现代分子生物学第四章.ppt
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1、1,第四讲 生物信息的传递(下)从mRNA到蛋白质,2,主要内容:1、遗传密码-三联子2、tRNA3、核糖体4、蛋白质合成的生物学机制5、蛋白质运转机制,3,蛋白质的生物合成,核糖体是蛋白质合成的场所;mRNA是蛋白质合成的模板;转移RNA(tRNA)是模板与氨基酸之间的接合体。蛋白质合成需要多种蛋白质、酶和其他生物大分子的参与。蛋白质合成是一个需能反应。,4,翻译是指将mRNA链上的核苷酸从一个特定的起始位点开始,按每3个核苷酸代表一个氨基酸的原则,依次合成一条多肽链的过程。,5,4.1 遗传密码三联子,贮存在DNA上的遗传信息通过mRNA传递到蛋白质上,mRNA与蛋白质之间的联系是通过遗传
2、密码的破译来实现的。,遗传密码:mRNA上每3个核苷酸翻译成多肽链上的一个氨基酸,这3个核苷酸就称为一个密码子(三联子密码)。,6,4.1.1 三联子密码及其破译因为mRNA中只有4种核苷酸,蛋白质中有20种氨基酸:以一种核苷酸代表一种氨基酸是不可能的。若以两种核苷酸作为一个氨基酸的密码(二联子),能代表42=16种氨基酸。若以3个核苷酸代表一个氨基酸,有43=64种密码子,满足了编码20种氨基酸的需要。,7,Crick等人发现T4噬菌体rII位点上两个基因的正确表达与它能否侵染大肠杆菌有关,用吖啶类试剂(诱导核苷酸插入或从DNA链上丢失)处理使T4噬菌体DNA发生移码突变(frameshif
3、t mutation),噬菌体就丧失感染能力。,从遗传学的角度证实三联子密码的构想是正确的,8,用核苷酸的插入或删除实验证明阿mRNA模板上每三个核苷酸组成一个密码子。,9,三联子密码的破译,制备E.coli无细胞合成体系,以均聚物、随机共聚物和特定序列的共聚物模板指导多肽的合成。核糖体结合技术。,10,均聚物为模板,Nirenberg把多聚(N)作为模板加入到无细胞体系时发现,新合成的多肽链是:poly(U)-UUU-polyphenylalanine poly(C)-CCC-polyproline poly(A)-AAA-polylysine poly(G)-did not work be
4、cause of the complex secondary structure,11,Poly(UG)-poly(Cys-Val):5UGU GUG UGU GUG UGU GUG 3,无论读码从U开始还是从G开始,都只能有UGU(Cys)及GUG(Val)两种密码子。,随机共聚物为模板,12,Nirenberg及Ochoa等又用各种特定序列如只含A、C的共聚核苷酸作模板,任意排列时可出现8种三联子,即CCC、CCA、CAC、ACC、CAA、ACA、AAC、AAA,获得由Asn、His、Pro、Gln、Thr、Lys等6种氨基酸组成的多肽。,特定序列的共聚物为模板,13,以人工合成的三核苷酸
5、如UUU、UCU、UGU等为模板,在含核糖体、AA-tRNA的适当离子强度的反应液中保温后通过硝酸纤维素滤膜。游离的AA-tRNA因相对分子质量小能自由过膜,与模板对应的AA-tRNA能与核糖体结合,体积超过膜上的微孔而被滞留。,核糖体结合技术,14,4.1.2 遗传密码的性质,密码的连续性(commaless),密码的简并性(degeneracy),密码的普遍性(universality),密码的特殊性(specificity),密码子与反密码子的相互作用,15,密码的连续性(commaless),三个核苷酸编码一个氨基酸。三联子密码是非重叠(non-overlapping)和连续的(com
6、maless)。,16,密码的简并性(degeneracy),4种核苷酸可组成64个密码子:61个是编码氨基酸的密码子;3个即UAA、UGA和UAG是终止密码子,由一种以上密码子编码同一个氨基酸的现象称为简并(degeneracy),17,通用遗传密码及相应的氨基酸,除色氨酸(UGG)只有一个密码子外,其他氨基酸都有一个以上的密码子:9种氨基酸有2个密码子,1种氨基酸有3个密码子,5种氨基酸有4个密码子,3种氨基酸有6个密码子。,18,同义密码子(synonymous codon):对应于同一氨基酸的密码子,Synonym codons have the same meaning in the
7、 genetic code.Synonym tRNAs bear the same amino acid and respond to the same codon.,19,AUG甲硫氨酸及起始密码子GUG缬氨酸及起始密码子,UAA终止密码子(Ochre)UAG终止密码子(Amber)UGA终止密码子(Opal),20,密码子的兼并性,21,除了Arg以外,编码某一特定氨基酸的密码子个数与该氨基酸在蛋白质中的出现频率相吻合,22,密码的普遍性,23,密码的特殊性,The standard codons are true for most organisms,but not for all,24
8、,tRNA的反密码子在核糖体内是通过碱基的反向配对与mRNA上的密码子相互作用的。,密码子与反密码子的相互作用,Codon 5 A C G 3 Anticodon 3 U G C 5is usually written as codon ACG/anticodon CGU,ACG and CGU,25,1966年,Crick提出摆动假说(wobble hypothesis),解释了反密码子中某些稀有成分(如I,肌苷酸)的配对,以及许多氨基酸有2个以上密码子的问题。,wobble hypothesis,前两对严格遵守碱基配对原则。第三对碱基有一定的自由度,可以“摆动”,因而使某些tRNA可以识别
9、1个以上的密码子。,26,b.当反密码子第一位是I时,密码子第三位可以是A、U或C。,mRNA上的密码子与tRNA上的反密码子配对示意图,a.密码子与tRNA反密码子臂上相应序列配对,27,tRNA上的反密码子与mRNA上密码子的配对与“摆动”分析,一个tRNA究竟能识别多少个密码子是由反密码子的第一位碱基的性质决定的。,28,为每个三联密码子翻译成氨基酸提供了接合体;,4.2 tRNA,为准确无误地将所需氨基酸运送到核糖体上提供了运送载体。,又被称为第二遗传密码。,29,tRNA3端通过切割、修整,再加上CCA而成;5端由切割产生。,tRNA由较长的前体加工而来,30,tRNA,tRNA一级
10、结构(Primary Structure)tRNA二级结构(Secondary Structure)tRNA三级结构(Tertiary Structure)tRNA的功能,31,tRNA一级结构(primary structure),长度:60-95 nt(commonly 76)残基:15 个invariant(恒定)和 8个 semi-invariant(半恒定).invariant 和 semi-variant 核苷的位置在二级结构和三级结构中起着重要的作用。含有修饰碱基(Modified bases):有时一个tRNA分子的 20%的碱基是经过修饰的。已发现有超过50 种不同类型的修饰
11、碱基。,32,tRNA中所有4种碱基都能被修饰,33,不同tRNA在结构上存在大量的共性,由小片段碱基互补配对形成三叶草形分子结构,有4条根据结构或已知功能命名的手臂(arm or stem)和3个环(loop)。,tRNA二级结构(secondary structure),34,psai,35,受体臂(acceptor arm)由链两端序列配对形成的杆状结构和3端未配对的34个碱基所组成。其3 端的最后3个碱基序列永远是CCA,最后一个碱基的3或2 自由羟基(OH)可以被氨酰化。,Amino acid acceptor stem,36,D-arm and D-loop,D臂是根据它含有二氢尿
12、嘧啶(dihydrouracil)命名的。D臂中存在多至3个可变核苷酸位点,17:1及20:1、20:2。最常见的D臂缺失这3个核苷酸,而最小的D臂中第17位核苷酸也缺失了。,37,Anticodon loop,反密码子臂是根据位于套索中央的三联反密码子命名的。由5bp的臂和7个核苷的环组成。在环中有与密码子互补的由3个核苷组成的反密码子。,38,Variable arm and T-arm,TC臂是根据3个核苷酸命名的,其中表示拟尿嘧啶;由5bp臂和含有GTC的环组成。可变臂(多余臂)是由3到21个核苷组成,可能会形成多达7bp的臂。,39,tRNA的L-形三级结构:研究酵母tRNAPhe、
13、tRNAfMet和大肠杆菌tRNAfMet、tRNAArg等的三级结构,发现都呈L形折叠式。,tRNA三级结构(tertiary structure),40,tRNA三级结构(tertiary structure),tRNA三级结构主要由在二级结构中未配对碱基间形成的9个氢键(三级氢键)而引发的。大部分恒定或半恒定核苷酸都参与三级氢键的形成。,41,tRNA上所运载的氨基酸必须靠近位于核糖体大亚基上的多肽合成位点,而tRNA上的反密码子必须与小亚基上的mRNA相配对,所以分子中两个不同的功能基团是最大限度分离的。,这个结构形式满足了蛋白质合成过程中对tRNA的各种要求而成为tRNA的通式。,4
14、2,tRNA的功能,为每个三联密码子翻译成氨基酸提供了接合体,为准确无误地将所需氨基酸运送到核糖体上提供了运送载体。,43,起始tRNA和延伸tRNA同工tRNA校正tRNA,tRNA的种类,44,起始tRNA:能特异性识别mRNA模板上起始密码子的tRNA;延伸tRNA:其他tRNA统称为延伸tRNA。,1.起始tRNA和延伸tRNA,45,真核生物起始tRNA携带甲硫氨酸(Met),原核生物起始tRNA携带甲酰甲硫氨酸(fMet),原核生物中Met-tRNAfMet必须首先甲酰化生成fMet-tRNAfMet才能参与蛋白质的生物合成。,46,同工tRNA:代表相同氨基酸的不同tRNA。,2
15、.同工tRNA,在一个同工tRNA组内,所有tRNA均专一于相同的氨酰-tRNA合成酶。同工tRNA既要有不同的反密码子以识别该氨基酸的各种同义密码,又要有某种结构上的共同 性,能被AA-tRNA合成酶识别。,47,结构基因中某个核苷酸的改变可能产生终止密码子(UAG、UGA、UAA),使蛋白质合成提前终止,合成无功能的或无意义的多肽,这种突变称为无义突变,而校正tRNA通过改变反密码子区校正无义突变。,3.校正tRNA,48,AA-tRNA合成酶是一类催化氨基酸与tRNA结合的特异性酶;AA+tRNA+ATPAAtRNA+AMP+PPi,氨酰-tRNA合成酶aminonacyl-tRNA s
16、ynthetase(ARS),49,蛋白质合成的真实性,蛋白质合成的真实性主要决定于AA-tRNA合成酶是否能使氨基酸与对应的tRNA相结合。AA-tRNA合成酶既要能识别tRNA,又要能识别氨基酸,它对两者都具有高度的专一性。,50,4.3 核糖体(ribosome)protein-synthesizing machines,51,一个细菌细胞内约有20,000个核糖体,真核细胞内可达106个。这些颗粒既可以游离状态存在于细胞内,也可与内质网结合,形成微粒体。,核糖体是由几十种蛋白质和多种核糖体RNA(ribosomal RNA,rRNA)所组成的亚细胞颗粒。它像一个沿着mRNA模板移动的工
17、厂,执行着蛋白质合成的功能。,概况,52,核糖体及其他组分在大肠杆菌细胞内的分布,53,结合在内质网上的核糖体。,54,核糖体是一个致密的核糖核蛋白颗粒,可解离为两个亚基,每个亚基都含有一个相对分子质量较大的rRNA和许多不同的蛋白质分子。,核糖体的结构,55,原核与真核细胞核糖体大小亚基比较,5S rRNA(120 nt)23S rRNA(2900 nt)31(36)proteins,16S rRNA(1540 nt)21 proteins,5S rRNA(120 nt)28S rRNA(4700 nt)5.8S rRNA(160 nt)49 proteins,18S rRNA(1900 n
18、t)33 proteins,Prokaryotes,Eukaryotes,70S(2.5M),80S(4.2M),50S(1.6M),30S(0.9M),60S(2.8M),40S(1.4M),56,大肠杆菌核糖体基本成分,57,核糖体分子中可容纳两个tRNA和约40bp长的mRNA。,核糖体结构模型,58,真核生物细胞中发现的多聚核糖体(polyribosomes or polysomes)现象,59,1.5 S rRNA2.16 S rRNA3.23 S rRNA4.5.8 S rRNA,rRNA,60,5S rRNA有两个高度保守的区域:一个区域含有保守序列CGAAC,这是与tRNA分子
19、TC环上的GTCG序列相互作用的部位,是5 S rRNA与tRNA相互识别的序列。另一个区域含有保守序列GCGCCGAAUGGUAGU,与23S rRNA的中一段序列互补,可能是5 S rRNA与50 S核糖体大亚基相互作用的位点。,细菌5 S rRNA含有120个核苷酸(革兰氏阴性菌)或116个核苷酸(革兰氏阳性菌)。,5S rRNA,61,长约1 4751 544个核苷酸之间含有少量修饰碱基位于原核生物30 S小亚基内结构十分保守:(1)3端一段ACCUCCUUA的保守序列,与mRNA 5 端翻译起始区中的SD序列互补。(2)靠近3 端处还有一段与23 S rRNA互补的序列,在30 S与
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