实验1DNA提取纯化检测-jgh.ppt

《实验1DNA提取纯化检测-jgh.ppt》由会员分享，可在线阅读，更多相关《实验1DNA提取纯化检测-jgh.ppt（18页珍藏版）》请在三一办公上搜索。

1、实验一 真核细胞染色体DNA的 分离、纯化和检测,实 验 目 的,通过实验学习从血液中制备染色体DNA的方法。学习琼脂糖凝胶电泳，检测DNA的纯度、DNA的构型、含量以及分子量的大小。掌握DNA样品的纯化和定量检测方法。,红细胞裂解液裂解红细胞细胞裂解液裂解白细胞用蛋白酶K水解蛋白质有机溶剂酚、氯仿抽提在高盐条件下，用乙醇沉淀DNA再用70%乙醇洗除沉淀中的盐分即可获得染色体DNA,基因组提取实验原理,DNA分子在琼脂糖凝胶中泳动时，有电荷效应与分子筛效应。前者由分子所带净电荷量的多少而定，后者则主要与分子大小及其构型有关。DNA分子在高于其等电点的溶液中带负电荷，在电场中向正极移动，在用电泳

2、法测定DNA分子大小时，应当尽量减少电荷效应。增加凝胶的浓度可以在一定程度上降低电荷效应，使分子的迁移速度主要由分子受凝胶阻滞程度的差异所决定，提高分辨率。同时适当减低电泳时的电压，也可使分子筛效应相对增加而提高分辨率。,琼脂糖凝胶电泳实验原理,纯净的DNA A260/A280=1.8，制备的DNA样品应该为1.71.8 纯净的RNA A260/A280=2.0，制备的RNA样品应该大于2.0如果制备的DNA样品A260/A2802，说明样品中RNA过高，可用RNase消化后，用酚、氯仿、异戊醇抽提，再用乙醇沉淀DNA；如果样品A260/A280为1.82.0，说明样品中盐的含量过高，样品沉淀

3、后应用70%乙醇多洗一遍。提取的RNA样品A260/A280应大于1.80。RNA样品含有蛋白质会使A260/A280比值下降。,DNA浓度测定实验原理,实 验 材 料,红细胞裂解液KHCO3 1g(10mM)NH4Cl 8.3g(155mM)EDTANa2 37mg(0.1mM)裂解缓冲液（lysis buffer）10mM Tris-Cl(pH8.0)0.1M EDTA(pH8.0)0.5%(m/v)SDSACD抗凝液柠檬酸 0.48g柠檬酸钠 1.32g右旋葡萄糖 1.47g加水至100ml,使用时每6ml新鲜血液加1ml ACD液组织细胞动物血液样品，将20ml新鲜血液与3.5mlAC

4、D抗凝液混匀，0下保存数天或-70下长期冻存，备用。,酚：氯仿：异戊醇（25：24：1）70%乙醇TE bufferRNAse琼脂糖TAE电泳缓冲液电泳设备紫外分光光度计凝胶成像系统,实 验 材 料,染色体DNA的制备方法,1.取800l抗凝血液置于5ml离心管中。2.往管中加3ml红细胞裂解液，轻摇数次，置冰上5分钟，期间间歇摇动 几次。3.4000rpm，室温离心5分钟，弃上清。4.往管中加入3ml红细胞裂解液，重悬沉淀，冰上5分钟，期间摇几次。5.4000rpm，离心5分钟，弃上清。6.重复步骤4、5四至五遍，至出现明显白色沉淀。将残余红细胞弃去，留下 白色沉淀。7.用1PBS 3ml洗

5、涤所得沉淀。8.4000rpm，离心5分钟，弃上清。9.每管中加入500l白细胞裂解缓冲液（每小组配制1ml)，重悬细胞，加入 20l proteinase K（20mg/ml），混匀后转移至1.5ml离心管，置55水浴 1小时。,10.加入酚：氯仿500l，混匀后10000rpm，离心5分钟，取上清，至1.5ml离心管，加入氯仿500l，混匀后10000rpm，离心5分钟，取上清至5ml离心管。（两次取上清前用剪刀将枪头尖剪去3mm)11.加入1ml无水乙醇,轻轻混匀可见DNA凝集。12.12000rpm，离心2分钟，弃上清。13.用1ml 70%乙醇洗涤沉淀，12000rpm，离心2分钟，

6、弃上清。14.开盖室温干燥沉淀5分钟。15.加入30l DDW（无菌水）溶解DNA,取10l电泳。16.加入3ml DDW至剩余样品中，测OD260和0D280，计算DNA浓度及OD260/0D280。,染色体DNA的制备方法,琼脂糖凝胶电泳方 法,1.选择合适的电泳仪和水平式电泳槽，调节电泳槽平面至水平，检查稳压电源与正负极的线路。2.将电泳板置于制胶器中或用玻璃胶带封好制胶板两端，防止浇板时出现渗漏。选择孔径大小适宜的点样梳，垂直架在电泳板负极的一端，使点样梳底部电泳板水平面的距离为。3.制备琼脂糖凝胶：按照被分离DNA分子的大小，决定凝胶中琼脂糖的百分含量。称取琼脂糖，溶解在电泳缓冲液中

7、，大电泳槽约160毫升，小电泳槽约35毫升凝胶液，置微波炉或水浴锅中加热，至琼脂糖全部溶化。4.待凝胶溶液冷至50左右时，在凝胶溶液中加入EB（终浓度0.5g/ml），摇匀，轻轻倒入电泳板上，除去气泡。,5待凝胶冷却凝固后（约30分钟），在电泳槽内加入电泳缓冲液，大电泳槽约需1200ml，小电泳槽约180ml。从制胶器取出电泳板，放入电泳槽，然后小心取出点样梳，保持点样孔的完好，去除空内气泡。6待测的DNA样品中，加五分之一体积的溴酚蓝指示剂点样缓冲液（6loading Buffer）。如果待测样品太小要用电泳缓冲液稀释，再加五分之一体积的溴酚蓝指示剂点样缓冲液。如点样体积10l样品与2l溴酚

8、蓝指示剂点样缓冲液，混匀后小心地进行点样，记录点样顺序和点样量。7打开电源，DNA的迁移速度与电压成正比，与琼脂糖含量有关。最高电压不超过5V/cm(大电泳槽不超过200V，小电泳槽不超过150V)。8电泳时间看实验的具体要求而定，在电泳途中可用紫外灯直接观察，DNA各条条带分开后，可以结束电泳。一般20分钟2小时，取电泳凝胶块直接用凝胶成像系统成像和分析。,琼脂糖凝胶电泳方 法,DNA样品的纯化和定量检测方法,1取DNA粗制样品，加入RNase至终浓度10g/l，37 反应0.5小时。2加入酚：氯仿：异戊醇（25：4：1）等体积抽提13次，12000 rpm，离心5分钟,取上清。3加入1/1

9、0倍体积3M NaAc（pH5.2），2倍体积无水乙醇混匀，室温下3060min。415000 rpm，离心10分钟。5DNA沉淀用冰预冷70%乙醇洗1次，开盖37 干燥10min（使乙醇挥发）。6加入30l TE buffer，37 水浴至沉淀溶解。7取10 l DNA 1%琼脂糖凝胶电泳，凝胶成像系统记录和分析结果，估计样品DNA分子量。8取10 l DNA母液稀释至1000ul，在紫外分光光度计上测A260和A280。计算样品DNA浓度，判断样品浓度和DNA纯度。,DNA制备注意事项,1.如要11步中完整的DNA,在12步时，挑出DNA沉淀，用70%乙醇洗涤1-2次。2.步骤2、4、7中

10、要颠倒摇动试管悬浮沉淀，不可用枪头（尤其是没剪去枪头尖端）吹打沉淀。3.步骤10中吸上清枪头使用前必须粗吸头（微量移液枪的 枪头剪去尖端，并用火烧一下，使之圆钝），避免机械 剪切力对DNA链的损伤。4.为了获得高分子量的DNA，操作中必须防止混匀、抽提及 沉淀时剧烈机械震荡造成的DNA的断裂。5.如含有RNA,可用100ng/ml的RNase在37水解半小时。对 于新血液，取ACD或EDTA抗凝，10ml全血中加3.3ml ACD 或1ml EDTA。,电泳注意事项,1.琼脂糖的质量：琼脂糖（agarose）是以质量较好的琼脂作原料制成的。琼脂是由琼脂糖和琼脂胶组成的复合物。琼脂胶是一种含有硫

11、酸根和羟基的多糖。它具有离子交换性质，这种性质将给电泳带来电渗作用的不良影响，因而必须去除干净。所谓琼脂糖的质量不过关就是琼脂糖内含有较高比例的琼脂胶。琼脂糖是一种直链多糖，它由D-半乳糖和3，6-脱水-L-半乳糖的残基交替排列组成的线性多聚糖。由于链状琼脂糖分子相互以氢键交联，因此与琼脂一样能形成凝胶。琼脂糖带有亲水性，不含有带电荷的基因，不引起DNA变性，又不吸附被分离的物质，因此它是一种很好的凝胶剂。,2.DNA分子的迁移率：影响DNA分子在电泳中的迁移率的因素是多方面的，除了决定于DNA分子大小与构型外，还有琼脂糖的浓度、电压大小、缓冲液pH值和电泳时的温度等。为了精确测定其分子量的大

12、小，采用一下措施：(1)每次测定时，要有已知分子量的DNA片段作为标准，进行对照。电泳。(2)选择最合适的电泳条件。(3)提高分子筛效应，降低电荷效应。,电泳注意事项,3.EB染色：EB是核酸的显色剂，使用EB对DNA染色的3种方法：(1)在制胶中与电泳缓冲液中同时加入EB。(2)只在胶中加入EB，在电泳缓冲液中不加。这样可减少操作时双手受EB污染的可能。(3)在电泳结束后，取出凝胶，放在含有EB的电泳缓冲液或DDW中浸染10-30分钟。4溴酚蓝指示剂缓冲溶液的作用：含有50%蔗糖，可增加上样DNA溶液的密度，以确保DNA样品沉入点样孔内，起DNA电泳时的前沿指示剂作用。一般溴酚蓝的电泳迁移位

13、置相当于300400bp双链线状DNA。5点样量太高易产生拖尾与弥散现象，样品迁移速度减慢。点样量太少，分辨不清，影响结果。6EB为强诱变剂，剧毒，操作时要带一次性手套，并在专区间操作。用过的手套要及时将手套顺手翻过来，让有EB的面朝里，有EB的废液和器皿不能随便丢弃，要用专门方法处理后丢弃。,电泳注意事项,DNA定量检测注意事项,测定光吸收值时，用稀释DNA样品的溶液做对照。选择稀释要适当，应在检测范围之内。,思 考 题,实验中影响染色体DNA完整的因素有哪些？如何减少这些因素对完整性的影响？如何判断提取的染色体DNA样品的质量？为了获得清晰的DNA样品电泳图，在琼脂糖凝胶电泳过程中应该注意哪些问题？如何选择测量DNA的合适的稀释倍数？为什么需要对DNA进行纯化？,