ubMed文献检索.ppt

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1、新版PubMed检索,新版PubMed检索,PubMed及NCBI相关数据库PubMed数据范围认识新版PubMedPubMed检索方法PubMed RSS学科跟踪,PubMed及相关数据库,NCBI(National Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心)NCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一，其成立的原因是为已故的参议院议员Claude Pepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是National Institutes of Health（NIH）底下的N

2、ational Library of Medicine（NLM）的部门之一。由于NLM具有建立与维护生物医学数据库经验，且因它是NIH的单位，因此可执行计算分子生物计划。NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。NCBI成立的主要任务为：提供生物医学的分析与计算工具，协助研究人员了解生物的语言-DNA在健康与疾病中所扮演的角色发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程，包括建立储存与分析分子生物、生化与遗传学知识的自动系统；促 进研究与医学社群使用数据库与软件；协调生物技术信息的传递与 管理；执行以计算机为基础的进阶信息分析过程，用以分析生物重要分子的结构与功能。,NCBI组织架构,

3、Computational Biology Branch（CBB）Information Engineering Branch（IEB）Information Resources Branch（IRB）,NCBI组织架构,Computational Biology Branch（CBB）处理运算、数学及分子生物、生物与遗传学理论问题的基础与应用研究，包括基因体分析、序列比对、序列搜寻方法、巨分子结构、动力学与交互作用、结构/功能预测等。建立NIH实验室、政府机构、学术单位与产业界之生物学家、化学家、数学家与计算机科学家间的计算分子生物合作研究计划。提供研究分子生物分析工具的咨询与建议。与分子生

4、物社群互动，利用计算与理论方法提高实验研究质量。,NCBI组织架构,Information Engineering Branch（IEB）进行数据表现与分析的应用研究，包括在分子生物、遗传学与生物化学的计算机储存、管理与检索系统。设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书，包括核酸、蛋白质与结构信息。设计与发展分布式软件系统，提供研究人员本机与远程的计算服务。协调公开序列、遗传、结构、目录信息，建立管理与整合数据库或连结至外部数据库。建立NIH内部与外部学术单位的信息学合作研究计划。提供软件与数据库设计咨询与建议。发展与提倡数据库、数据交换与生物命名的标准。,NCBI组织架构,Informa

5、tion Resources Branch（IRB）计划、监督与管理NCBI的计算机技术操作，包含用来研究、发展与存取公开数据库的计算机系统。提供NCBI人员与外来使用者技术支持。提供NCBI服务之网络操作指导。规划使用NCBI资源的教育训练与研讨会。计划、发展与管理政府合约与合作协议书，已获得支持NCBI信息功能的设备与服务。作为基因体计划使用者与服务办事处之联络人。执行应用研究与发展，提供技术支持与指导，鉴定使用者需求；管理生物使用社群之问卷调查，以评估NCBI发展的软件使用情形。协调政府其它办事处与生物信息资源，促进NCBI数据储存的发展。,NCBI组织架构,NCBI还有一个跨多学科的基

6、础研究群，组成人员包括计算机科学家、分子生物学家、数学家、生化学家与物理学家，共同致力于计算分子生物的基础与应用研究。他们一起研究利用数学与计算机方法解决分子层面的基本生物医学问题，这些问题包含了基因结构侦测与分析、序列分析、立体结构预测、重复序列类型（Pattern）、建立基因体图谱、HIV感染动力学的数学模型、分析序列错误对数据库搜寻的影响、发展数据库搜寻与多重序列比对的新算法、建立无重复的序列数据库、使用数学模型评估序列相似性在统计学上的重要性、建立文章检索的载体（Vector）模型等。除此之外，这些研究人员尚与NIH的研究单位、学术单位的研究实验室与政府机构的研究实验室间维持合作关系，

7、目前仍有多项研究计划正在进行当中。,NCBI资源,NCBI目前提供的生物信息资源主要分为生物数据库生物信息工具,NCBI资源,生物数据库生物数据库是一个永久数据的大的组织体，通常结合计算机软件执行更新、查询与存取数据的功能。对于研究人员而言，数据库必须符合：容易取得信息以及只取得回答特殊生物问题的信息两项功能。NCBI的数据库搜寻与存取系统-Entrez，可用来获取单一数据库或许多数据库的整合数据。例如Entrez蛋白质数据库除了可查询蛋白质信息，同时亦可连结到生物分类数据库查询生物分类信息。目前，NCBI提供的公开（Open Access）数据库包括如下：,Entrez以及BLAST,Ent

8、rez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定位，分类，和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列，结构和参考文献的能力。PubMed是一个网络搜索界面，可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问，包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章。BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于1

9、5秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从HTTP或FTP来获得。,Entrez可以检索的数据库,Books 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据Conserved Domain Database（

10、CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据Gene，包含许多物种的基因数据库Genome，包含超过800种物种的基因组数据库GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据GEO Profiles，基因表现图谱HomoloGene，同源基因批注数据库Journals，期刊文献（包含PubMed）MeSH，医学主题词数据库NCBI Web Site，所有NCBI网页NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录Nucleotide sequence database，核酸序列

11、数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列数据库）,Entrez可以检索的数据库,Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)，人类遗传疾病相关文献数据库PopSet，族群演化分析相关研究资料Protein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料）PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料PubChem Compound，小分子化学物质结构PubChem Substance，具生物活性之化学物

12、质筛选数据PubMed，科学文献报导数据库PubMed Central，科学文献数字全文数据库Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTPSNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP)Structure，分子模型数据(MMDB)Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息UniGene，人类unique基因序列数据库UniSTS，unique序列卷标地址数据库,PubMed数据范围,数据类型：期刊论文、综述以及与其他数据资源链接。特点：免费提供题录和文摘提供与原文的网址链接(部分免费获取）提供检索词自动转换匹配操作简便、快捷,PubMed数据范围,MEDLINE4800余种生物医学期

13、刊，内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国家和地区。文献量达1千2百多万条记录，并回溯到1966年。记录中用PubMed-indexed for MEDLINE标记表示注 截止2006年3月15日PubMed公布的数据,In process citation提供MEDLINE尚未经规范处理的数据。获MeSH词后，再加入MEDLINE。记录中用PubMed-in process标记表示。,Publisher Supplied Citations出版商直接向PubMed提供电子记录包括MEDLINE未收录的部分记录记录中用PubMed-

14、as supplied by publisher标记表示。,OldMedline1950-1965年间发表的200多万篇文献没有MeSH字段和摘要记录中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966标记表示。,PubMed not MedlinePubMed收录Medline不收录的文献。记录中用PubMed标记表示。,PreMedline,PubMed,Medline,PubMed与MEDLINE的区别,收录范围广：MEDLINE收录的部分生命科学相关文章的非医学专业期刊（物理、天文、化学等）收录记录新：在MEDLINE数据标引前的最新题录文献类型全：提供电子原文链接（部分免费

15、）,认识新版PubMed,PubMed首页PubMed检索结果页PubMed结果显示PubMed摘要显示,新版PubMed特色：简洁、清新检索速度较快,常用工具,Welcome to PubMed,使用帮助,更多服务,检索词输入框,出处SO,篇名TI,作者AU,文献类型(状态),Summary,结果筛选,检索提示,认识新版PubMed,认识新版PubMed,调整显示设置可改变显示模式，显示数量及检索结果排序,显示设置,显示摘要,显示数量,排序模式,在摘要显示模式下可以看到详细的文献信息,作者地址,文献摘要,文献作者,文献篇名,全文链接,文献类型,文献主题词,认识新版PubMed,出版社上传,P

16、reMedline,PubMed,Medline,PubMed数据库收录的文献的状态，主要为Medline,相关数据库检索,检索详情,认识新版PubMed,非英文的文献篇名上有中括号 且注明有语种,英文文献,土耳其语,篇名,英文文献,认识新版PubMed,电子优先即最新文献，一般比印刷出版提前三个月以上,电子优先,2009年5月,2008年9月,认识新版PubMed,PubMed检索方法,PubMed基本检索PubMed高级检索PubMed限定检索PubMed主题检索临床查询检索PubMed全文获取,PubMed基本检索,在检索框中键入一个或多个英文单词（大写或小写均可），点击GO按钮，Pub

17、Med系统会自动在主题词表，期刊名表，短语表及作者索引中查询与输入的词相匹配的形式，这就是它特有的“自动词汇匹配功能”。例如：检索肿瘤(cancer)方面的文章。在检索框中输入：“cancer”，再点击“Go”按钮。PubMed将自动地利用它的“自动词汇匹配”功能将重要的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成MeSH词表中规范的用词进行检索，比如，检索“cancer”将自动转换为：neoplasmsMeSH Terms OR neoplasmsAll Fields OR cancerAll Fields,自动转换匹配：PubMed对输入检索框中的检索词进行智能化地校对，将其逐步地与其数据库中的

18、各类术语匹配的原则。,MeSH Translation Table主题词注释表,Journals Translation Table期刊注释表,Common Phrase List常用词组表,Author Index作者索引表,No Mapping,检索词拆分AND,自由词检索时PubMed自动将不规范的词转换成规范的词进行检索,自动词汇转换,PubMed基本检索,布尔逻辑组合检索，常用的逻辑关系词有AND，OR，NOT等,逻辑与（AND）-检出记录中同时含有检索词A和检索词B.如：A AND B,逻辑非（NOT）-在含检索词A的记录中，去掉含检索词B的记录。如：A NOT B,逻辑或（OR）

19、-检出记录中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B的文献。如：A OR B,PubMed基本检索,作者姓名检索 按照姓+名缩写（不用标点）的格式键入作者姓名，如：smith ja或jones k,系统会自动在作者字段内进行检索。姓名第一个字母可用大写也可用小写，姓前名后,姓用全称，名字一般用缩写。考虑到作者姓名的不同形式，PubMed采用自动转换功能进行作者姓名检索，如：smith j将检索成smith ja,smith jb,smith jr 等。精确检索：可以用双引号将作者名引起来，再加作者字段限定AU，如：smith jau，这样可避免PubMed自动转换，实现精确查找。,PubM

20、ed基本检索,作者姓名检索按照姓(全写)+名(缩写)，之间不用标点键入作者姓名,smith j,PubMed基本检索,精确检索避免PubMed自动词汇转换，实现精确查找,smith jau,PubMed基本检索,期刊检索 在检索框中键入期刊名，如：molecular biology of the cell，系统的“自动词语匹配”功能会将它转换成mol biol celljournal进行检索。也可以直接输入Medline的期刊标准缩写形式，如：mol biol cell，或者是输入刊物的ISSN（国际标准出版物代码）进行检索，如：1059-1524。如果一个杂志名恰好是主题词或关键词，如：ca

21、ncer，science，cell等，PubMed会首先将这些词转换成MeSH词表中的主题词进行检索。因此，需要将检索请求进行标准化处理，即在杂志名后面加TA。如：cellta,PubMed基本检索,期刊的一般检索，是在检索输入框中键入期刊名或期刊的ISSN号,Eur J Immunol,PubMed基本检索,期刊的标准检索，是在期刊名后面加字段限定TA.比如:cellta,cellta,PubMed基本检索,期刊数据库（journal database)期刊数据库的作用：1、可以查看期刊的详细信息，包括出版国家，出版社，出版语言，期刊类目等等；2、可以根据期刊的主题分类，查看medline收

22、录的各学科的期刊，比如查看medline收录的关于麻醉学(Anesthesiology)方面的期刊；2、方便检索某本期刊上被PubMed收录的所有文章。比如：我们想知道期刊Acad Pediatr的全称以及具体的出版社，以方便投稿，如何查？操作方法：点击导航栏上的Journal database，打开期刊数据库检索界面，在检索框中输入Acad Pediatr，再点击Go按钮即可。,PubMed基本检索,期刊数据库在PubMed首页导航栏的右下角部分,期刊数据库,PubMed基本检索,期刊数据库可以查看指定期刊的详细信息,Elsevier出版,期刊数据库,PubMed基本检索,按期刊主题浏览me

23、dline收录的各学科的期刊,期刊主题,期刊数据库,PubMed基本检索,按字母顺序浏览medline收录的各学科期刊,麻醉学方面,PubMed基本检索,期刊数据库可以方便的查看medline收录的各学科方面的期刊,medline收录的麻醉学方面的期刊,PubMed基本检索,截词检索截词检索的作用：扩大检索范围，提高查全率。截词符：用*表示，代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索。如：bacter*，可以检出bacter，bacteria，bacteriophage，bacterium，等最多600个单词。,PubMed基本检索,截词检索可以扩大检索范围提高查全率。

24、,bacter*TI,PubMed基本检索,字段限制检索采用字段限制方式进行检索，其规则是：检索词1字段标识 逻辑运算符 检索词2字段标识如：查找作者为crick在1993年发表的有关DNA方面的文献.检索式：DNAmh AND crickau AND 1993dp,PubMed基本检索,字段限制检索其规则是：检索词+字段标识,DNAmh AND crickau AND 1993dp,PubMed基本检索,常用检索字段描述和标识Titleti：篇名字段Abstractab：摘要字段Affiliation ad：著者地址字段。Author nameau：文章的作者，检索格式：姓+名。如：smit

25、h jaauJournal titleta：期刊名称。如：celltaLanguagela：论文出版语种。语种检索时可只输入前3个字母，如：chila=chinesela；Englishlang=engla比如：检索文章题目中含有高血压的中文文献检索式:hypertensionti AND chila,PubMed基本检索,hypertensionti AND chila,检索文章题目中含有高血压的中文文献,PubMed基本检索,常用检索字段描述和标识Publication datedp:出版日期指论文所在期刊的出版日期日期检索的形式为：YYYY/MM/DDDP要检索一段时期内的文章，日期之间

26、可以加冒号，如：1993/01:1995/06DPPublication typept:出版类型。有综述，新闻，传记，临床试验等。如：reviewptMeSH termsmh：主题词字段。如：hypertensionmhSubheadingssh:副主题词。与主题词组配检索.比如：检索1995年到1996年出版的关于高血压方面的综述性文献。hypertensionmh AND 1995/01:1996/12DP AND reviewpt,PubMed基本检索,检索 1995 年到 1996 年出版的关于高血压方面的综述性文献,hypertensionmh AND 1995/01:1996/12

27、DP AND reviewpt,PubMed基本检索,强制检索功能PubMed允许使用双引号来强制系统进行短语检索。如：在PubMed主页的检索提问框中键入“single cell”，并用双引号引起来。点击“GO”按钮，系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。如果不使用双引号进行强制检索，系统就会将其分成2个词：single和cell检索，其检索表达式为：single AND cell.很明显这样的检索结果是不符号要求的。,PubMed基本检索,强制检索,普通检索,single cell,single cell,PubMed基本检索,高级检索,PubMed高级检索,Pub

28、Med高级检索,预览,检索详情,检索史,高级检索界面下可以看到明细栏，预览，检索史，限定和组合检索等,姚开泰院士2001年以来被Medline收录的文献,PubMed限定检索,限定检索范围为发表在临床核心期刊上的有全文链接的英文文献,出版时间,临床核心期刊,限定为英文,Limit限定,有全文链接,文献类型,年龄段,PubMed主题检索,医学主题词表数据库(MeSH Database)医学主题词表是对生物医学文献进行主题分析、标引和检索的权威性词表，它的作用是使医学文献的主题标引和检索达到统一和一致，并指导用户高质量地检索医学文献。它可以指导用户从同义词发现主题词，告诉用户主题词如何使用，显示主

29、题词之间的相互关系。,医学主题词表数据库(MeSH Database)利用主题词进行检索方法:1、点击主页右下角的MeSH Database进入主题词检索界面；2、输入检索词后，点击go按钮，系统将显示与该词有关主题词；3、点击该主题词进一步显示该主题词的定义、树状结构、组配的副主题词；4、选择合适的主题词与副主题词后，点击send to按钮，进入检索表达式浏览窗口；5、点击Search PubMed将显示检索结果。,PubMed主题检索,主题词数据库在PubMed首页导航栏的右下角,主题词数据库,PubMed主题检索,输入普通词查找对应主题词,MeSH,主题词检索可以指导用户高质量地检索医学

30、文献,PubMed主题检索,一般一个主题词还要配合一个副主题词进行组合检索,选择副主题词,PubMed主题检索,Search Box with AND,点Sent to 将检索词添加到检索表达式浏览窗口,PubMed主题检索,Search PubMed,主题词检索可以达到比较满意的查全率和查准率,PubMed主题检索,主题词检索是在有主题标引的Medline数据库中检索,主题词检索结果,PubMed主题检索,普通词不是规范化的主题词检索结果相关度低,普通词检索结果,PubMed主题检索,PubMed记录字段说明,文摘第一著者单位地址出版商提供文献识别号著者群版权说明参考评论文献合著者文献参考评

31、论定稿版校样版输入日期输入完成日期电子出版日期,电子出版日期文献出版日期数据加入PubMed日期文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称文献相关注释基金编号基因符号期编号资助调研者资助调研单位国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号期刊全称,最后修订日期规范词表词规范词确立日期系统组织的文摘版权拥有者题录提供机构的识别号病史相关与原始记录其他关键词提供其他关键词的机构数据提供者机构文章总页数出版商提供数据时间期刊出版国数据库文献编号,作为主题词的个人姓名出版状态文献类型出版模式（纸张或电子）参考文献数已撤回的文献酶或化学物质代码正在撤消中的文章初版文献修订和再版的文章子

32、专题文档太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号原文来源引用了病例的文献内部处理代码,临床查询检索,“Clinical queries”是专门为临床医生研究设计的内置的临床方法学“过滤器”（Clinical Methodology Filters），这组检索策略模型是由加拿大临床流行病学和生物统计学研究人员Haynes RB等人在1994年提出来的，并进行了查全率和查准率分析。用户通过这一临床方法学检索过滤器，不需掌握复杂的检索策略，即可检索所需的临床研究文献。,使用方法:1、点击主页左侧导航栏的Clinical Queries进入临床查询页面；2、在检索框中输入检索词，并选

33、择副主题词组配，指定检索结果是查全(sensitive)，还是查准(specific)；3、点击GO按钮执行检索。例如：检索“鼻咽癌nasopharyngeal cancer治疗方面的研究文献”,临床查询检索,临床查询在PubMed首页导航栏的中间部分,临床查询,临床查询检索,临床查询主要用于检索临床方面的研究文献,临床查询检索,临床查询检索,临床查询主要包括某种疾病的治疗，诊断病因和预后四个方面,检索结果,临床查询检索,PubMed全文获取,通过PubMed检索出来的文献，部分我们通过浏览摘要即可，部分我们还需要查看全文，以作进一步的研究，那么，我们如何获取全文呢？一：免费的全文,PubMe

34、d收录的文献大约有10%是免费的可以直接打开全文,免费全文可直接打开,PubMed全文获取,打开PDF全文,免费的全文并不代表学术价值低，大部分的生命科学的全文都是免费的,PubMed全文获取,二：学校已订购的全文 如果我们所需要的文献，学校已订购了该文献所在的全文型数据库，我们也可以直接打开或到相应的全文数据库中查找。,PubMed全文获取,国内出版的期刊，学校一般都有订购，请查找清华同方或维普，万方,学校已订购,PubMed全文获取,SpringerLink和EBSCO等外文全文库，一般学校也有订购,学校已订购,PubMed全文获取,学校未订购的全文，如果不是免费的，一般需要付费,学校未订

35、购,PubMed全文获取,三：文献传递服务系统 没有免费的全文以及学校未订购的全文，一般需要付费才可以看到，这类文献我们可以通过基于馆际互借的文献传递服务系统来获取。,PubMed全文获取,PubMed RSS学科跟踪,RSS，也称为“RSS 源”、“XML源”或“Web 源”等，通常在时效性比较强的内容上使用RSS订阅能更快速获取最新信息，利用PubMed的RSS服务，有利于第一时间获取国际上关于某课题或某一方面的最新报道。比如，我是一名临床大夫，我比较关注国际上关于鼻咽癌nasopharyngeal cancer治疗方面的最新报道，我该如何订阅这个最新报道（RSS）呢？订阅最新报道（RSS

36、）首先需要自己制定一个检索式：,需要订阅临床方面的最新报道(RSS)，建议通过临床查询来检索,制定检索式,PubMed RSS学科跟踪,说明：,订阅临床方面的RSS（比如某种疾病的诊断或治疗等），建议通过临床查询(Clinical Queries)来检索，这样可以确保检索质量；订阅课题方面的RSS，建议通过自由词来检索，这样可以检索到最新的电子优先文献，若检索结果在100条以上，建议进一步限定；首次订阅PubMed RSS，系统默认会为订阅者提供目前所能检索到的所有文献的全文，如果您只需要以后更新的最新文献(不需要这些目前能检索到的文献)，请单独说明。,PubMed RSS学科跟踪,检索策略可以反复的修改，直到满意后再申请订阅最新报道(RSS),点击 RSS,PubMed RSS学科跟踪,系统要求为订阅的RSS起个名字，我们可以按系统默认直接点创建,点创建Create Feed,PubMed RSS学科跟踪,红色的标记“XML”即为订阅的RSS文件我们需要复制这个文件,点鼠标右键,选择“复制快捷方式(T)”,PubMed RSS学科跟踪,RSS需要有阅读器才能使用，这样的阅读器很多，有在线阅读器（打开一个网址就可以），离线阅读器（安装软件），如博阅。在阅读器添加种子的部分复制此链接后点击添加,PubMed RSS学科跟踪,谢 谢！,