第03章蛋白质的结构与功能.ppt
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1、第三章 蛋白质的结构与功能,第一节 蛋白质的生物学功能与分类 第二节 蛋白质的化学组成第三节 肽第四节 蛋白质的分子结构 第五节 蛋白质结构与功能的关系第六节 蛋白质的理化性质,(Structure and Function of Protein),定义:,蛋白质是由许多不同的氨基酸通过肽键缩合而成的生物大分子。蛋白质是信息大分子,是DNA的遗传信息的体现者。在生命活动过程中发挥了极其重要的作用。,第一节 蛋白质的生物学功能与分类,1.蛋白质是生物体重要组成成分分布广:所有器官、组织都含有蛋白质;细胞的各个部分都含有蛋白质。含量高:蛋白质是细胞内最丰富的有机分子,占人体干重的45,某些组织含量
2、更高,例如脾、肺及横纹肌等高达80。,一、蛋白质的生物学意义,1)作为生物催化剂(酶)2)代谢调节作用3)物质的转运4)参与细胞间信息传递5)运动作用6)免疫保护作用7)营养与贮存8)保护与支持,2.蛋白质具有重要的生物学功能,3.氧化供能,二、蛋白质的分类,*根据蛋白质组成成分,*根据蛋白质形状,单纯蛋白质按溶解度分类,结合蛋白质按化学成分分类,第二节 蛋白质的化学组成,一、蛋白质的元素组成主要有碳(50%55%)氢(6%8%)氧(20%23%)氮(15%17%)硫(0.3%4%)有些蛋白质还含有少量磷、硒或金属元素铁、铜、锌、锰、钴、钼等,个别蛋白质还含有碘。,各种蛋白质的含氮量很接近,平
3、均为16。,由于体内的含氮物质以蛋白质为主,因此,只要测定生物样品中的含氮量,就可以根据以下公式推算出蛋白质的大致含量:,100克样品中蛋白质的含量(g%)=每克样品含氮克数 6.25100,1/16%,蛋白质元素组成的特点,二、氨基酸,蛋白质是高分子化合物,可以受酸、碱或蛋白酶作用彻底水解,最终产生各种氨基酸。因此,蛋白质的基本组成单位为氨基酸(一)氨基酸分类 1、常见氨基酸基本结构与构型 组成蛋白质的20种常见氨基酸都是-氨基酸(脯氨酸为-亚氨基酸)。除脯氨酸外,其余氨基酸可以用下面的结构通式表示。,H R C COOH NH2共同的结构,即:一个羧基(-COOH)、一个氨基(-NH2)和
4、一个氢原子与碳原子相连,结构的差异表现在R基的不同。除甘氨酸(R为H)外,其他氨基酸的碳原子都是手性碳原子,故具有旋光异构现象,存在L-型和D-型两种异构体,组成天然蛋白质的氨基酸均为L-型 COOH COOH NH2 C H H C NH2 R R L-a-氨基酸 D-a-氨基酸,常见氨基酸的分类原则:20种常见氨基酸根据R侧链极性和带电荷的不同,可将氨基酸分为四类。优点:有利于反映不同氨基酸在蛋白质中可能发挥的作用。,非极性R基氨基酸,色氨酸 tryptophan Try W 5.89,丙氨酸 alanine Ala A 6.00,缬氨酸 valine Val V 5.96,亮氨酸 leu
5、cine Leu L 5.98,异亮氨酸 isoleucine Ile I 6.02,苯丙氨酸 phenylalanine Phe F 5.48,蛋氨酸 methionine Met M 5.74,脯氨酸 proline Pro P 6.30,天冬酰胺 asparagine Asn N 5.41,谷氨酰胺 glutamine Gln Q 5.65,苏氨酸 threonine Thr T 5.60,极性中性R基氨基酸,甘氨酸 glycine Gly G 5.97,天冬氨酸 aspartic acid Asp D 2.97,谷氨酸 glutamic acid Glu E 3.22,赖氨酸 lysi
6、ne Lys K 9.74,精氨酸 arginine Arg R 10.76,组氨酸 histidine His H 7.59,酸性氨基酸,碱性氨基酸,非极性氨基酸 其侧链为烃基、吲哚环或甲硫基等非极性疏水基团,共有8种。不带电荷的极性氨基酸 其侧链上有羟基、巯基或酰胺基等极性基团,这些基团有亲水性,在水溶液中不带电荷碱性氨基酸 侧链上有氨基、胍基或咪唑基,在水溶液中能结合H+而带正电荷。酸性氨基酸 侧链上有羧基,在水溶液中能释放H+而带负电荷。,2、稀有氨基酸,4-羟脯氨酸,胱氨酸,蛋白质中含量较少的氨基酸。,3、非蛋白质的氨基酸,不参与蛋白质的组成,而是以游离的状态存在于生物体之中。,(二
7、)氨基酸的理化性质,1.紫外吸收,色氨酸、酪氨酸的最大吸收峰在 280 nm 附近。苯丙氨酸的最大吸收峰为260nm,大多数蛋白质含有这些氨基酸残基,测定蛋白质溶液280nm的光吸收值是分析溶液蛋白质含量的快捷的方法。,芳香族氨基酸的紫外吸收,2.两性解离及等电点,氨基酸是两性电解质,其解离程度取决于所处溶液的酸碱度。,等电点(isoelectric point,pI)在某一pH的溶液中,氨基酸解离成阳离子和阴离子的趋势及程度相等,成为兼性离子,呈电中性。此时溶液的pH值称为该氨基酸的等电点。,3、茚三酮反应(ninhydrin reaction),氨基酸与茚三酮水合物共热,可生成蓝紫色化合物
8、,其最大吸收峰在570nm处。可作为氨基酸定量分析方法。,4、Sanger反应,与2,4二硝基氟苯(DNFB)反应生成相应的DNP-氨基酸(黄色)应用:该反应常用于多肽链或蛋白质的N端氨基酸的分析。,5、Edman反应,一、基本概念肽:是由氨基酸通过肽键缩合而形成的化合物。肽键:一个Aa的-羧基与另一个氨基酸分子的-氨基缩合脱掉一分子的H2O而形成的化学键叫肽键(酰胺键),第三节 肽,*两分子氨基酸缩合形成二肽,三分子氨基酸缩合则形成三肽,*多肽链:许多Aa残基通过肽键彼此连接而成的链状多肽,*由几个到十几个氨基酸相连而成的肽称为寡肽(oligopeptide),由更多的氨基酸相连形成的肽称多
9、肽(polypeptide)。,氨基酸残基(residue):肽链中的氨基酸分子因为脱水缩合而成为不完整的分子形式。主链骨架(main chain backbone)由许多氨基酸残基通过肽键连接而成的长链,不包括侧链R。N末端 肽链中有游离的氨基的一端。写在肽链的左边C末端 肽链中有游离的羧基的一端。写在肽链的右边,牛核糖核酸酶,肽单位与二面角肽单位(piptide unit)是主链骨架的重复单位,C-CONHC。肽平面:肽单位上的六个原子都位于同一个刚性平面称肽平面。,结构特点1、肽键具有双键性质,不能自由旋转2、肽单位6个原子位于同一个刚性平面,酰胺平面3、方式排布:C=O与NH或者CaC
10、与Ca N4、一定的键长和键角,二面角:二面角决定多肽链主链置架的构象,二、几种生物活性肽,概念,生物体内很多以游离状态存在,相对分子质量小于6000,在构象上较松弛、并且具有多种生物学功能的小肽。,GSH过氧化物酶,GSH还原酶,NADPH+H+,NADP+,1.谷胱甘肽(glutathione,GSH),体内许多激素属寡肽或多肽,神经肽(neuropeptide),2.多肽类激素及神经肽,一、概述蛋白质分子是指蛋白质中具有完整生物功能的最小结构单位。构象与构型 构型是指在具有相同分子式的立体异构体中取代基团在空间的相对取向。构型的改变需要共价键的变化。构象是指具有相同结构式和相同构型的分子
11、在空间里可能的多种形态。是由单键的旋转而产生的。,第四节 蛋白质的分子结构,研究蛋白质分子构象的主要方法X射线衍射技术 测定晶体蛋白质分子构象。光谱技术 测定溶液中蛋白质分子构象。包括紫外光谱、荧光光谱、核磁共振。,蛋白质分子的结构层次一级结构(多肽链Aa排列顺序)二级结构(多肽链主链骨架的局部空间结构)超二级结构(二级结构单位的集合体)结构域(structural domain二级结构或超 二级结构形成相对独立的区域)三级结构(一条多肽链所有原子的空间排布)四级结构(亚基缔合而成),二、蛋白质的一级结构(primary structure)(一)、概念蛋白质的一级结构是指多肽链中各种氨基酸残
12、基的排列顺序,即氨基酸序列。,主要的化学键肽键,有些蛋白质还包括二硫键。,一级结构是蛋白质的基本结构,是空间结构的基础,是在分子水平上阐述蛋白质结构与其功能关系的基础。,(二)多肽链的氨基酸序列分析,1、测序前的准备 测定蛋白质的分子量及氨基酸组成 N端分析以确定蛋白质的多肽链数目 断裂二硫键 分离单一多肽链2、多肽链的氨基酸序列测定和重叠组合 对多肽链进行限制性水解成小片段 Edman降解法进行小片段肽段的序列分析 对各片段序列进行比较叠加,拼出完整的 多肽序列 确定二硫键的位置,三、蛋白质二级结构(secondary structure),定义 是指多肽链主链骨架中局部空间结构,不包括侧链
13、的构象。,-螺旋(-helix)-折叠(-pleated sheet)-转角(-turn)无规卷曲(random coil),二级结构的基本形式,主要化学键 氢键,1、-螺旋 指多肽链中肽平面通过-碳原子的相对旋转,沿长轴方向,按规律盘绕形成的一种紧密螺旋构象,又称3.613-螺旋 特点a、沿中心轴一圈一圈地上升,形成一个螺旋式的构象。每一圈包括3.6个氨基酸残基,非整数,螺距0.54nm。,b、两个螺旋之间形成链内氢键,羰基氧与其前第三个肽平面氨基上的氢生成氢键,氢键封闭环内有13个原子,-螺旋仅靠氢键维持。c、R侧链,位于-螺旋的外侧,对螺旋的形成与稳定有较大影响。d、有右手螺旋和左手螺旋
14、之分,蛋白质中几乎都是右手螺旋。,2、-折叠-折叠股:多肽链中一段较伸展的周期性折叠成的锯齿形的主链构象。-折叠片:两条-折叠股彼此平行排列,以氢键相连,从而形成-折叠片。R基团交错伸向锯齿状结构的上下方。有顺向平行和逆向平行两种。,3、-转角 一条多肽链的主链发生180的转弯,这种回折角处就是-转角。由4个氨基酸残基构成,由第一个肽单位的羧基碳上的氧与第三个肽单位氨基上的氢生成氢键。,型 稳定 型 不稳定,4、无规卷曲 主链骨架某些片段中,大多数的二面角(、)都不相同,其构象不规则。,四、超二级结构和结构域,超二级结构 在蛋白质中,相邻二级结构单位组合在一起,相互作用,从而形成有规则的二级结
15、构集合体,充当更高层级的构件。,结构域 一条长的多肽链,在超二级结构的基础上组装成n个相对独立的,且具有一定生物学功能的球状区域,称为结构域。具有特定的生物学功能。,五、三级结构(tertiary structure)定义一条多肽链,通过各种二级结构组装,借助非共价键的作用形成了紧密的球状构象,这种球状构象、就是蛋白质分子三级结构(适用于球蛋白)广义的三级结构是指:多肽链中所有原子在三维空间中的排布。主要的化学键主要是疏水作用力,另外,还有氢键、盐键、配位键,主键:肽键副键 共价键:配位键、二硫键 非共价键 氢键 离子键 范德华引力 疏水键,维持蛋白质分子构象的化学键,牛胰核糖核酸酶,六、四级
16、结构(quaternary structure)1、寡聚蛋白:由二条或几条多肽链通过非共价键组成的蛋白质。2、多聚蛋白:由几十条、甚至更多多肽链聚合而成的蛋白质。3、亚基:蛋白质中具有独立三级结构的多肽链。4、蛋白质四级结构:由相同或不同的亚基(或分子)按照一定的排布方式聚合而成的聚合体。包括亚基的种类,数目、空间排布及相互作用。5、作用力:亚基之间的结合力主要是疏水作用力、其次是氢键和离子键等。,血红蛋白的四级结构,Hb与Mb一样能可逆地与O2结合,Hb与O2结合后称为氧合Hb。氧合Hb占总Hb的百分数(称百分饱和度)随O2浓度变化而改变。,七、血红蛋白与肌红蛋白氧合能力,肌红蛋白(Mb)和
17、血红蛋白(Hb)的氧解离曲线,第五节 蛋白质结构与功能关系,蛋白质特定的功能都是由其特定的构象决定的,蛋白质特定的构象又是由其一级结构决定的。,一、蛋白质的一级结构与功能关系(一)、同功能蛋白质结构的种属差异和保守性。同功能蛋白质是指来源于不同生物的具有同一生物学功能的蛋白质。又称同源蛋白质。守恒Aa残基 同功能蛋白质的一级结构中始终不变的氨基酸残基。,动物体细胞色素C一级结构的进化树图中的数字表示该类动物与其祖先相比细胞色素C一级结构氨基酸残基的差异数,(二)、一级结构变异与分子病 所谓分子病是指由于基因突变导致合成了异常蛋白质或丧失合成蛋白质的能力,而引起的疾病。,例:镰刀形红细胞贫血,(
18、一)、蛋白质的变性与复性 变性(denaturation)在某些物理或化学因素的作用下,维系蛋白质空间结构的次级键断裂,天然构象被破坏,从而引起理化性质改变,生物学活性丧失。,二、蛋白质分子构象与功能关系,变性蛋白质的特性1、生物功能丧失2、物理性质发生了改变3、化学性质发生改变,复性(renaturation)蛋白质的变性有些是可逆的,除去变性因素后,在适宜的条件下,变性蛋白质可以从伸展态恢复到折迭态,并恢复所有的生物活性。这种现象称之为复性。,造成变性的因素 加热、乙醇等有机溶剂、强酸、强碱、重金属离子及生物碱试剂等。,变性的本质 破坏非共价键和二硫键,不改变蛋白质的一级结构。,(二)变构
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