《核酸的结构》PPT课件.ppt
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1、第二节 核酸的结构,一、核酸的一级结构,定义 核酸中核苷酸的排列顺序。由于核苷酸间的差异主要是碱基不同,所以也称为碱基序列。,可以用碱基序列表示核酸的一级结构,核酸的一级结构,核苷酸间的连接键是:3,5-磷酸二酯键 相间排列的戊糖和磷酸构成主链,碱基是有秩序连接的侧链基团 线性核酸链都有一个3-末端和一个5-末端 可以碱基序列表示核酸的一级结构,核酸一级结构的简写表示,5 pApGpTpGpCpT-OH 3,5 A G T G C T 3,核酸一级结构书写规则,用p表示磷酸基团。p在核苷左侧时,表示磷酸与糖环的5-羟基结合;在右侧表示与3-羟基结合。举例:pApCpGpUpApCp GpU:表
2、示水解后C的3-羟基连有磷酸基;pApC pGpU:表示水解后C的3-羟基是游离的P可省略,用字母表示。pACGU,简写式的读向是从左到右,碱基序列是5到3,二、DNA的二级结构-双螺旋结构,(一)DNA双螺旋结构的研究背景,碱基组成分析Chargaff 规则:A=TG C,碱基的理化数据分析 A-T、G-C以氢键配对较合理;其他组合易相互排斥;如 G:T,DNA纤维有相似的X-线衍射图谱,说明DNA可能有共同的空间结构。,Chargaff规则:(1)A=T(2)G=C(3)A+C=G+T(4)A+G=C+T,(二)DNA双螺旋结构模型要点(Watson,Crick,1953),DNA分子由两
3、条相互平行但走向相反的脱氧多核苷酸链组成,两链以-脱氧核糖-磷酸-为骨架,以右手螺旋方式绕同一公共轴盘。碱基对糖苷键的角度差异,使得形成大沟及小沟相间排列。大沟和小沟处碱基基团分布不同,可以与蛋白质特异作用。两个核苷酸间的夹角36,(二)DNA双螺旋结构模型要点,碱基垂直螺旋轴居双螺旋内側,与对側碱基形成氢键配对(互补配对形式:A=T;GC)。碱基在一条链上的排列顺序不受任何限制。但根据碱基配对原则,一条核苷酸链序列可决定另一条互补链的序列。双螺旋的直径为2nm,相邻碱基平面距离0.34nm,螺旋一圈螺距3.4nm,一圈10对碱基。DNA分子大小常用碱基对数(bp)表示,碱基互补配对,T,A,
4、G,C,碱基平面与纵轴垂直,糖环平面与纵轴平行,(二)DNA双螺旋结构模型要点(Watson,Crick,1953),大多数天然DNA属于双链DNA,某些病毒中DNA属于单链DNA.氢键维持双链横向稳定性,碱基堆积力维持双链纵向稳定性。,DNA,双螺旋,正反向,互补链。A对T,GC连,配对时,用氢键(AT2,GC3)十碱基,转一圈,螺距34点中间。碱基力和氢键,维持螺旋结构坚。PS:AT2,GC3:指AT之间二个氢键,GC间三个.螺距34点中间即3.4。,DNA双螺旋结构记忆歌诀,碱基堆积力形成疏水环境(主要因素)。碱基配对的氢键。GC含量越多,越稳定。磷酸基上的负电荷与介质中的阳离子或组蛋白
5、的正离子之间形成离子键,中和了磷酸基上的负电荷间的斥力,有助于DNA稳定。碱基处于双螺旋内部的疏水环境中,可免受水溶性活性小分子的攻击。,稳定双螺旋结构的因素,类型 结晶状态 螺距 碱基距离 每圈 旋转(nm)(nm)bp数 方向A 相对湿度75%2.3 0.255 11 右手 DNA钠盐B 相对湿度92%3.4 0.34 10 右手 DNA钠盐C 相对湿度66%3.1 0.332 9.3 右手 DNA锂盐Z d(GCGCGC)4.5 0.37 12 左手,三、DNA二级结构的其他类型,DNA单键可以旋转,所以DNA会呈现不同二级结构类型,DNA双螺旋结构的多样性,DNA双螺旋结构的多样性,Z
6、型DNA,B型DNA,A型DNA,DNA的其他结构类型,二重对称结构:一条链碱基序列的正读与另一条链 碱基序列的反读相同。(回文顺序)2.镜像重复 此重复序列可能形成三螺旋DNA结构。三螺旋结构可以阻止DNA的体外合成。3.四链结构 由串联重复的鸟苷酸链构成。4条主链平行排列。,(一)定义 DNA双螺旋通过扭曲和折叠所形成的特定构象。包括:不同二级结构单元间的相互作用 单链与二级结构单元间的相互作用 DNA的拓扑特征 超螺旋是DNA三级结构的主要形式。,第四节 DNA的高级结构,超螺旋结构(supercoil)DNA双螺旋链再盘绕即形成超螺旋结构。超螺旋DNA结构致密,增加了其稳定性。,正超螺
7、旋(positive supercoil)盘绕方向与DNA双螺旋方向相同,可增加螺旋圈数。DNA复制时,可在拓扑异构酶的作用下消除正超螺旋的扭曲张力。,负超螺旋(negative supercoil)盘绕方向与DNA双螺旋方向相反,可减少螺旋圈数。解开负超螺旋,双螺旋部分区域会形成单链区。生物体内以负超螺旋存在,意义DNA超螺旋结构整体或局部的拓扑学变化及其调控对于DNA复制和RNA转录过程具有关键作用。,(二)环状DNA的三种典型构象,(1)、松弛环形DNA(开环DNA)超螺旋DNA的一条链断裂,释放扭曲张力形成的DNA(2)、解链环形DNA(线性DNA)超螺旋DNA的两条链均断裂形成的DN
8、A(3)、正超螺旋与负超螺旋DNA,连环数(linking number,L)DNA双螺旋中,一条链以右手螺旋绕另一条链缠绕的次数扭转数(twisting number,T)DNA分子中的Watson-Crick螺旋数目,以T表示超螺旋数(缠绕数,writhing number,W),L=T+W,(三)拓扑异构酶改变DNA拓扑异构体的L值。拓扑异构酶酶I(解旋酶)能使双链负超螺旋DNA转变成松驰形环状DNA,每次催化使L值增加1。拓扑异构酶酶II(促旋酶)能使松驰环状DNA转变成负超螺旋形DNA,每次催化使L减少2。,核小体由DNA链连在一起形成念珠状结构,(四)真核生物染色体的结构,1、染色
9、体,真核生物染色体由DNA和蛋白质构成,其基本单位是 核小体(nucleosome)。,DNA的存在形式,核小体的组成及性质,1.核小体的组成DNA:在组蛋白核心外面缠绕1.75圈(约146bp)组蛋白:H1H2A,H2BH3H4,2.核小体核心颗粒含H2A,H2B,H3和H4各两分子。连接核心颗粒的DNA片段结合一分子H1,串珠状核小体结构,染色体的形成,串珠状结构,螺线管,突环,微带,染色体(DNA的长度压缩近10000倍),常染色质:间期细胞核中压缩程度较低的,转录活性较高的染色体异染色质:压缩程度较高,转录活性较低的染色体,串珠状核小体,DNA双螺旋片段,染色质纤维,伸展形染色质片段,
10、密集形染色质片段,整个染色体,2、序列特异性DNA结合蛋白(SDBP),指染色体中含有的非组蛋白,其主要与特异的DNA序列结合,SDBP种类:高迁移率蛋白(HMG)、转录因子、DNA聚合酶、RNA聚合酶、参与基因表达调控的蛋白质、染色体骨架蛋白等,DNA的功能,DNA的基本功能是以基因的形式荷载遗传信息,并作为基因复制和转录的模板。它是生命遗传的物质基础,也是个体生命活动的信息基础。,基因从结构上定义,是指DNA分子中的特定区段,其中的核苷酸排列顺序决定了基因的功能。,第五节 DNA和基因组,一、基因和基因组的概念,基因:一段有功能的DNA片段,生物细胞中DNA分子的最小功能单位(交换单位)。
11、DNA分子中最小的功能单位,结构基因:为RNA或蛋白质编码的基因,调节基因:只有调节基因表达的功能,并不转录 生成RNA的基因间隔序列:既不转录生成RNA,也没有调节基因表达功能的序列,基因组:某物质所含的全套遗传物质,二、病毒和细菌基因组的特点,1、共同点 基因组较小,只有一个环形或线性的DNA分子 多数序列用来编码蛋白质,基因间的间隔序列很短 功能相关的基因常串联在一起,由共同的调控元件调控,并转录成同一mRNA分子,指导蛋白质合成,称为操纵子。,2.病毒基因组的特点,1)病毒基因组可以由DNA或RNA组成,但每种病毒只含一种核酸(单、双链,环形、线性)。,2)根据合成蛋白质的方式分类:,
12、正链病毒:RNA进入宿主细胞后,直接指导蛋白质的合成负链病毒:RNA进入宿主细胞后,先合成与其碱基序列互补的RNA,再指导蛋白质合成双链病毒:RNA为双链,在宿主细胞中先以负链为模板合成正链RNA来指导蛋白质合成,随后合成负链RNA,构成双链RNA,并和蛋白质组装成新的病毒逆转录病毒:RNA进入宿主后,在逆转录酶作用下,合成与其互补的DNA(cDNA),cDNA转录生成mRNA指导蛋白质合成。,3)重叠基因 一段可以编码多个肽链的核酸序列 重叠基因普遍存在,超过基因总量的10%,3.细菌基因组的特点,细菌染色体有一环形或线性DNA分子,只有一个复制起点 编码蛋白质的基因是单拷贝的,但rRNA基
13、因是多拷贝的 基因组有多种调控区和少量重复序列 基因组中存在可移动的DNA序列(转座子),三、真核生物基因组特点,基因组较大 核基因由多条线性染色体构成,每条染色体含有一线性DNA分子,DNA分子含有多个复制起点。不存在操作子 功能相关的基因组成基因簇,基因是在多种调控因子的作用下协调表达。,3.存在大量的重复序列,高度重复序列中度重复序列低度重复序列单一序列(非重复序列),4.有断裂基因,大多数为蛋白质编码的基因都含有不编码的内含子和编码的外显子。内含子将基因分割成断裂基因(不连续基因)真核生物的基因组含有大量重复序列和内含子,外显子所占比例较小。(人类:1.5%),第六节 RNA的结构与功
14、能,1.碱基组成 A、G、C、U(AU/GC)稀有碱基较多,稳定性较差,易水解多为单链结构;少数局部自身回折形成双螺旋(40%70%),不能配对的碱基形成突环分子较小,组成特点,RNA通常是单链线形分子(一级结构)2.自身回折形成局部双螺旋(二级结构)3.进而折叠(三级结构)4.多数形成核蛋白复合物(四级结构)如:核糖体、拼接体、编辑体等。,结构特点,核糖核苷酸通过 3,5,-磷酸二酯键相连形成长链,RNA的种类、分布、功能,除了上述三种RNA外,细胞的不同部位存在的许多其他种类的小分子RNA,统称为非mRNA小RNA(small non-messenger RNAs,snmRNAs)。,核糖
15、体,RNA,核内不均一,RNA,核内小,RNA,细胞核和胞液,线粒体,功,能,rRNA,mRNA,mt,rRNA,tRNA,mt,mRNA,mt,tRNA,HnRNA,SnRNA,SnoRNA,scRNA/7SL,-,RNA,核糖体组分,蛋白质合成模板,转运氨基酸,成熟,mRNA,的前体,参与,hnRNA,的剪接、转运,rRNA,的加工、修饰,蛋白质内质网定位合成,的信号识别体的组分,RNA,信使RNA,转运RNA,RNA,核内小,胞浆小RNA,细胞核和胞液,线粒体,功,能,rRNA,mRNA,mt,rRNA,tRNA,mt,mRNA,mt,tRNA,HnRNA,SnRNA,SnoRNA,sc
16、RNA/7SL,-,RNA,蛋白质合成模板,转运氨基酸,的前体,的加工、修饰,蛋白质内质网定位合成,的信号识别体的组分,核仁小RNA,含量,80510-15,一、转运RNA的结构与功能,tRNA占细胞RNA总量的15%,在细胞核内形成,分子量最小;tRNA在细胞质中将氨基酸转运到核糖体-mRNA中,指导蛋白质合成;细胞内有50种以上的tRNA;tRNA分子较小,沉降系数平均为4S。,由7090个核苷酸组成含 1020%稀有碱基 3末端为 CCA-OH 5末端大多数为G具有 TC,(一)tRNA的一级结构特点,稀有碱基,(二)tRNA的二级结构三叶草型模型,1,2,3,反密码子环,反密码子,载运
17、氨基酸,四环四臂,氨基酸臂:由7对bp组成,富含G,末端为CCA,接受活化AA二氢尿嘧啶环(D环)由814个核苷酸组成,含有二氢尿嘧啶核苷(D),与氨基酰tRNA合成酶的结合有关反密码环:识别mRNA上的密码子可变环:大小是tRNA分类的重要指标假尿嘧啶核苷-胸腺嘧啶核苷环(T C环):含有保守的T C顺序,可识别核蛋白体上的rRNA,促使tRNA与核蛋白体结合,(三)tRNA的三级结构 倒L形,tRNA三级结构像倒写的字母“L”氨基酸臂和T C臂同轴排列,形成12bp的连续双螺旋 反密码子臂和D臂同轴排列,跟氨基臂所在轴垂直 D环和T C环组成倒L的转角,两环间的氢键和碱基堆积力稳定了转角构
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