《医学信息学》PPT课件.ppt
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1、医学信息学,目录,第1章 生物医学信息学概论第2章 医学信息标准化第3章 数据库与信息系统第4章 医院信息系统第5章 医学图像信息系统第6章 实验室信息系统第7章 护理信息系统第8章 社区卫生信息系统第9章 区域卫生信息平台第10章 电子病历第11章 医学数据获取与医学信号处理第12章 临床决策支持系统第13章 远程医疗第14章 生物信息学第15章 医学信息学的未来,第1章生物医学信息学概论,主要内容,医学信息学的发展史,医学信息学包含的范围,我们所说的医学信息学是一个广义的概念,其全称为生物医学信息学,包含:医学信息学生物信息学,医学信息学的发展史,20世纪初,美国首先出现医院标准化的浪潮1
2、949年,欧洲首先出现第一家医学信息机构20世纪60年代诞生医学文献自动化检索系统1987年,成立国际医学信息协会(IMIA),医学信息学的简介,处理对象健康信息,医疗信息,护理信息,保健信息,实验信息,医学影像信息等研究内容健康以及生物医学信息的采集、存储、检索、利用相关设备和方法的开发等,生物信息学的发展史,19世纪末,英国学者创立生物测量学1981年,引入数学和计算方法研究生物信息学,分析生物学数据20世纪90年代,取得DNA测序,蛋白质分析,分子成像技术等突破,生物信息学的简介,研究内容生物信息的采集、存储、传播、分析和解释使用工具利用计算机对所研究的生物信息进行储存,检索和分析,医学
3、信息学的学科性质与任务,医学信息学的学科构成,主体学科卫生信息学健康信息学支撑学科信息科学管理学等,医学信息学的学科性质,揭示疾病的本质阐明疾病发生和发展的规律寻找有效的防治措施达到消除疾病,保障健康的目的,医学信息学的四大功能,整合功能按照医学信息产生与发展的基本规律,对医疗实践及管理方面有关流程进行整合辅助功能使临床医疗技术向智能化,现代化发展拓展功能增强和拓展医护人员的信息提取,信息转化等能力决策功能极大地提高临床诊疗和健康信息管理的决策质量,医学信息学的发展趋势,医学信息学的发展重心,体现在临床信息管理领域,具体包括:电子病历医院信息系统(Hospital Information Sy
4、stem,HIS),医疗概念的转化,过去(以医院为中心)疾病检查住院治疗未来(以患者为中心)早期预测家庭护理健康信息管理,我国医院信息管理的四个阶段,1.独立的门诊收费、住院费和药房管理系统。2.医院的局域网络。包括住院管理、门诊收费和药物管理和递送系统等;3.完整的医院信息系统。包括医院信息系统(HIS)、医学图像存储与共享信息系统(PACS)、实验室信息系统(LIS)、护理信息系统(NIS)等;4.远程医疗。研究实施远程医疗的数字图像,如CT扫描、核磁共振和超声的CT诊断。,医学信息学现阶段发展瓶颈,医学信息学领域的三大瓶颈,缺乏标准化和互操作性医疗信息涉及医疗,教育,医学科研,人才,物资
5、等等多个方面,缺乏医学标准化词典,各个医疗机构及相关单位之间的信息无法共享软件系统缺乏同一架构许多开发人员并非专门从事医院信息系统开发,故不同公司之间的开发标准迥异,缺乏长远的眼光,不同系统间兼容性差医院管理模式不合理国内许多医院的院长由医学专家担任,而非专业的管理型人才,解决方案,开展跨国公共健康信息学合作2008年起,中国与美国开展了跨国公共健康信息学合作。共同探讨相关领域即将发生的变革以及相应应对策略软件方面,从定向开发向主动开发和经营转型未来十年,医学信息学将大力支持开放源码的方式,接受临床研究eSourse(电子信息)医院加大投资进行数字化建设尽快培养大量医疗软件开发人员,强化医疗信
6、息化以及医院管理,开展高层次教育培训,第2章 医学信息标准化,主要内容,2.1 标准与标准化,2.1.1 标准,2.1.2 标准化,2.1.3 标准化发展历程,2.1.4 信息标准化,2.1.1 标准,标准的定义:国家标准GB/T20000.1-2002给“标准”下的定义:“为了在一定的范围内获得最佳秩序,经协商一致制定并由公认机构批准,共同使用和重复使用的一种规范化文件。”在此定义后有一条附注:“标准宜以科学、技术和经验的综合成果为基础,以促进最佳共同效益为目的。”标准的特性:标准是一种规范化文件;标准具有共同使用和重复使用性质;标准的制定必须有一定程序,经协商一致,并由公认机构批准;制定标
7、准的目的是为了在“一定范围”内获得最佳秩序。,2.1.2 标准化,标准化的定义:标准化是为了在一定范围内获得最佳秩序,对现实问题或潜在问题制定共同使用和重复使用的行为规范的活动。标准化的特征明确的域惟一性与完整性权威性元数据与数据元元数据是对信息资源的规范化描述,它是按照一定标准,从信息资源中抽取相应的特征,组成的一个特征元素集合。数据元又称数据元素,是用一组属性描述定义、标识、表示以及允许值的数据单元。,2.1.3 标准化发展历程,古代的标准化古代标准化典范-古罗马战车近代工业标准化“国际标准日”-10月14日信息时代标准化ISOIEO,2.1.4 信息标准化,信息的表达:信息表的类标准是信
8、息标准化的基础,也是最常见的。像分类编码类,名称和内涵的标准化、代码化。信息的交换是要解决不同的系统之间或不同的部门、企业之间对信息共享的问题。信息交换的标准往往比信息的表达要复杂。还有许多标准是规范信息处理流程的,这一类标准的制定常常对信息系统的开发与推广有着十分重要的意义。美国病人分类系统(diagnosis related grouping,DRG),描述由某医院治疗的患者类型,虽然表现出来的是用代码来区别相关的疾病组,实际上,其本质是规定了一套信息处理的流程、逻辑与标准。,2.2 分类与编码,2.2.1 基本概念,2.2.2 分类与编码的基本原则,2.2.3 分类与编码的方法,基本概念
9、,分类(classification)是为了某一目的,依据某一原理,采取一种分类准则,将依从这一准则的、具有共同属性和特征的信息归并在一起,并依从这一准则有序地排列。编码(coding)指定一个对象或事物的类别(如多轴分类)或者类别集合的过程。,2.2.2 分类与编码的基本原则,科学性系统性准确性惟一性冗余性结构化实用性可操作性,2.2.3 分类与编码的方法,分类的方法线分类法:是依据某一属性或特征,逐层分解展开,形成分类体系。面分类法:是将所选定的分类对象的若干属性或特征视为若干个“面”,每个“面”中又可分成彼此独立的若干个类目。混合分类法:是将线分类法和面分类法组合使用,以其中一种分类法为
10、主,另一种做补充的信息分类方法。,2.2.3 分类与编码的方法,编码的方法数字编码(number codes):将一个未用过的数字给予一个新类别,编定此种类别的数字只能用在特定的类别。助记编码(mnemonic codes):由一个或多个和类别有关的字符组成,这种代码编码容易,用户易于记忆,使用方便。阶层编码(hierarchical codes):对每个附加层次的细节进行延伸。阶层码在相关细节的层次和在相关的母阶层产生信息。并排码(juxtaposition codes):是由区段(segment)所组成的合成码,每个区段提供相关类别的特征。组合码(combination codes):根据
11、排序原则将不同的类别进行编码,并组合成一个编码的分类系统。加值码(value addition codes):利用二进制法来加总代表不同的分类码。,2.3.1 医学信息标准的艰巨性,2.3.2 医学信息标准的类型,2.3 医学信息标准,2.3.1 医学信息标准的艰巨性,医学信息面广量大、种类繁多,难以标准化。患者信息数量庞大,而且十分复杂细致,个性突出,形成极为复杂的海量信息。医学信息量化困难,它不同于工程信息,各变量的相互关系及变化规律难以用数学语言表达。自然语言标准化的困难。共享性突出。,2.3.2 医学信息标准的类型,医学信息的标准。医学信息交换的标准。医学信息处理与流程的标准。医学信息
12、硬件与软件的标准。,2.4 医学信息学常用分类标准,2.4.1 国际疾病分类 ICD,2.4.2 人类与兽类医学系统术语SNOMED,2.4.3 诊断相关组 DRG,2.4.4 一体化医学语言系统 UMLS,2.4.5 国际社区医疗分类 ICPC,2.4.6 Read临床代码,2.4.7 检测报告逻辑命名与编码系统LOINC,2.4.8 医学主题词表 MeSH,2.4.1 国际疾病分类 ICD,国际疾病分类(international classification of disease,ICD):是根据疾病的某些特征,按照规则将疾病进行分类,并用编码的方法来表示的系统。ICD发展简史ICD分类
13、原理与方法ICD分类依据疾病的四个主要特性,即病因、部位、病理和临床表现(包括症状、体征、分期、分型、性别、年龄、急慢性、发病时间等),每一特性构成了一个分类标准,形成一个分类轴心,因此ICD是一个多轴心的分类系统。ICD的应用与意义,2.4.2 人类与兽类医学系统术语SNOMED,人类与兽类医学系统术语(the systematized nomenclature of human and veterinary medicine,SNOMED)SNOMED的结构SNOMED 3.2版将全部术语分入11个独立的系统模块(module)中,即11个分类轴中,如表2-2所示。在每一模块中,术语按照它
14、们的自然层次排列,并被分配一个5位或6位由字母和数字组成的代码。通过使用G(关键词修饰词)模块,一些术语可以与另一些术语连接,以利于表达复杂内容或疾病现象。词条的索引排列是按照编码顺序。,2.4.2 人类与兽类医学系统术语SNOMED,表2-2 SNOMED 国际版的术语模块,2.4.2 人类与兽类医学系统术语SNOMED,SNOMED术语集示意图,2.4.3 诊断相关组 DRG,诊断相关组(diagnosis related groups,DRG)是美国以住院病人医疗费用及住院天数作为主要影响因素的疾病群代码系统,专门用于美国医疗保险预付款制度的分类编码标准。DRG分类原理及方法DRG分类的
15、应用与意义,2.4.4 一体化医学语言系统 UMLS,UMLS(unified medical language system)是美国国立医学图书馆自1986年起研究和开发的一体化医学语言系统。UMLS的组成超级叙词表(metathesaurus)语义网络(semantic net-work)专家词典(specialist lexicon)信息源图谱(information sources map)UMLS应用与意义,国际社区医疗分类 ICPC,国际社区医疗分类(international classification of primary care,ICPC)是由全科医生家庭医生国立学院、大
16、学和学会世界组织建立的分类法,它比ICD-9更全面和细化,不仅含有诊断编码,而且含有就诊原因、治疗原因和实验结果代码。ICPC是两轴系统第一个轴主要是面向机体各器官或系统的字母编码;第二个轴是医疗组成部分编码。,国际社区医疗分类 ICPC,ICPC第一轴向编码情况,国际社区医疗分类 ICPC,ICPC第二轴向编码情况,2.4.6 Read临床代码,Read临床代码(read clinical codes,RCC),是英国全科医生Jams Read于20世纪80年代初个人开发,1990年为英国国家医疗保健部采用和进一步开发。RCC计划覆盖医疗卫生领域的所有范围。RCC使用5位字母数字代码。每一代
17、码代表一个临床概念和相关的“首选术语”。每一个代码可以与多个日常用语中使用的同义词、首字母缩写词、人名、简缩词等连接起来,并且这些概念以分级的结构顺序排列,每一层面的下一级表示更细分化的概念。,2.4.7 检测报告逻辑命名与编码系统LOINC,LOINC(logical observations,identifiers,names and codes)由美国印第安纳大学和犹他大学开发的关于临床实验室检验、检查报告、项目标识、名称、代码的标准。,2.4.8 医学主题主题词表 MeSH,医学主题词表(medicai subject headings,MeSH)是由美国国家医学图书馆(NLM)开发和
18、维护的,是一套专门为医学文献分类所设计的树状词汇系统。MeSH的组成字顺表树状结构表主题词变更表副主题词MeSH词条类型主题词款目词,2.5 医学信息交换标准,2.5.1 HL7,2.5.2 DICOM,2.5.1 HL7,HL7(health leave seven)是一种医疗卫生信息交换标准,它是基于开放式系统互联(open system interconnection,OSI)通信模式第七层(应用层)的医学信息交换协议。HL7的组成消息(message)区段(segment)字段(field)消息分隔符(delimiter)触发事件(trigger event)表(table),2.5.
19、1 HL7,HL7的功能模块发送/接收模块(send/receive module)转换模块(adaptor module)应用接口模块(API module)资源模块(resource module)对照模块(mapping module),2.5.2 DICOM,医学数字成像和通信标准(digital imaging and communications in medlicine,DICOM)是由美国放射学会(American co11ege of radiology,ACR)和国家电子制造商协会(national electrical manufactures association,N
20、EMA)为主制定的一个专门用于数字化医学影像传输、显示和存储的标准。,第3章数据库与信息系统,主要内容,主要内容,3.1.1 数据与数据管理,3.1.2 数据管理技术发展历程,3.1.3 数据库的数据模型,3.1.4 数据库的类型,3.1.5 数据库系统与数据库管理系统,3.1.6 数据库应用开发流程,3.1.1 数据与数据管理,数据是描述事物的符号记录,是数据库中存储的基本对象,也是数据库管理系统处理的基本对象。信息是关于现实世界事物存在状态或运动方式的反映,是经过处理的、能够反映现实世界状态及物理特性的数据。信息是数据的内涵,也是对数据的语义解释。数据处理是对数据进行采集、存储、检索、加工
21、、变换和传输等处理的过程。数据+数据处理=信息,3.1.2 数据管理技术发展历程,随着计算机硬件和软件的发展,应用中的数据管理需求逐步发生转变,数据管理技术的发展也经历了人工管理、文件系统和数据库系统三个主要阶段。人工管理阶段(20世纪50年代中期以前)文件系统阶段(20世纪50年代后期至60年代中期)数据库系统阶段(20世纪60年代后期开始),表3.1 数据管理三个阶段的对比,3.1.3 数据库的数据模型,数据模型是对客观事物特征的数据抽象,是严格定义的一组概念的集合,反映了事物与事物之间的联系。按照应用层次的不同,可以将数据模型分成概念数据模型、逻辑数据模型和物理数据模型三类。概念数据模型
22、逻辑数据模型物理数据模型,3.1.4 数据库的类型,层次数据库是一种以层次数据模型为基础的数据库。采用树形结构模型来描述和表示现实世界中的实体及其相互之间的联系。在树形结构中,每一个节点表示一个记录,而各个节点之间的连线表示各个记录之间的关联。这种关联在层次模型中的双亲节点(上层节点)和子女节点(下层节点)之间只能是一对一和一对多的关系。每个记录用于描述实体集中的一个实体,它可以包含若干字段,用于描述实体的属性。在现实世界中,许多实体之间的联系本来就存在一定的层次关系。因此,使用层次模型描述现实世界中的数据关系是比较自然也比较直观,并且易于理解和表示。,3.1.4 数据库的类型,层次数据库的主
23、要优点数据存取方便,且存取速度快;数据结构清晰,便于理解;数据修改和数据库扩展容易实现;检索关键属性十分方便。层次数据库的主要缺点结构呆板,缺乏灵活性;同一属性数据要存储多次,数据冗余大(如公共边);不适合拓扑空间数据的组织。,3.1.4 数据库的类型,网状数据库是一种以网状数据模型为基础的数据库。采用图模型来描述和表示现实世界中的实体及其相互之间的联系。每个节点表示一个记录,而各个节点之间的连线表示的是各个记录之间的关联。这种关联在网状模型中的双亲节点(上层节点)和子女节点(下层节点)之间可以是多对多的关系。一个上层节点可以有多个下层的子女节点,而一个下层节点也可以有多个上层的双亲节点。每个
24、记录用于描述实体,它可以包含若干字段,用于描述实体的属性。与层次数据模型相比,网状数据模型的结构更加灵活,表达的关系也更加丰富,但是同时也带来了处理上的复杂性。,3.1.4 数据库的类型,网状数据库的主要优点能明确而方便地表示数据间的复杂关系;数据冗余小。网状数据库的主要缺点网状结构的复杂,增加了用户查询和定位的困难;需要存储数据间联系的指针,使得数据量增大;数据的修改不方便(指针必须修改)。,3.1.4 数据库的类型,关系型数据库是一种以关系数据模型为基础的数据库。采用一系列由行和列组成的二维表(关系)来描述和表示现实世界中的实体及其相互之间的联系。一个关系可以用来描述一个实体及其属性,也用
25、来描述实体之间的联系。每张关系表内部的各数据项之间可以存在一些关联关系,不同关系表的数据项之间也可以存在一定的关联关系。一个关系就是一个二维表(但不是任意一个二维表都能表示一个关系),二维表名就是关系名。二维表中的每一行称为一个记录或元组;二维表中的每一列称为一个字段或属性;属性的取值范围称为域。,3.1.4 数据库的类型,关系型数据库的主要优点建立在严格的数学概念基础之上,有关系代数作为语言模型,有关系理论作为理论基础;模型概念单一、规范化,数据结构简单、清晰,易懂易用;存取路径对用户透明,具有更高的数据独立性和更好的安全性,也便于维护,简化了程序员的工作,提高了开发的效率;关系型数据库的主
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