文献阅读及综述写作.ppt
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1、选题,文献阅读及综述写作,于晓山东大学医学院生理学研究所内分泌生理/细胞生理教学6号楼6326Email:,通知,本课程考核方式:一个问题:我是如何进行科研课题选题的?(字数不限)写一篇综述(3000字)截止时间(Deadline):2014年1月1日下一次课10月12日,第一部分 科研课题的选题 第二部分 文献阅读第三部分 综述写作,大纲,通知,本课程考核方式:一个问题:我是如何进行科研课题选题的?(字数不限)写一篇综述(3000字)截止时间(Deadline):2014年1月1日下一次课10月12日,第一部分 科研课题的选题,如何进行科研选题,1.导师安排的;2.跟着师兄师姐做;3.在导师
2、提供的多个课题中选择的;4.在导师的研究领域中选择的;5.与导师讨论选择的;6.完全自己独立选择的,Jack Szostak教授因与Elizabeth H.Blackburn、Carol W.Greider“发现端粒和端粒酶是如何保护染色体的”。瑞典卡罗林斯卡医学院5日宣布,将2009年诺贝尔生理学或医学奖授予他们,以表彰其在该领域的突出贡献。他们的研究成果揭示,端粒变短,细胞就老化;如果端粒酶活性很高,端粒的长度就能得到保持,细胞的老化就被延缓。,吴瑞(Ray Woo),Jack Szostak,吴瑞(Ray Woo)教授是国际知名的科学家,他在基因工程和生物技术领域是重要开创人之一。他的引
3、物延伸法进行DNA测序早在1971年前就取得成功。Jack Szostak从1974年到1979年,随吴瑞做的研究生,并留在吴瑞实验室做了博士后。Szostak的科学训练,主要在吴瑞实验室进行。2008年吴瑞教授去世后,他曾撰文悼念。,Lab Rotation中国中国科学院神经科学研究所美国大学-生命医学相关系或研究所,第二部分 文献阅读,一、为什么要阅读科技文献,1、学习的需要2、科学研究3、更好地从事基础和临床医学工作 学习专业知识,了解专业学术动态,为科研项目的选题,研究方法的选择,乃至于论文的书写方法寻找依据。,二、什么是科技文献,医学科技文献是医学研究、医疗实践或经验的书面材料。科技
4、文献可以是正式刊物上发表的,也可以是非正式刊物上发表的材料。,三、文献源的类型1、普通文献 可供研究者用来查找其他参考资料,主要是索引或者摘要。2、主要资料 是研究者报告自己研究成果的出版物,主要是各种期刊杂志。3、次要资料 是指在作品中描述了其他研究者的工作的出版物,最常见的是教材,教育百科全书、研究回顾和年鉴等。,医学科技文献的种类,论文实验(研究)报告病例报告文献综述调研报告其他:学术会议汇编、评述、专家笔谈等,论文的一般结构1 题目2 作者 作者单位3 摘要(中文,英文)4 正文-前言-材料与方法-结果-讨论-参考文献,抗原特异性Th17细胞的分化与调节杨静,贾磊,李丽,吴长有(中山大
5、学中山医学院免疫学教研室热带病防治研究教育部重点实验室,广东广州510080)The differentiation and regulation of Antigen specific Th17 cells Abstract AIM:METHODS:RESULTS:CONCLUSION:Keywords Th17 cells;T cell subset;flow cytometry;cy2,摘要 目的:方法:结果:结论:关键词 Th17;T细胞亚群;流式细胞术;细胞因子中图分类号 R392文献标识码 A,正文 按照CD4+T细胞分化和功能特征可以将其分为Th1和Th2细胞 1。为深入研究CD
6、4+T细胞免疫调节效应和探讨自体免疫性疾病等免疫学机制提供实验和1、材料和方法 材料 方法2、结果3、讨论参考文献:,四、怎样查找文献1 选择关键词,到NCBI网站查找英文论文,最初可以范围大些,如果文献多,就增加关键词,加上时间限制,如近三年,近一年等.www.ncbi.nih.gov,选择关键词,到山大图书馆电子期刊1)中文期刊全文数据库查中文文献。中国(CNKI)学术文献.2)Elsevier Science Direct,有很多专业杂志,有许多论文可以看到全文(英文),内容涉及生命科学,物理,医学,工程技术及社会科学,Elsevier Science学术期刊 Elsevier Scie
7、nce是世界上公认的高品位学术出版公司,也是全球最大的出版商,已有100多年的历史。除了出版图书外,还是当今世界最大的学术期刊出版商,内容涉及生命科学,物理,医学,工程技术及社会科学,其中许多为核心期刊。近年来,Elsevier公司合并了一些出版社,如Academic Press、Cell Press的学术期刊全文数据也已加入到ScienceDirect,目前国际网站的服务器上安装有1500多种期刊。http:/,五、选择阅读文献的标准1.文献的相似性:与自己的研究2.发表的时间:近、新3.研究者的学术影响:权威4.杂志的影响力,第一层次阅读 课题未定,不同阶段的文献阅读,1.看几本经典的本专
8、业书籍,掌握基本知识(中英文教材和专著)阅读文献从教科书开始,目的是对专业知识有一个完整的基本认识,知道哪些知识是已经确定的,哪些尚有争论。通过英文教材和专著的学习,一是学习专业知识,二是学习专业词汇,为下一步阅读英文文献奠定基础。,2.广泛阅读大量的文献,把握本领域的动态和方向。一定要通过广泛阅读了解自己从事研究的方向,目前世界研究现状:做到了何种程度,还有那些关键问题急待解决。,在阅读文献追踪专业发展动态时,务须切记要发挥自己判断力,不可盲从,即使是知名科学家和教科书有时也会有错误。,MIT麻省理工学院人工智能(AI)实验室将阅读论文分为三个阶段:第一阶段是看论文中是否有感兴趣的东西。论文
9、含有摘要,其中可能有内容的介绍,但是也有可能没有或者总结得不好,因此需要你跳读,了解作者究竟做了些什么。内容目录(thetableofcontents)、结论部分(conclusion)简介(introduction)是三个重点。顺序快速浏览,一旦搞清楚论文的大概和创新点,就可以决定是否需要进行第二阶段阅读了。,在第二阶段,要找出论文真正具有内容的部分。很多15页的论文可以重写为一页左右的篇幅;因此需要你寻找那些真正激动人心的地方。论文作者从其工作中所发现的感兴趣的地方,未必是你感兴趣的,反之亦然。,最后,如果觉得该论文确实有价值,返回去通篇精读。读论文时要牢记一个问题,“我应该如何利用该论文
10、?”“真的像作者宣称的那样么?”“如果会发生什么?”。理解论文得到了什么结论并不等同于理解了该论文。理解论文,就要了解论文的目的,假设和形式化是否可行,论文指出了怎样的方向,论文所涉及领域都有哪些问题,作者的研究中持续出现的难点是什么,论文所表达的观点是什么,诸如此类。,G 经常上网看看最新的文献可能会激发你一时的灵感。因此定期读几篇cell,nature,science上的文章还是很重要的,不要认为和自己专业无关的 就不关 心,其实目前生物医学界的许多方法和思路是相通的,将nature,science上论文中的最新的方法用到自己的领域上完全可能。,对于你从事的领域的重点杂志,不论中文还是外文
11、都有都有许多可读的综述,注意自己专业的核心刊很重要,应该是每一期的每一篇文章都阅读一下,然后是重点阅读和精读。,要想有成绩别无他法只有读,读,大量的读文献,尤其国外的,阅读文献的来源:中文,英文的数据库,对于文献数据库和专业数据库应该深入研究。,第二层次,选题时的文献阅读 目的是寻找研究方向,找出热点,找出研究手段,最后写出开题报告 根据导师制定的大方向,大量查阅近3年相关文献,精读几篇权威杂志上发表的研究论文和综述,对于本研究领域的国际领袖人物和实验室,应该多花一点时间去研究他们论文和主页,追踪他们的研究过程。,n,=Q8qz,读文献一定要注意文章后面列出的参考文献,按图索骥,就很易找到更多
12、文献,而且被引 次数越多的越重要,通过搜索参考文献的作者,期刊目次找到更多该领域的文章。,特别要注意中文综述文章后的英文参考文献,可以用回顾性的方法查找该问题的最初起源及奠基性文章。n0?Mb#+查阅大量外文文献,然后从文献的文献再去查找,如此往复循环,你的idea不知不觉中就被启发开来。,4 查找综述引用的文献,在展开的过程中,查文献作者、文献的引用和被引用情况是交织在一起的。但并不是所有的文献都需要这样查,这主要是针对那些cited time高的文献。,第三个层次 课题已定:1 首先要做的是寻找权威杂志上相关研究领域权威人士撰写的综述类文章。这类文章信息量大,论述精辟,读后不但有助于掌握相
13、关研究的重点和焦点内容,而且能帮助我们掌握研究领域的大方向和框架,哪些人、哪个大学或研究所、在哪个方向比较强等等,1).找一篇本研究领域的文献综述(review)。找一篇有影响的综述(主要是看引用次数cited time的高低)2).精读此文献综述。这一步主要是了解研究领域的框架,熟悉各个问题的key words,并进行总结归类。,3).根据综述的作者、所引用的文献以及被引用的情况进行展开搜索。写此综述的作者一般都是此研究领域的领军人物,所以他的文献一般都有很高的参考价值。可以直接搜索此作者的相关文献,再用问题关键词进行二次检索。查找引用此综述的文章,再用问题关键词进行二次检索。这一步找到的文
14、章往往都比较新,能够代表最新的研究动态。,2 其次是泛读摘要,挑选最相关的进行精读。精读文章同时做笔记和标记是非常关键的,因为好文章可能每读一遍就有不同的收获,每次的笔记加上心得最后总结起来就会对自己大有帮助;再次是针对不同的需要对论文进行泛读和跳读。要涉足一些和专业有点瓜葛但有相当距离的领域,研读相关文献的程序是 1)、对该领域有较多介绍的中文成书(资料一般是比较老,如果是新书通常汇集了最近5到10年 的主要研究内容和结果.读后可以对这个领域发展历史和近期状况有个全面的了解,对一些专门的术语和英文单词也有了概念。,2)、根据研究内容通查 最近3年的中文期刊,主要是通过看综述了解最近进展和一些
15、国外发表文章的人名和期刊名,还有国内做到什么程度了,为研究该类项目打基础。你可以知道国内那些同行在做这工作.如果实验中碰到一些具体的细节问题的话,你可以联系他们,这便可以使你避免走不必要的弯路.3)、根据上面的学习掌握的专业词汇,人名,期刊名以方便查国外文献。,对于自己要研究的不熟悉的内容:1)首先翻翻中文教科书,有一个大概的了解,这样对阅读文献很有帮助。2)上网查一些自己想要做的题目的相关方面的中文综述,也算是对教科书内容的补充。同时也让你有可能触及到国内目前的此方面的前沿。此时你可以开始阅读一些外文的综述,看一看国外的研究情况和进展。如果对你想要研究什么有更进一步的了解。就可以阅读一些国外
16、的原始论著。等到文献量积累到一定程度就可以开始你的课题了。,X21%,3)在课题进展过程中,时刻关注你正在研究的相关内容研究进展,它可能会给你的课题新的补充。4)看文献,编号,做好笔记。对于一个尚不熟悉领域的课题,先找相关的综述,综述是了解该领域最快的途径,因为教材具有滞后性,而论著又偏重于某一点,优秀的综述可以作教材读的。读文献的顺序,当然还是从中文到外文,毕竟,中文是自己的母语,容易看懂,也容易有成就感。*,文章内容是从综述到论著。一般花上一两个小时,可以查一堆文献,先把它们的摘要 整理出来,甚至打印出来,根据摘要,可以初步判断哪些是自己决定要的。然后再到网上找全文,有免费(Free)的,
17、有“济南泉方”帮助查阅的,还找不到就发E-mail给国外的同学,一般都能获取到。对于自己感兴趣的问题,不仅要看原文,还要看它的参考文献,一般深追上几篇文章,对于想了解的问题也就知道个大概了。在读文章的过程中,当然要做些笔记,建一个word文档,做些复制拷贝的工作便可,这样做的好处是回头就不必再花好多时间去找你的论据或论点。,7,在做每一个实验之前,反复调研文献,看一看达到研究目标有哪些方法,每种方法的优点和缺点是什么,经过反复比较,选择最方便的开始。这不但是提高工作效率的捷径,而且是在培养你的判断能力,也是在积累你的经验和知识。对于你所采用方法的文献,实验步骤的每一个细节,要问问什么?如果不这
18、样做,后果是什么?能不能用其他方法代替?参考其它文献,看看别人的实验步 骤又是如何?他们做了什么改动?为什么要这样改动?,第四个层次的阅读-书写论文,一旦实验完成,需要总结分析书写论文时,需要更深层次的文献阅读,特别是与你研究论文密切相关的论文,在阅读过程中了解那些文献支持你的结论,哪些与你的结论有矛盾,这些矛盾之处是否符合逻辑。,文献阅读的不同境界解决起点问题泛读了解做什么问题 精读 做到什么程度采用什么方法和资料有什么发现存在什么不足-最高境界,学生如何提高专业英文阅读能力,清华大学 施一公【序:此文针对本科生和一、二年级的博士、硕士生,对高年级的博士生和博士后也应该有参考价值。该文的一些
19、背景可以参考我此前关于提高英文写作能力的博文:http:/,施一公谈如何提高专业英文阅读能力,85至89年在清华生物系读本科期间,从未读过任何一种英文专业期刊。我受到的与英文阅读相关的训练一共只有两个。一是我在1986年暑假期间选修的时任系主任的蒲慕明老师开设的生物英语系列讲座,隐隐约约记得蒲先生让我们阅读一些诸如DNA双螺旋发现之类的科普性英文文章,很有意思。但时间较短,暑假过后也没有养成读英文文章的习惯。二是生物化学这门课。与现在的清华生命学院形成鲜明对比,我上大学期间的所有基础课和专业课都是采用中文教材、中文讲课,只有郑昌学老师讲授的生物化学采用了Lehninger的Principles
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