生物的化学组成及沉积有机质.ppt
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1、,第二章 生物的化学组成及沉积有机质,一、生物圈的演变 二、有机碳的地球化学循环 三、生物有机质的化学组成四、沉积有机质的形成五、沉积有机质的埋藏与演化,一、生物圈的演变,1、生物的进化,从异养生物(heterotroph)到自养生物(autotroph)和从无氧呼吸到有氧呼吸的进化,从原核生物到真核生物、从无性生殖到有性生殖的进化,动植物的分化:最早的动物出现在1000Ma前,奥陶纪,陆地淡水出现原始鱼形动物;志留纪,陆生高等植物;泥盆纪,陆生植物大规模繁殖,人类的起源:开始了生命史的最辉煌的篇章,叶绿素,通过叶绿素和取之不尽的太阳能将二氧化碳和水转化成有机物,有氧呼吸比无氧(发酵)呼吸的效
2、率高19倍,提高了生物新陈代谢的效能。,简单,复杂,单一,多样,高级,低级,这是生物区系和生态系统的最大演化。从此确立了生物三极系统(动、植、菌)。进入古生代,动植物化石剧增达1200种。,这是生物从简单到复杂的转折点。一切高等多细胞生物都以真核细胞为基本单元。有性生殖的出现,大大提高了生物的变异性和适应性。,2、地史时期的沉积有机质来源,浮游植物(phytoplankton):可能是有机质的第一来源,高等植物:提供的有机质与细菌相当,细菌:可能是有机质的第二大来源,浮游动物(Zooplankton):浮游动物为主的低等水生生物是有机质的重要来源,陆地高等植物始于志留纪。中泥盆世经历了一个爆炸
3、性的发展,到晚石炭世,以蕨类植物为主的陆生植物群达到高峰,形成世界第一大成煤期,晚二叠世早白垩世称为“裸子植物”时代,以后迅速进入“被子植物”时代,适应性强的被子植物的繁衍是植物界最重要的变革。,寒武纪以后,以浮游动物为主的低等水生动物才成为重要的有机质来源。而高动物提供有机质始终非常有限。,以浮游植物为食,因而浮游动物高产期往往紧接浮游植物高产期而出现。,在生理方面具有巨大的应变性,存在于生命的整个地史时期,并遍及生物圈的任何地方。,浮游植物的4个高产期:,前寒武纪晚期-早泥盆世,盛产具有机壁的生物。,晚古新世-始新世。,中新世达到高峰,其它时期产量较低。,晚侏罗世-白垩纪,盛产钙质、硅质浮
4、游生物。,第三纪,晚第三纪,早第三纪,上新世,中新世,渐新世,始新世,古新世,在地质历史中,化石浮游植物群和总浮游植物群丰度变化,蓝绿藻,绿藻,陆地植物的演化过程,细菌,蓝绿藻,鞭毛虫或其它单细胞生物,霉菌,第二章 生物的化学组成及沉积有机质,一、生物圈的演变 二、有机碳的地球化学循环三、生物有机质的化学组成四、沉积有机质的形成五、沉积有机质的埋藏与演化,二、有机碳的地球化学循环,有机圈及有机碳的地化循环,有机圈指地球上古今生物以及生物为来源的有机物分布、演变的空间。,生物圈指地球上活的生物 分布、发育的空间。,有机圈的范围大于生物圈,所有有机物都是碳化物,研究有机物的演化过程,一定意义上就是
5、研究碳的演化、分布和循环的过程。,交换库,有机圈,岩石圈,生物圈,储,存库,在有机圈中有机碳循环示意图,石油、天然气,变质沉积岩中的有机质,沉积岩中的有机物、煤、干酪根等,土壤、沉积物中有机物;出露、开采至地表的有机物,死亡的动植物细菌,动物,光合作用植物和细菌,CO2,二氧化碳的循环过程和途径(Tissot,1978),第二章 生物的化学组成及沉积有机质,一、生物圈的演变 二、有机碳的地球化学循环 三、生物有机质的化学组成四、沉积有机质的形成五、沉积有机质的埋藏与演化,三、生物有机质的化学组成,生物体是沉积有机质的原始母质,生物,植物,动物,微生物,生物体生物化学组成,主要,次要,蛋白质,脂
6、类,碳水化合物,核酸,酶,木质素,色素,维生素,丹宁与树脂,碳水化合物又称糖类。分子通式Cn(H2O)n。它是含多羟基的醛类或酮类以及由它们聚合而成的高分子化合物。其基本的组成单元为:葡萄糖。,碳水化合物是分布极广的有机物,是光合作用的产物,它将太阳能储存于生物体内,为生物的生命活动提供了基本能量,构成某些动植物的支撑组织。,动物,糖,细菌,植物,糖占干重的80%,糖占干重的1030%,动物器官:糖占干重的2%,1、碳水化合物,糖,单糖,低聚糖(210单糖分子),多糖(10个以上),地球化学意义,单糖,低聚糖,多糖,易溶于水,地质体中保存甚微。,上千个单糖以糖苷键的形式相连成高聚体。不易溶于水
7、。,植物的骨架(半)纤维素最具地球化学意义,多糖,昆虫的甲壳、植物的树胶等,植物储存的养分淀粉,动物体内储存的养分糖原,纤维素是一种复杂的多糖,其分子量在50000400000之间。占植物界含碳量的50%以上。棉花(90%以上),几丁质,甲壳质,纤维素不溶于水。,葡萄糖,酸、微生物酶作用发生水解,Cx(H2O)y,纤维素 纤维素糊精 纤维式糖,水解,水解,水解,纤维素,葡萄糖,淀粉的结构,糖,单糖,低聚糖(210单糖分子),多糖(10个以上),地球化学意义,单糖,低聚糖,多糖,易溶于水,地质体中保存甚微。,上千个单糖以糖苷键的形式相连成高聚体。不易溶于水。,植物的骨架(半)纤维素最具地球化学意
8、义,多糖,昆虫的甲壳、植物的树胶等,植物储存的养分淀粉,动物体内储存的养分糖原,纤维素是一种复杂的多糖,其分子量在50000400000之间。占植物界含碳量的50%以上。棉花(90%以上),几丁质,甲壳质,纤维素不溶于水。,葡萄糖,酸、微生物酶作用发生水解,Cx(H2O)y,动物和植物支撑组织中的大分子碳水化合物衍生物(即纤维素、果胶、藻酸和几丁质),OH-基,分子量,小,大,几丁质,藻酸,果胶,纤维素,甘油,棕榈酸,脂肪,动植物的中油脂是最重要的脂类。油脂大量分布于动物的皮下组织、植物的孢子、种子合果实中。细菌和藻类也含有丰富的脂类。,脂类是构成生物膜的重要物质,并为机体的新陈代谢提供必要的
9、能量。,2、脂 类,沥青和烃类也具有脂类的特点,因此有人将其归入脂类,注意,特点,不溶于水,易溶于乙醚、氯仿、苯等低极性的有机溶剂,脂类,脂类化合物,类脂化合物,油溶性染料、萜烯类化合物、甾化合物类及磷脂等,脂肪、植物油、高级脂肪酸蜡、脂肪酸、醇类及天然蜡等,真脂,地球化学意义,脂类,脂类酸,脂肪不稳定,水解成脂肪酸,脂肪酸稳定,低温缺氧环境易保存,动物,植物,土壤,沉积岩,沉积物,地下水,分布,细菌,脂类酸,饱和脂类酸,不饱和脂类酸,硬脂酸,软脂酸,油酸,亚油酸,(1)脂肪酸,多数链长1420个碳原子,均为偶数,不饱和脂类酸的熔点比同等链长的饱和脂类酸熔点低,高等植物、藻类和低温生活的动物中
10、,不饱和脂肪酸的含量高于饱和脂肪酸,油不饱和脂类酸含量较高的甘油酯在常温下呈液态,称为油(oil),脂饱和脂类酸含量较高的酯在常温下呈固态,称为脂(fat),高等植物中不饱和脂肪酸约占脂肪酸的78%,藻类不饱和脂肪酸约占脂肪酸的73%88%,鱼类饱和脂肪酸约占脂肪酸总量的66%,不同种类的生物含有不同类型的脂肪酸,植物1622、16、18为主,藻类16、18为主,动物16、18、14为主,细菌所含的脂肪酸种类比高等动植物少的多,在植物类脂中还广泛存在一些含量少的脂肪酸,如6、8、10、22、24烷酸;16:1、16:3、20:4、20:6等烯烃,碳数,蜡是不溶于水的固体,它是高级脂肪酸与高级一
11、元醇或甾醇形成的脂,包括长链烷烃,蜡是原油中高碳数正构烷烃的主要来源,O,O,R,C,(高级脂肪酸),(甾醇),蜡的结构,(2)蜡,在皮肤、羽毛、树叶、果实表面以及昆虫的外骨骼,防止水分过度蒸发。,(3)萜类化合物,生物合成的一个重要方式就是异戊二烯单元的聚合反应。,凡是含有成倍的C5单元的天然生物产物,通常就是整数个异戊二烯单元的连接。,异戊二烯单元中因为存在共轭双键,可以连接成环状,形成种类繁多的化合物。,根据异戊二烯单元的数目对萜类的分类,环状的萜:双环、三环、五环等,单萜主要出现在高等植物香精油中的单萜柠檬油、松节油、樟脑中有丰富的单萜。单萜为挥发性物质不易保存在地质体中。,玫瑰油,香
12、叶烯,香茅醇,非兰醛,香芹酮,萜品烯,法呢醇结构,链状,单环和双环的倍半萜广泛存在与高等植物中。如链状的法呢醇就含在玫瑰油,茉莉花油中。,倍半萜:,高等植物中普遍生物化学成分,叶绿素的侧基,植物的树脂,叶绿醇,松香酸,COOH,几种重要的双萜,海松酸,COOH,HO,三萜类是环状异戊二烯类中非常重要的一类。大部分三萜类为五环化合物,有的是五个六元环,有的是四个五元环和一个六元环。它们共同的生化先质体是自然界中广泛分布的角鲨烯。酵母、鲨鱼肝油中都含有。,C30H50,绝大部分都分布在高等植物中,角鲨烯及其衍生物的重要五环三萜类,角鲨烯,奥利烷型,乌索烷型,羽扇烷型,甾族化合物前生,C30四膜虫醇
13、(原生动物)伽码蜡烷系列,活有机体中主要的三萜是化石三萜类的质体,四萜,是重要的色素,特点:含有较长的碳碳共轭双键体系,在链端有一个或两个六元环。多带由黄至红的颜色,葫萝卜素、番茄红素、和叶黄素。它们广泛分布于植物的叶、花、果实中,动物的乳汁和脂肪中也有。,几种重要的四萜,叶黄素,番茄红素,(4)甾族化合物,又称为类固醇化合物,特点:含有一个由4个环组成环戊稠全氢化菲(甾环)。这类化合物在A、B环之间和C、D环之间都有一个甲基(R1,R 2),角甲基,烷基侧链,甾族化合物的4个环,两两之间可以顺位或反位稠合。环上有取代基时,还可以产生新的手征碳原子。因此,甾族化合物立体异构体很多,立体化学十分
14、复杂。,R1,R3,R2,A,C,B,D,甾族化合物骨架平面图,A,B,C,D,A,B,C,D,A,B,C,D,CH3,CH3,R,4,3,2,1,15,14,12,11,8,7,6,5,17,16,10,13,9,C、D反式,R,CH3,CH3,A,B,C,D,A、B顺式,甾族化合物构型,A、B反式,A、B顺式,反式为胆甾烷构型,顺式为粪甾烷构型,自然界的甾烷B与C都是反式稠合;C与D大多是反位。,C、D顺式,甾族化合物的结构分类,甾醇,甾族激素,胆汁酸,天然甾醇在C3位上含有羟基,D环上带烷基侧链R3,甾族生物硷,C27,胆甾醇(动物、植物),自然界重要的甾族化合物结构,甲基已经消失,(5
15、)生物烃,烃,开链烃,闭链烃,二烯烃,烯烃,烷烃,炔烃,脂肪烃,环烃,芳烃,脂环烃,异构烷烃,正构烷烃,碳原子连接成闭合的碳环,生物烃,异戊二烯烃,支链烷烃和烯烃,直链烷烃,芳香烃,一般指头尾规则相连的开链饱和异戊二烯烃,生物合成的正构烷烃具有明显的奇偶优势,生物烃的一个特征是异构烃中主要为2-甲基异构烷烃和3-甲基反异构烃,两者总和可达石蜡烃的3040%。高等植物:碳数多为2531,具奇偶优势;微生物:碳数多为2030,无奇偶优势。海相浮游植物含烯烃超过饱和烃,碳数为1521,淡水藻以C29、C31、C33烃为主。,烃类中芳烃仅次于烷烃,不同生物体内脂类和烃含量,C15,C16,C18,C1
16、9,C20,在古代沉积物和原油中规则异戊间二烯化合物烃类的主要分子,头头连接型,尾尾连接型,葡萄藻烷(丛粒藻烷),褐藻,褐藻和绿藻,浮游生物,沉积的浮游生物,大麦,玉米,藻类和某些高等植物的正构烷烃分布图,后峰型原油饱和烃色谱特征,前峰型原油饱和烃色谱特征,双峰型原油饱和烃色谱特征,陆源植物,细菌,海藻,每个分子的碳原子数,不同成因正构烷烃碳数分布图,0,30,20,10,40,碳 数,碳 数,碳 数,碳 数,碳 数,碳 数,低成熟烃源岩正构烷烃碳数分布特征,峰值,峰值,峰值,峰值,峰值,峰值,芳 烃,烃类中芳烃仅次于烷烃,芳烃的碳氢比大于烷烃,生物体中木质素、丹宁含有含有芳环结构,甾萜类、树
17、脂、色素化合物中也存在芳环。,游离的芳烃生物体中极为罕见,几种常见的聚环芳烃,萘,蒽,菲,萤蒽,芘,北,屈,匹,(pi),(6)树 脂,树脂是萜类的混合物,分子量大小从C15倍半萜C40的四萜,主要为双萜和三萜的衍生物,天然树脂中的主要成分,贝壳松酸,信息酸,松香酸,COOH,COOH,COOH,COOH,生物,植物,动物,微生物,生物体生物化学组成,主要,次要,蛋白质,脂类,碳水化合物,核酸,酶,木质素,色素,维生素,丹宁与树脂,借肽键首尾相连而成分子量:60001000000以上,含氮量平均16%。分子量6000以下称之为肽。蛋白质分解后可形成氨基酸,氨基酸对石油的形成有一定的意义。,蛋白
18、质结构示意图,N,H,H,H,R1,N,N,N,R3,R2,R4,H,H,N,H,H,H,H,C,O,C,C,C,C,O,C,O,C,C,O,3、蛋白质,氨基酸,氨基,羧基,氨基酸是既包含有酸基又包含有碱基的两性物质。稳定性高,熔点200300度。氨基酸同时脱去氨基和羧基就能形成烃类。这些烃类大部分为C1C7。,烃,氨基酸分子结构图,CH3,CH2,CH2,CH2,CH3,CH,COOH,COOH,COOH,CH2,H,NH2,NH2,NH2,CH,CH2,NH2,COOH,C,R,碱基氨基酸:氨基羧基酸基氨基酸:氨基羧基,酶,酶蛋白结构同蛋白质相似。,酶是是生物催化剂,酶的作用具有高度专一性
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