《数量性状遗传分析》PPT课件.ppt
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1、第九章 数量性状遗传分析,第一节 数量性状及其特征第二节 数量性状遗传分析的基本方法第三节 近亲繁殖与杂种优势,第一节 数量性状及其特征,一、数量性状的概念 质量性状与数量性状 质量性状(qualitative character):表型之间截然不同,具有质的差别,可以用文字描述的性状。表现不连续变异的性状。如红花、白花、水稻的糯与粳,豌豆的饱满与皱褶等性状。数量性状(quantitative character):表型之间呈连续变异状态,界限不清楚,不易分类,只能用数字描述的性状。表现连续变异的性状。如作物的产量,奶牛的泌乳量等。,第一节 数量性状及其特征,表 玉米穗长的遗传频 长世 率f
2、度 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 N X S V 代 短穗亲本 4 21 24 8 57 6.632 0.816 0.666(N0.60)长穗亲本 3 11 12 15 26 15 10 7 2 101 163802 1.887 3.561(No.54)F1 1 12 12 14 17 9 4 69 12.116 1.519 2.307 F2 1 10 19 26 47 73 68 68 25 15 9 1 401 12.888 2.252 5.072,数量性状的特征 数量性状的变异表现为连续的,杂交后的分离世代不能明确分组,只能用
3、度量单位进行测量,并采用统计学方法加以分析。如水稻、小麦植株的高矮、生育期长短,产量高低等。,第一节 数量性状及其特征,数量性状的特征 数量性状一般容易受环境条件的影响而发生变异,这种变异是不遗传。数量性状举例:玉米果穗长度不同的两个品系杂交,F1的穗长介于两亲本之间,呈中间型;F2出现连续变异,不易分组,即使P1、P2(纯合)也呈连续分布。,第一节 数量性状及其特征,表 玉米穗长的遗传频 长世 率f 度 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 N X S V 代 短穗亲本 4 21 24 8 57 6.632 0.816 0.666(N0.
4、60)长穗亲本 3 11 12 15 26 15 10 7 2 101 163802 1.887 3.561(No.54)F1 1 12 12 14 17 9 4 69 12.116 1.519 2.307 F2 1 10 19 26 47 73 68 68 25 15 9 1 401 12.888 2.252 5.072,数量性状的特征 数量性状普遍存在着基因型与环境互作:控制数量性状的基因较多,且容易出现在特定的发育阶段和环境中表达,在不同环境条件下基因表达的程度可能不同。,第一节 数量性状及其特征,质量性状和数量性状的划分不是绝对,同一性状在不同亲本的杂交组合中可能表现不同。举例:植株的
5、高度是一个数量性状,但在有些杂交组合中,高株和矮株却表现为简单的质量性状遗传。,第一节 数量性状及其特征,数量性状与质量性状区别 质量性状 数量性状1.变异 非连续性 连续性 F1 显性 连续性(中亲值或 有偏向)F2 相对性状分离 连续性(正态分布)2.对环境 不敏感 易受环境条件影响 的效应 产生变异3.控制性状 基因少,效应明显 微效多基因控制 的基因及 存在显隐性 作用相等,累加 效应4.研究方法 群体小,世代数少 群体大,世代数多 用分组描述 采用统计方法,二、数量性状的多基因假说 1908年Nilson-Ehle提出多基因假说(multiple-factor hypothesis)
6、,具体内容有:决定数量性状的基因数目很多 各基因的效应相等 各个等位基因的表现为不完全显性或无显性,或表现为增效和减效作用 各基因的作用是累加性的。,1、数量性状多基因学说实验依据小麦籽粒颜色的遗传P 红粒 白粒 红粒 白粒 红粒 白粒 F1 红 红 红 F2 3红 1白 15红 1白 63红 1白,2、多基因学说的要点 1908年Nilson-Ehle提出多基因假说(multiple-factor hypothesis),具体内容有:决定数量性状的基因数目很多 各基因的效应相等 各个等位基因的表现为不完全显性或无显性,或表现为增效和减效作用 各基因的作用是累加性的。,数量性状由多基因决定,而
7、且受到环境的作用,使遗传和不遗传的变异混在一起,不易区别开来。所以,对数量性状的研究,一定要采用统计学的分析方法。,数量性状基因概念的发展 微效多基因(Polygene)或微效基因(minorgene)基因数量多,每个基因对表型的影响较微,所以不能把它们个别的作用区别开来,称这类基因为微效基因。这是专门用来表述控制数量性状的基因,与控制质量性状的基因相区别。,数量性状是许多对微效基因或多基因(polygene)的联合效应所造成。多基因中的每一对基因对性状表型的表现所产生的效应是微小的。微效基因的效应是相等而且相加的,故又可称多基因为累加基因。微效基因的等位基因之间往往缺乏显隐性。有时用大写字母
8、表示增效,小写字母表示减效。微效基因对环境敏感,因而数量性状的表现容易受环境因素的影响而发生变化。微效基因的作用常常被整个基因型和环境的影响所遮盖,难以识别个别基因的作用。多基因与主效基因(majorgene)一样都处在染色体上,并且具有分离、重组、连锁等性质。,数量性状位点(quantitative trait loci,QTL)在控制数量性状的多基因中,对该数量性状值贡献较大的位点。DNA分子标记技术的发展,为QTL的定位研究和QTL分子标记辅助选择育种提供了技术支持。,修饰基因(modifying facfors)是指有一些性状虽然是受一对或少数n对主基因控制,但另外还有一组效果微小的基
9、因能增强或削弱主基因对表现型的作用,这类微效基因在遗传学上称为修饰基因。,举例 牛的毛色花斑是由一对隐性基因控制的,但花斑的大小则是一组修饰基因影响主基因的结果。,超亲遗传 杂种后代在某个(些)性状的度量值超过双亲。这种现象可用多基因假说来解释。详见“杂种优势利用”一章。,三、阈性状及其特征阈性状:指性状的遗传是由多基因决定,而它们的表型 是 非连续性的一类性状。(threshold)。个体间度量数据表现为连续分布,表型是非连续性。,第一节 数量性状及其特征,第二节 数量性状遗传分析的基本方法,分析数量性状的基本统计方法,均值(mean)又称为平均值(average)方差(variance)标
10、准差(standard deviation,SD)或叫做标准误(standard error)相关(correlation)相关系数(correlation coefficient)协方差(covariance)回归(regressim),平均数(mean)通常是应用算术平均数,即把全部资料中各个观察的数据总加起来,然后用观察总个数除之,所得的商就是平均数。X=X/n 平均数是用以表示一组资料的集中性,第二节 数量性状遗传分析的基本方法,方差(Variance)和标准差(standard deviation)方差:是用以表示一组资料的分散程度或离中性,方差(或称变量)开方即等于标准差,它们是全
11、部观察数偏离平均数的重要参数,方差或标准差愈大,表示这个资料的变异程度愈大,也说明平均数n代表性愈小。方差 V=(x-x)2/(n-1)=x 2-(x)2/n/(n-1)标准差 S=(x-x)2/(n-1)(n30时,n-1n),第二节 数量性状遗传分析的基本方法,S2=,X 和(Xi-X)不是整数不便计算,所以将上式进一步改为下式:(X-X)2 n(X2-2XX+X2)X2-2XX+X2 n n X n X2-2nXX+nX2 X2-nX2 n n X n n 假使平均数是从实际观察数计算来,公式(1)的分母是n-1。,S2=,=,X=,nX=X,(1),(2),(3),(3)代入(2)S2
12、=,=,(,S2=,表 玉米穗 长的平均数和标准差频 长世 率f 度 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 N X S V 代 短穗亲本 4 21 24 8 57 6.632 0.816 0.666(N0.60)长穗亲本 3 11 12 15 26 15 10 7 2 101 16.380 1.887 3.561(No.54)F1 1 12 12 14 17 9 4 69 12.116 1.519 2.307 F2 1 10 19 26 47 73 68 68 25 15 9 1 401 12.888 2.252 5.072,一、数量性状的
13、遗传率1、表型值及其方差的分量,一、数量性状的遗传率 1、表型值及其方差的分量 表现型值:某性状表现型(度量或观察到)的数值,用P表示;基因型值:性状表达中由基因型所决定的数值,用G表示;环境型值:表现型值与基因型值之差,用E表示 三者关系:P=G+E,表型方差=遗传(基因型)方差+环境方差 VPhenotype=VGenetics+VEnvironment,表型是基因型和环境相互作用的结果,2.遗传率(1)、广义遗传率 定义:遗传方差占总方差的比值,通常以百分数表示 h2B(广义遗传率)=遗传方差/总方差100%=VG/(VG+VE)100%推导:令P、G和E分别表示P(表现型值)、G(基因
14、型值)和E(环境值)的平均数。,那么上式P=G+E各项的方差可以推算如下:(P-P)2=(G+E)-(G+E)2=(G-G)2+(E-E)2+2(G-G)(E-E)如果基因型与环境之间没有相互关系,则 2(G-G)(E-E)=0那么(P-P)2=(G-G)2+(E-E)2 除以n(P-P)2/n=(G-G)2/n+(E-E)2/n VP=VG+VE h2B=VG/(VG+VE)100%=VG/VP 100%,遗传率的意义 从上式可以看出,遗传方差越大,占总方差的比重愈大,求得的遗传率数值愈大,说明这个性状传递给子代的传递能力就愈强,受环境的影响也就较小。这样,亲本性状在子代中将有较多的机会表现
15、出来,选择的把握性就大;反之,则小。所以,遗传率的大小可以作为衡量亲代和子代之间遗传关系的标准,广义遗传率的估算方法 广义遗传率定义:h2B=VG/VP=VG/(VG+VE)100%VP=VG+VE VG(遗传方差)=VP-VE VP(总方差)=F2的表型方差 VE(环境方差)=VF1=1/2(VP1+VP2)=1/3(VP1+VP2+VF1),VG(遗传方差)=VP-VE h2B=VG/VF2100%=(VF2-VF1)/VF2 100%=VF2-1/2(VP1+VP2)/VF2100%=VF2-1/3(VF1+VP1+VP2)/VF2 100%,表 玉米穗 长的平均数和标准差频 长世 率f
16、 度 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 N X S V 代 短穗亲本 4 21 24 8 57 6.632 0.816 0.666(N0.60)长穗亲本 3 11 12 15 26 15 10 7 2 101 163802 1.887 3.561(No.54)F1 1 12 12 14 17 9 4 69 12.116 1.519 2.307 F2 1 10 19 26 47 73 68 68 25 15 9 1 401 12.888 2.252 5.072,举例:玉米穗长试验,从表5-1计算得:VF2=5.072,VF1=2.037,
17、VP1=0.666,VP2=3.561代入上式得 h2B=VG/VF2100%=(VF2-VF1)/VF2100%=()/5.072100%=54%或 h2B=VF2-1/2(VP1+VP2)/VF2100%=5.072-1/2(0.666+3.561)/5.072100%=58%,(2)狭义遗传率(narrow-sense heritability)基因作用的分解 从基因作用来分析,基因型方差可以进一步分解为三个组成部分:基因相加方差(additive genetic variance或称加性方差VA)显性偏差方差(dominant genetic variance或称显性方差VD)上位性作
18、用方差(interactive genetic variance或称上位性方差VI),加性方差(VA):等位基因间和非等位基因间的累加作用引起的变异量 A=1 B=2 A+B=3显性方差(VD):等位基因间相互作用引起的变异量 Aa=0.5 Bb=1上位性方差(VI):非等位基因间的相互作用引起的变异量 Aa+Bb=2,所以 VG=VA+VD+VI VP=(VA+VD+VI)+VE 加性方差(VA)是可固定的遗传变异量,可在上下代间传递,而另两种VD和VI则不能固定。,A B,a b,A B,a b,同源染色体,A和 a称为等位基因B和 b称为等位基因A(a)和 B(b)称为非等位基因,A B
19、,a b,后期(有丝分裂)后期II(减数分裂),加性效应=A+a+B+b=1+0+1+0=2显性效应=Aa+Bb=0.2+0.3=0.5上位性效应=(Aa)(Bb)=0.20.3=0.06,狭义遗传率的定义及计算公式 基因加性方差占表现型总方差的比值,称为狭义遗传率(h2N),亦称为育种方差。h2N(狭义遗传率)=基因加性方差/总方差100%=VA/VP100%=VA/(VG+VE)=VA/(VA+VD+VI)+VE,四、狭义遗传率的估算方法 1.基因效应值设定 以一对基因为例,显性为A,隐性a 组合 AA Aa aa+a表示中亲值正向的基因型加性假定的理 论值,即AA的加性效应-a表示中亲值
20、负向的基因型加性假定的理 论值,即aa的加性效应 d表示由显性作用的影响所引起的与中亲 值的偏差,即Aa的显性偏性,第四节 遗传率的估算及其应用 一、广义遗传率的概念 二、广义 遗传的估算方法 三、狭义遗传率的估算方法 四、遗传率在育种上的应用,aa,0,d,Aa,AA,-a,+a,中亲值,aa,0,d,Aa,AA,-a,+a,中亲值,第四节 遗传率的估算及其应用 一、广义遗传率的概念 二、广义 遗传的估算方法 三、狭义遗传率的估算方法 四、遗传率在育种上的应用,d=0时,不存在显性偏差,Aa为加性效应 d a,Aa为超显性 中亲值:两亲本的中间值,其值=a+(-a)/2=0,第四节 遗传率的
21、估算及其应用 一、广义遗传率的概念 二、广义 遗传的估算方法 三、狭义遗传率的估算方法 四、遗传率在育种上的应用,aa,0,d,Aa,AA,-a,+a,中亲值,2.利用加性、显性效应值计算F2的遗传方差 F2的分离与基因效应值 1/4AA:1/2Aa:1/4aa 群体平均理论值X=1/4a+1/2d+1/4(-a)=1/2d F2遗传方差计算表8-2 F2的基因型理论值及遗传方差的估算 f x fx fx2 AA 1/4 a 1/4a 1/4a2 Aa 1/2 d 1/2d 1/2d2 aa 1/4-a-1/4a 1/4a2合计 n=1 fx=1/2d fx2=1/2a2+1/2d2,f:为频
22、率,n=1,x:理论值VF2=fx2-(fx)2/n=(1/2)a2+(1/2)d2-(1/4)d2=1/2a2+1/4d2,F2遗传方差计算表8-2 F2的基因型理论值及遗传方差的估算 f x fx fx2 AA 1/4 a 1/4a 1/4a2 Aa 1/2 d 1/2d 1/2d2 aa 1/4-a-1/4a 1/4a2合计 n=1 fx=1/2d fx2=1/2a2+1/2d2f:为频率,n=1,x:理论值VF2=fx2-(fx)2/n=(1/2)a2+(1/2)d2-(1/4)d2=1/2a2+1/4d2,f:为频率,n=1,x:理论值VF2=fx2-(fx)2/n=(1/2)a2+
23、(1/2)d2-(1/4)d2=1/2a2+1/4d2 如果有k对基因,则VF2=(1/2)(a12+a22+ak2)+(1/4)(d12+d22+dk2)=(1/2)a2+(1/4)d2令 VA=a2 VD=d2 则F2的遗传方差VF2=(1/2)VA+(1/4)VD 各基因加性效应 各基因显性 方差的总和 偏差方差的总和 进一步考虑环境方差则得 VF2=(1/2)VA+(1/4)VD+VE,进一步考虑环境方差则得 VF2=(1/2)VA+(1/4)VD+VE 将遗传方差拆分成加性方差和显性方差之和,狭义遗传率:基因加性方差占表现型总方差的比值,称为狭义遗传率(h2N)狭义遗传率:h2N=V
24、A/VP=(1/2 VA)/VF2 接下来的问题是求出加性方差,即1/2 VA重新建立模型,求出1/2 VA,求出加性方差1/2VA,只需要用F1个体回交两个亲本,并计算回交一代的方差:F1(Aa)P1(AA)得B1;F1(Aa)P2(a a)得B2。B1,B2的表型方差VB1、VB2分别计算如下,3.回交一代遗传方差的估算 回交:杂种后代与其两个亲本之一再次杂交 即:F1(Aa)P1(AA)得 B1 B1(1/2)AA:(1/2)Aa 分离比例 1/2a+1/2d 平均基因型理论值(x),第四节 遗传率的估算及其应用 一、广义遗传率的概念 二、广义 遗传的估算方法 三、狭义遗传率的估算方法
25、四、遗传率在育种上的应用,表8-3 B1的平均基因型理论值及遗传方差的估算 f x fx fx2 AA 1/2 a(1/2)a(1/2)a2 Aa 1/2 d(1/2)d(1/2)d2 合计 n=1 1/2(a+d)1/2(a2+d2)回交一代(B1)的遗传方差 V=(x-x)2/n=x 2-(x)2/n/n(1/2)(a2+d2)-(1/4)(a+d)2=(1/4)(a-d)2=(1/4)(a2-2ad+d2),B1(F1(Aa)P1(AA))的表型方差 VB1=VG+VE=(1/4)(a2-2ad+d2)+VE,AaaaB2 同理,推导出回交一代(B2)的遗传方差=(1/4)(a2+2ad
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