药物设计的生命科学基础.ppt
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1、药 物 设 计 学,王远强,1,2,第二章 药物设计的生命科学基础,第一节 药物作用的生物靶点第二节 药物与靶点相互作用理论第三节 药物与靶点相互作用类型第四节 药物的生物转运原理第五节 药物代谢,3,思考题,常见的药物作用靶点有哪些?药物与靶点相互作用的诱导契合理论的基本思想是什么?简述药物与靶标之间的相互作用类型及相应作用力的强弱?,4,第一节 药物作用的生物靶点,药物作用的靶点:与药物特异性结合的生物大分子。,483个,5,药物作用的生物靶点,人类基因序列隐藏着大约5000-10000个潜在的药物作用靶点。,6,受体:细胞膜上或细胞内能识别生物活性分子并与之结合的成分,它能把识别和接受的
2、信号正确无误地放大并传递到细胞内部,进而引起生物学效应;,配体:和生物大分子结合的任何分子;,激动剂:和受体相作用的配体,能够调控内在的生物学响应;,拮抗剂:和受体相作用的配体,能够以直接(通过竞争相互作用)或者间接(通过变构作用)的方式阻止激动剂的作用;,一、受体作为生物靶点,7,受体作为生物靶点,根据受体存在的位置,受体可大致分为三类:1.细胞膜受体:位于靶细胞膜上,如胆碱受体、肾上腺素受体、多巴胺受体、阿片受体等。2.胞浆受体:位于靶细胞的胞浆内,如肾上腺皮质激素受体、性激素受体。3.胞核受体:位于靶细胞的细胞核内,如甲状腺素受体。,8,根据受体的蛋白结构、信息转导过程、效应性质、受体位
3、置等特点将受体分为四类:1.含离子通道的受体(离子带受体):如N-型乙酰胆碱受体钠离子通道。2.G蛋白偶联受体:M-乙酰胆碱受体、肾上腺素受体等。3.具有酪氨酸激酶活性的受体:如胰岛素受体。4.调节基因表达的受体(核受体):如甾体激素受体、甲状腺激素受体等。,受体作为生物靶点,9,10,11,12,rhodopsin,Nature 2008,454,10 July,13,beta2-adrenergic receptor,静脉曲张和心血管类疾病的重要靶标,Nature vol 450,15 November 2007,Comparison of 2AR and rhodopsin struct
4、ures.,Nature vol 450,15 November 2007,15,二、酶作为靶点,酶:生命体中具有催化功能的蛋白质;具有催化效率高、专一性强、作用条件温和等特点。底物:参与酶反应的物质,经酶催化转化成产物;,酶是生物催化剂。绝大部分酶是蛋白质,还有一些核糖核酸RNA具有催化作用,称为核酶(ribozyme)。,细胞的代谢由成千上万的化学反应组成,几乎所有的反应都是由酶(enzyme)催化的。酶对于动物机体的生理活动有重要意义,不可或缺。,酶的发现:斯帕兰札尼研究鹰的消化作用,17,(一)可逆抑制作用(reversible inhibition)抑制剂与酶蛋白以非共价方式结合,引
5、起酶活性暂时性丧失。抑制剂可以通过透析、超滤等物理方法被除去,并且能部分或全部恢复酶的活性。根椐抑制剂与酶结合的情况,又可以分为竞争性抑制、非竞争性抑制、混合抑制等。,酶的抑制剂:能够以可逆或不可逆的方式阻止底物和酶结合的配体。,18,1.竞争性抑制(competitive inhibitor),竞争性抑制剂因具有与底物相似的结构,与底物竞争酶的活性中心,与酶形成可逆的EI复合物,减少的酶与底物结合的机会,使酶的反应速度降低的作用。这种抑制作用可通过增加底物浓度来解除。,19,20,磺胺类药物,与细菌二氢叶酸合成酶的底物之一对氨基苯甲酸的结构相似,与其竞争酶的活性中心,从而达到抑菌的作用。,2
6、1,2、非竞争性抑制(non-competitive inhibitor),非竞争性抑制剂与酶的活性中心以外的必需基团结合,形成 EI 或ESI复合物,结果不能进一步形成产物P,于是使酶反应受到抑制,这种作用不能通过增加底物浓度的方法来消除。,竞争与非竞争抑制剂,23,在可逆的非竞争性抑制作用中:抑制剂结合在活性中心以外;抑制剂的结合阻断了反应的发生。,24,(二)不可逆抑制(irreversible inhibition)抑制剂与酶反应中心的活性基团以共价形式结合,从而抑制酶活性。用透析、超滤等物理方法,不能除去抑制剂使酶活性恢复。,例如:有机磷农药中毒(敌百虫、敌敌畏、乐果杀虫剂1605、
7、1059等),乙酰胆碱酯酶是羟基酶,与有机磷农药共价结合后失活,使兴奋性神经递质乙酰胆碱不能及时清除降解,过量地积累引起中毒。,25,血管紧张素转化酶,多种酶可以作为药物作用的靶点,26,抗病毒的酶抑制剂,27,HIV逆转录酶抑制剂,三磷酸胸苷(TTP),28,蛋白激酶,Protein kinases play pivotal roles in regulating aspects of metabolism,gene expression,cell growth,cell division and cell differentiation.,29,蛋白激酶的结构,蛋白激酶的结构,31,ATP
8、竞争性抑制剂,Traxlers binding model for ATP-competitive inhibitors,Liu et al.,Nature Chem.Biol.2006,2,358364,32,蛋白激酶抑制剂,Gleevec,an inhibitor of Abl kinase,was approved in May 2001 for therapy against(Chronic myeloid Leukemia)CML.,Cancer Res.2006,62,42364243,ATP-competitive inhibitor,Stabilizing an inactiv
9、e conformation of Abl,Type I,Type II,In structures of protein kinases that are in a fully active state,the activation loop is in an extended or open conformation.,33,三、离子通道作为靶点,带电荷的离子由离子通道出入细胞,不断运动并传输信息,构成了生命活动的重要组成部分;离子通道的阻滞剂和激活剂调节离子进出细胞的量,进而调节相应的生理学功能,可用于疾病的治疗。,34,被动运输,主动运输,35,离子通道类型:,按门控方式:配体门控型、
10、电压门控型、机械门控型,按对离子选择性:Na+,K+,Ca 2+,Cl-,36,离子通道,37,心脏工作肌收缩,窦房结、房室结(起搏、传导),动静脉(冠状、肺、外周)收缩,平滑肌收缩,肥大细胞组胺释放,腺体分泌,释溶酶体酶,血小板聚集、收缩、胞排,神经细胞递质释放,Ca2+,离子通道与疾病,38,作用于离子通道的药物,一、作用于钠通道的药物钠通道阻滞药 局麻药、抗癫痫药、类抗心律失常药二、作用于钾通道的药物 1.钾通道阻滞药(PCBs):磺酰脲类-降血糖;索他洛尔-抗心律失常 2.钾通道开放药(PCOs):KATP,促钾外流 扩张血管-高血压、心绞痛、心梗、CHF等三、钙通道阻滞药:高血压,心
11、律失常,心绞痛,39,四、核酸作为靶点,核酸包括DNA和RNA,是指导蛋白质合成和控制细胞分裂的生命物质。,干扰或阻断细菌、病毒和肿瘤细胞增殖的基础物质核酸的合成,就能有效地杀灭或抑制细菌、病菌和肿瘤细胞。以核酸为作用靶点的药物主要包括一些抗生素、抗病毒药、喹诺酮类抗菌药、抗肿瘤药等。,40,第二节 药物与靶点相互作用理论,锁和钥匙思想,41,受体学说,P.Ehrlich认为细胞上有许多侧链,当细胞上的侧链基团和毒素分子的基团结构上互补形成类似钥匙和锁的关系,两个基团可相互结合;P.Ehrlich将细胞上的这些侧链称之为受体(receptor),提出受体概念。,42,占领学说,Clark和Ga
12、ddum(1926)首先提出受体占领学说(occupation theory),基于药物与受体的质量作用定律,认为一个药物分子占领一个受体。,R:受体,D:药物,RD:药物-受体复合物,E:药理活性,k1,k2,k3:速率常数。,药物占领受体的数量取决于单位容积内药物浓度和受体的总数。被占领的受体数量增多时,药物效应会增加。当全部受体被占领时,药物效应达到最大值(Emax)。,43,在药物浓度一定的情况下,药物的药效与解离常数的倒数,即药物与受体的亲和力成正比。虽然占领学说首次定量描述了药物与受体的相互作用,但不能解释拮抗剂和激动剂都能作用于受体,但却产生完全相反的生物学效应。受体占领学说适用
13、于激动剂。也不能解释某些药物在发生最大效应时,靶器官尚有95%-99%受体未被占领的事实。,占领学说,药理效应的大小取决于药物受体复合物的浓度,也就是与药物占领的受体数量成正比。,44,修正的占领学说,50年代Ariens和Stephenson修正占领学说,认为药物产生最大效应不一定占领全部受体,药物至少具备两种特性即亲和力(affinity)和内在活性(intrinsic activity),才能引起生物效应。不同的药物与受体的亲和力不同。亲和力大结合多;亲和力小则结合少。但药物与受体复合物引起生物效应的大小,则取决于药物的内在活性,或称效能(efficacy)如何。,0 1,45,激动药(
14、Agonist):既有亲和力又有内在活性,能与受体结合并激动受体产生效应。1.完全激动剂(full agonist)=100 morphine(吗啡)2.部分激动药(Partial agonist)0 100%pentazocine(戊唑辛)代替吗啡的合成镇痛药拮抗药(Antagonist):有较强的亲和力而无内在活性(=0),能结合受体,但其本身不产生作用。Atropine(阿托品,颠茄碱),修正的占领学说,46,速率学说,1961年Paton提出药物作用的速率学说(rate theory),认为药物的作用并不与被占领的受体数量成正比,而是和单位时间内药物分子与受体结合的总次数成正比,即和结
15、合速率常数k1及解离速率常数k2有关。激动剂和拮抗剂的区别主要在于k2。如果k2大,则药物与受体迅速解离。激动剂的k2值大,作用较快而短。部分激动剂或拮抗剂的k2值小,解离速率慢,偶尔有自由的受体可供新的结合,故本身仅有微弱的激动作用或完全没有作用。但由于占领受体,阻断了激动剂的作用,故表现为拮抗作用。速率学说虽有一定的实验依据,但不能解释为什么结构相似的药物,有的是拮抗剂,有的是激动剂这样的事实。,47,二态模型,受体分活化状态(R*)和失活状态(R),两者可以相互转化,达到平衡,1.激动剂 可与 R*结合引起生物效应;2.拮抗剂对R亲和力较大,结合后不产生生理效应;3.部分激动剂与R*及R
16、都有一定的亲和力。但内在活性低,作用微弱。,48,诱导契合学说,药物与受体之间本身具有特异的互补性,药物与受体结合不会发生构象变化。,1958年,Koshland提出诱导契合学说,诱导契合学说认为蛋白质的三维结构存在柔性,底物或药物与酶活性位点在各种分子间作用力的诱导下都相应会发生可逆的构象变化,使药物和酶能更好地形成复合物,产生药理效应。,49,第三节 药物与靶相互作用类型,共价键非共价键相互作用键能高 33-200kcal/mol一般不可逆毒副作用大 抗肿瘤,抗感染疾病,50,51,非共价键相互作用,52,离子键 阴离子与阳离子,静电相互作用,阳离子,阴离子,季铵盐药物,加强的离子键,5
17、kcal/mol,10 kcal/mol,53,离子偶极和偶极-偶极相互作用,静电相互作用,电负性差异,偶极,3-7 kcal/mol,1-5 kcal/mol,偶极偶极相互作用对药物分子在活性位点的准确定位具有非常重要的作用。,54,范德华相互作用,范德华引力是指两个中性原子之间的距离足够近时(0.4nm-0.6nm),通过诱导偶极产生瞬间偶极,从而产生微弱的引力。当两个原子之间的距离小于原子的范德华半径是会产生强的范德华斥力。,0.5-1.0 kcal/mol,范德华力是非特异性的作用力,分子越复杂,原子或基团间接触点越多,其引力总和越大。,55,疏水性相互作用,疏水作用是有机分子在水溶液
18、中,由于有机基团间的静电力、氢键、范德华力的作用,使有机分子倾向于聚集在一起,因而产生排斥水分子的作用就配体和靶点而言,它们的非极性部分在体液中均为水合状态。当配体和靶点接近到某一程度时,非极性部分周围的水分子便被挤出,被置换出来的水分子成无序状态因而体系的熵增加,焓变值减少,使两个非极性区域间的接触稳定,这种缔合就是疏水基团相互作用的结果,0.1-2 kcal/mol,56,疏水性相互作用,疏水相互作用是蛋白和底物或者药物之间最为重要的作用力。,许多药物作用靶分子由于疏水氨基酸之间的相互作用形成疏水性口袋,在药物设计时如果在疏水口袋处引入疏水基团,将会大大增强药物对靶分子的亲和力。,57,氢
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