《真核生物基因》PPT课件.ppt
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1、第八章 真核生物基因 表达调控,第一节 概述第二节 转录前的调控/DNA水平的调控第三节 真核基因转录水平的调控第四节 转录和转录后加工水平的调控 mRNA前体的可变剪接 RNA编辑第五节 翻译的调控,第一节 概述,原核与真核生物基因表达的差异,Repeptitive gene Overlapping gene,Splitting gene no intron,DNA+histon chromatin Naked DNA,回顾,enhancer&silencer Attenuater,monocistron polycistron(operon),m5C gene off,trans fact
2、or,Eukaryote Prokaryote,第二节 转录前的调控/DNA水平的调控,1 DNA的甲基化与去甲基化,真核DNA中的胞嘧啶约有5%被甲基化为5-甲基胞嘧啶(5-methylcytidine,m5C),而活跃转录的DNA段落中胞嘧啶甲基化程度常较低。甲基化可使基因失活,去甲基化又可使基因恢复活性。,Hpa只能切非甲基化的CCGG,所以只有一个切点,产生两条带;Msp可以切甲基化和未甲基化的CCGG,因此有两个切点,产生3条电泳带。,Hpa,同裂酶判断甲基化位点的存在,2 染色质结构对真核基因转录的调控,1.染色质结构影响基因转录 常染色质中的基因可以转录,异染色质(heteroc
3、hromatin),无基因转录表达。2.组蛋白的作用 组蛋白扮演了非特异性阻遏蛋白的作用,非组蛋白成分起到特异性的去阻遏促转录作用 核小体结构影响基因转录。,3 基因重排和基因扩增对基因表达的影响,3.1 基因扩增(gene amplification):在没有发生细胞分裂,整条染色体几乎没有复制的情况下,细胞内某些特定基因的拷贝数专一性增加的现象。1)为满足正常的生长发育需要 如两栖类和昆虫卵母细胞rRNA基因的扩增:卵母细胞中的rDNA拷贝数比体细胞中增加了4000倍。在果蝇滤泡细胞中,编码卵壳蛋白的卵壳基因的扩增。2)外界环境因素引起基因扩增 基因扩增与肿瘤形成及细胞衰老有关。在原发性的
4、视网膜细胞瘤中,含myc 原癌基因的DNA区段扩增10-200倍。许多致癌剂可诱导DNA扩增。,3.2 基因重排(gene rearrangement):即原胚性基因组中某些基因会再组合变化形成第二级基因。特异性调节,发生在特殊的细胞类型中 例如:酿酒酵母接合型;哺乳动物免疫球蛋白编码区的连接。无序的,发生在肿瘤细胞基因组中例如编码完整抗体蛋白的基因是在淋巴细胞分化发育过程中,由原来分开的几百个不同的可变区基因经选择、组合、变化,与恒定区基因一起构成稳定的、为特定的完整抗体蛋白编码的可表达的基因。这种基因重排使细胞可能利用几百个抗体基因的片段,组合变化而产生能编码达108种不同抗体的基因,其中
5、就有复杂的基因表达调控机理。,3.3 基因丢失,在细胞分化过程中,通过丢掉某些基因而去除其活性。例如某些原生动物,线虫、昆虫、甲壳类动物,体细胞常丢掉部分或整条染色体,只保留将来分化产生生殖细胞的那套染色体。例如在蛔虫胚胎发育过程中,有27DNA丢失。在高等动植物中,尚未发现类似现象。许多生物各类不同的细胞或细胞核都具有全能性totipotency。,第三节 真核基因转录水平的调控,1 基因转录的顺式作用元件(cis-acting elements)顺式作用元件:基因周围能与特异转录因子结合而影响转录的一段DNA序列。1.1 启动子(1)核心启动子成分,如TATA框;(2)上游启动子成分(UP
6、E),如CAAT框,GC框,八聚体(octamet)ATF结合位点;(3)远上游顺序(UAS):如增强子,酵母中的UAS(upstream activator seguences)减弱子、静息子等。(4)特殊细胞中的启动子成分:如淋巴细胞中的Oct(octamer)和B。,UPE:upstream promotor elementUAS:upstream activating sequence,表 哺乳动物RNA Pol启动子上游转录因子结合的序列元件(UPE),1.2 增强子 Enhancer1981年Benerji,Rusconi和Chambom等发现,又称远上游序列(far upstre
7、am seguence)。最早SV40病毒中发现长约200bp的一段DNA,可使旁侧的基因转录提高100倍。100-200bp长度,由若干组件构成,其基本核心组件常为8-12bp,可以单拷贝或多拷贝串连形式存在。增强子的作用特点:远距离发挥作用(100500bp,10Kb)促进转录,不具有启动子专一性 功能与方向,位置无关 组织或细胞特异性,1.3 沉默子 silencer负性调控元件,它与转录抑制因子结合抑制转录。最早在酵母中发现,以后在T淋巴细胞的T抗原受体基因的转录和重排中证实其存在。沉默子的作用特点:不受序列方向的影响,能远距离发挥作用,并可对异源基因的表达起作用。,1.4 上游激活序
8、列(upstream activating seguences,UASs)类似于增强子。作用:影响转录程度,对位点选择不起作用。有方向性,不能在启动子的下游起作用。结合的转录因子是GCN4和GAL4,识别位点为ATGACTCAT。,一组受到共同调控的基因,都有一个相同的元件(序列),此元件能与某一个(类)专一蛋白结合,使基因对其作出反应。特点:有短的保守顺序;是启动子或增强子的上游元件。在不同基因中,拷贝相似,有时有多个拷贝;与转录起点距离不固定。,1.5 效应元件(Response element):,2 反式作用因子(trans-acting factors,TF)反式作用因子(trans
9、-acting factor):能调节与它们接触的基因的表达的各种扩散分子(通常是蛋白质),如转录因子;其编码基因与其识别或结合的靶核苷酸序列不在同一个DNA分子上。转录因子(transcription factor)是起正调控作用的反式作用因子。转录因子是转录起始过程中RNA聚合酶所需的辅助因子。真核生物基因在无转录因子时处于不表达状态,RNA聚合酶自身无法启动基因转录。,调控蛋白质包括负调控因子(阻遏蛋白)正调控因子(转录因子)原核生物调控蛋白种类较少(由于启动子或操作子 结构简单)真核生物调控蛋白种类较多,主要是转录因子,2.1 TF的分类:(1)通用反式作用因子,在一般细胞中普遍存在,
10、主要识别一些启动子的核心启动成分TATA框,如TBP;上游启动子成分CAAT框,如CTF/NF-1;GC框如SP1;识别八聚体核苷酸的Oct-1等;(2)特异反式作用因子:特殊组织与细胞中的,如淋巴细胞中的Oct-2;(3)诱导型因子:和反应性元件(response elenents)相结合的反式作用因子。,2.2 反式作用因子活性调节的主要方式,A 蛋白质和DNA相互作用;B 蛋白质和配基结合;C 蛋白质之间的相互作用;D 蛋白质的修饰。,DNA binding domain,BD:100aa,氢键,大沟transcription active domain,AD:30-100aaregul
11、ar domain:与其它因子或调控蛋白结合不与DNA直接结合的转录因子没有DNA结合域,通过转录激活域直接或间接作用与转录复合体而影响转录效率。,2.3 TF结构特征,1)motif 基序,基元,花式,构成任何一种特征序列或结构的基本单位,是超二级结构。与DNA结合的功能域常见以下几种结构花式/基元:锌指(Zinc finger region)螺旋-转角-螺旋结构(helix-turn-helix,HLH);螺旋-环-螺旋结构(helix-loop-helix,HLH):亮氨酸“拉链”式二聚体(leucine zipper);,A 蛋白质和DNA相互作用:,锌指(zinc finger)Zn
12、2+与4个Cys、或2个Cys和2个His相结合。整个蛋白质分子有2-9个锌指重复单位。每一个单位的指部伸入DNA双螺旋的深沟,接触5个核苷酸。,23aaCys-X2-4-Cys-X3-Phe-X5-Leu-X2-His-X3-HisCys,His与Zn2+结合形成4面体结构,使中部的氨基酸回折成环,凸出如手指中部芳香族氨基酸保守,疏水串联重复排列,两指间7-8aa锌指数目多少不等,A.Cys2/His2,经典,SP1,与GC盒结合的转录因子SP1中有连续的3个锌指重复结构。,TF III A,344aa,N端与DNA结合9个锌指,每个30aa与5s rRNA基因内启动子(50bp)结合,B.
13、Cys2/Cys2 zinc finger,Cys-X2-Cys-X13-Cys-X2-CysZn2+与4个Cys结合DNA结合序列较短,对称无大量重复性锌指 Cys2/Cys2与 Cys2/His2不同例如GAL4,酵母的转录因子 哺乳类的固醇类激素受体,糖皮质激素特异性,雌激素特异性,类固醇激素受体是以二聚体形式发挥其促进转录作用的。它们的两个锌指的功能不同。第1个锌指的右侧是控制与DNA结合的,第2个锌指的左侧则是控制形成二聚体的能力的。,螺旋-转角-螺旋(helix-turn-helix,HTH)至少有两个螺旋,其间由短肽段形成的转角或环连接,二聚体形式存在,距离正好相当于DNA一个螺
14、距(3.4nm),两个螺旋刚好分别嵌入DNA的深沟。,许多调控蛋白都有HTH,LacO的R蛋白阻遏蛋白与cro蛋白CAP酵母接合型调控蛋白1,2玉米的Kn1水稻的OSH1,最早在果蝇的homeotic loci(决定身体结构)中发现同形异位现象(homeosis):果蝇头部长触角部位长出脚来。同形异位盒基因(homeobox):高度保守的一段核苷酸序列(180bp),控制胚胎发育的基因。从酵母到人类都存在;homeobox,DNA序列高度保守。,同源异形结构域(Homeodomains,HD),Homeodomain,有3个helix,H1与H2平行H2与H3形成HTH motifH3位于大沟
15、中,与DNA特异结合N末端位于小沟中,与DNA接触,En 果蝇的engrailedAntp 果蝇的触角足蛋白Oct2 哺乳动物转录因子,HD与HTH的不同:(1)HD的C端由3个-螺旋构成,螺旋3结合于大沟;而HTH至少2个-螺旋构成;(2)HTH以二聚体形式与DNA结合,而HD是以单体形式与DNA结合。,螺旋-环-螺旋结构(helix-loop-helix,HLH),4050aa含2个-helix(1516aa),由连接区(1228aa)连接;两亲性,amphipathic;通过疏水面作用形成二聚体;NH2端为碱性结合区,16aa,其中6aa为保守序列。,Basic region6个共有aa
16、不在Id,MyoD 和Id的HLH,MyoD-DNA,缺乏碱性区的蛋白质,即使形成(同、异)二聚体,也无法同DNA结合,zyj278,-COOH,每隔7个氨基酸出现一个Leu,后所有Leu出现在同一侧面,成直线排列,形成疏水面,依靠Leu的疏水作用,2个helix 相互缠绕,形成拉链结构,-NH2,富含碱性氨基酸,螺旋状,碱性DNA结合域,与DNA双螺旋链上带负电荷的磷酸基团结合,(4)碱性-亮氨酸拉链(leucine zipper,ZIP),base ZIP motif Y形结构,GCN4,在真核生物中广泛存在,C/EBP 家族:与增强子蛋白、CAAT盒结合(位于肝脏、小肠上皮、脂肪细胞和某
17、些脑细胞)GCN4 酵母激活因子CREB(cAMP应答元件结合蛋白)原癌基因jun,fos编码产物,Leu拉链可以homodimer,heterodimer起作用,说明用各种不同组合,可产生不同的调控蛋白,能阅读多种序列(功能的灵活性)。,2)转录激活域,A 酸性激活域 如GCN4,GAL4P rich-Gln 如SP1,AP2,oct1,oct2Q rich-pro 如CTF/NF1不规则的,含双性-helix,实验:使用不同的激活域(A,P,Q)与GAL4的结合域构成融合蛋白,检测其激活转录的能力。,DNA结合域只是为激活域在DNA分子上寻找一个立足之地。,酵母双杂交的技术基础,B 蛋白质
18、和配基的结合甾类受体蛋白有3个不同的功能区:(1)N-端区是激活转录所需的区域,不同受体之间此区的同一性仅小于15%;(2)DNA结合及转录活化区,同一性较高为94-42%;(3)C-端的激素结合和二聚体形成区,同一性为57-15%。,糖皮质激素对转录的调控,激素-受体复合物进入细胞核,与增强子结合从而激活启动子,开始转录。,糖皮质激素进入细胞,与受体结合;,类固醇受体(steroid receptor),受体的定义及其具备的条件:受体:靶细胞上与活性物质(配体)专一性结合,并传递信息的部位称为受体。受体应具备4个条件:1)和配体呈特异性结合;2)和配体有很强的亲和力;3)在细胞表面或细胞内,
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