生物化学核酸的合成.ppt
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1、核酸的生物合成,第一节 DNA的生物合成第二节 RNA的生物合成第三节 基因工程的简介,DNA是生物遗传的主要物质基础,生物机体的遗传信息以密码的形式编码在DNA分子上,表现为特定的核苷酸排列顺序,并通过DNA的复制由亲代传递给子代。在后代的生长发育过程中,遗传信息自DNA转录给RNA,然后翻译成特异的蛋白质,以执行各种生命功能,使后代表现出与亲代相似的遗传性状。,中 心 法 则,1964-1970 劳氏肉瘤病毒的遗传方式致癌RNA病毒,1958年,遗传信息的单向,中心法则,中心法则总结了生物体内遗传信息的流动规律,揭示遗传的分子基础,不仅使人们对细胞的生长、发育、遗传、变异等生命现象有了更深
2、刻的认识,而且以这方面的理论和技术为基础发展了基因工程,给人类的生产和生活带来了深刻的革命。,中心法则的遗传流向有5条途径 1、DNADNA:DNA复制(以DNA为模板合成DNA)2、RNA RNA:RNA复制(以RNA为模板合成RNA)3、DNA RNA:DNA转录(以DNA为模板合成RNA)4、RNA DNA:反(逆)转录(以RNA为模板合成DNA)5、RNA Protein:翻译,复制:亲代DNA或RNA在一系列酶的作用下,生成与亲代相同的子代DNA或RNA的过程。转录:以DNA为模板,按照碱基配对原则将其所含的遗传信息传给RNA,形成一条与DNA链互补的RNA的过程。翻译:亦叫转译,以
3、mRNA为模板,将mRNA的密码解读成蛋白质的AA顺序的过程。逆转录:以RNA为模板,在逆转录酶的作用下,生成DNA的过程。,第一节 DNA的生物合成,一、DNA的半保留复制二、与DNA复制有关的酶和蛋白质三、DNA的复制过程四、逆转录五、DNA的损伤修复,DNA,双链线状,双链环状,单链线状:动物病毒MVM,单链环状:噬菌体X174,真核细胞染色体DNA,噬菌体T2,T5,T7,P22,E-Coli染色体DNA,线粒体DNA,叶绿体DNA,多瘤病毒DNA,病毒SV40DNA,噬菌体和X174的复制型,回顾DNA的结构特点:,3,5,3,5,一、DNA的半保留复制定义:由亲代DNA生成子代DN
4、A时,每个新形成的子代DNA中,一条链来自亲代DNA,而另一条链则是新合成的,这种复制方式叫半保留复制(semiconservative replication),使E.coli在含有唯一氮源15N(15NH4Cl)的培养基中培养,使得细菌的亲代DNA中含有15N,具有较高的密度。将生长在15NH4Cl培养基的E.coli转移到含有唯一氮源14N(14NH4Cl)培养基中培养。如果DNA是半保留复制,那么E.coli在含有14N氮源介质中复制一轮后分离出的DNA分子应当是14N和15N各占50的杂化分子(一条15N-DNA链和一条14N-DNA链),分子的密度处于14N和15N之间。进行半保留
5、复制第二轮产生的DNA分子中,有一半不含有15N,表现出低密度;另一半是14N和15N各占50的杂化DNA分子,表现出中等密度。通过平衡密度梯度离心,不同密度的DNA分子可以按照它们在铯盐中的浮力彼此分开,密度高的DNA分子出现在离心管的低部,密度最低的出现在离心管的上部,中等密度的位于中部。,DNA的半保留复制实验依据,1958年Meselson&stahl用同位素示踪标记加密度梯度离心技术实验,证明了DNA是采取半保留的方式进行复制.,15N DNA,14N-15N DNA,14N DNA,14N-15N DNA,半保留复制的实验证据:1958年Meselson和Stahl用同位素15N标
6、记大肠杆菌DNA,首先证明了DNA的半保留复制。,DNA的半保留复制的生物学意义:,DNA的半保留复制表明DNA在代谢上的稳定性,保证亲代的遗传信息稳定地传递给后代。,DNA这种复制的稳定性,依靠碱基互补配对和DNA聚合酶对碱基的正确选择和校对来实现。,DNA复制方向,在证明DNA的半保留复制方式后,人们又利用放射性同位素标记的胸腺嘧啶追踪E.coli细胞分裂时新合成的DNA,证实了复制是双向进行的。高倍电子显微镜照片显示DNA复制时,首先要形成一个“泡”,这个“泡”是DNA复制起点处的双链局部解旋。亲代DNA解旋,DNA新链合成的部位象一个“叉子”,又称为复制叉(replication fo
7、rks)。后来的遗传学和生物化学研究证明,复制开始于一个特殊的位置并且是大多是双向进行的,存在着两个复制叉,以同一速度移动直至汇合在终止部位。,DNA复制可以朝一个方向(单向复制,unidirectional),也可以朝两个相反方向进行(双向复制,bidirectional,主要)。,二、与DNA复制有关的酶和蛋白质 原料:四种脱氧核苷三磷酸(dATP、dGTP、dCTP、dTTP)模板:以DNA的两条链为模板链,合成子代DNA。模板的利用方向是35。引物:一小段RNA(或DNA)为引物,在大肠杆菌 中,DNA的合成需要一段RNA链作为引物。,催化因子:?,催化因子1.引物合成酶(引发酶):此
8、酶以DNA为模板合成一段RNA,这段RNA作为合成DNA的引物(Primer)。实质是以DNA为模板的RNA聚合酶。2.DNA聚合酶:以DNA为模板的DNA合成酶,其催化反应的特点(1)以四种脱氧核苷酸三磷酸为底物;(2)反应需要有模板的指导;(3)反应需要有3-OH存在;(4)DNA链的合成方向为5 3,原核生物中的DNA聚合酶 DNA polymetases,DNA聚合酶(DNA pol I):单体酶,多肽链内含一个锌原子,多功能酶。它具有5 3 聚合酶功能;3 5外切酶活性(校对功能);5 3外切酶活性 此多肽链用蛋白酶水解,得两个片段,大片段叫Klenow片段,Klenow片段执行前两
9、种功能,小片段执行后一功能。,DNA聚合酶(DNA pol II):多亚基酶,聚合作用,但聚合活力很低;具有3 5外切酶活性。其它生理功能尚不清楚,可能在修复紫外光引起的DNA损伤中起作用。,DNA聚合酶(DNA pol III):是原核生物DNA复制的主要聚合酶,该酶由10种(22个)亚基组成,其中、形成全酶的核心酶。具有53DNA聚合酶活性(亚基,速率高);具有3 5外切酶(亚基)的校对功能,提高DNA复制的保真性;还具有5 3外切酶活性(4)DNA聚合酶IV和V:1999年发现,当DNA严重损伤时,诱导产生。,DNA聚合酶 DNA聚合酶 DNA聚合酶 亚基数目 1(单体酶)1(多亚基酶)
10、1(多亚基酶)5 3聚合活性+中+很低+很高3 5外切活性+(保护DNA复制的忠实性fidelity)5 3外切活性+-+,主要是对DNA损伤的修复;以及在DNA复制时切除RNA引物并填补其留下的空隙。,修复紫外光引起的DNA损伤,DNA 复制的主要聚合酶,还具有3-5 外切酶的校对功能,提高DNA复制的保真性,三种DNA聚合酶都具有校正活性,即它们都具有35外切酶活性,可以将错配的核苷酸切去,再将正确的填上。这一功能对于DNA合成的稳定性,保真性具有非常重要的意义。,在真核细胞内有五种DNA聚合酶(与细菌DNA聚合酶的性质基本相同:底物、模板、引物、方向)定位 细胞核 细胞核 线粒体 细胞核
11、 细胞核3-5外切-+酶活性功能,引物 合成,修复作用,线粒体DNA的复制,核DNA的复制,修复作用,3.DNA连接酶Ligase(1967年发现):若双链DNA中一条链有切口,一端是3-OH,另一端是5-磷酸基,连接酶可催化这两端形成磷酸二酯键,而使切口连接。,大肠杆菌和其它细菌的DNA连接酶要求NAD+提供能量,在高等生物和噬菌体中,则要求ATP提供能量。T4噬菌体的DNA连接酶不仅能在模板链上连接DNA和DNA链之间的切口,而且能连接无单链粘性末端的平头双链DNA。,连接酶的反应机制:酶+NAD+(ATP)酶-AMP+烟酰胺单核苷酸(PPi)酶-AMP+P-5-DNA 酶+AMP-P-5
12、-DNADNA-3-OH+AMP-P-5-DNA DNA-3-O-P-5-DNA+AMPDNA连接酶在DNA复制、损伤修复、重组等过程中起重要作用作用,4.拓扑异构酶(topoisomerase-Top):催化DNA的拓扑连环数(L)发生变化的酶,在DNA重组修复和其他转变方面起重要作用。除连环数不同外其它性质均相同的DNA分子称为拓扑异构体,引起拓扑异构体反应的酶称为拓扑异构酶,作用 解开DNA的超螺旋结构,拓扑异构酶:(转环酶):在DNA的特定部位将双链中的一条切开,使链的末端沿螺旋轴松解的方向转动,然后将切口封闭,使负超螺旋数减少(不需要ATP供能),每作用一次可使L值增加1。,拓扑异构
13、酶:(旋转酶):将DNA特定部位的两条链均切开并连接,使DNA分子去除正超螺旋,引入负超螺旋(需要ATP供能),每作用一次可使L值减少2。二者共同控制DNA的拓扑结构。,5、解螺旋酶(解链酶DNA helicase):通过水解ATP将DNA两条链打开。E.coli中的Rep蛋白就是解螺旋酶,还有解螺旋酶I、II、III。,Rep蛋白沿3 5移动,解螺旋酶I、II、III沿5 3移动。,6.其它蛋白因子:,单链结合蛋白(SSB-single-strand binding protein):SSBP与解开的单链牢固结合,防治它们再接触并重新结成碱基对;同时也可避免核酸酶对单链DNA的水解,使正在复
14、制中的DNA模板链得到保护。,引发前体:它由多种蛋白质dnaA、dnaB、dnaC、n、n、n和 i 组成。引发前体再与引发酶组装成引发体(primosome)。引发体可以沿模板链移动,具有识别合成起始位点的功能,移动到一定位置上即可引发RNA引物的合成。移动和引发均需要ATP提供能量,n蛋白具有ATP酶的活力。引发体的移动与复制叉移动的方向相同,与冈崎片段的合成方向相反。引发酶(Primase)实质是-RNA聚合酶,三、DNA的复制过程:(以大肠杆菌为例)双链的解开 RNA引物的合成 DNA链的延伸 切除RNA引物,填补缺口,连接相邻的DNA片段,1、双链的解开,一些概念:DNA的复制有特定
15、的起始位点,叫做复制原点。常用oriC表示。oriC区序列包含两个主要重复单位-9碱基对重复序列(4个拷贝)和富含A-T碱基对的重复区(3个拷贝),是多种蛋白的结合位点大肠杆菌染色体DNA以及真核生物的细胞器DNA为双链环状,只有一个复制原点,而真核生物染色体DNA是线性双链分子,含有许多复制起点。从复制原点到终点,组成一个复制单位,叫复制子(基因组独立进行复制的单位)。,复制原点由DnaA蛋白识别,在原点由DnaB蛋白(解螺旋酶)将双螺旋解开成单链状态,分别作为模板,合成其互补链(DNA双链的解开还需DNA拓扑异构酶、SSB),在原点处形成一个眼状结构,叫复制眼。DNA复制进行时,在眼的两侧
16、出现两个叉子状的生长点(growth point),叫复制叉(replication forks)。在复制叉上分布着各种与复制有关的酶和蛋白因子,它们构成的复合物称为复制体(replisome),DNA的双向复制,(1)复制的起始,互相缠绕的双链母本DNA,复制从特定的位置(复制原点OriC or O)开始,该位置常是富含A、T区段。,DNA解螺旋酶(DnaB)打开局部双链,SSBP与每条单链结合,稳定单链并防止DNA复性;然后在DNA旋转酶(TOP)的作用下,使螺旋DNA局部变成松弛态。,起始因子、引物酶、DNA聚合酶等随后结合,,引发体在复制叉上移动,DnaB蛋白活化引物合成酶,引发RNA
17、引物的合成。领头链先引发开始合成,以原来一条DNA单链为模板(3 5),按5 3的方向合成一段RNA引物链。领头链开始合成后,后随链也开始合成其引物。引物长度约为几个至10个核苷酸,在引物的5端含3个磷酸残基(引物酶的底物是核苷三磷酸),3端为游离的-OH。,(2)RNA引物的合成,领头链(leading strand),后随链(lagging strand),5,3,5,3,在DNA聚合酶的催化下,以四种脱氧核糖核苷5-三磷酸为底物,在RNA引物的3端以磷酸二酯键连接上脱氧核糖核苷酸并释放出焦磷酸。DNA链的延伸同时进行,领头链和后随链两条链的合成方向相反。,(3)DNA链的延伸,领头链在D
18、NA复制时,合成方向与复制叉移动的方向一致并连续合成的链。随后链在DNA复制时,合成方向与复制叉移动的方向相反,形成许多不连续的片段,最后再连成一条完整的DNA链。半不连续复制在DNA复制时,领头链是连续合成的,而随后链的合成是不连续的,这种复制方式称为半不连续复制。,半不连续复制的发现(1968):同位素实验,3H标记dT 短时间内检测为DNA小片段,片段的长度为10002000核苷酸残基,后来称为岗崎片段 一段时间后 检测到 DNA大片段。当用DNA连接酶的变异株时,检测到大量小DNA片段的积累。证明DNA复制中有小片段合成。,冈崎片段(Okazaki fragments)在DNA复制过程
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