pubmed使用介绍.ppt

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1、翁蕾鸣 北京大学医学图书馆信息咨询部,文摘型数据库PubMed检索方法与技巧,主要内容,创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI)1996年1月开始向全球开放特色：免费、收录广、内容全、检索途径多、检索体系完备、文摘库，部分文献还可在网上直接免费获得全文。,PubMed简介是什么？,NCBI(National Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心)目前国际上几个重要分子生物信息网站之一成立的原因:已故的参议院议员Claude Pepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性1988年11月4日成立是Na

2、tional Institutes of Health（NIH 美国国立卫生研究院）底下的National Library of Medicine（NLM 美国国立医学图书馆）的部门之一NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。,PubMed简介是什么？,NCBI目前提供的生物信息资源主要分为生物数据库生物信息工具,PubMed简介是什么？,生物数据库永久数据的大的组织体结合计算机软件执行更新、查询与存取数据的功能。容易取得信息并且只取得回答特殊生物问题的信息Entrez：NCBI的数据库搜寻与存取系统，可用来获取单一数据库或许多数据库的整合数据。目前，NCBI提供的公开（Open Acces

3、s）数据库包括如下：,PubMed简介是什么？,PubMed简介是什么？,NCBI目前提供的生物信息资源主要分为生物数据库生物信息工具,PubMed简介是什么？,Entrez一个整合的访问序列，定位，分类和结构数据的搜索和检索系统。整合的数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。可以检索相关的序列，结构和参考文献。BLAST序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。附加软件工具 开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，序列提交工具Sequin和BankIt。所有的NCB

4、I数据库和软件工具可以从HTTP或FTP来获得。,PubMed简介是什么？,Entrez可以检索的数据库：,Books 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据Gene，包含许多物种的基因数据库Genome，包含超过800种物种的基

5、因组数据库GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据GEO Profiles，基因表现图谱HomoloGene，同源基因批注数据库Journals，期刊文献（包含PubMed）MeSH，医学主题词数据库NCBI Web Site，所有NCBI网页NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列数据库）,PubMed简介是什么？,Online Mendelian Inheritance in

6、Man(OMIM)，人类遗传疾病相关文献数据库PopSet，族群演化分析相关研究资料Protein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料）PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料PubChem Compound，小分子化学物质结构PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据PubMed，科学文献报导数据库PubMed Central，科学文献数字全文数据库Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTPSNP，单点核酸

7、多样性数据库(dbSNP)Structure，分子模型数据(MMDB)Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息UniGene，人类unique基因序列数据库UniSTS，unique序列卷标地址数据库,Entrez可以检索的数据库：,PubMed简介是什么？,http:/（汉化）,英文检索,新版PubMed首页特色：简洁、清新检索速度较快,PubMed简介是什么？,PubMed数据范围,数据类型：期刊论文、综述以及与其他数据资源链接。特点：免费提供题录和文摘提供与原文的网址链接(部分免费获取）提供检索词自动转换匹配操作简便、快捷,PubMed简介是什么？,数据来源,PubMed简介是

8、什么？,PubMed数据范围,MEDLINE4800余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国家和地区。文献量达1千2百多万条记录，并回溯到1966年。记录中用PubMed-indexed for MEDLINE标记表示注 截止2006年3月15日PubMed公布的数据,PubMed简介是什么？,OldMedline1950-1965年间发表的200多万篇文献没有MeSH字段和摘要记录中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966标记表示。,PubMed数据范围,PubMed简介是什么？,In proc

9、ess citation提供MEDLINE尚未经规范处理的数据。获MeSH词后，再加入MEDLINE。记录中用PubMed-in process标记表示。,PubMed数据范围,PubMed简介是什么？,Publisher Supplied Citations出版商直接向PubMed提供电子记录包括MEDLINE未收录的部分记录记录中用PubMed-as supplied by publisher标记表示。,PubMed数据范围,PubMed简介是什么？,PubMed not MedlinePubMed收录Medline不收录的文献。记录中用PubMed标记表示。,PubMed数据范围,Pub

10、Med简介是什么？,PubMed简介是什么？,数据来源,主要内容,1.查文献：查找目的文献的文摘题录信息书目文摘条目2千万余条，每年约增加50万条（2011年数据）2.找全文：获得部分文献的全文PMC（Pubmed Center）可提供部分文献的全文提供可以获得全文的网站和数据库链接Linkout3.扩展阅读：提供相关文献链接Related citations,PubMed特色服务能干什么？,Pubmed小工具跟踪某一领域的最新进展Cubby（My NCBI),PubMed特色服务能干什么？,主要内容,PubMed检索方法怎么用？,1.检索机制,自动转换匹配功能(Automatic Term

11、Mapping)对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是：MeSH表 期刊刊名注释表 短语表 作者索引短语检索(Phrase Searching)要将短语作为一个词组进行检索，可用双引号“”将其引起来。如：“drug therapy”作为词组进行检索的词，系统不进行自动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。,MeSH注释表包括MeSH词、副主题词、MeSH词相关参照(也称款目词)、物质名称、物质名称同义词等。如果输入的检索词在注释表中发现有匹配的词，则该词将被作为MeSH词和自由词(即textword)同时进行检索。例如，如果我们输入Vi

12、tamin h,PubMed会这样检索：(“BiotinMeSHOR vitamin htw)vitamin h是MeSH词Biotin的款目词。,包括期刊名全称、期刊名MEDLINE缩写、ISSN号。例如，如果你输入“New England Journal of Medicine”，PubMed将按“N Engl J Medta”查询。,如果在MeSH注释表或期刊名注释表中未发现匹配的词，PubMED就会检索来自MeSH、物质名称、题名和文摘中多次出现的常用词组表，,如果输入的检索词在以上词表中未找到，且该词后有一或二个字母，PubMed就会查检作者索引。如果在作者索引中仍未找到匹配词，Pu

13、bMed就将该词组分开并重复上面的查找过程。如果还没有匹配词，PubMed将该词组的每个单词用AND组配并在所有字段中查找。,布尔逻辑组合检索，常用的逻辑关系词有AND，OR，NOT等,逻辑与（AND）-检出记录中同时含有检索词A和检索词B.如：A AND B（AIDS and therapy）,逻辑非（NOT）-在含检索词A的记录中，去掉含检索词B的记录。如：A NOT B（Hepatitis not Animal）,逻辑或（OR）-检出记录中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B的文献。如：A OR B（AIDS or Acquired Immunodeficiency Syndro

14、me）,2.布尔逻辑运算符,PubMed检索方法怎么用？,3.检索方法,基本检索高级检索主题检索临床咨询,PubMed检索方法怎么用？,常用工具,Welcome to PubMed,使用帮助,更多服务,检索词输入框,高级检索,主题检索,基本检索,临床咨询,PubMed检索方法怎么用？,默认检索字段为主题、作者、期刊,一.基本检索,PubMed检索方法怎么用？,关键词、词(词组)或短语：输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer；带有双引号“”作为短语检索：“cancer therapy”；带有连接号“-”作为一个词组检索：interleukin-6。限制检索字段：如liv

15、er cancerti作者：Smith J、仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如：Smithau2002年以后的文献若文中有作者全称可用全称检索如：Joshua Lederberg,一.基本检索,PubMed检索方法怎么用？,作者姓名检索 按照姓+名缩写（不用标点）的格式键入作者姓名，如：smith ja或jones k,系统会自动在作者字段内进行检索。姓名第一个字母可用大写也可用小写，姓前名后,姓用全称，名字一般用缩写。考虑到作者姓名的不同形式，PubMed采用自动转换功能进行作者姓名检索，如：smith j将检索成smith ja,smith jc,smith jr 等。精确检索：可以用双

16、引号将作者名引起来，再加作者字段限定AU，如：smith jau，这样可避免PubMed自动转换，实现精确查找。,一.基本检索,PubMed检索方法怎么用？,作者姓名检索按照姓(全写)+名(缩写)，之间不用标点键入作者姓名,smith j,PubMed检索方法怎么用？,精确检索避免PubMed自动词汇转换，实现精确查找,smith jau,期刊刊名：可用期刊全称：GENE THERAPYTA；可用期刊简称：JAMATA；(The Journal of the American Medical Association),一.基本检索,PubMed检索方法怎么用？,期刊检索 在检索框中键入期刊名，

17、如：molecular biology of the cell，系统的“自动词语匹配”功能会将它转换成mol biol celljournal进行检索。也可以直接输入Medline的期刊标准缩写形式，如：mol biol cell，或者是输入刊物的ISSN（国际标准出版物代码）进行检索，如：1059-1524。如果一个杂志名恰好是主题词或关键词，如：cancer，science，cell等，PubMed会首先将这些词转换成MeSH词表中的主题词进行检索。因此，需要将检索请求进行标准化处理，即在杂志名后面加TA。如：cellta,一.基本检索,PubMed检索方法怎么用？,期刊的一般检索，是在检

18、索输入框中键入期刊名或期刊的ISSN号,Eur J Immunol,期刊的标准检索，是在期刊名后面加字段限定TA.比如:cellta,cellta,复杂表达式：liver cancer AND therapy带有摘要文献的检索：liver cancer AND has abstract,一.基本检索,PubMed检索方法怎么用？,截词检索截词检索的作用：扩大检索范围，提高查全率。截词符：用*表示，代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索。如：bacter*，可以检出bacter，bacteria，bacteriophage，bacterium，等最多600个单词。,一

19、.基本检索,PubMed检索方法怎么用？,截词检索可以扩大检索范围提高查全率。,bacter*TI,字段限制检索采用字段限制方式进行检索，其规则是：检索词1字段标识 逻辑运算符 检索词2字段标识如：查找作者为crick在1993年发表的有关DNA方面的文献.检索式：DNAmh AND crickau AND 1993dp,1.基本检索,PubMed检索方法怎么用？,常用字段组成,标识符 字段名称TI TitleAU AuthorAD AffiliationAB AbstractDP Publication DateEDAT Entrez DateSO SourceTA Journal Titl

20、e AbbreviationMH MeSH TermsPT Publication Type,INTERNET,字段限制检索其规则是：检索词+字段标识,DNAmh AND crickau AND 1993dp,分析该检索课题，包含两个方面：肝癌：liver cancer；治疗：therapy两个主题之间的逻辑关系是AND，即liver cancer AND therapy,1.基本检索举例：肝癌的治疗,PubMed检索方法怎么用？,输入：liver cancer AND therapy,基本检索举例：肝癌的治疗,所得结果数,文献出处,文献标题,Pubmed编号，文献类型,文献著者,PubMed

21、检索方法怎么用？,PubMed检索方法怎么用？,对检索结果进行进一步过滤和限定,非英文的文献篇名上有中括号 且注明有语种,英文文献,土耳其语,篇名,英文文献,2.高级检索,高级检索,PubMed检索方法怎么用？,检索式生成框,检索史,检索框,分析该检索课题，包含两个方面：作者为：马大龙（ma dl）；作者单位为：北京大学（peking university）,2.高级检索举例：北京大学马大龙的文章,PubMed检索方法怎么用？,第一步：输入作者姓名,输入：ma dl,第二步：输入作者单位,输入：peking university,根据medline数据主题标引的规范性，利用主题词进行的研究，对

22、提高查全率、查准率会有相当的帮助。,点击MeSH Database打开主题检索界面,3.主题检索,PubMed检索方法怎么用？,查找主题词,分析该检索课题，有两个概念：长春新碱（Vincristine）、白血病（leukemia）：对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应组配副主题词“治疗应用（therapeutic use）”；对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组配副主题词“药物疗法（drug therapy）”。同时这两个概念之间是AND的关系。,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,PubMed检索方法怎么用？,第1步：检索长春新碱/治

23、疗应用,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,副主题词,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1

24、步：检索长春新碱/治疗应用,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第

25、2步：检索白血病/药物疗法,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,我们通过两个主题检索分别得到了：“长春新碱/治疗应用”的检索结果“白血病/药物疗法”的检索结果下面我们要把这两个检索结果用AND组合起来，就需要用到检索史,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,3.主题检索举例：长春新碱

26、（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等。,4.临床咨询和系统评价,PubMed检索方法怎么用？,4.临床咨询和系统评价,临床研究,系统评价,检索医学遗传学研究方面的文献,PubMed检索方法怎么用？,4.临床咨询和系统评价,PubMed检索方法怎么用？,PubMed检索方法

27、怎么用？,4.临床咨询和系统评价,主要内容,结果的显示、打印、保存显示保存、打印,其他辅助功能,结果显示,显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下3种：（1）Summary：为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。（2）Abstract：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。（3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。,其他辅助功能,保存记

28、录在“send to”下拉菜单中选择“File”，可完成将记录保存为文件。选择“E-mail”，则可将结果发送至邮箱。在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存；而“Clipboard”页面可用于保存一次或多次检索的结果记录。,结果保存,其他辅助功能,剪贴板或文件夹。用于用户将检索选中记录的暂时保存，方便用户集中打印、下载或索取原文。剪贴板中可存的最多记录为500条，如果一小时内无作何操作，记录将自动消失,练习题,检索有关“甘露醇（Mannitol）治疗青光眼（Glaucoma）”方面的英文综述（review）文献检索有关“微量元素（trace elements）缺乏与皮肤病（skin diseases）关系”的文献,Questions?Thanks!电话：82801292-604,