文献检索pubmed讲解资料.ppt

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1、PubMed文献服务系统及PubMed RSS学科跟踪服务,PubMed简介,PubMed(Medline)由美国国立医学图书馆（NLM）、国际MEDLARS成员（中国为第16个成员国）及合作的专业组织共同研制开发，是目前国际上公认的检索生物医学文献最具权威、利用率最高、影响最广的数据库，也是我国卫生部认定的科技查新必须检索的国外医学数据库。,提 纲,PubMed概况PubMed功能栏介绍认识PubMed文献PubMed基本检索PubMed高级检索主题词MeSH检索循证及临床查询检索PubMed全文获取PubMed RSS学科跟踪,概况,网址：www.ncbi.nlm.nih.gov/pubm

2、ed 或 www.pubmed.govPubMed收录的期刊最早追溯至1865年，共收录了70余个国家36000余种期刊，1900多万篇文献；PubMed 的子集Medline收录的文献最早追溯至1902年，现有记录1790多万篇；目前每年增加约60余万条文献记录；在全部记录中有76%的文献为英文；在2000年以来的记录中90%的文献为英文，共计收录国内出版的期刊170余种。,www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed,Welcome to PubMed,使用帮助,检索词输入框,常用工具,更多服务,认识PubMed文献,出处SO,篇名TI,作者AU,文献类型(状态),Summary

3、,认识PubMed文献,调整显示设置可改变显示模式，显示数量及检索结果排序,显示设置,显示摘要,显示数量,排序模式,认识PubMed文献,在摘要显示模式下可以看到详细的文献信息,作者地址,文献摘要,文献作者,文献篇名,全文链接,文献类型,文献主题词,认识PubMed文献,出版社上传,PreMedline,PubMed,Medline,PubMed数据库收录的文献的状态，主要为Medline,认识PubMed文献,非英文的文献篇名上有方括号 且注明有语种,英文文献,土耳其语,篇名,英文文献,认识PubMed文献,电子优先即最新文献，一般比印刷出版提前三个月以上,电子优先,2009年5月,2008

4、年9月,PubMed基本检索,自由词检索 在检索框中键入一个或多个英文单词（大写或小写均可），点击GO按钮，PubMed系统会自动在主题词表，期刊名表，短语表及作者索引中查询与输入的词相匹配的形式，这就是它特有的“自动词汇匹配功能”。例如：检索肿瘤(cancer)方面的文章。在检索框中输入：“cancer”，再点击“Go”按钮。PubMed将自动地利用它的“自动词汇匹配”功能将重要的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成MeSH词表中规范的用词进行检索，比如，检索“cancer”将自动转换为：neoplasmsMeSH Terms OR neoplasmsAll Fields OR cance

5、rAll Fields,自由词检索时PubMed自动将不规范的词转换成规范的词进行检索,自动词汇转换,PubMed基本检索,PubMed基本检索,布尔逻辑组合检索，常用的逻辑关系词有AND，OR，NOT等,逻辑与（AND）-检出记录中同时含有检索词A和检索词B.如：A AND B,逻辑非（NOT）-在含检索词A的记录中，去掉含检索词B的记录。如：A NOT B,逻辑或（OR）-检出记录中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B的文献。如：A OR B,PubMed基本检索,作者姓名检索 按照姓+名缩写（不用标点）的格式键入作者姓名，如：smith ja或jones k,系统会自动在作者字段

6、内进行检索。姓名第一个字母可用大写也可用小写，姓前名后,姓用全称，名字一般用缩写。考虑到作者姓名的不同形式，PubMed采用自动转换功能进行作者姓名检索，如：smith j将检索成smith ja,smith jb,smith jr 等。精确检索：可以用双引号将作者名引起来，再加作者字段限定AU，如：smith jau，这样可避免PubMed自动转换，实现精确查找。,PubMed基本检索,作者姓名检索按照姓(全写)+名(缩写)，之间不用标点键入作者姓名,smith j,PubMed基本检索,精确检索避免PubMed自动词汇转换，实现精确查找,smith jau,PubMed基本检索,期刊检索

7、在检索框中键入期刊名，如：European journal of immunology，系统的“自动词语匹配”功能会将它转换成Eur J ImmunolJournal OR european journal of immunologyAll Fields进行检索。也可以直接输入Medline的期刊标准缩写形式，如：Eur J Immunol，或者是输入刊物的ISSN（国际标准出版物代码）进行检索，如：0014-2980。如果一个杂志名恰好是主题词或关键词，如：cancer，science，cell等，PubMed会首先将这些词转换成MeSH词表中的主题词进行检索。因此，需要将检索请求进行标准化

8、处理，即在杂志名后面加TA。如：cellta,PubMed基本检索,期刊的一般检索，是在检索输入框中键入期刊名或期刊的ISSN号,Eur J Immunol,PubMed基本检索,期刊的标准检索，是在期刊名后面加字段限定TA.比如:cellta,cellta,PubMed基本检索,期刊数据库（journal database)期刊数据库的作用：1、可以查看期刊的详细信息，包括出版国家，出版社，出版语言，期刊类目等等；2、可以根据期刊的主题分类，查看medline收录的各学科的期刊，比如查看medline收录的关于麻醉学(Anesthesiology)方面的期刊；2、方便检索某本期刊上被PubM

9、ed收录的所有文章。比如：我们想知道期刊Acad Pediatr的全称以及具体的出版社，以方便投稿，如何查？操作方法：点击导航栏上的Journal database，打开期刊数据库检索界面，在检索框中输入Acad Pediatr，再点击Go按钮即可。,PubMed基本检索,期刊数据库在PubMed首页导航栏的右下角部分,期刊数据库,PubMed基本检索,期刊数据库可以查看指定期刊的详细信息,Elsevier出版,期刊数据库,PubMed基本检索,按期刊主题浏览medline收录的各学科的期刊,期刊主题,期刊数据库,PubMed基本检索,按字母顺序浏览medline收录的各学科期刊,麻醉学方面,

10、PubMed基本检索,期刊数据库可以方便的查看medline收录的各学科方面的期刊,medline收录的麻醉学方面的期刊,PubMed基本检索,截词检索截词检索的作用：扩大检索范围，提高查全率。截词符：用*表示，代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索。如：bacter*，可以检出bacter，bacteria，bacteriophage，bacterium，等最多600个单词。,PubMed基本检索,截词检索可以扩大检索范围提高查全率。,bacter*TI,PubMed基本检索,字段限制检索采用字段限制方式进行检索，其规则是：检索词1字段标识 逻辑运算符 检索词2字

11、段标识如：查找作者为crick在1993年发表的有关DNA方面的文献.检索式：crickau AND 1993dp AND DNA,PubMed基本检索,crickau AND 1993dp AND DNA,字段限制检索其规则是：检索词+字段标识,PubMed基本检索,常用检索字段描述和标识Titleti：篇名字段Abstractab：摘要字段Affiliation ad：著者地址字段。Author nameau：文章的作者，检索格式：姓+名。如：smith jaauJournal titleta：期刊名称。如：celltaLanguagela：论文出版语种。语种检索时可只输入前3个字母，如：

12、chila=chinesela；Englishlang=engla比如：检索文章题目中含有高血压的中文文献检索式:hypertensionti AND chila,PubMed基本检索,hypertensionti AND chila,检索文章题目中含有高血压的中文文献,PubMed基本检索,常用检索字段描述和标识Publication datedp:出版日期指论文所在期刊的出版日期日期检索的形式为：YYYY/MM/DDDP要检索一段时期内的文章，日期之间可以加冒号，如：1993/01:1995/06DPPublication typept:出版类型。有综述，新闻，传记，临床试验等。如：rev

13、iewptMeSH termsmh：主题词字段。如：hypertensionmhSubheadingssh:副主题词。与主题词组配检索.比如：检索1995年到1996年出版的关于高血压方面的综述性文献。1995/01:1996/12DP AND hypertensionmh AND reviewpt,PubMed基本检索,检索 1995 年到 1996 年出版的关于高血压方面的综述性文献,1995/01:1996/12DP AND hypertensionmh AND reviewpt,PubMed基本检索,常用检索字段描述和标识FILTER Filter：由PubMed系统链接的外部资源站点

14、所使用的用来限定文献的技术标识，此检索字段常用来限定检索比如被F1000M评价的文献等 Faculty of 1000是英国现代生物出版集团（BioMed Central）为弥补只用期刊影响因子（IF）来衡量刊物的不足，近年来提出了“Faculty of 1000”计划。从全世界邀请数千名顶尖的生物学家和医学专家，请他们从每年所发表的生物医学SCI论文中评选出一小部分（约占0.1%）的文章，赋予F1000论文称号，推荐给全世界的生物学和医学工作者，并由“Faculty of 1000”中的科学家对F1000论文逐篇加以评论。例如：检索“鼻咽癌nasopharyngeal cancer治疗方面的

15、被Medline正式收录且被F1000评价过的研究文献”要求查准不要求查全，对此构建的检索式：(nasopharyngeal cancer)AND(Therapy/Narrowfilter)AND medlinesb AND loprovf1000mfilter,PubMed基本检索,检索鼻咽癌治疗方面的且被Medline正式收录及F1000评价过的研究文献,F1000M文献评价,PubMed基本检索,强制检索功能PubMed允许使用双引号来强制系统进行短语检索。如：在PubMed主页的检索提问框中键入“single cell”，并用双引号引起来。点击“GO”按钮，系统会将其作为一个不可分割的

16、词组在数据库的全部字段中进行检索。如果不使用双引号进行强制检索，系统就会将其分成2个词：single和cell检索，其检索表达式为：single AND cell.很明显这样的检索结果是不符号要求的。,PubMed基本检索,强制检索,普通检索,single cell,single cell,PubMed高级检索,高级检索,PubMed高级检索,限定栏,预览,高级检索界面下可以看到明细栏，预览，检索史，限定和高级检索等,检索史,明细栏,高级检索,更多服务,PubMed高级检索,姚开泰院士2001年以来被Medline收录的文献,姚开泰,作者,PubMed高级检索,姚开泰院士2001年以来被Med

17、line收录的文献,时间,2001,使用说明,PubMed高级检索,Limit限定,年龄,物种,子集,全文,字段,时间,性别,语言,文献类型,PubMed高级检索,限定检索范围为近半年来以英文发表的循证医学方面的文献,限定为英文,限定为循证等文献,限定为近半年,PubMed高级检索,限定检索范围为被Medline正式收录的有电子全文链接的中老年病例,限定为Medline,限定为有电子全文,限定为中老年,主题词MeSH检索,医学主题词表数据库(MeSH Database)医学主题词表是对生物医学文献进行主题分析、标引和检索的权威性词表，它的作用是使医学文献的主题标引和检索达到统一和一致，并指导用

18、户高质量地检索医学文献。它可以指导用户从同义词发现主题词，告诉用户主题词如何使用，显示主题词之间的相互关系。,主题词MeSH检索,医学主题词表数据库(MeSH Database)利用主题词进行检索方法:1、点击主页右下角的MeSH Database进入主题词检索界面；2、输入检索词后，点击go按钮，系统将显示与该词有关主题词；3、点击该主题词进一步显示该主题词的定义、树状结构、组配的副主题词；4、选择合适的主题词与副主题词后，点击send to按钮，进入检索表达式浏览窗口；5、点击Search PubMed将显示检索结果。,主题词MeSH检索,主题词数据库在PubMed首页导航栏的右下角,主题

19、词数据库,主题词MeSH检索,输入普通词查找对应主题词,MeSH,主题词检索可以指导用户高质量地检索医学文献,主题词MeSH检索,一般一个主题词还要配合一个副主题词进行组合检索,选择副主题词,Search Box with AND,主题词MeSH检索,点Sent to 将检索词添加到检索表达式浏览窗口,主题词MeSH检索,Search PubMed,主题词检索可以达到比较满意的查全率和查准率,主题词MeSH检索,主题词检索是在有主题标引的Medline数据库中检索,主题词检索结果,主题词MeSH检索,普通词不是规范化的主题词检索结果相关度低,普通词检索结果,临床查询检索,“Clinical q

20、ueries”是专门为临床医生研究设计的内置的临床方法学“过滤器”（Clinical Methodology Filters），这组检索策略模型是由加拿大临床流行病学和生物统计学研究人员Haynes RB等人在1994年提出来的，并进行了查全率和查准率分析。用户通过这一临床方法学检索过滤器，不需掌握复杂的检索策略，即可检索所需的临床研究文献。,临床查询检索,使用方法:1、点击主页左侧导航栏的Clinical Queries进入临床查询页面；2、在检索框中输入检索词，并选择副主题词组配，指定检索结果是查全(sensitive)，还是查准(specific)；3、点击GO按钮执行检索。例如：检索“

21、鼻咽癌nasopharyngeal cancer治疗方面的研究文献”,临床查询检索,临床查询在PubMed首页导航栏的中间部分,临床查询,临床查询检索,临床查询主要用于检索临床方面的研究文献,临床查询检索,临床查询检索,临床查询主要包括某种疾病的治疗，诊断病因和预后四个方面,检索结果,PubMed全文获取,通过PubMed检索出来的文献，部分我们通过浏览摘要即可，部分我们还需要查看全文，以作进一步的研究，那么，我们如何获取全文呢？一：免费的全文,PubMed全文获取,PubMed收录的文献大约有5%是免费的可以直接打开全文,免费全文可直接打开,PubMed全文获取,打开PDF全文,免费的全文并

22、不代表学术价值低，大部分的生命科学的全文都是免费的,PubMed全文获取,二：学校已订购的全文 如果我们所需要的文献，学校已订购了该文献所在的全文型数据库，我们也可以直接打开或到相应的全文数据库中查找。,国内出版的期刊，学校一般都有订购，请查找清华同方或维普，万方,学校已订购,PubMed全文获取,PubMed全文获取,SpringerLink和EBSCO等外文全文库，一般学校也有订购,学校已订购,PubMed全文获取,学校未订购的全文，如果不是免费的，一般需要付费,学校未订购,PubMed RSS学科跟踪,RSS，也称为“RSS 源”、“XML源”或“Web 源”等，通常在时效性比较强的内容

23、上使用RSS订阅能更快速获取最新信息，利用PubMed的RSS服务，有利于第一时间获取国际上关于某课题或某一方面的最新报道。比如，我是一名临床大夫，我比较关注国际上关于鼻咽癌治疗方面的最新报道，我该如何订阅这个最新报道（RSS）呢？订阅最新报道（RSS）首先需要自己制定一个检索式：,PubMed RSS学科跟踪,需要订阅临床方面的最新报道(RSS)，建议通过临床查询来检索,制定检索式,说明：,订阅临床方面的RSS（比如某种疾病的诊断或治疗等），建议通过临床查询(Clinical Queries)来检索，这样可以确保检索质量；订阅课题方面的RSS，建议通过自由词来检索，这样可以检索到最新的电子优

24、先文献，若检索结果在100条以上，建议进一步限定；首次订阅PubMed RSS，系统默认会为订阅者提供目前所能检索到的所有文献的全文，如果您只需要以后更新的最新文献(不需要这些目前能检索到的文献)，请单独说明。,PubMed RSS学科跟踪,PubMed RSS学科跟踪,点击 RSS,检索策略可以反复的修改，直到满意后再申请订阅最新报道(RSS),系统要求为订阅的RSS起个名字，我们可以按系统默认直接点创建,点创建Create RSS,PubMed RSS学科跟踪,桔红色的标记“XML”即为订阅的RSS文件我们需要复制这个文件,PubMed RSS学科跟踪,点鼠标右键,选择“复制快捷方式(T)”,谢 谢！,