IPP专业图片分析软件使用方法.ppt
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1、1.打开一张图片在默认的intensity格式中,是图片灰度,越黑数值越小,越白数值越大。而实际上我们测量的染色强度是光密度,染色越深,光密度值越大。如果不进行光密度单位的转换,测量的数值将完全是错误的。,转换光密度单位的方法如下:,点击:measure-carliberation-intensity,调出intensity校正窗口。然后在窗口中点new按纽,再点一下下面的std optical density选项,这时可以看到窗口中的直线变成了反向的曲线。然后还要点一下最上面的system按纽。最后点close关闭窗口。这样就把程序系统的灰度单位转换成了光密度单位。关于光密度较正的详细内容请
2、参见第十帖及第十一帖。校正光密度单位的操作要在打开第一张图片后立即进行。将光密度单位设定为system之后就不必再对后面的每一张照片都进行光密度校正了。,2.点击measure-count/size,图 1,在窗口中选中manual,再点击select color,弹出颜色选择窗口segmentation,图 2,4.点一下吸管图标,在目标区域点一下,就可以选中该点的颜色,当然一下是不可能完全选中所需要指定的全部区域,可以在未选中的地方接着再点,这样多次选取,直到把想选中的区域全部选中为止。5 图3中被标上红色的区域被定义为一个class,其中每一个独立的小区块被定义为这个class中的一个o
3、bject。以此图为例,图中深蓝色的部分是细胞核,因此所有的细胞核都被选中成一个class,其中每一个细胞核就是一个object。,用红框圈起来的四个工具按纽分别是:吸管、撒消上一步操作、橡皮擦、全部清除。下在的小方框里则是吸管位置的选取颜色。,图 3,选取完AOI后,点击close回到count/size窗口,下一步就可以对选中的object进行测量操作了。如图4所示。点击count/size窗口中的measure菜单,点select measure,这是选择要进行何种测量操作,在弹出的测量选择窗口左侧列出了各种可用的测量选项,最常用的测量有:area面积density(mean)平均光密度
4、diameter直径IOD(integrated optical density)累积光密度在相应的项目上点一下,该测量项目就被选到中间的窗口中了,同时关于该测量的详细说明会显示在最右边。如果想取消某个已选中的测量项目,则在左边窗口中该项目上再点击一下就可以了。,图 4,选好了待测量的区域,也指定了测量项目,就可以进行测量统计了,点击一下测量选择窗口的OK纽,关闭这个窗口,就回到了count/size窗口,再点击一下count按纽,就可以看到程序在进行测量,稍等几秒钟即可读取测量数据.如图5分别点击count/size窗口中view菜单中的measurement data和statistics
5、,就分别弹出这两个数据窗口。前者是这个calss中每一个object的测量数据,后者是这些测量数据的统计参数,如总数、平均值、累加、标准差等。本例中得到的就是每个细胞核的面积、平均光密度值、直径、累积光密度值。统计数据则可得到这张图片中所有细胞核的平均面积、平均光密度值,平均直径、累积光密度值,当然还有细胞核的数目,就是所有object的数目。,图 5,9 测量数据转入EXCEL处理起来最方便。只要在数据菜单中点file-DDE to EXCEL。数据就传到EXCEL的sheet1里去了。如图6.在这个示例图片的统计数据中samples为图中所有细胞核的个数。第一列为area,其中的Mean值
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