《现代生物学》PPT课件.ppt
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1、第八章 现代生物学技术在蛋白质工程中的应用,传统技术:分离纯化技术,如层析技术、电泳技术;蛋白质鉴定技术,如免疫印迹 技术、酶联免疫吸附测定(ELISA)新技术:对蛋白质进行分析鉴定的蛋白质芯片技术、蛋白指纹图谱技术;研究蛋白质相互作用的表面等离子体共振技术、酵母双杂交技术;用于功能蛋白质筛选的表面展示技术,第一节 蛋白质分析鉴定技术,一、蛋白质芯片技术蛋白质芯片(protein chip)技术是为满足人们对蛋白质的高通量、大信息量、平行分析研究而产生的。蛋白质芯片的产生将基因组学平台和蛋白质组学平台很好地连接起来。,1 蛋白质芯片的概念,蛋白质芯片(protein chip)也叫蛋白质微阵列
2、(protein microarray),是将大量蛋白质有规则地固定到某种介质载体上,利用蛋白质与蛋白质、酶与底物、蛋白质与其他小分子之间的相互作用检测分析蛋白质的一种芯片(如图)。,图 典型的蛋白质微阵列芯片,2 蛋白质芯片的分类,根据用途的不同蛋白质芯片可分:蛋白检测芯片蛋白功能芯片,蛋白检测芯片:将具有高度亲和特异性的蛋白质或多肽,如单克隆抗体、小片段抗体、受体等固定在载体上,制备检测芯片用以识别复杂生物样品中的抗原、目标多肽和蛋白等。,蛋白功能芯片:将天然蛋白、酶或酶底物固定在载体上制成芯片,主要用于天然蛋白活性及分子亲和性的高通量分析,可用来进行蛋白-蛋白、蛋白-多肽、蛋白-小分子、
3、蛋白-DNA-RNA结合以及蛋白-酶反应的研究。,3 蛋白质芯片的制备,Cavin M等制作出高密度蛋白质微阵列,4 蛋白质芯片中探针的标记,探针类型:蛋白质、酶或其它配基 标记物类型:荧光染料、酶,此外还有红色荧光蛋白(RFP)和绿色荧光蛋白(GFP),5 蛋白质芯片信号的检测及数据处理,信号检测:激光共聚焦检测、电荷藕合器件(CCD)检测 数据处理:应用一定的计算机软件对检测中的扫描图进行处理,形成数据,得出结论。,6蛋白质芯片的特点,快速、定量分析大量蛋白质;使用简单,结果正确率较高,只需少量血样标本即可进行分析和检测;采用光敏染料标记,灵敏度高,准确性好;所需试剂少,可直接应用血清样本
4、,便于诊断,实用性强,其不足在于稳定性及操作复杂等因素限制。,7蛋白质芯片的应用,(1)基础研究方面的应用蛋白质DNA相互作用研究:用生物化学表面芯片(PS20),以 DNA 作诱饵,结合特异蛋白质,用质谱法检测,筛查转录因子。蛋白质-mRNA 相互作用研究:通过mRNA 转录与 RNA 结合蛋白质的内在联系建立了一种高通量的方法,用于鉴定在结构上和功能上有关的 mRNA 转录。,(2)临床方面的应用蛋白质芯片技术在临床方面有着广泛的应用,尤其是在疾病的诊断和疗效判定,即生物学标志物的检测上,蛋白质芯片技术具有很大的应用价值和前景。如应用于自身性免疫疾病的诊断,肿瘤的早期诊断等。由于蛋白质芯片
5、是在分子水平进行诊断和预测的,因而它提供了一种更准确的方法。,(3)新药研制方面的应用 研制一种新药往往要对上千种化合物进行筛选,低耗、快速、高效地筛选出新药或待选化合物是目前新药开发工作的重中之重。蛋白质芯片高通量、并行性的特点,大大地加快了化合物的筛选速度。蛋白质芯片技术还对中药现代化有巨大作用。利用蛋白质芯片跟踪药物所引起的蛋白质的表达就可以确定被检药物对人体是否有毒副作用,或达到多大剂量才会引起毒副作用。,(4)环境监测及食品工业中的应用蛋白质芯片还能运用于环境监测及食品工业中,用来检测环境或食品中微量的有毒化学物质或病原菌,如大肠杆菌。,二、蛋白指纹图谱技术,蛋白指纹图谱技术也称为表
6、面增强激光解吸电离飞行时间质谱(surface enhanced laser desorption/Ionization time of flight mass spectrometry,SELDI-TOF-MS),是一种包含层析与质谱的特殊蛋白质芯片技术,用于蛋白质的定量分析。它结合了芯片微阵列与质谱技术两者的优点,是继基因芯片之后出现的新一代生物芯片技术。,1 原理,2 组成,3 应用,结合生物信息学的分析方法从大量的蛋白质和多肽中筛选出潜在的生物标记物,建立高特异性和敏感性的蛋白质指纹图谱模型。蛋白指纹图谱技术在医学领域的应用,主要用于多种疾病,特别是肿瘤的早期诊断。,第二节 研究蛋白相
7、互作用技术,一、表面等离子体共振技术,表面等离子体共振技术是一种简单、直接的传感技术,根据这一原理研制的表面等离子体传感器在检测、分析生物分子间的相互作用等方面得到广泛的应用。,1原理,表面等离子体共振(Surface Plasmon Resonance,SPR)是表面等离子体在金属和电介质的交界面上形成的一电荷层,在电磁波的作用下,表面等离子体发生共振现象。表面等离子体(SP)的概念,即是指金属表面沿着金属和介质界面传播的电子疏密波。在金属表面,电子横向(垂直于表面)运动,受到表面的阻挡,因此在表面上形成了电子浓度的梯度分布,进而引起电子振荡,这种振荡即是电子疏密波。,SPR 生物传感器广泛
8、的用于各类生物体系的测定,包括各类小分子化合物(分子量可小至100 Da)、多肽、蛋白质、寡核苷酸甚至脂分子、病毒和细胞。SPR 生物传感器不需要借助任何标记即可用于分析蛋白质-蛋白质、蛋白质-小分子、蛋白质-核酸和蛋白质-脂的相互作用。,2 SPR 仪结构,在 1990 年 BIAcore 公司首先利用 SPR 原理制作了商品化的生物传感器,是 SPR 生物传感器的主要生产厂家。BIAcore 的 SPR 生物传感器系统核心部分是传感片、SPR 光学测定系统和微射流卡盘(图 为常用 SPR 仪实物图)。,传感片是实时信号传导的载体,也是该测定系统的心脏。芯片是在玻璃片上覆盖了一层金膜(厚约
9、50 nm),金膜的表面在连接不同的多聚物以形成不同的表面基质用于固定不同性质的生物分子。微射流卡盘是一个液体传送系统,通过软件的控制自动的传送一定体积的样品至传感片表面。必要的话,也可以自动的进行样品的回收。,3 SPR 仪的应用,抗体/抗原结合动力学 抗原表位/抗体对位的鉴定 临床免疫学中应用 SPR 技术进行免疫诊断,二、酵母双杂交技术,酵母双杂交技术是一种有效的真核活细胞内研究方法,在蛋白质相互作用研究方面得到了广泛应用并取得了许多有价值的重要发现。,1 原理,1989 年建立了第一个基于酵母的细胞内检测蛋白间相互作用的遗传系统,右图显示了酵母双杂交系统原理。,A,B,C,2 酵母双杂
10、交的组成,酵母双杂交系统由三个部分组成:BD 融合的蛋白表达载体,被其表达的蛋白称诱饵蛋白(bait);AD 融合的蛋白表达载体,被其表达的蛋白称为靶蛋白(prey);有一个或多个报告基因的宿主菌株。,3 应用,酵母双杂交技术主要应用在以下几方面:检验一对功能已知蛋白间的相互作用;研究一对蛋白间发生相互作用所必需的结构域;用已知功能的蛋白基因筛选双杂交cDNA 文库,以研究蛋白质之间相互作用的传递途径;分析新基因的生物学功能。,第三节 表面展示技术,运用 DNA 重组技术在噬菌体、细菌、真菌、病毒等微生物表面呈现外源蛋白或多肽,已在微生物学、分子生物学、疫苗学和生物技术等方面得到了广泛应用。,
11、概念,表面展示技术是利用基因工程手段将外源基因或一组一定长度的随机寡核苷酸片段克隆到特定的表达载体中,使其表达产物与外膜蛋白或噬菌体外壳蛋白以融合蛋白的形式呈现在细胞表面或噬菌体表面。,一、噬菌体展示技术,噬菌体展示技术(phage display techniques,PDT)是将外源肽或蛋白质与特定噬菌体衣壳蛋白融合并展示于噬菌体表面的技术(如右图所示)。1985 年 Smith 等首次应用了该技术。,1 原理,具体来讲噬菌体展示技术就是将待筛选基因插入噬菌体信号肽序列与主要衣壳蛋白基因(主要是基因或基因)之间,构成融合蛋白噬菌体库。表达的融合蛋白可以呈现在噬菌体表面,但不影响噬菌体的完整
12、性和活性。,噬菌体展示载体pCANTAB5E示意图,利用噬菌体展示技术筛选,利用展示的多肽与目标蛋白或肽的亲和结合的性质,可高效率的筛选所需基因。过程如图所示,这样一个吸附-洗涤-洗脱-繁殖的富集过程称为淘洗(panning)。,噬菌体展示技术是第一个真正用于体外高通量筛选的方法。其建立基于三个原则:在衣壳蛋白基因(主要是基因或基因)的 N 端插入外源基因,形成的融合蛋白表达在噬菌体颗粒的表面,不影响也不干扰噬菌体的生活周期,同时保持了外源蛋白的天然构象,并能被相应的抗体或受体所识别。,利用固定于固相支持物的靶分子,采用适当的筛选方法,洗去非特异结合的噬菌体,筛选出目的噬菌体;外源多肽或蛋白质
13、表达在噬菌体的表面,而其编码基因作为病毒基因组中的一部分可通过分泌型噬菌体的单链DNA测序推导出来。,目前,能用于蛋白质、多肽展示的噬菌体系统有:丝状噬菌体展示系统 噬菌体展示系统 T4 噬菌体展示系统 T7 噬菌体展示系统 其中,T7 噬菌体系统可以高、中、低拷贝展示不同分子量的蛋白,是目前最为理想的展示系统。,2 应用,(1)噬菌体展示技术与蛋白质工程 将编码随机多肽的寡核苷酸克隆到噬菌体展示载体上,构成一个高容量的噬菌体多肽文库时,该文库可用于特异性功能多肽的筛选。同样,利用噬菌体展示 cDNA 文库,可筛选出特定的蛋白质或基因。,(2)噬菌体展示技术与抗体工程 噬菌体展示技术的出现使抗
14、体工程进入第三次革命。噬菌体展示技术的成功应用之一就是噬菌体抗体库构建和单克隆抗体的筛选,利用此项技术可筛选到亲和力和特异性都令人满意的并且修饰过的抗体。,将抗体分子片段与噬菌体外壳蛋白融合,使之表达于噬菌体颗粒的表面,就形成了噬菌体抗体。将全套的抗体可变区基因设计适当引物克隆出来,组建到表达载体内,再表达到许多噬菌体颗粒表面,则得到噬菌体抗体库(phage antibody library)。,3 噬菌体展示技术的局限性,(1)在噬菌体展示过程中必须经过细菌转化、噬菌体包装,有的展示系统还要经过跨膜分泌过程,这就大大限制了所建库的容量和分子的多样性。(2)不是所有的序列都能在噬菌体中获得很好
15、的表达,因为有些蛋白质功能的实现需要折叠、转运、膜插入和络合,导致在体内筛选时需外加选择压力。,(3)噬菌体展示文库一旦建成,很难再进行有效的体外突变和重组,进而限制了文库中分子遗传的多样性。(4)由于噬菌体展示系统依赖于细胞内基因的表达,所以,一些对细胞有毒性的分子如生物毒素分子,很难得到有效表达和展示。,二、核糖体展示技术与 mRNA 展示技术,核糖体展示(Ribosome display)技术与 mRNA 展示技术由于在体外无细胞翻译体系中进行,用 mRNA 的可复制性,使靶基因(蛋白)得到有效富集,不受细胞转化效率的限制。它大大提高了文库容量和筛选通量(10121014),而且能够增加
16、表达的蛋白质溶解度。,核糖体展示技术的基本原理,核糖体展示技术的基本原理是通过PCR扩增目的基因的 DNA 文库,同时加入启动子、核糖体结合位点及茎环,并置于具有偶联转录-翻译的无细胞翻译系统中孵育,使目的基因的翻译产物展示在核糖体表面,并形成“mRNA-蛋白质-核糖体”三元复合体,最后利用常规的免疫学检测技术,通过固相化的靶分子直接从三元复合体中筛选出感兴趣的核糖体复合体,再利用 RT-PCR 扩增,进行下一循环的富集和选择,最终筛选出高亲和力的目标分子(如图所示)。,核糖体展示原理示意图,核糖体展示的过程,mRNA 展示技术的原理,mRNA 展示技术也是以 mRNA 和多肽复合体作为筛选的
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