DNA的损伤、修复和突变.ppt
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1、分子生物学,玉林师范学院生命科学与技术学院 林谦2013.9.,第5章 DNA的损伤、修复和突变 DNA存储着生物体赖以生存和繁衍的遗传信息,因此维护DNA分子的完整性对细胞至关重要。外界环境和生物体内部的因素都经常会导致DNA分子的损伤或改变,而且与RNA及蛋白质可以在胞内大量合成不同,一般在一个原核细胞中只有一份DNA,在真核二倍体细胞中相同的DNA也只有一对,如果DNA的损伤或遗传信息的改变不能更正,对体细胞就可能影响其功能或生存,对生殖细胞则可能影响到后代。,DNA损伤的后果,所以在进化过程中生物细胞所获得的修复DNA损伤的能力就显得十分重要,也是生物能保持遗传稳定性之奥秘所在。在细胞
2、中能进行修复的生物大分子也就只有DNA,反映了DNA对生命的重要性。另一方面,在生物进化中突变又是与遗传相对立统一而普遍存在的现象,DNA分子的变化并不是全部都能被修复成原样的,正因为如此生物才会有变异、有进化。,5.1 DNA损伤及其修复 DNA与其他生物大分子一样会遇到各种因素造成的损伤。DNA损伤如果不修复,不仅会影响到DNA的复制和转录,还可能导致细胞的癌变或早衰甚至死亡。为避免DNA损伤的不良后果,细胞往往会尽量修复DNA损伤,而不是简单地将其水解,因为一个细胞内的同一种DNA分子不像蛋白质和RNA那样有多个拷贝,如果将其水解,细胞也就失去了存在的基础;此外,DNA的互补双螺旋结构使
3、受损伤的DNA分子很容易修复。,5.1.1 导致DNA损伤的因素及损伤类型 导致DNA损伤的因素包括细胞内的和环境中的因素。细胞内的因素:DNA结构本身的不稳定;DNA复制过程中自然发生的错误,主要是碱基错配;细胞内活性氧(ROS)带来的破坏作用。环境因素:化学因素化学诱变剂;物理因素紫外辐射、离子辐射。DNA损伤可分为碱基损伤和DNA链的损伤。,图5-1 DNA分子上可能遭遇到的各种损伤,碱基损伤有5个亚类碱基丢失 由水分子进攻DNA分子上连接碱基和核糖间的糖苷键引起,以脱嘌呤最为普遍。黄曲霉毒素B1能加剧此反应,导致癌症。(2)碱基转换 含有氨基的碱基自发地或在某些化学试剂的作用下发生了脱
4、氨基反应。(3)碱基修饰 某些试剂直接作用碱基,如烷基化试剂修饰鸟嘌呤产生6-烷基鸟嘌呤,活性氧ROS修饰鸟嘌呤和胸腺嘧啶分别产生8-氧鸟嘌呤和胸腺嘧啶乙二醇。,图5-2 活性氧造成的碱基损伤,(4)碱基交联 紫外线照射可导致DNA链上相邻的嘧啶碱基,主要是T之间形成环丁烷嘧啶二聚体或6-4光产物。,(5)碱基错配 引起错配的原因有DNA复制过程中4种脱氧核苷三磷酸浓度的失调、碱基的互变异构或碱基之间的差别不足以让聚合酶正确区分。尽管聚合酶可纠正大部分错配的碱基,但仍有“漏网之鱼”。,DNA链的损伤又分为3个亚类:(1)链的断裂 单链断裂和双链断裂,由离子辐射(X射线、射线)和某些化学试剂的作
5、用,如博来霉素。链断裂是极严重的损伤,当DNA出现太多的裂口(特别是双链裂口)时,往往难以修复,导致细胞死亡。癌症放疗的原理就在于此。(2)DNA链的交联 一些双功能试剂导致DNA发生链间交联,如顺铂和丝裂霉素。(3)DNA与蛋白质之间的交联 紫外线可诱导DNA与结合在其上的蛋白质之间形成共价交联。,图5-4 离子辐射引起的DNA链断裂,5.1.2 DNA的修复机制 尽管DNA损伤的形式很多,但细胞内存在十分完善的修复系统。基本上每一种损伤在细胞内都有相应的修复系统(有时不止一种)。细胞内的绝大多数修复系统将损伤的核苷酸与周围的正常核苷酸一起切除,以另一条互补链上正常的核苷酸序列为模板,重新合
6、成核苷酸,取代原来异常的核苷酸。,5.1.2.1 直接修复 也称损伤逆转,不切除受损伤的碱基,而是直接将其逆转为正常的碱基。5.1.2.1.1 嘧啶二聚体的直接修复 嘧啶二聚体是一种极常见的损伤,导致DNA双螺旋发生扭曲,影响到DNA复制和转录。既可被直接修复,也可被切除修复。参与直接修复的是DNA光复活酶(photoreactivating enzyme)或光裂解酶(photolyase)。,在可见光的存在下,DNA光解酶(photolyase,光复活酶)可将 环丁烷二聚体再分解为单体。这些酶含有可吸收蓝光并将能量转移到待切环丁烷环中的辅基。E.coli 的光解酶含有2个色素分子,N5,N1
7、0-次甲基四氢叶酸和还原性的黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD)。光复活对嘧啶二聚体是专一性的。是损伤被“直接修复”的一种例子,是无差错的。,光复活是针对紫外线引起DNA损伤而形成的胸腺嘧啶二聚体,在损伤部位进行修复的修复途径。光复活作用在可见光的活化下,由光复活酶(PR酶,又称光解酶),催化胸腺嘧啶二聚体分解成为单体。PR酶先与DNA链上的胸腺嘧啶二聚体结合成复合物;复合物以某种方式吸收可见光,并利用光能切断二聚体之间的两个C-C键,使胸腺嘧啶二聚体变为两个单体,恢复正常,而后PR酶就从DNA上解离下来。,图5-5 嘧啶二聚体的直接修复,5.1.2.1.2 烷基化碱基的直接修复 烷基转移酶参与烷基化
8、碱基的修复。大肠杆菌中,6-甲基鸟嘌呤甲基转移酶(Ada酶)直接修复6-甲基鸟嘌呤、4-烷基胸腺嘧啶和甲基化的磷酸二酯键。Ada酶以活性中心的1个Cys残基作为甲基受体,一旦得到甲基就失活,因此是一种自杀酶。MGMT-II是另一种烷基转移酶。5.1.2.1.3 DNA链断裂的直接修复 这种修复由DNA连接酶催化,但裂口必须正好是DNA连接酶的底物,即相邻的5-P和3-OH。,烷基转移酶,无差错直接修复,损伤:烷化剂使鸟嘌呤或 O6位甲基化,改变它的配对性质。修复:烷基转移酶特异性地转移O6 甲基鸟嘌呤或 O6 乙基鸟嘌呤上的甲基或乙基基团到酶分子的半胱氨酸上,从而修复DNA损伤。,图5-6 烷
9、基化碱基的直接修复,5.1.2.2 切除修复 先切除受损的碱基或核苷酸,重新合成正常的核苷酸,再经连接酶重新连接,前后经历识别、切除、重新合成和重新连接四步。由于这些酶的作用不需可见光激活,也叫暗修复。切除修复不仅能消除由紫外线引起的损伤,也能消除由电离辐射和化学诱变剂引起的其他损伤。切除修复一般发生在下一轮DNA复制之前,又称复制前修复。切除修复分为碱基切除修复(BER)和核苷酸切除修复(NER)。BER直接识别具体的受损碱基,识别的标记是受损碱基的化学变化,而NER识别损伤对DNA双螺旋结构造成的扭曲。BER中还有一类专门修复DNA复制中产生错配碱基对的机制,称为错配修复(MMR)。,切除
10、修复属于Error-free repair无差错修复Base excision repair(BER,碱基切除修复)Uracil-DNA N glycosylase system(糖苷酶系统)Nucleotide Excision Repair(NER,核苷酸切除修复)E.coli UvrABC endonuclease 系统 切除修复是修复DNA损伤最为普遍的方式。对多种DNA损伤包括碱基脱落形成的无碱基位点、嘧啶二聚体、碱基烷基化、单链断裂等都能起修复作用。这种修复方式普遍存在于各种生物细胞中,也是人体细胞主要的DNA修复机制。修复过程需要多种酶的一系列作用。,DNA的损伤和切除修复,碱基
11、丢失,碱基缺陷或错配,结构缺陷,切开,核酸内切酶,核酸外切酶,切除,DNA聚合酶,DNA连接酶,AP核酸内切酶,核酸外切酶,切开,修复,连接,糖苷酶,切除,图5-8 尿嘧啶的切除修复,5.1.2.2.1 BER DNA糖苷酶切除受损的碱基,产生无嘌呤或无嘧啶位点(AP site)。AP内切酶在此AP site上游切开DNA链,随后在DNA聚合酶催化下,切口的3-OH端进行DNA的修复合成,模板是另一条链上的无损伤的互补序列。,图5-10 真核细胞的碱基切除修复,5.1.2.2.2 NER NER主要用来修复导致DNA结构发生扭曲并影响到DNA复制的损伤,如可造成DNA发生大约30度弯曲的嘧啶二
12、聚体,此外,大约20%由ROS造成的碱基氧化性损伤也由它修复。NER识别损伤并不针对损伤本身,而是针对损伤对DNA双螺旋结构造成的扭曲,故许多不同的损伤能被相同的机制和几乎同一套修复蛋白修复。,28,DNA聚合酶,DNA连接酶,DNA解旋酶,human excinuclease,DNA损伤,Nucleotide excision repair,人类核酸切除酶,探测损伤。由特殊的蛋白质完成并由此引发一系列的蛋白质与受损DNA的有序结合。切开损伤链。特殊的内切酶在损伤部位的两侧DNA链,损伤以寡聚核苷酸的形式被切除。去除损伤。2个切口之间的带有损伤的DNA片段被去除。填补缺口。由DNA聚合酶完成。
13、缝合切口。由DNA连接酶完成。,核苷酸切除修复(NER)主要用来修复导致DNA结构发生扭曲并影响到DNA复制的损伤。NER可分为全局性基因组NER(GGR)和转录偶联性NER(TCR)。GGR负责修复整个基因组的损伤,速度慢,效率低;TCR专门修复那些正在转录的基因在模板链上的损伤,速度快,效率高。,图5-12 E.coli核苷酸切除修复的详细过程,UvrA:损伤识别,充当分子接头UvrB:损伤识别,具有ATP酶和核酸内切酶活性UvrC:具有内切核酸酶活性UvrD:II型解链酶DNA聚合酶I/II:填补空缺DNA连接酶:缝合切口,图5-14 哺乳动物细胞的GGR和TCR,MMR(mismatc
14、h repair)错配修复是在含有错配碱基的DNA分子中,使正常核苷酸序列恢复的修复方式;主要用来纠正DNA双螺旋上错配的碱基对,还能修复一些因复制打滑而产生的小于4nt的核苷酸插入或缺失。现已在大肠杆菌、酵母和哺乳动物中发现了这一系统。MMR的过程需要区分母链和子链,做到只切除子链上错误的核苷酸,而不会切除母链上本来就正常的核苷酸。修复的过程是:识别出正确的链,切除掉不正确的部分,然后通过DNA聚合酶III和DNA连接酶的作用,合成正确配对的双链DNA。,修复时首先要区别模板链和新合成的DNA链,这是通过碱基的甲基化来实现的。半甲基化DNA成为识别模板链和新合成链的基础。错配修复发生在GAT
15、C的邻近处,故这种修复也称为甲基指导的错配修复。错配修复是一个低效率、高耗能的过程。所有错配都可由这一系统修复,但其中以GT错配修复更为有效,CC错配的修复为弱。,35,如何识别新链和旧链?,Methyl group,Not methylated yet,Parent,New,Hemi-methylation,图5-15 E.coli错配修复的详细过程,MutS:识别错配碱基,具有弱ATP酶活性MutL:调节MutS和MutH之间的相互作用,与UvrD作用MutH:结合半甲基化的GATC位点,序列和甲基化特异性内切酶,剪切非甲基化GATC的5-端UvrD:解链酶,催化被切开的含有错配碱基的子链
16、与母链的分离,5.1.2.3 DSBR(Double-stranded break repair)DNA断裂特别是双链断裂是一种极严重的损伤。这种损伤难以彻底修复,因为双链断裂修复难以找到互补链来提供修复断裂的遗传信息。细胞主要用两种机制来修复DNA双链断裂:第一种是同源重组,通过同源重组从同源染色体那里获得合适的修复断裂的信息,精确度较高;第二种称为非同源末端连接(NHEJ),在无序列同源的情况下,让断裂的末端重新连接起来,精确性低,是人类修复双链断裂的主要方式。,图5-16 哺乳动物细胞DNA双链断裂的非同源末端连接,5.1.2.4 损伤跨越 当损伤无法修复(如复制叉已经解开了母链,致使切
17、除修复系统无法利用互补链作为修复合成的模板),或者修复系统还没有机会去修复,细胞利用两套相对独立的损伤跨越修复系统重组跨越、跨越合成,先不管损伤,设法完成复制。,5.1.2.4.1 重组跨越 重组跨越又称为重组修复,利用同源重组的方法将DNA模板进行交换以克服损伤对复制的障碍,而随后的复制仍然使用细胞内高保真的聚合酶。是一种无错修复,因为忠实性未受到影响。以大肠杆菌为例,一旦复制叉到达损伤位点,DNA聚合酶III即停止移动,随后与模板链解离,在损伤点下游约1kb的地方重启DNA复制,在子链上留下一段空缺。在RecA蛋白的催化下,原DNA的一条母链(与新合成的子链序列一致)的同源片段被重组到子代
18、DNA上,填补子链的空缺,但在母链上产生新的空缺。,图5-17 E.coli的重组跨越,受损伤的DNA链复制时,产生的子代DNA在损伤的对应部位出现缺口。完整的另一条母链DNA与有缺口的子链DNA进行重组交换,将母链DNA上相应的片段填补子链缺口处,而母链DNA出现缺口。以另一条子链DNA为模板,经DNA聚合酶催化合成一新DNA片段填补母链DNA的缺口,最后由DNA连接酶连接,完成修补。,重组修复在DNA损伤未被切除或修复的情况下使细胞恢复DNA复制,等到复制完成后再通过其他机理修复残留的损伤,这种修复方式称为复制后修复。重组修复不能完全去除损伤,损伤的DNA段落仍然保留在亲代DNA链上,只是
19、重组修复后合成的DNA分子是不带有损伤的,但经多次复制后,损伤就被“稀释”了,在子代细胞中只有一个细胞是带有损伤DNA的。,重组修复与切除修复的最大区别在于前者不须立即从亲代的DNA分子中去除受损伤的部分,却能保证DNA复制继续进行。原母链中遗留的损伤部分,可以在下一个细胞周期中再以切除修复方式去完成修复。,5.1.2.4.2 跨越合成 跨越合成又称为跨损伤合成TLS,由特殊的DNA聚合酶取代停留在损伤位点上的催化复制的DNA聚合酶,在子链上(模板链上损伤碱基的对面)随机插入核苷酸(正确或错误的),以实现对损伤位点无错或易错的修复。,(1)大肠杆菌的跨越合成 大肠杆菌的TLS是其SOS反应的一
20、部分,属于一种可诱导的过程。SOS反应指细胞在受到潜在致死性压力后,做出的有利于细胞生存、但以突变为代价的代谢预警反应,包括易错的TLS、细胞丝状化(细胞伸长,但不分裂)和切除修复系统的激活,其中涉及到近20个sos基因的表达,整个反应受到阻遏蛋白LexA和激活蛋白RecA的调节。“SOS”是国际上通用的紧急呼救信号。SOS系统只在细胞受到严重损伤或复制系统受到抑制时才出现,代价是保真度降低“好死不如赖活着”。,大肠杆菌在正常的生长条件下,LexA蛋白与20个sos基因的上游的一段被称为SOS盒子的操纵基因结合,阻止这些基因的表达;当细胞面临致死性压力,其DNA遭遇到严重损伤而出现单链缺口的情
21、况下,RecA蛋白被单链DNA激活后作用于LexA蛋白,使LexA蛋白发生自我切割,失去与sos基因的操纵基因结合的活性,解除其对sos基因表达的抑制。,SOS 修复无模板指导的DNA复制,大剂量的紫外线照射,大量的二聚体产生,SOS系统诱导,错误潜伏的复制超越二聚体而进行,RecA-P;三种功能,SOS修复酶只有在细胞受到损伤时才存在(正常细胞中不存在)机制a、SOS系统以某种方式对pol进行修饰(改变校对亚基功能)b、由pol负责超越创伤复制结果大量的没有被错配修复系统和切除修复系统纠正的错误碱基导致突变错误倾向性存活下来总比死亡好,当DNA复制度过难关后,SOS修复是一种旁路系统,它允许
22、新生的DNA链越过胸腺嘧啶二聚体而生长,其代价是保真度的极大降低,这是一种易错修复系统。SOS修复是SOS反应的一种功能。SOS反应是DNA受到损伤或脱氧核糖核酸的复制受阻时的一种诱导反应。SOS反应机制:在潜在的致死压力下,细胞的新陈代谢系统帮助细胞存活。,SOS反应的机制,未诱导的细胞,靶基因,lexA基因被LexA 蛋白质部分阻遏,recA基因被LexA 蛋白质部分阻遏,(40个不同的位点被阻遏),LexA(阻遏物),RecA(辅蛋白酶),图5-18 E.coli的SOS反应,图5-19 E.coli DNA损伤的跨越合成,图5-20 DNA polV参与的跨损伤合成的详细步骤,图5-2
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