一PubMed数据库简介.ppt

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1、PubMed数据库检索,一、PubMed数据库简介,PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的医学数据库查询系统。PubMed的网址：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed特点：收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备，可少部分获取原文。,P75,二、通过PubMed可检索到如下的信息,MEDLINE PreMedline 出版商提供的书目信息 NCBI其它数据库的相关记录,MEDLINE,MEDLINE：是美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数据库，收录1966年以来70多个国家近430

2、0种生物医学期刊的书目信息和著者文摘，每周更新。每条记录均带有PubMed-Indexed for MEDLINE标志。,PreMedline：收集未正式给予MeSH词、出版类型等深度标引信息的一个临时库。NLM每天把最新记录加入到PreMedline库中，每条记录均带有PubMed-in Process标志。工作人员在一周内将这些记录标引，然后转入MEDLINE，同时从PreMedline中删去。,PreMedline,Pre-Medline,Medline,New Data,Collect,PubMed,Process,PubMed,出版商提供的书目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，若有

3、部分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存，在记录中做PubMed-as supplied by publisher的标记。,图1,以下是几条PubMed的记录，标记不同，其出自的分库也不同,NCBI其它数据库的相关记录：PubMed建立了与NCBI其他数据库之间联系。它们是双向网络互连的关系（见下页图）。,其它库,NCBI中通过Entrez可互查的数据库,三、PubMed页面的结构,登录 PubMed主页http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgihttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/,PubMed页面的结构,检

4、索提问区相关数据库链接、检索提问框、辅助检索工具,检索提示区对各项检索功能的简单描述,辅助功能区,Entrez简介、PubMed服务、特有检索、相关资源,NCBI数据库,Nucleotide：DNA序列数据库Protein：蛋白质序列数据库Genome：基因组序列数据库Structure：分子结构模型数据库Popset：种群、种系发生或突变序列数据库Taxonomy：微生物类别数据库OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库。,PubMed辅助检索工具,Limits（限制功能）Preview/Index（预览/索引）History（检索史）Clipboard（剪贴板或文件夹）Details（明细栏）

5、,Journal Browser-杂志浏览器MeSH Browser-主题词浏览器Citation Matcher-在表格输入刊物的引文信息来定位特定文章。Clinical Queries-与临床相关的疗法，诊断，病因，预后Cubby-提供检索策略存储空间Order Documents-购买原文Grateful Med-连接到NLM提供的其他服务。Clinical Alerts-公布NIH资助重要临床研究结果Clinical Trials-对公众提供临床科研的当前信息PubMed Central-可免费提供全文生命科学文献,服务功能,四、PubMed的基本检索功能,词语检索及自动词语匹配作者姓

6、名检索杂志名称检索截词检索短语检索逻辑运算符检索,四、PubMed的基本检索功能（一）,词语检索及自动词语匹配在检索框中键入一到多个检索词，按“GO”键，即显示检索结果。“clear”按钮可以帮你清除查询框中的内容，然后开始一个新的查询。,四、PubMed的基本检索功能（一）,自动词语匹配PubMed能自动利用它的“自动词语匹配”功能将重要的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成规范的用词。如：输入vitamin c common cold，系统会将自动转换成(“ascorbic acid”MeSH Terms OR vitamin cText Word)AND(“common cold”Me

7、SH Terms OR common cold Text Word)进行检索。这种处理能使检索结果更精确和全面。,四、PubMed的基本检索功能（二）,作者姓名检索 在检索框内按照姓+名缩写(不用标点)的格式键入作者姓名，如Smith ja，系统会自动在作者字段内进行检索。如果想进行更精确的检索，可以用双引号将作者名引起来，再加au，如“smith j”au,四、PubMed的基本检索功能（三）,杂志名检索在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cell也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形式，如：mol boil cell，键入刊物的ISSN(国际标准出

8、版物代码）进行检索，如1059-1524。Cell transplantation ta,四、PubMed的基本检索功能（四）,截词检索可利用系统的截词功能获取更多的相关文献，这与Medline光盘中截词检索的用法是相同的：截词符“*”可代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索；如：bacter*，可以检出bacter,bacteria,bacterium,bacteriophage等词。PubMed一次最多可以检索出150个词形变异词。如staph*，可以产生150个起作用，可以采取加长词根的方法进行检索。,四、PubMed的基本检索功能（五）,短语检索PubMed

9、首先将键入的检索词（词组）视为合理的短语在短语索引中进行查找。如：poison ivy，PubMed将其视为词组进行查找。当PubMed没有找到该词组时，系统将自动把两个词分开进行检索；如果不希望系统将两词分开，则需要用“”把检索词括起来，即强迫PubMed进行词组检索。如“single cell”。当用双引号括起词语时，PubMed将不执行自动词语匹配功能。,四、PubMed的基本检索功能（六）,逻辑运算符检索在检索框中输入逻辑运算符，注意要大写，执行顺序从左向右，可用括号来改变此顺序。如：lung cancer AND smok*#1 OR#2(#1 OR#2)AND#3,五、PubMed

10、辅助检索工具（一）,1.Limits（限制功能）:对检索词的限定和修饰，包括字段、年龄、性别、研究对象、出版类型、语种、出版或输入日期以及子字段等。,All Field（字段选择）：共有23个字段可供选择Publication Types（出版物类型选择）：有8种类型Languages（语种选择）：提供常用的7种语种Ages（年龄组选择）：共有12个年龄段Gender（性别选择）：男性、女性Human or Animal（人或动物实验选择）Subsets（子集）：8个子集Dates（日期）,limited,五、PubMed辅助检索工具（二）,2.Preview/Index：Preview是对检

11、索结果进行预览，显示检索结果的条数和最近三次检索式，用户可根据具体情况在检索提问框中用逻辑运算符组配新的检索式。Index是对提交的检索词列出按字顺排列的某一字段的索引词表的位置和数量（括弧内），可用流动条来回进行查看列表。选中的词高亮显示，然后选择合适的逻辑运算符进行检索。,preview1,检索Common Cold AND Vitamin C,3.History:保留所有的检索策略和结果，只有在执行了一次检索后，History才能有记录。显示检索序号、检索词、检索时间以及检索结果数量。可在检索序号之间添加逻辑运算符进行检索，如#2 AND#6单击记录条数超级链接可以重新显示检索结果。点击

12、Clear History按键可以清除History和Preiew/Index中的信息。最多存贮检索式数为100个，检索式的存贮时间为1小时。,五、PubMed辅助检索工具（三）,五、PubMed辅助检索工具（四）,4.Clipboard：剪贴板或文件夹。用于用户将检索选中记录的暂时保存，方便用户集中打印、下载或索取原文。剪贴板中可存的最多记录为500条，如果一小时内无作何操作，记录将自动消失。将文献添加到Clipboard 在检索结果界面点击记录左侧的复选框，再点Add Clip。被添加到Clipboard中的记录，检索记录的数字将变成绿色。,五、PubMed辅助检索工具（五）,5.Deta

13、ils：了解PubMed通过自动词语匹配功能、句法规则转换出的实际检索策略和调整、保存检索策略。在检索框下面，显示出检索结果的总数。可以在检索框中修改检索策略，再点击Search按键重新执行检索。点URL按钮，检索策略将显示在URL框中，再用浏览器的书签收藏功能保存该策略。,六、特别检索服务,Journal Browser：期刊浏览器MeSH Browser：主题词浏览器Citation Matcher：单篇/多篇 引文匹配器 Clinical Queries：临床咨询,1.Journal Browser：期刊浏览器,查找指定期刊上发表的文章。可分别以期刊的全名或名称某个词、期刊名称在MEDL

14、INE的缩写或ISSN号来检索；若点击超链 journals with links to full-text web sites，可获取与PubMed链接提供全文的期刊名单。,2.MeSH Browser：主题词浏览器,帮助用户查找MeSH词进行检索，浏览器提供了每个主题词的信息和层次结构，此外，用户可以直接选用副主题词来限制主题词的主要领域。如果输入的词在MeSH词表中没有，MeSH浏览器将显示相关的MeSH词。,3.Citation Matcher单篇/多篇引文匹配器,单篇引文匹配器可通过已知的刊名、日期、卷、期、论文首页码、作者名等任一项信息查找论文的题录。经常用于核对参考文献的著录细节

15、。多篇引文匹配器是给出版商用的，一般用户不使用。,4.Clinical Queries临床咨询(一),为了帮助临床医生更有效地获取PubMed数据库中一般疾病的病因学、预后、诊断、预防以及治疗等方面的信息，PubMed系统设置了Clinical queries功能项。该项具备特殊的过滤器装置能将上述主题文献集中提供检索，这样可以滤除部分不相关或相关性差的文献。,4.Clinical Queries临床咨询（二）,治疗（therapy)研究范畴 诊断(diagnosis)(Category)病因(etiology)预后(prognosis)强调程度 灵敏度Sensitivity(Emphasis

16、)专指度Specificity,七、检索结果的处理（一）,显示检索结果(Display)：PubMed可用6种不同的格式显示检索结果，默认Summary格式。可通过Display下拉菜单选择其它显示方式：Brief，Abstract，Citation，MEDLINE and ASN.1等，可以根据需要进行选择。点击Text键，系统显示记录的纯文本形式。点击Show键，可选择每页显示的记录条数。点击Select Page的数字，显示相应Web页的记录点击Sort键，可以分类显示。,Display,text,text1,show,page,sore,各种显示方式的主要内容,Summary作者姓名、

17、文章题目、出处、记录状态、语种、出版物类型、PMID。Brief作者姓名、文章题目的前30个字母、PMIDAbstract出处、记录状态、文章题目、作者姓名、作者单位、文摘、出版物类型、缩写、注释、PMID等。Citation出处、记录状态、文章题目、作者姓名、作者单位、文摘、出版物类型、缩写、注释、MeSH、化学物质名称、SI数据库索取号、基金号、PMID等。MEDLINE所有记录字段都是以两个字目格式显示，应用该格式保存套录记录可以用文献管理者软件保存。,七、检索结果的处理（二）,保存(Save)浏览器提供的保存功能可保存当前屏幕上的结果；点击sent to file，可以保存所有的检索结

18、果或选择保存；系统允许以不同的显示格式保存检索结果；最多一次可以保存10000条。可以保存Clipboard中的记录，Clipboard中最多可有500条记录。存盘时PubMed默认文件名为“query.fcgi”。该文件名可以修改，文件格式也可在“.fcgi”和“.txt”中选择。,save,直接全部存在本地盘,save1,save2,七、检索结果的处理（三）,打印(Print)可以利用浏览器的打印键进行屏幕上内容的打印。如果要选择打印，可以先将所选的文献添加到Clipboard，然后再打印。,七、检索结果的处理（四）,链接(Links)链接相关文献(Related Articles Lin

19、ks)PubMed系统中的每条文献记录均有一个相关文献链接，在检索结果的显示状态下，每条记录的右边均有“Related Articles”超链接。点击该链接，系统按文献的相关度从高到低显示相关文献。链接NCBI数据库Protein数据库、Nucleutide数据库、PopSet数据库、分子三维结构模型数据库（MMDB）、Genome数据库。,七、检索结果的处理（四）,链接(Links)之二链接外部资源LinkOutLinkOut 是链接到本站点外部信息的出口。可以与出版商、信息集成者、图书馆、生物学数据库、序列中心等链接来获取更多的相关信息。链接带星号的LinkOut 是表明提供者需要订阅、会员资格或需要交费进入。链接相关图书Books为帮助用户解决对检索结果中不熟悉的要领提供背景资料,八、PubMed与MEDLINE光盘检索比较,实 习,近十年维生素C在普通感冒中的作用的文献（带有文摘）Vitamin C Common cold,登录PubMed,