基酸,按照mRNA上的遗传密码的顺序将特定的氨基酸运到核糖体进行蛋白质的合成。,tRNA的结构特征,分子中含有10%20%的稀有碱基 一级结构中存在一些能局部互补配对的核苷酸序列,可以形成局部双链,使tRNA的二级结构呈三叶草形(cloverleaf)三级结构呈“倒L”形,图1-14 tRNA中的部分稀有碱基,图1-15 tRNA的空间结构示意图,三、核糖体RNA,核糖体RNA(rRNA)是细胞内含量最多的RNA,约占RNA总量的75%80%。rRNA与蛋白质共同构成核糖体或称为核蛋白体(ribosome),是细胞内蛋白质生物合成的场所。原核生物与真核生
14、物的核糖体均由大亚基和小亚基构成。,表1-5 原核及真核生物核糖体的组成,rRNA的结构特征,rRNA一级结构的一个特征就是甲基化残基的存在,主要的修饰位点在-D-核糖的C2-OH。二级结构的模型也已构建出来,rRNA分子内部局部碱基互补,形成许多“茎环”结构,为核糖体蛋白的结合与组装提供了结构基础。,图1-16 原核生物16S rRNA的二级结构,第四节 核酸的理化性质,一、核酸的一般性质,核酸溶液的黏度比较大,核酸粘度降低或消失,即意味着变性或降解。DNA分子的长度与直径之比达到107,极易在机械力的作用下发生断裂。核酸的沉降特性。,二、核酸的紫外吸收,嘌呤和嘧啶碱基具有共轭双键,这使核苷
15、、核苷酸及核酸可以吸收紫外光,最大吸收峰位于波长260nm附近,因此经常用A260(在260nm处的吸光度)或OD260(260nm处的光密度值)表示核酸的浓度。利用核酸的紫外吸收特性,可以用紫外分光光度法对DNA和RNA进行定性和定量分析。,三、核酸的变性与复性,(一)变性(denaturation)核酸的变性是指核酸的互补配对碱基之间的氢键断裂,而构成磷酸-戊糖骨架的3,5-磷酸二酯键并未发生变化。温度升高,溶液的盐浓度降低,或者溶液的酸碱度改变,都可以使核酸发生变性。实验室中最常用的使DNA分子变性的方法之一是加热。,DNA的增色效应(hyperchromic effect)DNA变性时
16、,A260随之增高的现象 DNA的解链曲线 在加热DNA的过程中,以温度为横坐标,测得的A260为纵坐标作图,所得到的曲线,DNA的融解温度(melting temperature)DNA的变性作用发生在一个相当窄的温度范围内,通常将A260达到最大值的一半时的温度称为DNA的融解温度(melting temperature),以Tm表示。Tm值计算公式为:Tm69.3+41(G+C)%,少于20个碱基的寡核苷酸的Tm4(G+C)+2(A+T),图1-17 DNA的解链曲线,(二)复性与杂交 变性DNA在适当条件下,两条互补的单链重新缔合,恢复天然的双螺旋结构,这个过程称为复性(renatur
17、ation)将不同来源的DNA分子放在同一溶液里,经热变性后缓慢冷却,使其复性。若这些变性的DNA单链之间在某些区域有碱基互补的序列,则复性时,它们之间会形成双链,该过程称为核酸分子杂交(hybridization),图1-18 核酸分子杂交原理示意图A.不同来源的DNA分子(分别用粗线和细线表示)在加热变性后的复性过程中可以形成杂化双链 B.经标记的寡核苷酸()与变性后的单链DNA互补结合,第五节 核酸的催化性质,一、核酶,概念:核酶(ribozyme)是指一类具有催化作用的RNA。种类:(1)内含子的自我剪接型(2)异体催化的剪切型(3)自体催化的剪切型(4)催化肽键的形成,核酶的结构有一
18、定的规律:根据其一级结构绘出的二级结构中,有许多RNA分子内部碱基配对形成的局部双链区,这是RNA具有催化作用的结构依据。其中一个最简单且最具有代表性的结构就是锤头结构(hammerhead structure)。,图1-19 锤头核酶二级结构示意图N表示任意碱基,N表示与其互补的碱基,X表示除G以外的任何碱基,A、G、C、U表示一致性序列,图1-20 人工设计的核酶可能作用的方式箭头表示剪切位点,粗线代表人工合成的RNA片段,细线代表欲破坏的目的核酸分子,二、脱氧核酶,概念:具有特定生物催化功能的DNA分子称为脱氧核酶(deoxyribozyme)或酶性DNA(DNA enzyme,DNAz
19、yme)种类:(1)剪切RNA分子(2)剪切DNA分子(3)催化核酸分子磷酸化(4)连接DNA分子(5)催化卟啉与金属离子结合,核酶与脱氧核酶的研究意义,对研究生命起源和进化具有重大意义拓展了酶学的研究范围科研以及医疗应用,第六节 基因组学与人类基因组计划,基因(gene)是指位于染色体的特定位置、编码特异的蛋白质或RNA的一段核酸序列(通常是DNA序列),是遗传物质的结构和功能单位。基因组(genome)代表了一个生物细胞内的全部基因和染色体组成。,基因组学(Genomics),指对所有基因进行基因组作图(包括遗传图谱、物理图谱、转录图谱),核苷酸序列分析,基因定位和基因功能分析的一门科学。
20、基因组学包括两方面的内容:以全基因组测序为目标的结构基因组学(structural genomics)和以基因功能鉴定为目标的功能基因组学(functional genomics)。,真核生物基因组的特点,基因组的结构与形式 真核生物基因组远大于原核生物的基因组,多是线性双链DNA分子,与蛋白质结合构成染色体,位于细胞核中,除配子细胞外,体细胞内的基因组是双份的(即双倍体,diploid),即有两份同源的基因组;原核生物基因组较小,没有核膜包裹,且形式多样。,真核生物基因组的特点,基因组的构成 真核生物基因占整个基因组的比例很小,基因组中非编码序列远远多于编码序列,非编码序列可占8090%。而
21、原核生物的DNA分子绝大部分用于编码蛋白质,只有一小部分是不翻译的,不翻译区(又称间隔区)通常包含控制基因表达的序列。,基因重叠 病毒基因组具有重叠基因(overlapping gene)的结构,即多个基因在同一DNA分子上部分或完全重叠,该DNA序列能够编码两种甚至三种蛋白质分子;而真核基因组及细菌的基因组没有这种结构。,I,P,O,真核生物基因组的特点,基因转录 真核细胞基因转录产物为单顺反子mRNA,即一个结构基因转录生成一个mRNA分子,经翻译生成一条多肽链。原核生物功能相关的几个结构基因常常串连在一起,受一套调控基因的调节,组成操纵子(operon)结构,并转录生成同一个mRNA分子
22、,称为多顺反子mRNA(polycistronic mRNA),作为多种蛋白质合成的模板,启动子(promoter),结构基因(structural gene),操纵基因(operator),操纵子(operon),调节基因(regulatory gene),原核生物的操纵子结构,转录,翻译,蛋白A,蛋白B,蛋白C,多顺反子mRNA(polycistronic mRNA),原核生物基因表达,DNA,DNA,转录及加工,单顺反子mRNA(monocistronic mRNA),翻译,蛋白质,真核生物基因表达,真核生物基因组的特点,重复序列 真核生物基因存在大量重复序列,即在整个基因组中有许多重复
23、出现的核苷酸序列,重复序列长短不一,短的仅含两个核苷酸,长的多达数百、乃至上千;重复频率也不尽相同。根据重复频率的不同,可分为高度重复序列(106),中度重复序列(103104)和单拷贝或低度重复序列。,真核生物基因组的特点,基因的连续性 真核生物的基因是不连续的,即基因内部的编码序列(外显子,exon)被非编码序列(内含子,intron)所分隔;除真核细胞病毒外,原核生物的基因是连续的,基因内部没有非编码序列。,DNA,DNA,内含子(intron),外显子(exon),真核生物断裂基因,5,3,结构基因,人类基因组计划(human genome project,HGP),人类基因组计划的出
24、现,20世纪70年代,Sanger等开始病毒全基因组测序1984年,完成了噬菌体X174(5386bp)、人线粒体基因组(16kb)等的全测序1984年,美国Utah州,能源部召开的会议上讨论了测定整个基因组DNA的意义与前景1985年,美国能源部的HGP草案形成1986年,Dulbecco在Science发表HGP的短文1988年,Watson主持成立美国国家人类基因组研究中心1990年,美国国会批准本国的HGP,正式启动,癌症研究的转折点人类基因组的全序列分析 Renato Dulbecco,Science 1986,回顾了70年代以来癌症研究的进展,使人们认识到包括癌症在人类疾病的发生,
25、都与基因直接、间接有关;同时指出,要么仍处在零打碎敲的方法研究,要么从整体上研究和分析整个人类基因组及其序列。这一计划的意义重大。这样的工作是任何一个实验室难以单独承担的项目。这个世界所发生的一切事情,都与这一人类的DNA序列息息相关。,HGP的研究目标及内容,总体目标:15年内投入30亿美元,完成人类24条 染色体的3109 bp核苷酸序列分析1993年马里兰会议上进行修订,内容包括:1.基因组制图(遗传图谱、物理图谱、序列图谱、基因图谱)2.基因的定位与分析 3.基因组研究技术的建立、改进 4.模式生物基因组的图谱绘制及测序 5.相关课题的研究,人类基因组作图,遗传图谱 遗传图谱(gene
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- 生物化学 01 第一章 核酸
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