酶的分类与命名.ppt
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1、第三章 酶,第三章 酶,第一节 酶的分类与命名 第二节 酶催化作用的特性 第三节 酶催化作用的机制 第四节 酶结构与功能的关系 第五节 酶促反应动力学 第六节 酶活力及其测定 第七节 酶工程,酶是生物催化剂,酶是活细胞产生的一类具有催化功能的生物分子,所以又称为生物催化剂(biocatalysts)绝大多数的酶都是蛋白质。酶催化的生物化学反应,称为酶促反应(Enzymatic reaction)。在酶的催化下发生化学变化的物质,称为底物(substrate)。,1926年,James Summer由刀豆制出脲酶结晶确立酶是蛋白质的观念,其具有蛋白质的一切性质。核酶的发现:19811982年,T
2、homas R.Cech实验发现有催化活性的天然RNARibozyme。L19 RNA和核糖核酸酶P的RNA组分具有酶活性是两个最著名的例子。抗体酶(abzyme):1986年,Richard Lerrur和Peter Schaltz运用单克隆抗体技术制备了具有酶活性的抗体(catalytic antibody)。,第一节 酶的分类与命名,一 酶的分类(一)根据酶的化学组成可将酶分为:1 单纯蛋白酶类:只含有蛋白质成分 2 结合蛋白酶类(全酶):含有蛋白成分(酶蛋白)和非蛋白成分(辅助因子),全酶=酶蛋白+辅助因子,辅助因子,与酶蛋白结合比较疏松的小分子有机物,与酶蛋白结合紧密的小分子有机物。
3、,金属离子作为辅助因子。,金属离子,辅酶,辅基,酶蛋白和辅助因子单独存在均无催化活性,只有二者结合为全酶才有催化活性。酶蛋白决定酶催化专一性,辅助因子通常是作为电子、原子或某些化学基团的载体决定反应的性质。,某些小分子有机化合物与酶蛋白结合在一起并协同实施催化作用,这类分子被称为辅酶(或辅基)。辅酶是一类具有特殊化学结构和功能的化合物。参与的酶促反应主要为氧化-还原反应或基团转移反应。大多数辅酶的前体主要是水溶性 B 族维生素。许多维生素的生理功能与辅酶的作用密切相关。,辅酶在酶促反应中的作用特点,辅酶在催化反应过程中,直接参加了反应。每一种辅酶都具有特殊的功能,可以特定地 催某一类型的反应。
4、同一种辅酶可以和多种不同的酶蛋白结合形成不同的全酶。一般来说,全酶中的辅酶决定了酶所催化的类型(反应专一性),而酶蛋白则决定了所催化的底物类型(底物专一性)。,酶分子中的金属离子,根据金属离子与酶蛋白结合程度,可分为两类:金属酶和金属激酶。在金属酶中,酶蛋白与金属离子结合紧密。如 Fe2+/Fe3+、Cu+/Cu3、Zn2+、Mn2+、Co2 等。金属酶中的金属离子作为酶的辅助因子,在酶促反应中传递电子,原子或功能团。,金属酶中的金属离子与配体,金属离子 配体 酶或蛋白Mn2 咪唑 丙酮酸脱氢酶Fe2+/Fe3+卟啉环,咪唑,血红素,含硫配体 氧化-还原酶,过氧化氢酶Cu+/Cu2+咪唑,酰胺
5、 细胞色素氧化酶Co2+卟啉环 变位酶Zn2+-NH3,咪唑,(-RS)2 碳酸酐酶,醇脱氢酶Pb2-SH d-氨基-g-酮戊二酸脱水酶Ni2-SH 尿酶,金属激酶中的金属离子,激酶是一种磷酸化酶类,在ATP存在下催化葡萄糖,甘油等磷酸化。其中的金属离子与酶的结合一般较松散。在溶液中,酶与这类离子结合而被激活。如Na+、K+、Mg2+、Ca2+等。金属离子对酶有一定的选择性,某种金属只对某一种或几种酶有激活作用。,(二)根据酶蛋白结构特点可将酶分为,单体酶:以一个独立的三级结构为完整生物 功能分子的最高结构形式的酶。寡聚酶:以一个独立的四级结构为完整生物 功能分子的最高结构形式的酶。多酶复合体
6、:由多种酶彼此镶嵌成一个功能 完整的具有特定结构的复合体,它们相互配合依次进行,催化连续的 一系列相关反应。,(三)、酶的分类 根据酶所催化的反应类型,按照国际系统 分类方法,将酶分为六大类:,氧化-还原酶催化氧化-还原反应。主要包括脱氢酶(dehydrogenase)和氧化酶(Oxidase)。如,乳酸(Lactate)脱氢酶催化乳酸的脱氢反应。,1 氧化-还原酶 Oxidoreductase,AH2+B(O2),+BH2(H2O2,H2O),A,转移酶催化基团转移反应,即将一个底物分子的基团或原子转移到另一个底物的分子上。例如,谷丙转氨酶催化的氨基转移反应。,2 转移酶 Transfera
7、se,AX+B,A+BX,水解酶催化底物的加水分解反应。主要包括淀粉酶、蛋白酶、核酸酶及脂酶等。例如,脂肪酶(Lipase)催化的脂的水解反应:,3 水解酶 hydrolase,AOH+BH,AB+H2O,裂合酶催化从底物分子中移去一个基团或原子形成双键的反应及其逆反应。主要包括醛缩酶、水化酶及脱氨酶等。例如,延胡索酸水合酶催化的反应。,4 裂合酶 Lyase,异构酶催化各种同分异构体的相互转化,即底物分子内基团或原子的重排过程。例如,6-磷酸葡萄糖异构酶催化的反应。,5 异构酶 Isomerase,常见的有消旋和变旋、醛酮异构、顺反异构和变位酶类。,合成酶,又称为连接酶,能够催化C-C、C-
8、O、C-N 以及C-S 键的形成反应。这类反应必须与ATP分解反应相互偶联。A+B+ATP+H-O-H=A B+ADP+Pi 例如,丙酮酸羧化酶催化的反应。丙酮酸+CO2 草酰乙酸,6 合成酶 Ligase or Synthetase,核酸酶是唯一的非蛋白酶。它是一类特殊的RNA,能够催化RNA分子中的磷酸酯键的水解及其逆反应。,7核酸酶(催化核酸)ribozyme,(一)习惯命名方法(1)根据作用底物来命名,如淀粉酶、蛋白酶等。(2)根据所催化的反应的类型命名,如脱氢酶、转移酶等。(3)两个原则结合起来命名,如丙酮酸脱羧酶等。(4)根据酶的来源或其它特点来命名,如胃蛋白酶、胰蛋白酶等。,二
9、酶的命名,(二)国际系统命名法,系统名称包括底物名称、构型、反应性质,最后加一个酶字。,例如:习惯名称:谷丙转氨酶系统名称:丙氨酸:-酮戊二酸氨基转移酶酶催化的反应:谷氨酸+丙酮酸-酮戊二酸+丙氨酸,酶的编码,每个酶都有一个有四个数字组成的编码,第二节 酶催化作用的特性,酶是生物催化剂,与无机催化剂相比,二者 有共性;但酶的化学本质是蛋白质,又在生物体内作用,因此酶的作用又有特性。,一 酶和一般催化剂的共性,1.用量少而催化效率高;2.它能够改变化学反应的速度,但是不能改变化学反应平衡。3.只能催化热力学允许的反应,在反映前后不发生改变。,二 酶催化作用特性,1高效性2专一性3反应条件温和4.
10、酶的催化活性可调节控制,二 酶催化作用特性,酶的催化作用可使反应速度提高106-1012倍。例如:过氧化氢分解 2H2O2 2H2O+O2用Fe+催化,效率为6*10-4 mol/mol.S,而用过氧化氢酶催化,效率为6*106 mol/mol.S。用-淀粉酶催化淀粉水解,1克结晶酶在65C条件下可催化2吨淀粉水解。,1高效性,酶的专一性 Specificity又称为特异性,是指酶在催化生化反应时对底物的选择性。根据专一性的不同又可分为:(1)绝对专一性(2)相对专一性(3)立体异构专一性,2专一性,(1)绝对专一性,有些酶对底物的要求非常严格,只作用于一个特定的底物。这种专一性称为绝对专一性
11、(Absolute specificity)。,有些酶的作用对象不是一种底物,而是一类化合物或一类化学键。这种专一性称为相对专一性(Relative Specificity)。包括族(group)专一性。如-葡萄糖苷酶,催化由-葡萄糖所构成的糖苷水解,但对于糖苷的另一端没有严格要求。和键(Bond)专一性。如酯酶催化酯的水解,对于酯两端的基团没有严格的要求。,(2)相对专一性,(3)立体化学专一性,酶的一个重要特性是能专一性地与手性底物结合并催化这类底物发生反应。例如,淀粉酶只能选择性地水解D葡萄糖形成的1,4糖苷键,I,光学专一性 Optical Specificity,Stereochem
12、ical Specificity,几何专一性,有些酶只能选择性催化某种几何异构体底物的反应,而对另一种构型则无催化作用。如延胡索酸水合酶只能催化延胡索酸水合生成苹果酸,对马来酸则不起作用。,geometrical specificity,酶促反应一般在pH 5-8 水溶液中进行,反应温度范围为20-40C。高温或其它苛刻的物理或化学条件,将引起酶的失活。,3反应条件温和,4.酶的催化活性可调节控制,如抑制剂调节、共价修饰调节、反馈调节、酶原激活及激素控制等。,某些酶催化活力与辅酶、辅基及金属离子有关。,第三节酶结构与功能的关系,酶的化学本质是蛋白质,同样具有一、二、三级结构,有些酶还具有四级结
13、构。作为生物催化剂,酶的结构又有一些特点。,第三节 酶结构与功能的关系,一 活性部位:酶分子中直接与底物结合,并催化底物发 生 反应的部位。酶活性中心包括两个部位。,主要包括:亲核性基团:丝氨酸的羟基,半胱氨酸的巯基和组氨酸的咪唑基。,必需基团:在酶分子中和酶的催化活性直接有关的基团,活性中心内外都有。,酸碱性基团:门冬氨酸和谷氨酸的羧基,赖氨酸的氨基,酪氨酸的酚羟基,组氨酸的咪唑基和半胱氨酸的巯基等。,必需基团:,二 变构酶,亦称别构酶,由两个以上亚基组成,除了具有与底物结合的活性中心外,还具有与调节剂结合的调节中心。当酶与调节剂结合后,酶蛋白的构象发生变化,从而引起酶活性的变化。,酶的别构
14、(变构)效应示意图,一般是寡聚酶,由多亚基组成,包括催化部位和调节(别构)部位;具有别构效应。指酶和一个配体(底物,调节物)结合后可以影响酶和另一个配体(底物)的结合能力。,相同(均为底物):同促效应(homotropic effect),不同(效应调节物):异促效应(heterotropic effect),根据配体结合后对后继配体的影响,根据配体性质,正协同效应(positive cooperative effect),负协同效应(negative cooperative effect),动力学特点:不符合米曼方程双曲线。,别构酶的特点,别构酶与非调节酶动力学曲线的比较,别构酶举例:天冬氨
15、酸转氨甲酰酶,简称ATCase,三 酶原及酶原的激活,1 酶原:酶无活性的前体。,2 酶原的激活:从无活性的酶原转变为有活性的酶的过程。,4酶原激活的本质:酶原的激活实质上是酶活性部位形成或暴露的过程。,3 激活剂:能使无活性的酶原激活的物质。,胰蛋白酶原,胰蛋白酶,六肽,肠激酶,活性中心,胰蛋白酶原的激活示意图,胰蛋白酶原,胰蛋白酶,六肽,肠激酶,胰蛋白酶对各种胰脏蛋白酶的激活作用,四 同工酶(isoenzyme),能催化相同的化学反应,但在蛋白质分子的结构、理化性质和免疫性能等方面都存在明显差异的一组酶。,乳酸脱氢酶(LDH),LDH5,LDH4,LDH3,LDH2,LDH1,骨肌型,心肌
16、型,乳酸脱氢酶同工酶形成示意图,多肽,亚基,mRNA,四聚体,结构基因,a b,不同组织中LDH同工酶的电泳图谱,同工酶在各学科中的应用,(1)遗传学和分类学:提供了一种精良的判别遗传标志的工具。,(2)发育学:有效地标志细胞类型及细胞在不同条件下的分化情况,以及个体发育和系统发育的关系。,(3)生物化学和生理学:根据不同器官组织中同工酶的动力学、底物专一性、辅助因子专一性、酶的变构性等性质的差异,从而解释它们代谢功能的差别。,(4)医学和临床诊断:体内同工酶的变化,可看作机体组织损伤,或遗传缺陷,或肿瘤分化的的分子标志。,第四节 酶的催化作用机理,酶促反应:E+S=ES=ES*EP E+P
17、反应方向,主要取决于反应自由能变化H。而反应速度快慢,则主要取决于反应的活化能Ea。,(一)活化能降低,催化剂的作用是降低反应活化能Ea,从而起到提高反应速度的作用,一 酶作用高效率的机制,反应过程中能的变化,一 酶作用高效率的机制,(二)中间产物学说 在酶催化的反应中,第一步是酶与底物形成酶底物中间复合物。当底物分子在酶作用下发生化学变化后,中间复合物再分解成产物和酶。E+S=E-S P+E许多实验事实证明了ES复合物的存在。ES复合物形成的速率与酶和底物的性质有关。,酶(E)与底物(S)结合生成不稳定的中间物(ES),再分解成产物(P)并释放出酶,使反应沿一个低活化能的途径进行,降低反应所
18、需活化能,所以能加快反应速度。,酶催化作用的本质是酶的活性中心与底物分子通过短程非共价力(如氢键,离子键和疏水键等)的作用,形成E-S反应中间物,其结果使底物的价键状态发生形变或极化,起到激活底物分子和降低过渡态活化能作用。,在酶促反应中,底物分子结合到酶的活性中心,一方面底物在酶活性中心的有效浓度大大增加,有利于提高反应速度;另一方面,由于活性中心的立体结构和相关基团的诱导和定向作用,使底物分子中参与反应的基团相互接近,并被严格定向定位,使酶促反应具有高效率和专一性特点。,1 邻基效应和定向效应,(三)与酶作用高效性有关的因素,邻 近 定 向 效 应,2 与反应过渡状态结合作用,按 SN2
19、历程进行的反应,反应速度与形成的过渡状态稳定性密切相关。在酶催化的反应中,与酶的活性中心形成复合物的实际上是底物形成的过渡状态,所以,酶与过渡状态的亲和力要大于酶与底物或产物的亲和力。,3 张力学说,这是一个形成内酯的反应。当 RCH3时,其反应速度比 RH的情况快315倍。由于-CH3体积比较大,与反应基团之间产生一种立体排斥张力,从而使反应基团之间更容易形成稳定的五元环过渡状态。,4 酸碱催化,酸-碱催化可分为狭义的酸-碱催化和广义的酸-碱催化。酶参与的酸-碱催化反应一般都是广义的酸碱催化方式。广义酸碱催化是指通过质子酸提供部分质子,或是通过质子碱接受部分质子的作用,达到降低反应活化能的过
20、程。,广义酸基团 广义碱基团(质子供体)(质子受体),酶分子中可以作为广义酸、碱的基团,His 是酶的酸碱催化作用中最活泼的一个催化功能团。,5.共价催化,催化剂通过与底物形成反应活性很高的共价过渡产物,使反应活化能降低,从而提高反应速度的过程,称为共价催化。酶中参与共价催化的基团主要包括 His 的咪唑基,Cys 的硫基,Asp 的羧基,Ser 的羟基等。某些辅酶,如焦磷酸硫胺素和磷酸吡哆醛等也可以参与共价催化作用。,6 金属离子催化作用,金属离子可以和水分子的OH-结合,使水显示出更大的亲核催化性能。,提高水的亲核性能,电荷屏蔽作用,电荷屏蔽作用是酶中金属离子的一个重要功能。多种激酶(如磷
21、酸转移酶)的底物是Mg2+ATP复合物。,电子传递中间体,许多氧化-还原酶中都含有铜或铁离子,它们作为酶的辅助因子起着传递电子的功能。,二 酶作用专一性的机制,酶分子活性中心部位,一般都含有多个具有催化活性的手性中心,这些手性中心对底物分子构型取向起着诱导和定向的作用,使反应可以按单一方向进行。酶能够区分对称分子中等价的潜手性基团。(a)“三点结合”的催化理论。认为酶与底物的结合处至少有三个点,而且只有一种情况是完全结合的形式。只有这种情况下,不对称催化作用才能实现。,锁 钥 学 说,锁钥学说:,认为整个酶分子的天然构象是具有刚性结构的,酶表面具有特定的形状。酶与底物的结合如同一把钥匙对一把锁
22、一样,诱导契合学说,诱导契合学说,该学说认为酶表面并没有一种与底物互补的固定形状,而只是由于底物的诱导才形成了互补形状.,第五节 酶促反应动力学,定义:酶促反应动力学是研究酶促反应速度以及各种条件下对酶反应速度的影响。,在低底物浓度时,反应速度与底物浓度成正比,为一级反应。底物浓度增大与速度的增加不成正比,为混合级反应.当底物浓度达到一定值,几乎所有的酶都与底物结合后,反应速度达到最大值(Vmax),此时再增加底物浓度,反应速度不再增加,表现为零级反应。,一 底物浓度对酶促反应速度的影响,(一)V-S曲线,1913年,德国化学家Michaelis和Menten根据中间产物学说对酶促反映的动力学
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