《系统发育分析》PPT课件.ppt

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2、i模型,系统发育分析,分析步骤,5,分析步骤,构建系统发育树：距离法（UPGMA，Neighbor-joining）最大简约法（Maximum Parsimony methods）最大似然法（Maximum Likelihood methods）,系统发育分析,6,分析步骤,系统树的精确性和统计检验检验法（Bootstrap，Jackknife，permutation）参考Treebase网站:http:/,系统发育分析,7,PHYLIP,PHYLIP是目前广泛使用的系统发育程序http:/Washington大学Joe Felsenstein开发可以在Mac,DOS,Unix,VAX/VMS

3、等平台上运行工具包：核苷酸和蛋白质序列数据的分析序列数据转变成距离数据后，对距离数据分析对基因频率和连续的元素分析把序列的每个碱基/氨基酸独立看待（碱基/氨基酸只有0和1的状态）时，对序列进行分析的软件绘制和修改进化树,系统发育分析,8,PHYLIP对核苷酸和蛋白质序列数据构建系统发育树主要工具列表,系统发育分析,9,TreeView:,10,步骤一 用PHYLIP构建系统发育树,首先使用SEQBOOT.EXE工具输入多序列比对文档lesson7.phy,系统发育分析,11,在Random number seed(must be odd)?题示下输入任何4N+1的数字,如101其他选项设置默认

4、，输入Y，回车运算并生成outfile文件,系统发育分析,12,将outfile更名results1后，双击打开PROTDIST.EXE工具,系统发育分析,13,输入results1选择修改M选项，输入100其他设置默认，输入Y，回车计算生成新的outfile文件,系统发育分析,14,将outfile更名results2后，双击打开NEIGHBOR.EXE工具,系统发育分析,15,输入results2修改O选项，输入23选择修改M选项，输入100其他设置默认，输入Y，回车计算生成outfile和treefile文件,系统发育分析,16,outfile,treefile,系统发育分析,17,将treefile更名results3后，双击打开CONSENSE.EXE工具,系统发育分析,18,输入results3修改O选项，输入18默认R选项，构建无根树其他设置默认，输入Y，回车计算生成outfile和treefile文件,系统发育分析,19,使用TreeView打开treefileTreeView,系统发育分析,20,下面我们结合“新疆主要绵羊品种的系统进化分析”课题讲解如何利用PHYLIP软件进行操作和分析。（在软件上实际操作）。,21,Thanks！,