分子标记分析印度与.ppt

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1、Diversity and genetic differentiation among populations of Indian and Kenyan tea(Camellia sinensis(L.)O.Kuntze)revealed by AFLP markers利用 AFLP 分子標記分析印度與 肯亞茶樹族群的歧異度與遺傳分化,書報研讀,作者：S.Paul,F.N.Wachira,W.Powell,R.Waugh出處：Theor Appl Genet(1997)94:255263指導老師：王裕文 老師報告學生：蔡依真,茶樹遺傳種源的收集,印度,產生的疑問,那目前肯亞的茶樹族群也是從印度

2、培育的茶樹源起的嗎？,重要茶樹栽培地區,印度 肯亞,作者基本想法,1995年,1996年,茶樹分類,非洲,肯亞,印度,中國,分類產生的問題,以型態、農藝性狀為分類標準,利用分子標記解決,利用生化及分子上的技術來分析這些遺傳上的歧異,利用AFLP分子標記,除了利用AFLP來研究茶樹族群間與族群內的遺傳變異外。我們再次利用AFLP分子標記 來確認茶樹族群的分類,為什麼採用AFLP分析,RFLP,RFLPRestriction Fragment Length Polymorphism,探針尋找,RAPD Random Amplified Polymorphic DNA,AFLP Amplified

3、Fragment Length Polymorphism,實驗驗證AFLP,1997年數個歐洲分生實驗室,參與比較的分子標幟包括 RAPD、AFLP與SSR,AFLP的重現性最高,AFLP 每次分析可偵測到的基因座數目也較多,植物材料,1.Dhoedham 阿薩姆型2.T-253 中國型3.TV9阿薩姆型4.Sundaram阿薩姆型5.P-312中國型6.Samsingh中國型7.Kangra Asha(KVK-1)中國型8.Kangra Jwala(KVK-3)阿薩姆9.M-6 中國型10.M-18 中國型11.M-51 中國型12.M-93 中國型13.C-33中國型14.C-37 中國型

4、15.C-124 中國型,由印度茶葉試驗所收集而來,植物材料,由肯亞茶葉研究機構收集來,16.382/1阿薩姆17.D99/10 阿薩姆18.301/2 高棉型19.301/3高棉型20.6/8 阿薩姆21.7/9中國型22.56/89 中國型23.4/28中國型24.14/1中國型25.K/Purple 中國型26.SFS 150 阿薩姆27.430/43 阿薩姆28.BB7 阿薩姆29.BB21 阿薩姆30.BB35 阿薩姆31.TN 14/3 中國型32.471/15 阿薩姆,實驗步驟,萃取參試茶樹葉片之DNA,實驗步驟,遺傳歧異度,阿薩姆與中國型都顯出族群內含高度遺傳變異,Shanno

5、n基因型歧異度指數Ho=i1ni,遺傳歧異度,兩個族群都顯示出有高度的族群內變異,遺傳歧異度,Hpop=1/nHo 此為n個族群間的平均歧異度Hsp=1n此為考慮全部族群基因型頻度的歧異度族群內歧異度估值為Hpop/Hsp族群間歧異度估值為(Hsp-Hpop)/Hsp,遺傳歧異度,比較印度與肯亞茶樹族群,遺傳歧異度,分為中國、阿薩姆和高棉型族群,遺傳歧異度,遺傳歧異度結論,單獨看各個族群：,計算出的肯亞茶樹族群內的歧異度與對印度族群做的觀察非常相似,利用歧異度可以選擇出較正確的分群方法,比較族群間的歧異度：,印度族群內比較：0.410.85,利用相似度表示,肯亞族群內比較：0.350.96,印度與肯亞茶樹比較：0.350.87,親緣樹狀圖分群,阿薩姆型,中國型,高棉型,主成分多變量分析,Kangra Valley 地區,Kangra Jwala,Kangra Asha,結論,在主成分多變量分析座標圖中從肯亞和印度來的阿薩姆品系 以及中國品系都很靠近在一起,結論,總結,AFLP分子標記快速、重現性高、偵測得基因座數目多,遺傳歧異度的分析,品種鑑定,謝謝大家,