ubmed使用指南.ppt

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1、PubMed使用指南,南京中医药大学文献检索教研室郝桂荣,主要内容,一、PubMed概况二、PubMed数据来源三、PubMed主页介绍四、PubMed检索方法五、PubMed的检索结果处理,PubMed 概况,美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统。收录的期刊最早追溯至1865年，收录共70多个国家5400多种主要生物医学期刊的书目索引和摘要，每年增加约60余万条文献记录。PubMed 的子集Medline收录的文献最早追溯至1902年。在全部记录中有76%的文献为英文；在2000年以来的记录中90%的文献为英文，共计收录国内出版的

2、期刊170余种。1997年6月开始通过网络途径免费向全球开放。,PubMed 概况,提供期刊全文的出版商网址的链接，并提供部分免费全文。数据类型：期刊论文、综述、以及与其他数据资源链接。特点：提供检索词自动转换匹配操作简便、快捷,PubMed数据来源,MEDLINE5000余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国家和地区。文献量达2千多万条记录，并回溯到1966年。记录中用indexed for MEDLINE标记PREMEDLINE，是一种由正在加工处理之中的文献记录组成的数据库，这些记录还未标引主题词，暂时放在些

3、数据库中。记录中用PubMed-in process标记表示。获MeSH词后，再加入MEDLINE。,PubMed数据来源,Record Suppled by Publisher出版商直接向PubMed提供电子记录。包括MEDLINE未收录的部分记录。记录中用PubMed-as supplied by publisher标记表示。另外这些记录每天都向PREMEDLINE中传送，则改为PubMed-in process。OldMedline1948-1965年间发表的200多万篇文献。没有MeSH字段和摘要。记录中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966标记表示。,PubMe

4、d与MEDLINE的区别,MEDLINE光盘数据库包括医学索引、牙科文献索引和国际护理学索引。PubMed收录了包括MEDLINE、PREMEDLINE、Record Suppled by Publisher，以及OLDMEDLINE四部分内容。PubMed在MEDLINE数据标引前的最新题录。还收录了部分生命科学相关文章的非医学专业期刊（物理、天文、化学等）。PubMed提供电子原文链接（部分免费）,更新及时：每周增添新的内容。PubMed提供检索词自动转换功能：能够自动实现检索词的匹配与转换。,PubMed主页,文献匹配,临床咨询,特定主题咨询,期刊检索,主题检索,高级检索,检索提问区,P

5、ubMed检索机制,自动转换匹配功能(Automatic Term Mapping)短语检索(Phrase Searching),对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是：MeSH表 期刊刊名表 短语表 作者索引如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，各个词之间也是AND逻辑关系。,自动转换匹配功能,逻辑运算符,逻辑“与”运算AND：检索式写成A AND B，表示文献中同时包含检索词A和检索词B的

6、文献才是命中文献。AIDS AND therapy 逻辑“或”运算OR：检索式写成A OR B，表示包含检索词A的文献或者包含检索词B的文献或者同时包含检索词A和B的文献为命中文献。AIDS OR Acquired Immunodeficiency Syndrome逻辑“非”运算NOT：检索式写成A NOT B，表示包含检索词A同时不包含检索词B的文献为命中文献。Hepatitis NOT Animal,PubMed检索方法,基本检索高级检索主题检索限定检索临床咨询,基本检索,默认检索字段为主题、作者、期刊,关键词、词(词组)或短语：输入任意关键词：liver cancer、Lung canc

7、er；带有双引号”作为短语检索：”cancer therapy”；带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。(4)一个或多个检索词(系统默认空格为AND检索）如：placenta growth oxygen genbacev o限制检索字段：如liver cancerti通配符(?)，如:“en?oblast作者,姓在前,名首字母在后：Smith J、仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如：Smithau2002年以后的文献若文中有作者全称可用全称检索如：Joshua Lederberg,基本检索,期刊刊名：可用期刊全称：GENE THERAPYTA；可用期刊简称：JAMAT

8、A；(The Journal of the American Medical Association)截词检索：treat*复杂表达式(运算符须大写）：liver cancer AND therapy带有摘要文献的检索：liver cancer AND hasabstract,基本检索,PubMed记录字段说明,文摘第一著者单位地址出版商提供文献识别号著者群版权说明参考评论文献合著者文献参考评论定稿版校样版输入日期输入完成日期电子出版日期,电子出版日期文献出版日期数据加入PubMed日期文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称文献相关注释基金编号基因符号期编号资助调

9、研者资助调研单位国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号期刊全称,最后修订日期规范词表词规范词确立日期系统组织的文摘版权拥有者题录提供机构的识别号病史相关与原始记录其他关键词提供其他关键词的机构数据提供者机构文章总页数出版商提供数据时间期刊出版国数据库文献编号,作为主题词的个人姓名出版状态文献类型出版模式（纸张或电子）参考文献数已撤回的文献酶或化学物质代码正在撤消中的文章初版文献修订和再版的文章子专题文档太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号原文来源引用了病例的文献内部处理代码,也可称为强迫词组检索，即，如果要将短语作为一个词组进行检索，可用双引号“”将其引起来。如：“drug

10、 therapy”作为词组进行检索的词，系统不进行自动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。,短语检索,采用字段限制方式进行检索，其规则是：检索词1字段标识 逻辑运算符 检索词2字段标识如：查找作者为crick在1993年发表的有关DNA方面的文献检索式：crickau AND 1993dp AND DNA,字段限制检索,分析该检索课题，包含两个方面：肝癌：liver cancer；治疗：therapy两个主题之间的逻辑关系是AND，即liver cancer AND therapy,基本检索举例：肝癌的治疗,基本检索举例：肝癌的治疗,输入：liver cancer AND therapy,“肝

11、癌的治疗”的基本检索结果,高级检索,高级检索,高级检索,分析该检索课题，包含两个方面：作者为：马大龙（ma dl）；作者单位为：北京大学（peking university）。,举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,输入：ma dl,输入：peking university,举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,主题检索,根据medline数据主题标引的规范性，利用主题词进行的研究，对提高查全率、查准率会有相当的帮助。,点击MeSH Database打开主题检索界面,主题检索,主题检索举例长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leuke

12、mia）的文献,分析该检索课题，有两个概念：长春新碱（Vincristine）、白血病（leukemia）：对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应组配副主题词“治疗应用（therapeutic use）”；对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组配副主题词“药物疗法（drug therapy）”。同时这两个概念之间是AND的关系。,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vinc

13、ristine）治疗白血病（leukemia）的文献,副主题词,主题词注释,第1步：检索长春新碱/治疗应用,选择加权检索或扩展检索,入口词,在树状结构中的位置,主题词树形结构表：显示该词的学科隶属关系,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine

14、）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,我们通过两个主题检索分别得到了：“长春新碱/治疗应用”的检索结果“白血病/药物疗法”的检索结果下面我们要把这两个检索结果用AND组合起来，就需要用到检索史,主题检索举例：长春新碱（V

15、incristine）治疗白血病（leukemia）的文献,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第3步：将两者组合起来进行逻辑与运算,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,总结,第一步：主题分析 英文转换 点击MeSH Database进入Mesh界面,依次输入检索词点击search第二步：选定该主题词 主题词轮排表点击该主题词 主题词细节屏第三步：主题词细节屏（主题词词义注释、副主题词、加权或不扩展、入口词、曾用词、树状结构）选择合适的副主题词 选择加权或不扩展 add to search bu

16、ilder 第四步：点击 search PubMed 检索结果,总结,第五步：第二个主题词步骤同上 第二个检索结果 history 逻辑组配（大写）（AND OR NOT）最后结果第六步：选择限定条件（字段、文献类型、年龄、时间、语种、人类或动物、性别）检索结果,Pubmed主题词检索的功能,理解词义和收入词表的时间限定副主题词，提高查准率。加权检索，提高查准率。了解树形结构,扩展检索，提高查全率了解同义词，提高查全率。,主题检索中医药治疗胃癌的文献,第1步：中草药/全部副主题词,第2步：药用植物/全部副主题词,第3步：植物提取物/全部副主题词,第4步：胃肿瘤/全部副主题词,第4步：胃肿瘤/全

17、部副主题词,第5步：组合检索历史,总结,1、中医药治疗疾病的主题检索方法第一步：#1 explode 疾病/all subheadings第二步：#2 Drugs,Chinese Herbal/all subheadings第三步：#3 explode Plants,Medicinal/all subheadings第四步：#4 explode Plant Extracts/all subheadings第五步：#1 AND(#2 OR#3 OR#4),总结,2、针灸治疗疾病的主题词检索方法第一步：#1 explode 疾病/all subheadings第二步：#2 Acupuncture/

18、all subheadings第三步：#3 explode Acupuncture Therapy/all subheadings第四步：#4 Moxibustion/all subheadings第五步：#1 AND(#2 OR#3 OR#4),限定检索,性别选择,年龄选择,语种选择,文献类型,出版物子集,期刊年代选择,临床咨询和系统评价,可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等。,临床咨询和系统评价,临床咨询,系统评价,检

19、索医学遗传学研究方面的文献,结果的显示、打印、保存,显示保存、打印,结果显示,显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下3种：（1）Summary：为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。（2）Abstract：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。,（3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。,结果显示,结果显示,出处SO,篇名TI,作者A

20、U,文献类型(状态),Summary,结果显示,显示设置,显示数量,排序模式,保存记录在“send to”下拉菜单中选择“File”，可完成将记录保存为文件。选择“E-mail”，则可将结果发送至邮箱。在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存；而“Clipboard”页面可用于保存一次或多次检索的结果记录。,检索结果保存,检索结果保存,其他辅助功能,检索策略的存储和调用全文链接相关文献链接,检索策略的存储和调用,使用My NCBI(Cubby)首先要登记注册保存检索策略定期浏览新的检索结果,Pubmed中的免费全文,PubMed上约有5的文献是可以免费看到全文的，通常这些文献的

21、左上角会有一个Free Full Text的小标记。你只要点击这个图标，系统就自动链接入该文献的全文。在查到的文献题录中题录尾部标注有“free Article”的可以查到免费全文。在查到的文献题录中题录尾部标注有“free PMC Article”的可在“PMC”（PubMed生物医学期刊）数据库查到免费全文。,免费全文链接,全文链接,相关文献链接,习 题,1、请采用主题检索途径查找肾衰竭的饮食疗法相关文献2、从主题途径查找FK506副作用和肾移植的文献（限定条件：1年，人类，英语）3、从主题途径查找阿司匹林治疗心肌梗死4、从主题途径查找中医药治疗非小细胞肺癌的相关文献5、从主题途径查找针灸治疗三叉神经痛的相关文献6、检索2000-2005年以后有关Crohn病药物治疗研究的文献,Questions?Thanks!电话：,