《生物化学蛋白质》PPT课件.ppt
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1、第二章 蛋白质,一、蛋白质的分类二、蛋白质的组成单位-氨基酸三、肽四、蛋白质的结构五、蛋白质的结构与功能六、蛋白质的性质与分离分析技术,本章内容,蛋白质是有许多-氨基酸按一定序列通过以酰胺键(肽键)缩合而成的,具有稳定的构象并具有一定生物功能的生物大分子。蛋白质是一切生物细胞和组织的主要组成部分,是生命活动所依据的物质基础。,一、蛋白质的分类,C H O N S(50%55%)(6%8%)(20523%)(15%17%)(03%),Others:P、Cu、Fe、Zn、Mn、Co、Se、I,磷 铜 铁 锌 锰 钴 硒 碘,蛋白质氮元素的含量都相当接近,一般在15%17,平均为16。这是凯氏定氮法
2、测定蛋白质含量的计算基础。,蛋白质的元素组成:,6.25 16的倒数,每测定g 氮相当于6.25g的蛋白质。也就是1 g 氮所代表的蛋白质量(克数),蛋白质含量蛋白氮6.25,1.按分子的形状或空间构象分类 A.纤维状蛋白 分子很不对称,形状类似纤维。一般不溶于水。典型的有:胶原蛋白质、弹性蛋白质、角蛋白质、丝蛋白质等B.球状蛋白质 分子的形状接近球形,空间构象比纤维状蛋白复杂。球状蛋白质的溶解性较好,能结晶,生物体内的蛋白质大多数属于这一类。典型的有:胞质酶类等C.膜蛋白质 一般折叠成近球形。生物膜的多数功能是通过膜蛋白实现的。,2.按组成成分分类A.简单蛋白质单纯蛋白不含有非蛋白质部分。这
3、类蛋白质水解后的最终产物只有氨基酸。简单蛋白质按其溶解性又可分为:清蛋白、球蛋白、醇溶蛋白、谷蛋白、精蛋白、组蛋白以及硬蛋白等,参见P18 表2-1,B.结合蛋白质结合蛋白是指由单纯 蛋白和非蛋白成分结合而成的蛋白质。按其非氨基酸成分又可分为:核蛋白、糖蛋白与蛋白聚糖、脂蛋白、色蛋白(血红素蛋白、黄素蛋白)、磷蛋白、金属蛋白,3.按功能分类 酶(催化功能);调节蛋白;贮存蛋白质;转运蛋白质;运动蛋白;防御蛋白和毒蛋白;受体蛋白;支架蛋白;结构蛋白;异常蛋白。,(一)-氨基酸结构通式,二、蛋白质的组成单位-氨基酸,氨基酸是含有氨基及羧基的有机化合物。氨基酸是蛋白质的基本组成单位。从细菌到人类,所
4、有蛋白质都由20种标准氨基酸组成,构型:根据甘油醛构型确定D型和L型,1.根据甘油醛原则确定构型2.自然界的氨基酸有两种构型,构型和旋光方向没有必然联系。3.组成蛋白质的氨基酸都是L型,除甘氨酸外都有旋光性。LAA,据R基团化学结构分类,一氨基一羧基(中性AA、含羟基或巯基AA)Gly、Ala、Val、Leu、Ile、Ser、Thr、Cys、Met,芳香族A(Phe、Tyr),杂环(His、Trp);杂环亚(Pro);,据R基团极性分类,极性R基团AA,非极性R基团AA(8种)Ala、Val、Leu、Ile、Phe、Met、Pro、Trp,不带电荷(7种)Gly、Ser、Thr、Asn、Gln
5、、Tyr、Cys,带电荷:正电荷(种)His、Lys、Arg 负电荷(种)Asp、Glu,据氨基、羧基数分类,一氨基二羧基(酸性AA及其酰胺)Glu、Gln、Asp、Asn,二氨基一羧基(碱性AA)Lys、Arg,人的必需氨基酸LysTrpPheValMetLeuIleThrArg、His(半必需),(二)氨基酸的分类,参见表2-2,脂肪族AA,氨基酸的结构、代号,1 氨基酸的两性解离性质及等电点,pH=pI 净电荷=0,pH pI净电荷为正,pH pI净电荷为负,(pK1),(pK2),当氨基酸溶液在某一定pH值时,使某特定氨基酸分子上所带正负电荷相等,成为两性离子,在电场中既不向阳极也不向
6、阴极移动,此时溶液的pH值即为该氨基酸的等电点(isoelectric point,pI)。,(三)氨基酸的重要理化性质,用标准NaOH和HCI进行滴定,用NaOH和HCI的摩尔数对pH值作图,规律,pHpI aa“”pHpI aa“”pH=pI aa“0”,表观解离常数以丙氨酸为例:,参见P26,对侧链R基不解离的中性氨基酸来说,其等电点是它的pKl和pK2的算术平均值。,pI=(pK1+pK2)/2,对多氨基和多羧基氨基酸的解离 解离原则:,先解离COOH,随后其他COOH;然后解离NH3+,随后其他NH3+一般pI值等于两个相近pK值之和的一半,谷氨酸(A)和赖氨酸(B)滴定曲线和等电点
7、计算,中性氨基酸:pK1为羧基的解离常数,pK2为氨基的解离常数。pI=(pK1+pK2)/2酸性氨基酸:pK1为羧基的解离常数,pK2为侧链羧基的解离常数。pI=(pK1+pK2)/2碱性氨基酸:pK2为氨基的解离常数,pK3为侧链氨基的解离常数。pI=(pK2+pK3)/2,总结,1.某氨基酸的等电点即为该氨基酸两性离子两边的pK值和的一半。2.在氨基酸等电点以上任何pH,AA带净的负电荷,在电场中向阳极移动;在氨基酸等电点以下任何pH,AA带净的正电荷,在电场中向阴极移动。3.在一定pH范围中,溶液的pH离AA等电点愈远,AA带净电荷愈多。,小结,(1)与茚三酮反应 茚三酮在弱酸性溶液中
8、与-氨基酸共热,氨基酸被氧化脱氨、脱羧反应生成醛、CO2和NH3,最后茚三酮与反应产物氨和还原茚三酮发生作用,生成蓝紫色化合物。两个亚氨基酸脯氨酸和羟脯氨酸与茚三酮反应并不释放NH3,而直接形成黄色化合物。,2 氨基酸的化学性质,茚三酮,+,氨基酸与茚三酮反应,水合茚三酮,(2)与甲醛的反应,氨基可以与甲醛反应,生成羟甲基化合物。由于氨基酸在溶液中以偶极离子形式存在,所以不能用酸碱滴定测定含量。与甲醛反应后,氨基酸不再是偶极离子,其滴定终点可用一般的酸碱指示剂指示,因而可以滴定,这叫甲醛滴定法,可用于测定氨基酸。,(3)与2,4-二硝基氟苯的反应(Sanger反应)在弱碱性溶液中,氨基酸的-氨
9、基很容易与2,4-二硝基氟苯(DNFB)作用,生成稳定的黄色2,4-二硝基苯基氨基酸(简写为DNP-氨基酸)。,+,DNFB(dinitrofiuorobenzene),氨基酸,DNP-AA(黄色),(sanger反应),+HF,与丹磺酰氯反应(DNS)丹磺酰氯是二甲氨基萘磺酰氯的简称,+,HCI,有荧光,(4)与异硫氰酸苯酯反应(Edman反应)在弱碱性条件下,氨基酸中的-氨基还可以与异硫氰酸苯酯(PITC)反应,产生相应的苯氨基硫甲酰氨基酸(PTC-氨基酸)。在无水酸中,PTC-氨基酸即环化为苯硫乙内酰脲(PTH),后者在酸中极稳定。这个反应首先被Edman用于鉴定多肽或蛋白质的N-末端氨
10、基酸。,+,PITC,苯氨基硫甲酰氨基酸(PTC-氨基酸),(Edman反应),苯硫乙内酰脲(PTH-AA),两个相邻氨基酸的羧基和氨基之间脱水缩和形成的酰胺键称为肽键。氨基酸形成肽键后,称为氨基酸残基。肽键连接氨基酸残基形成二肽、寡肽、多肽链和蛋白质。,(一)肽与肽键的结构,三、肽,肽键,N=C 0.127nm键长=0.132nmN-C 0.148nm,肽键中的C-N键具有部分双键性质,不能自由旋转。在大多数情况下,以反式结构存在。,参见p32,肽平面或酰胺平面:,组成肽单位的4个原子和2个相邻的碳原子都处于同一个平面内,此刚性结构的平面称为肽平面或酰胺平面。,肽单位:实际就是一个肽平面,(
11、二)肽单位 肽键的四个原子和与之相连的两个-碳原子所组成的基团。,参见p32,酰胺平面与-碳原子之间形成的二面角(和),(三)肽链中AA的排列顺序和命名,通常在多肽链的一端含有一个游离的-氨基,称为氨基端或N-端;在另一端含有一个游离的-羧基,称为羧基端或C-端。氨基酸的顺序是从N-端的氨基酸残基开始,以C-端氨基酸残基为终点的排列顺序。如下面的五肽可表示为:Ser-Gly-Tyr-Val-Leu,参见p31,多肽链结构示意图,(四)天然存在的活性肽,自然界中有自由存在的活性肽,主要有:1.谷胱甘肽(GSH):三肽(GluCysGly),含有自由的巯基,具有很强的还原性,可作为体内重要的还原剂
12、,保护某些蛋白质或酶分子中的巯基免遭氧化,使其处于活性状态。,分子中具有一个由谷氨酸的-羧基和半胱氨酸的-氨基脱水缩合的-肽键,2.脑啡肽:为五肽,具有镇痛作用,它们在中枢神经系统中形成,是体内自己产生的一类鸦片剂。,Met-脑啡肽 H Tyr Gly Gly PheMetOH Leu-脑啡肽 H Tyr Gly Gly phe LeuOH,3.牛催产素与加压素:均为九肽,分子中含有一对二硫键,两者结构类似。前者第八位为Leu,后者为Arg。前者可刺激子宫的收缩,促进分娩。后者可促进小动脉收缩,使血压升高,也有抗利尿作用,参与水、盐代谢的调节。牛催产素 S S CysTyrIleGlnAsnC
13、ysProLeuGly-NH2牛加压素 S S CysTyrPheGlnAsnCysProArgGly-NH2,四 蛋白质的结构,蛋白质与多肽并无严格的界线,通常是将分子量在6000道尔顿以上的多肽称为蛋白质。,定义 1969年,国际纯化学与应用化学委员会(IUPAC)规定:蛋白质的一级结构指蛋白质多肽链中AA的排列顺序,包括二硫键的位置。,(一)蛋白质的一级结构,2.一级结构的意义,一级结构 高级结构 功能,决定,决定,例:牛胰岛素的一级结构,蛋白质的空间结构又称蛋白质的构象或高级结构,是指蛋白质分子中所有原子在三维空间的分布和肽链的走向。蛋白质的高级结构包括二级结构、超二级结构、结构域、三
14、级结构和四级结构等。,(二)蛋白质的空间结构,1 维持蛋白质构象的作用力 维持蛋白质空间构象的作用力主要是次级键,即氢键和盐键等非共价键,以及疏水作用力和范德华力等。氢键:x H y 离子键(盐键):它是由带相反电荷的两个基团 间的静电吸引所形成的 疏水作用力(疏水键):是指非极性基团即疏水基团为 了避开水相而群集在一起的集合力 范德华力:在物质的聚集状态中,分子与分子之 间存在着一种较弱的作用力 二硫键:是两个硫原子之间所形成的共价键,蛋白质的二级结构是指多肽链的主链本身通过氢键沿一定方向盘绕、折叠而形成的构象.它只涉及肽链主链的构象及链内或链间形成的氢键。(注:二级结构不涉及侧链的构象)主
15、要有-螺旋、-折叠、-转角、无规卷曲。,2 蛋白质的二级结构,多肽链中的各个肽平面围绕同一轴旋转,形成螺旋结构,螺旋一周,沿轴上升的距离即螺距为0.54nm,含3.6个氨基酸残基;两个氨基酸之间的距离为0.15nm;每个aa残基沿轴旋转100度.肽链内形成氢键,氢键的取向几乎与轴平行,每个氨基酸残基的C=O氧与其后第四个氨基酸残基的N-H氢形成氢键。绝大多数天然蛋白质中的-螺旋几乎都是右手螺旋。-螺旋都是由L-型氨基酸构成的(Gly除外)。,、-螺旋及结构特点,(1)-螺旋结构,螺距0.54nm,每残基的轴向高度,0.15nm,每残基绕轴旋转100 o,、-螺旋结构形成的限制因素:,凡是有Pr
16、o存在的地方,不能形成。因Pro形成的肽键N原子上没有H,不可能形成氢键。静电斥力。若一段肽链有多个Glu或Asp相邻,则因pH=7.0时都带负电荷,防碍螺旋的形成;同样多个碱性氨基酸残基在一段肽段内,正电荷相斥,也防碍螺旋的形成。位阻。如Asn、Leu侧链很大,防碍螺旋的形成。,(2)-折叠(-pleated sheet),-折叠或-折叠片也称-结构或-构象,它是蛋白质中第二种最常见的二级结构。-折叠是由两条或多条几乎完全伸展的多肽链平行排列,通过链间的氢键进行交联而形成的,或一条肽链内的不同肽段间靠氢键而形成的。肽链的主链呈锯齿状折叠构象,-折叠结构几乎所有肽键都参与链间氢键的形成,氢键与
17、链的长轴接近垂直。-折叠有两种类型:一种为平行式,即所有肽链的N-端都在同一边。另一种为反平行式,即相邻两条肽链的方向相反,-折叠的特点,N,N,N,平行式,N,C,N,反平行式,蚕丝心蛋白,-回折(或发夹结构)在-转角部分,由四个氨基酸残基组成;弯曲处的第一个氨基酸残基的-C=O 和第四个残基的 N-H 之间形成氢键,形成一个不很稳定的环状结构。这类结构主要存在于球状蛋白分子中。其特点是肽链回折180度,(3)-转角,目前发现的-转角多数都存在蛋白质分子表面,它们的含量相当丰富,约占全部AA残基的1/4。,(4)无规卷曲,肽段在空间的不规则排布称为无规则卷曲。在一般球蛋白分子中,往往含有大量
18、的无规则卷曲,它使蛋白质肽链从整体上形成球状构象。,无规则卷曲示意图,细胞色素C的三级结构,无规则卷曲,3 超二级结构,(1)超二级结构指蛋白质中相邻的二级结构单位(-螺旋或-折叠或-转角)组合在一起,形成有规则的、在空间上能够辨认的二级结构组合体。(2)超二级结构的基本类型:、,超二级结构类型,-曲折,-螺旋,定义:对于较大的蛋白质分子或亚基,多肽链往往由两个或两个以上相对独立的三维实体缔合而成三级结构,这种相对独立的三维实体称结构域。现在,结构域的概念有三种不同而又相互联系的涵义:即独立的结构单位、独立的功能单位和独立的折叠单位。,4 结构域,类型:-螺旋域;-折叠域;+域;/域;无规则卷
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