《蛋白质多肽》PPT课件.ppt
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1、多肽和蛋白质,第 一 章,从基因到蛋白质,本章内容,蛋白质基础知识多肽的化学生物学蛋白质化学合成蛋白质修饰和蛋白质药物,一、什么是蛋白质?,蛋白质(protein)是由许多氨基酸(amino acids)通过肽键(peptide bond)相连形成的高分子含氮化合物。,二、蛋白质的生物学重要性,1.蛋白质是生物 体重要组成成分分布广:所有器官、组织都含有蛋白质;细胞的各个部分都含有蛋白质。含量高:蛋白质是细胞内最丰富的有机分子,占人体干重的45,某些组织含量更高,例如脾、肺及横纹肌等高达80。,1)作为生物催化剂(酶)2)代谢调节作用3)免疫保护作用4)物质的转运和存储5)运动与支持作用6)参
2、与细胞间信息传递,2.蛋白质具有重要的生物学功能,多肽和蛋白质基础知识,第 一 节,组成蛋白质的元素,主要有C、H、O、N和S。有些蛋白质含有少量磷或金属元素铁、铜、锌、锰、钴、钼,个别蛋白质还含有碘。,蛋 白 质 的 分 子 组 成,1 氨基酸 组成蛋白质的基本单位,存在自然界中的氨基酸有300余种,但组成人体蛋白质的氨基酸仅有20种,且均属 L-氨基酸(甘氨酸除外)。,非极性疏水性氨基酸极性中性氨基酸酸性氨基酸碱性氨基酸,(一)氨基酸的分类,*20种氨基酸的英文名称、缩写符号及分类如下:,甘氨酸 glycine Gly G 5.97,丙氨酸 alanine Ala A 6.00,缬氨酸 v
3、aline Val V 5.96,亮氨酸 leucine Leu L 5.98,异亮氨酸 isoleucine Ile I 6.02,苯丙氨酸 phenylalanine Phe F 5.48,脯氨酸 proline Pro P 6.30,非极性疏水性氨基酸,色氨酸 tryptophan Try W 5.89,丝氨酸 serine Ser S 5.68,酪氨酸 tyrosine Try Y 5.66,半胱氨酸 cysteine Cys C 5.07,蛋氨酸 methionine Met M 5.74,天冬酰胺 asparagine Asn N 5.41,谷氨酰胺 glutamine Gln Q
4、 5.65,苏氨酸 threonine Thr T 5.60,2.极性中性氨基酸,天冬氨酸 aspartic acid Asp D 2.97,谷氨酸 glutamic acid Glu E 3.22,赖氨酸 lysine Lys K 9.74,精氨酸 arginine Arg R 10.76,组氨酸 histidine His H 7.59,3.酸性氨基酸,4.碱性氨基酸,几种特殊氨基酸,脯氨酸(亚氨基酸),半胱氨酸,胱氨酸,二硫键与蛋白质折叠,(二)氨基酸的理化性质,1.两性解离及等电点,等电点(isoelectric point,pI)在某一pH的溶液中,氨基酸解离成阳离子和阴离子的趋势及
5、程度相等,成为兼性离子,呈电中性。此时溶液的pH值称为该氨基酸的等电点。,pH=pI,pHpI,pHpI,氨基酸的兼性离子,阳离子,阴离子,2.紫外吸收,色氨酸、酪氨酸的最大吸收峰在 280 nm 附近。,大多数蛋白质含有这两种氨基酸残基,所以测定蛋白质溶液280nm的光吸收值是分析溶液中蛋白质含量的快速简便的方法。1mg/ml,芳香族氨基酸的紫外吸收,肽键(peptide bond)是由一个氨基酸的-羧基与另一个氨基酸的-氨基脱水缩合而形成的化学键。,2 肽(peptide),+,甘氨酰甘氨酸,肽键,*肽是由氨基酸通过肽键缩合而形成的化合物。,*两分子氨基酸缩合形成二肽,三分子氨基酸缩合则形
6、成三肽,*肽链中的氨基酸分子因为脱水缩合而基团不全,被称为氨基酸残基(residue)。,*由15个以内氨基酸相连而成的肽称为寡肽(oligopeptide),由更多的氨基酸相连形成的肽称多肽(polypeptide)。,N 末端:多肽链中有自由氨基的一端C 末端:多肽链中有自由羧基的一端,多肽链有两端,*多肽链(polypeptide chain)是指许多氨基酸之间以肽键连接而成的一种结构。,N末端,C末端,牛核糖核酸酶,豌豆 defensin 1 三维结构,N,C,常用的蛋白质信息网站,Expert Protein Analysis Systemhttp:/Protein Data Ban
7、k http:/,体内许多激素属寡肽或多肽,神经肽(neuropeptide),(二)几种生物活性肽,3 蛋白质和多肽的分类,*根据蛋白质组成成分,*根据蛋白质形状,肽的分类,按来源分:核糖体多肽:由mRNA翻译合成,包括激素和信号分子。非核糖体多肽:非核糖体多肽酶催化合成,如谷胱甘肽。合成多肽,按肽链骨架来源分,线性肽环形肽,蛋白质的分子结构包括 一级结构(primary structure)二级结构(secondary structure)三级结构(tertiary structure)四级结构(quaternary structure),4 蛋 白 质 的 分 子 结 构,定义 蛋白质的
8、一级结构指多肽链中氨基酸的排列顺序。,3.1 蛋白质的一级结构,主要的化学键肽键,有些蛋白质还包括二硫键。,一级结构是蛋白质空间构象和特异生物学功能的基础。,3.2 蛋白质的二级结构,主要的化学键:氢键,蛋白质二级结构的主要形式,-螺旋(-helix)-折叠(-pleated sheet)-转角(-turn)无规卷曲(random coil),(二)-螺旋,目 录,(三)-折叠,模体(motif),在许多蛋白质分子中,可发现二个或三个具有二级结构的肽段,在空间上相互接近,形成一个特殊的空间构象。,钙结合蛋白中结合钙离子的模体,-,Beta Helices,无规卷曲,3.3 蛋白质的三级结构,整
9、条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置,即肽链中所有原子在三维空间的排布位置。,(一)定义,肌红蛋白(Mb),纤连蛋白分子的结构域,(二)结构域,大分子蛋白质的三级结构常可分割成一个或数个球状或纤维状的区域,折叠得较为紧密,各行使其功能,称为结构域(domain)。,亚基之间的结合力主要是疏水作用,其次是氢键和离子键。,3.4 蛋白质的四级结构,蛋白质分子中各亚基的空间排布及亚基接触部位的布局和相互作用,称为蛋白质的四级结构。,有些蛋白质分子含有二条或多条多肽链,每一条多肽链都有完整的三级结构,称为蛋白质的亚基(subunit)。,一级 二级 三级 四级,卷曲螺旋(coiled coil),(一
10、)一级结构是空间构象的基础,3.5 蛋白质一级结构与功能的关系,天然状态,有催化活性,尿素、-巯基乙醇,去除尿素、-巯基乙醇,非折叠状态,无活性,(二)一级结构与功能的关系,例:镰刀形红细胞贫血,毛细血管堵塞,这种由蛋白质分子发生变异所导致的疾病,称为“分子病”。,(一)肌红蛋白与血红蛋白的结构,3.6 蛋白质空间结构与功能的关系,Hb与Mb一样能可逆地与O2结合,Hb与O2结合后称为氧合Hb。氧合Hb占总Hb的百分数(称百分饱和度)随O2浓度变化而改变。,(二)血红蛋白的构象变化与结合氧,(三)蛋白质构象改变与疾病,蛋白质构象疾病:若蛋白质的折叠发生错误,尽管其一级结构不变,但蛋白质的构象发
11、生改变,仍可影响其功能,严重时可导致疾病发生。,有些蛋白质错误折叠后相互聚集,常形成抗蛋白水解酶的淀粉样纤维沉淀,产生毒性而致病,表现为蛋白质淀粉样纤维沉淀的病理改变。,这类疾病包括:老年痴呆症、疯牛病等。,蛋白质构象改变导致疾病的机理:,疯牛病中的蛋白质构象改变疯牛病是由朊病毒蛋白(prion protein,PrP)引起的一组人和动物神经退行性病变。正常的PrP富含-螺旋,称为PrPc。PrPc在某种未知蛋白质的作用下可转变成全为-折叠的PrPsc,从而致病。,4 蛋白质的分离和纯化,(一)透析及超滤法,*透析(dialysis)利用透析袋把大分子蛋白质与小分子化合物分开的方法。,*超滤法
12、 应用正压或离心力使蛋白质溶液透过有一定截留分子量的超滤膜,达到浓缩蛋白质溶液的目的。,(二)丙酮沉淀、盐析及免疫沉淀,*使用丙酮沉淀时,必须在04低温下进行,丙酮用量一般10倍于蛋白质溶液体积。蛋白质被丙酮沉淀后,应立即分离。除了丙酮以外,也可用乙醇沉淀。,*盐析(salt precipitation)是将硫酸铵、硫酸钠或氯化钠等加入蛋白质溶液,使蛋白质表面电荷被中和以及水化膜被破坏,导致蛋白质沉淀。,*免疫沉淀法:将某一纯化蛋白质免疫动物可获得抗该蛋白的特异抗体。利用特异抗体识别相应的抗原蛋白,并形成抗原抗体复合物的性质,可从蛋白质混合溶液中分离获得抗原蛋白。,(三)电泳,蛋白质在高于或低
13、于其pI的溶液中为带电的颗粒,在电场中能向正极或负极移动。这种通过蛋白质在电场中泳动而达到分离各种蛋白质的技术,称为电泳(elctrophoresis)。根据支撑物的不同,可分为薄膜电泳、凝胶电泳等。,几种重要的蛋白质电泳*SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳,常用于蛋白质分子量的测定。,双向凝胶电泳是蛋白质组学研究的重要技术,pI,(四)层析,层析(chromatography)分离蛋白质的原理待分离蛋白质溶液(流动相)经过一个固态物质(固定相)时,根据溶液中待分离的蛋白质颗粒大小、电荷多少及亲和力等,使待分离的蛋白质组分在两相中反复分配,并以不同速度流经固定相而达到分离蛋白质的目的。,蛋白质分离常用
14、的层析方法*离子交换层析:利用各蛋白质的电荷量及性质不同进行分离。*凝胶过滤(gel filtration)又称分子筛层析,利用各蛋白质分子大小不同分离。,(五)超速离心,*超速离心法(ultracentrifugation)既可以用来分离纯化蛋白质也可以用作测定蛋白质的分子量。,5 多肽链中氨基酸序列分析,分析已纯化蛋白质的氨基酸残基组成,测定多肽链的氨基末端与羧基末端为何种氨基酸残基,把肽链水解成片段,分别进行分析,测定各肽段的氨基酸排列顺序,一般采用Edman降解法,一般需用数种水解法,并分析出各肽段中的氨基酸顺序,然后经过组合排列对比,最终得出完整肽链中氨基酸顺序的结果。,Edman降
15、解,异硫氰酸苯酯,6 蛋白质空间结构测定,二级结构测定通常采用圆二色光谱(circular dichroism,CD)测定溶液状态下的蛋白质二级结构含量。-螺旋的CD峰有222 nm处的负峰、208nm处的负峰和198 nm处的正峰三个成分;而-折叠的CD谱不很固定。,三级结构测定X射线衍射法(X-ray diffraction)核磁共振技术(NMR),多肽的化学生物学,第 二 节,研究集中领域,多肽的化学生物学蛋白质化学合成蛋白质修饰和蛋白质药物,2.1 多肽的化学合成,1.肽键形成原理和保护基 原理:多肽的合成就是形成肽键的过程,即一个氨基 酸(AA)氨基亲核进攻另一个氨基酸被活化的 羧基
16、部分,形成肽键。氨基酸的活性基团必须进行保护。,肽键形成步骤,制备部分保护的氨基酸,形成只有单一活性位点的氨基酸衍生物;将氨基保护的氨基酸羧基部分活化,形成活性中间体,再与自由氨基反应形成酰胺键;脱除氨基酸的保护基。,R1,PG,OH,O,H2N,选择性保护,R1,OH,O,NH,活化,PG,R1,NH,O,X,R2,OH,O,H2N,PG,NH,R1,O,HN,R2,OH,O,选择性脱除PG,保护基(Protection Groups),临时性保护基:在下一个肽键形成前脱除,一般用于氨基或羧基的暂时性的保护,脱除不影响半永久性保护基。半永久性保护基:一般用于侧链的保护,在目标序列合成后去除。
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