ubmed生物医学信息资源及其检索.ppt

《ubmed生物医学信息资源及其检索.ppt》由会员分享，可在线阅读，更多相关《ubmed生物医学信息资源及其检索.ppt（77页珍藏版）》请在三一办公上搜索。

1、Internet 生物医学信息资源及其检索,主要内容,1.生物医学数据库:Pubmed 2.搜索引擎:google,1.PubMed主要内容,1.1 PubMed概况 1.2 PubMed数据来源1.3 PubMed检索机制1.4 PubMed检索运算符1.5 PubMed检索方法1.6 结果的显示、保存1.7 其他辅助功能,1.1 PubMed概况,创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI)1997年6月开始向全球开放特色：具有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文。与Medline光盘数据库的区别：检索机制、检索界面、

2、检索方法以及收录文献数量不同。,1.2 PubMed数据来源,MEDLINE：pubmed-indexed for medlineIn Process Citations：每天收录，尚未经规范处理的数据。pubmed-in processPublisher-Supplied Citations：由出版商提供的电子文献，每条记录标有PubMed-as supplied by Publisher。,自动转换匹配功能(Automatic Term Mapping)对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是：MeSH表(MeSH Translat

3、ion Table)、期刊刊名表(Journal Translation Table)、短语表(Phrase list)、作者索引(Author Index)。如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，各个词之间也是AND逻辑关系。,1.3 PubMed检索机制,短语检索(Phrase Searching)也可称为强迫词组检索，即，如果要将短语作为一个词组进行检索，可用双引号“”将其引起来。如：“drug therapy”作为词组进行检索的词，系统不进行自

4、动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。,1.3 PubMed检索机制,1.4 PubMed检索运算符,逻辑运算符：逻辑与：AND，逻辑或：OR，逻辑非：NOT。当一个检索表达式中同时含有三个运算符时，运算顺序从左至右，括号可以改变运算顺序。截词符：*，一个词或字拼写出部分字母后面加上一个截词符，chem*表示用词根进行检索。双引号：“”，表示对引号中的短语进行检索。检索字段标识符：tag，tag为字段名称。ti，au，ta，la，pt。,常用字段组成,标识符 字段名称 中文释义TI Title 题目AU Author 作者AD Affiliation 作者单位AB Abstract 文摘DP

5、Publication Date 出版日期TA Journal Title Abbreviation 刊名缩写MH MeSH Terms 主题词PT Publication Type 出版类型,IP地址：http:/pubmed.gov,PubMed 网址,高级检索,主题检索,期刊检索,文献匹配,临床咨询,特定主题咨询,1.5 PubMed检索方法,1.5.1 基本检索1.5.2 高级检索1.5.3 主题检索1.5.4 其他辅助检索,1.5.1 基本检索,默认检索字段为主题、作者、期刊,关键词、词(词组)或短语：输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer；带有双引号”作为

6、短语检索：”cancer therapy”；带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。限制检索字段：如liver cancerti作者：Smith J、Smithau2002年以后的文献如果作者有全称，可用全称,1.5.1 基本检索,期刊刊名：可用期刊全称：GENE THERAPYTA；可用期刊简称：JAMATA；(The Journal of the American Medical Association)刊名中含有特殊字符，如、&等，要去掉：如J HAND SURGAM 输入时要写成J HAND SURG AM 截词：chemo*复杂表达式：liver cancer

7、AND therapy带有摘要文献的检索：liver cancer AND hasabstract,1.5.1 基本检索,分析该检索课题，包含两个方面：肝癌：liver cancer；治疗：therapy两个主题之间的逻辑关系是AND，即liver cancer AND therapy,基本检索举例1：肝癌的治疗,分析该检索课题，包含两个方面：作者为：马大龙（ma dl）；作者单位为：北京大学（peking universityad）。,基本检索举例2：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,我们分别得到了两个检索结果：作者为：马大龙（ma dl）的检索结果；作者单位为：北京大学（peking u

8、niversityad）的检索结果。现在我们要利用检索史把这两个检索结果用AND组合起来。,基本检索举例2：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,1.5.2 高级检索,限制检索或条件检索：Limit(1)全文、摘要(2)动物、人类(3)文献类型：(4)语种：(5)数据库子集的限定：(6)年龄组：,分析该课题，可知：主题为肝癌治疗，即liver cancer and therapy限制条件有两个：语种为英文（English）；文献类型为综述（Review）,高级检索举例：原文为英文的肝癌治疗方面的综述文献,1.5.3 主题检索,根据medline数据主题标引的规范性，利用主题词进行的研究，对提高查

9、全率、查准率会有相当的帮助。,点击MeSH Database打开主题检索界面,1.5.3 主题检索,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,分析该检索课题，有两个概念：长春新碱（Vincristine）、白血病（leukemia）：对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应组配副主题词“治疗应用（therapeutic use）”；对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组配副主题词“药物疗法（drug therapy）”。同时这两个概念之间是AND的关系。,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索

10、长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,副主题词,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索

11、长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,

12、主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,我们通过两个主题检索分别得到了：“长春新碱/治疗应用”的检索结果“白血病/药物疗法”的检索结果下面我们要把这两个检索结果用AND组合起来，就需要用到检索史,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,1.5.5.1 文献匹配器1.5.5.2 临床咨询和系统评价,1.5.4 其他辅助检索,1.5.4.1 文献匹配器,系统提供有两种用来查找特定文献的方式：单篇文献匹配器（Single Citation Matcher）和多篇文献匹配器（Bat

13、ch Citation Matcher）。如果要查找某一篇文献，点击单篇引文匹配器，输入刊名、日期、卷、期、页码、作者、题目中的一项或多项内容进行检索，系统返回文献记录结果。如果要同时查找多篇文献，则点击多篇引文匹配器，然后在输入框内分行输入每篇文献的查询项目。其中刊名为必需项，其他项目没有时可省略。,单篇文献匹配器（Single Citation Matcher）,多篇文献匹配器（Batch Citation Matcher）,输入格式,1.5.4.2 临床咨询和系统评价,可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；也可以用它来检索临床实践过程中遇到的

14、一些具体问题，如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等。,1.5.4.2 临床咨询和系统评价,临床咨询,1.5.4.2 临床咨询和系统评价,系统评价,1.5.4.2 临床咨询和系统评价,检索医学遗传学研究方面的文献,1.6 结果的显示、保存,显示保存,1.6.1 结果的显示,显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下3种：（1）Summary：为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。（2）Abstract：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细

15、内容。,（3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。,1.6.1 结果的显示,1.6.1 结果的显示,保存记录在“send to”下拉菜单中选择“File”，可完成将记录保存为文件。选择“E-mail”，则可将结果发送至邮箱。在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存；而“Clipboard”页面可用于保存一次或多次检索的结果记录。,1.6.2 检索结果的保存,1.6.2 检索结果的保存,1.7 其他辅助功能,1.7.1 检索策略的存储和调用1.7

16、.2 全文链接1.7.3 相关文献链接,1.7.1 检索策略的存储和调用,使用My NCBI(Cubby)首先要登记注册保存检索策略定期浏览新的检索结果,1.7.2 全文链接,1.7.2 全文链接,1.7.3 相关文献链接,1.7.3 相关文献链接,2.Google主要内容,2.1 Google概况2.2 Google检索语法 2.3 Google一般检索功能2.4 Google scholar,2.1 Google概况,1998年由美国斯坦福大学的两位博士生Larry Page 和Sergey Brin创立；Google由英文单词“googol”变化而来，表示“1”后面带有100个0的数字。

17、搜索结果排序的核心技术是网页级别PageRankTM技术：根据网页被链接的次数来评定某一网页的重要性，决定排名次序；不仅可以搜索纯文本文件，还能查找、等文件格式，同时开发了图像检索功能。,2.2 Google检索语法,基本检索语法高级检索语法,基本检索语法,Google 搜索不区分英文字母大小写，所有的字母均当做小写处理；支持“*”：如：“肝*瘤”词组搜索：用引号自动and查询逻辑“或”的关系用“+”连接逻辑“非”的关系用“-”连接,高级检索语法,intitle:限制你搜索的网页标题；intitle:george bush inurl:用于搜索网页上包含的URL，这个语法对寻找网页上的搜索,帮

18、助之类的很有用。inurl:help intext:只搜索网页部分中包含的文字(也就是忽略了标题、URL等的文字)。intext:intext:html,高级检索语法,site:可以限制你搜索范围的域名。site:loc.gov link:可以得到一个所有包含了某个指定URL的页面列表.例如 就可以得到所有连接到Google的页面。filetype:搜索文件的后缀或者扩展名,注意filetype:htm和filetype:html会得到不同的结果。你也可以搜索各种不同的页面脚本语言,比如ASP,PHP,CGI等；Google对部分Microsoft的文档也做了索引,比如PowerPoint(P

19、PT),Excel(XLS),and Word(DOC)等等，以pdf、swf文档（flash动画）等。leading economic indicators filetype:pptleading economic indicators filetype:pdf,高级检索语法,related:搜索和指定页面相关的页面，比如你搜索related:,会得到很多搜索引擎，如HotBot、Yahoo!、Northern Light等。info:提供一个和指定URL更多信息的页面列表，包括URL缓存的连接、URL的连接，和URL相关的连接、URL的页面。注意：这里搜索的结果取决于Google是否对该U

20、RL进行了索引，如果没有的话,搜索结果将会少很多。/technology phonebook:用于查询电话号码。phonebook:John Doe CA phonebook:(510)555-1212,2.3 Google一般检索功能,2.4 Google scholar,Google 学术搜索,Google 学术搜索可以从一个位置搜索众多学科和资料来源：来自学术著作出版商、专业性社团、预印本、各大学及其他学术组织的经同行评论的文章、论文、图书、摘要和文章。Google 学术搜索可帮助在整个学术领域中确定相关性最强的研究。Google 学术搜索按相关性对搜索结果进行排序。最有价值的参考信息会

21、显示在页面顶部。Google 排名技术会考虑到每篇文章的完整文本、作者、刊登文章的出版物以及文章被其他学术文献引用的频率。,Google 学术搜索技巧,按作者搜索 输入加引号的作者姓名：d knuth。要增加结果的数量，请不要使用完整的名字，使用首字母即可。作者：knuth、作者：d knuth 或 作者：donald e knuth。按标题搜索 输入加引号的论文标题：针刺镇痛频率特异性的进一步证明。Google 学术搜索会自动查找此论文以及提及此论文的其他论文。,Google 学术高级搜索,检索实例,王耀宏等.急性一氧化碳中毒对大鼠脑循环的影响.中国工业医学杂志 2003.10.25;16(

22、5):257-260,综合型搜索引擎,大部分搜索引擎既允许用户按它们对WWW资源的分类一层一层地浏览网上信息，还允许用户输入任意检索词检索网站及文献，所以这些搜索引擎兼备导航和检索的双重功能。1.google(http:/)2.baidu(http:/www.)3.Yahoo(http:/)4.scirus(http:/www.)5.Alta Vista(http:/)6.InfoSeek(http:/)7.Excite(http:/)8.Lycos(http:/)9.Webcrawler(http:/)10.搜狐(SOHU)(http:/)11.天网(WebGather)(http:/)12

23、.网络指南针(http:/:8010/),医学主题引擎(信息门户),Internet上除提供大量的一般主题指南和搜索引擎外，还有许多站点专门提供医学主题指南和搜索引擎。当然，一般主题指南和引擎也可用于检索或浏览Internet上的医学信息资源的站点。1.MedSite(http:/)2.MEDguide(http:/)3.HealthWeb(http:/healthweb.org)4.HealthAtoZ(http:/)5.MedExplorer(http:/)6.MedWeb(http:/)7.Med Engine(http:/)8.Medical Matrix(http:/)9.Biomednet(http:/)10.Cliniweb International(http:/)11.Medwebplus(http:/),