Internet生物医学信息资源及其检索.ppt

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1、Internet 生物医学信息资源及其检索,主要内容,1.生物医学数据库:Pubmed 2.搜索引擎:google,1.PubMed主要内容,1.1 PubMed概况 1.2 PubMed数据来源1.3 PubMed检索机制1.4 PubMed检索运算符1.5 PubMed检索方法1.6 结果的显示、保存1.7 其他辅助功能,1.1 PubMed概况,创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI)1997年6月开始向全球开放特色：具有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文。与Medline光盘数据库的区别：检索机制、检索界面、

2、检索方法以及收录文献数量不同。,1.2 PubMed数据来源,MEDLINE：pubmed-indexed for medlineIn Process Citations：每天收录，尚未经规范处理的数据。pubmed-in processPublisher-Supplied Citations：由出版商提供的电子文献，每条记录标有PubMed-as supplied by Publisher。,自动转换匹配功能(Automatic Term Mapping)对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是：MeSH表(MeSH Translat

3、ion Table)、期刊刊名表(Journal Translation Table)、短语表(Phrase list)、作者索引(Author Index)。如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，各个词之间也是AND逻辑关系。,1.3 PubMed检索机制,短语检索(Phrase Searching)也可称为强迫词组检索，即，如果要将短语作为一个词组进行检索，可用双引号“”将其引起来。如：“drug therapy”作为词组进行检索的词，系统不进行自

4、动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。,1.3 PubMed检索机制,1.4 PubMed检索运算符,逻辑运算符：逻辑与：AND，逻辑或：OR，逻辑非：NOT。当一个检索表达式中同时含有三个运算符时，运算顺序从左至右，括号可以改变运算顺序。截词符：*，一个词或字拼写出部分字母后面加上一个截词符，chem*表示用词根进行检索。双引号：“”，表示对引号中的短语进行检索。检索字段标识符：tag，tag为字段名称。ti，au，ta，la，pt。,常用字段组成,标识符 字段名称 中文释义TI Title 题目AU Author 作者AD Affiliation 作者单位AB Abstract 文摘DP

5、Publication Date 出版日期TA Journal Title Abbreviation 刊名缩写MH MeSH Terms 主题词PT Publication Type 出版类型,PubMed 网址,高级检索,主题检索,期刊检索,文献匹配,临床咨询,特定主题咨询,1.5 PubMed检索方法,1.5.1 基本检索1.5.2 高级检索1.5.3 主题检索1.5.4 其他辅助检索,1.5.1 基本检索,默认检索字段为主题、作者、期刊,关键词、词(词组)或短语：输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer；带有双引号”作为短语检索：”cancer therapy”；

6、带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。限制检索字段：如liver cancerti作者：Smith J、Smithau2002年以后的文献如果作者有全称，可用全称,1.5.1 基本检索,期刊刊名：可用期刊全称：GENE THERAPYTA；可用期刊简称：JAMATA；(The Journal of the American Medical Association)刊名中含有特殊字符，如、&等，要去掉：如J HAND SURGAM 输入时要写成J HAND SURG AM 截词：chemo*复杂表达式：liver cancer AND therapy带有摘要文献的检索：l

7、iver cancer AND hasabstract,1.5.1 基本检索,分析该检索课题，包含两个方面：肝癌：liver cancer；治疗：therapy两个主题之间的逻辑关系是AND，即liver cancer AND therapy,基本检索举例1：肝癌的治疗,分析该检索课题，包含两个方面：作者为：马大龙（ma dl）；作者单位为：北京大学（peking universityad）。,基本检索举例2：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,我们分别得到了两个检索结果：作者为：马大龙（ma dl）的检索结果；作者单位为：北京大学（peking universityad）的检索结果。现在我们

8、要利用检索史把这两个检索结果用AND组合起来。,基本检索举例2：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,1.5.2 高级检索,限制检索或条件检索：Limit(1)全文、摘要(2)动物、人类(3)文献类型：(4)语种：(5)数据库子集的限定：(6)年龄组：,分析该课题，可知：主题为肝癌治疗，即liver cancer and therapy限制条件有两个：语种为英文（English）；文献类型为综述（Review）,高级检索举例：原文为英文的肝癌治疗方面的综述文献,1.5.3 主题检索,根据medline数据主题标引的规范性，利用主题词进行的研究，对提高查全率、查准率会有相当的帮助。,点击MeSH

9、Database打开主题检索界面,1.5.3 主题检索,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,分析该检索课题，有两个概念：长春新碱（Vincristine）、白血病（leukemia）：对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应组配副主题词“治疗应用（therapeutic use）”；对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组配副主题词“药物疗法（drug therapy）”。同时这两个概念之间是AND的关系。,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（

10、Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,副主题词,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（

11、Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristin

12、e）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,我们通过两个主题检索分别得到了：“长春新碱/治疗应用”的检索结果“白血病/药物疗法”的检索结果下面我们要把这两个检索结果用AND组合起来，就需要用到检索史,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,1.5.5.1 文献匹配器1.5.5.2 临床咨询和系统评价,1.5.4 其他辅助检索,1.5.4.1 文献匹配器,系统提供有两种用来查找特定文献的方式：单篇文献匹配器（Single Citation Matcher）和多篇文献匹配器（Batch Citation Matcher）。如

13、果要查找某一篇文献，点击单篇引文匹配器，输入刊名、日期、卷、期、页码、作者、题目中的一项或多项内容进行检索，系统返回文献记录结果。如果要同时查找多篇文献，则点击多篇引文匹配器，然后在输入框内分行输入每篇文献的查询项目。其中刊名为必需项，其他项目没有时可省略。,单篇文献匹配器（Single Citation Matcher）,多篇文献匹配器（Batch Citation Matcher）,输入格式,1.5.4.2 临床咨询和系统评价,可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统性综述、元分析、临床试验

14、、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等。,1.5.4.2 临床咨询和系统评价,临床咨询,1.5.4.2 临床咨询和系统评价,系统评价,1.5.4.2 临床咨询和系统评价,检索医学遗传学研究方面的文献,1.6 结果的显示、保存,显示保存,1.6.1 结果的显示,显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下3种：（1）Summary：为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。（2）Abstract：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。,（3）MEDLINE：以MEDLIN

15、E数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。,1.6.1 结果的显示,1.6.1 结果的显示,保存记录在“send to”下拉菜单中选择“File”，可完成将记录保存为文件。选择“E-mail”，则可将结果发送至邮箱。在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存；而“Clipboard”页面可用于保存一次或多次检索的结果记录。,1.6.2 检索结果的保存,1.6.2 检索结果的保存,1.7 其他辅助功能,1.7.1 检索策略的存储和调用1.7.2 全文链接1.7.3 相关文献链接,1.

16、7.1 检索策略的存储和调用,使用My NCBI(Cubby)首先要登记注册保存检索策略定期浏览新的检索结果,1.7.2 全文链接,1.7.2 全文链接,1.7.3 相关文献链接,1.7.3 相关文献链接,2.Google主要内容,2.1 Google概况2.2 Google检索语法 2.3 Google一般检索功能2.4 Google scholar,2.1 Google概况,1998年由美国斯坦福大学的两位博士生Larry Page 和Sergey Brin创立；Google由英文单词“googol”变化而来，表示“1”后面带有100个0的数字。搜索结果排序的核心技术是网页级别PageRa

17、nkTM技术：根据网页被链接的次数来评定某一网页的重要性，决定排名次序；不仅可以搜索纯文本文件，还能查找、等文件格式，同时开发了图像检索功能。,2.2 Google检索语法,基本检索语法高级检索语法,基本检索语法,Google 搜索不区分英文字母大小写，所有的字母均当做小写处理；支持“*”：如：“肝*瘤”词组搜索：用引号自动and查询逻辑“或”的关系用“+”连接逻辑“非”的关系用“-”连接,高级检索语法,intitle:限制你搜索的网页标题；intitle:george bush inurl:用于搜索网页上包含的URL，这个语法对寻找网页上的搜索,帮助之类的很有用。inurl:help int

18、ext:只搜索网页部分中包含的文字(也就是忽略了标题、URL等的文字)。intext:intext:html,高级检索语法,site:可以限制你搜索范围的域名。site:loc.gov link:可以得到一个所有包含了某个指定URL的页面列表.例如 就可以得到所有连接到Google的页面。filetype:搜索文件的后缀或者扩展名,注意filetype:htm和filetype:html会得到不同的结果。你也可以搜索各种不同的页面脚本语言,比如ASP,PHP,CGI等；Google对部分Microsoft的文档也做了索引,比如PowerPoint(PPT),Excel(XLS),and Wor

19、d(DOC)等等，以pdf、swf文档（flash动画）等。leading economic indicators filetype:pptleading economic indicators filetype:pdf,高级检索语法,related:搜索和指定页面相关的页面，比如你搜索related:,会得到很多搜索引擎，如HotBot、Yahoo!、Northern Light等。info:提供一个和指定URL更多信息的页面列表，包括URL缓存的连接、URL的连接，和URL相关的连接、URL的页面。注意：这里搜索的结果取决于Google是否对该URL进行了索引，如果没有的话,搜索结果将会少

20、很多。/technology phonebook:用于查询电话号码。phonebook:John Doe CA phonebook:(510)555-1212,2.3 Google一般检索功能,2.4 Google scholar,Google 学术搜索,Google 学术搜索可以从一个位置搜索众多学科和资料来源：来自学术著作出版商、专业性社团、预印本、各大学及其他学术组织的经同行评论的文章、论文、图书、摘要和文章。Google 学术搜索可帮助在整个学术领域中确定相关性最强的研究。Google 学术搜索按相关性对搜索结果进行排序。最有价值的参考信息会显示在页面顶部。Google 排名技术会考虑

21、到每篇文章的完整文本、作者、刊登文章的出版物以及文章被其他学术文献引用的频率。,Google 学术搜索技巧,按作者搜索 输入加引号的作者姓名：d knuth。要增加结果的数量，请不要使用完整的名字，使用首字母即可。作者：knuth、作者：d knuth 或 作者：donald e knuth。按标题搜索 输入加引号的论文标题：针刺镇痛频率特异性的进一步证明。Google 学术搜索会自动查找此论文以及提及此论文的其他论文。,Google 学术高级搜索,检索实例,王耀宏等.急性一氧化碳中毒对大鼠脑循环的影响.中国工业医学杂志 2003.10.25;16(5):257-260,综合型搜索引擎,大部分

22、搜索引擎既允许用户按它们对WWW资源的分类一层一层地浏览网上信息，还允许用户输入任意检索词检索网站及文献，所以这些搜索引擎兼备导航和检索的双重功能。1.google(http:/)2.baidu(http:/www.)3.Yahoo(http:/)4.scirus(http:/www.)5.Alta Vista(http:/)6.InfoSeek(http:/)7.Excite(http:/)8.Lycos(http:/)9.Webcrawler(http:/)10.搜狐(SOHU)(http:/)11.天网(WebGather)(http:/)12.网络指南针(http:/:8010/),医

23、学主题引擎(信息门户),Internet上除提供大量的一般主题指南和搜索引擎外，还有许多站点专门提供医学主题指南和搜索引擎。当然，一般主题指南和引擎也可用于检索或浏览Internet上的医学信息资源的站点。1.MedSite(http:/)2.MEDguide(http:/)3.HealthWeb(http:/healthweb.org)4.HealthAtoZ(http:/)5.MedExplorer(http:/)6.MedWeb(http:/)7.Med Engine(http:/)8.Medical Matrix(http:/)9.Biomednet(http:/)10.Cliniweb International(http:/)11.Medwebplus(http:/),