英文医学数据库检索ppt课件.ppt

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1、0,英文医学数据库检索,1,问题的提出,阿司匹林能否预防大肠癌？国内专业文献检索结果文献结论不一致很多国内文献摘译自国外专业文献,2,3,大纲,一、英文数据库概述,二、Pubmed文献检索系统,4,一、英文数据库概述,按专业可分为：综合性数据库和专业数据库。综合性数据库：三大索引,SCI科学引文索引,ISTP科技会议录索引,EI工程索引,Web of Science,Engineering Villages 2,5,一、英文数据库概述,专业数据库：医学领域常用四大索引,SCI科学引文索引(Web of Science),BA生物学文摘(BIOSIS Preview),CA化学文摘(CAPlus

2、),Web of Knowledge,SciFinder Scholar,IM医学索引(Medline数据库）,Pubmed,Dialog联机检索系统,6,一、英文数据库概述,英文数据库按记录完整性可分为文摘数据库和全文数据库。前面提到的英文专业数据库刚开始都是文摘数据库，但随着信息技术的发展都开始提供全文。新出现的数据库大都提供全文。全文数据库大都需要付费访问。即使是全文数据库，也不是库中的每篇论文都能提供全文。,7,一、英文数据库概述,按收费与否，可分为收费数据库与免费数据库。英文数据库大部分收费。免费数据库：Pubmed：http:/pubmed.gov medscape:http:/G

3、oogle Scholar:http:/,8,Google Scholar查找国外专业文献,检索提问式“colorectal cancer aspirin,时间限定在“2009年以来”,获取结果16，900条结果,9,Google Scholar查找国内专业文献,记录来源包括、维普、万方以及其他网页信息,10,二、Pubmed文献检索系统,11,（一）、Pubmed知识精要,12,1.Pubmed沿革,13,Medline是美国国立医学图书馆开发的生物医学文献数据库。可获取1950年以来80多个国家和地区5000多种生物医学期刊的文摘。1997年美国政府宣布Medline数据库免费向全世界开放

4、。目前大多数收费的检索系统如WOK平台、Dialog检索系统、SciFinder Scholar都可以检索Medline。,14,Medline免费检索服务,Pubmed：http:/pubmed.gov Medscape：http:/Highwire：http:/highwire.stanford.edu,15,利用Medscape检索Medline,16,2.Pubmed可获取资源,Pubmed是美国国立医学图书馆（NLM）所属的国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI)开发的生物医学文献检索系统。是Entr

5、ez集成检索系统的重要组成部分。访问途径：公共网：http:/pubmed.gov,17,2.Pubmed可获取资源,（1）生物医学期刊论文线索MEDLINE：可获取1950年以来80多个国家的5000余种生物医学期刊中的文献线索。In-process citations：待标引的MEDLINE的前期数据库。Publisher supplied citation：出版商提供的文献，主要是MEDLINE选择性收录的期刊中超出收录范围的文献。OLDMEDLINE:1965年以前的记录,18,（2）论文全文PubMed Central开放存取期刊出版商提供的部分免费期刊链接到出版商网站（3）题录相关

6、生物信息学数据、图书馆馆藏信息、消费者健康信息和研究工具等资源链接。,19,Pubmed记录来源标识（1）,PubMed indexed for Medline,PubMed-in process,PubMed-as supplied by publisher,20,Pubmed记录来源标识（2）,免费全文,21,3.PubMed记录的主要字段(P85）,字段标识：字段名称 AB：Abstract AD：Affiliation ALL：All Field AU：Authors 1AU：First Author FAU：Full Author Name PMID：PubMed Unique Id

7、entifier DP：Publication Date,字段标识：字段名称 LA：Language MH：MeSH Terms MAJR：MeSH Major Topic SH：MeSH Subheadings PT：Publication Type SO：Source TA：Journal Title TI：TitleTW：Text Words,22,4.PubMed检索途径,高级检索,基本检索,23,Pubmed高级检索,限定字段进行检索,利用索引选择提问词,查看并利用已有检索式进行检索,24,Pubmed Mesh Database,25,25,MeSH Database:查看并利用主

8、题词检索,MeSH主题词检索是PubMed最具特色的检索功能之一，能保证较好的查全率和查准率主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范主题词组配副主题词，使检索结果更加专指主题词的树状结构表：可自由调整检索策略扩展检索：利用下位词同时进行检索，提高查全率限定检索：将检索结果限定在主要主题词，使检索结果更加准确注意：用MeSH词检索时，只检索来源于MEDLILNE的文献，不检索PubMed其他来源的文献,26,Journals in NCBI Databases,查找期刊详细信息并获取期刊论文,查找期刊详细信息并获取期刊论文,27,Pubmed Single Citation Matcher,准确

9、查找指定论文,28,5.Pubmed特色,生物医学领域首选数据库收录期刊范围侧重生物医学领域检索免费，并可免费获取部分全文及相关生物信息学资源。文献报道速度快收录文献加工质量高，经Mesh主题词标引。检索功能强大，支持自动词语匹配检索，并提供主题词检索、临床查询、引文检索等特色检索服务。,29,检索词,Mesh转换表,期刊名转换表,作者索引表,经过转换后的检索式,Pubmed系统进行检索,Details分析,29,作者姓名转换表,PubMed特色：自动词语匹配功能,30,PubMed自动词语匹配功能,举例：欲查找大肠癌与阿司匹林同时出现的文献，输入“colorectal cancer aspi

10、rin”，系统转换后实际检索策略为(colorectal neoplasmsMeSH Terms OR(colorectalAll Fields AND neoplasmsAll Fields)OR colorectal neoplasmsAll Fields OR(colorectalAll Fields AND cancerAll Fields)OR colorectal cancerAll Fields)AND(aspirinMeSH Terms OR aspirinAll Fields),31,智能检索功能不仅能准确拆分词，而且能将提问词转换为MESH词，并在Mesh字段与全字段同时进

11、行检索，有效保证文献的查全和查准。Search Details框详细显示自动词语匹配的实际检索式。,32,查看系统转换后的检索策略,原始提问式,系统转换过程,系统实际检索策略,33,问题？,Q：是否可以完全依赖词语的自动词语匹配功能？例如：单细胞 Single cell,33,34,自动词语匹配,34,35,如何避免系统进行自动词语匹配？,检索词加上（半角状态的双引号）,进行强制检索系统不进行自动词语匹配，不扩展检索single cell 直接输入 single cell 或者 single-cell,35,36,36,下列情形不进行自动词语匹配精确短语匹配,如“kidney allograf

12、t”截词检索,如bacter*连字符时,如kidney-allograftHistory检索,如#1 AND#字段检索,如toothacheti,37,（二）、Pubmed检索指南,38,1.如何查找阿司匹林预防大肠癌的文献？,课题分析两个主要概念组面阿司匹林（aspirin)大肠癌(colorectal cancer)如何翻译英文提问词？CNKI翻译助手Google翻译有道,39,1.如何查找阿司匹林预防大肠癌的文献？,试检：Pubmed基本检索服务提问词：colorectal cancer aspirin,40,获取检索结果（上）,限定条件进行检索，相当于原来的“Limits”功能,自动获

13、取相关文献,转换显示格式,记录输出,41,获取检索结果（下）,获取免费全文,查找相关生物信息学数据库,查看系统转换后的检索策略,42,转换记录显示格式,Aspirin for prophylactic use in the primary prevention,Aspirin for prophylactic use in the primary prevention,43,也可单击题名超链进入ABSTRACT格式,作者单位,来 源,查找刊名全称,44,NLM Catalog:获取刊名全称,45,将检索结果限定为近5年综述,设置文献过滤器查找特定类型文献过滤条件一经选择持续起作用,已选择的文件

14、过滤器,46,利用主题词进行检索（难点）,1.进入“Mesh Database”界面2.在此界面查找“colorectal cancer(大肠癌)”对应的主题词(点击选定主题词超链，可获取主题词详细信息）3.输入提问框Add to search builder4.找到“aspirin”对应的主题词后，“Add to search builder”，逻辑运算符选择“And”5.“search pubmed”进行检索6.在检索结果界面，点击选定文献题名超链，进行其文摘格式，在此界面下方点击“Publication Types,MeSH Terms,Substances”选项，获取主题词及主要主题词

15、信息（注：主要主题词有“*”标志）,47,1.进入“Mesh Database”界面,两种方式进入Mesh Database,48,2.查找主题词（上）,定义及主题词引进年代,c,组配副主题词,添加到检索框,检索文献,49,2.查找主题词（下）,c,加权检索,c,相关参照,扩展检索,款目词：主题词同义词或近义词,树状结构,c,上位词,下位词,50,3.利用主题词进行检索,添加到检索框,检索文献,(Colorectal NeoplasmsMesh)OR Cecal NeoplasmsMesh)AND AspirinMesh,51,4.获取检索结果,点击题名超链获取详细信息,52,5.获取记录详细

16、信息,53,Publication Types,MeSH Terms,Substances：获取题录的文献类型、主题词及物质信息,获取指定题录的主题词信息，其中带*号的为主要主题词,54,LinkOut：获取题录相关资源,获取全文,获取医学背景知识,获取相关生物信息学数据,55,利用Linkout获取医学背景知识,免费在线医学百科全书,56,课题2：如何查找英文原文？,方法一：可以利用基本检索,57,如何查找中文摘译的英文原文？,1.提取文中关键信息发表日期：2013年7月16日期刊名：Annals of Internal Medicine关键词：colorectal cancer,aspir

17、in2.访问Pubmed，确定检索方法基本检索Single Citation Matcher,58,(1)基本检索方式,aspirin colorectal cancer annals of internal medicine 2013,Q:为什么期刊名annals of internal medicine要加双引号？,59,获取原文线索,60,在摘要页面点击“Linkout”,61,获取原文,62,(2)single citation matcher检索,63,Pubmed Single Citation Matcher,c,检索提问式：Journal:annals of internal

18、medicineData:2013/07/16Title Words:aspirin,64,annals of internal medicineJour and 2013/07/16pdatand aspirin,65,Pubmed检索小结,自动词语匹配检索一般适合检索经验有限的初级用户，也适合对课题做初步检索。检索经验丰富的用户，或者对查全率查准率有较高要求的检索课题，需要仔细分析课题，编制比较完备的检索策略，综合运用PubMed提供的各种高级检索功能不需要自动词语匹配功能时，可将词组加英文半角状态的双引号，要求系统进行精确短语匹配检索,66,Pubmed检索小结,主题词检索PubMed最具特色的功能之一，能保证较好的查准率及查准率。主题词组配副主题词使检索结果更为专指，限定在主要主题词检索能使结果更准确。但是主题词检索也有一些固有的缺陷，比如很多专指的概念没有相应的主题词，一些新出现的概念要几年后才收录为主题词。这种情况下，采用字段限定检索等方法也能得到较好的查准率。主题词检索还可能会漏掉一些最新的文献（in process citations）,67,