木质纤维素的酶水解.docx
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1、木质纤维素的酶水解Biological conversion of cellulosic biomass to fuels and chemicals offers the high yields to products vital to economic success and the potential for very low costs. Enzymatic hydrolysis that converts lignocellulosic biomass to fermentable sugars may be the most complex step in this process
2、 due to substrate-related and enzyme-related effects and their interactions. Although enzymatic hydrolysis offers the potential for higher yields, higher selectivity, lower energy costs and milder operating conditions than chemical processes, the mechanism of enzymatic hydrolysis and the relationshi
3、p between the substrate structure and function of various glycosyl hydrolase components is not well understood. Consequently, limited success has been realized in maximizing sugar yields at very low cost. This review highlights literature on the impact of key substrate and enzyme features that influ
4、ence performance, to better understand fundamental strategies to advance enzymatic hydrolysis of cellulosic biomass for biological conversion to fuels and chemicals. Topics are summarized from a practical point of view including characteristics of cellulose (e.g., crystallinity, degree of polymeriza
5、tion and accessible surface area) and soluble and insoluble biomass components (e.g., oligomeric xylan and lignin) released in pretreatment, and their effects on the effectiveness of enzymatic hydrolysis. We further discuss the diversity, stability and activity of individual enzymes and their synerg
6、istic effects in deconstructing complex lignocellulosic biomass. Advanced technologies to discover and characterize novel enzymes and to improve enzyme characteristics by mutagenesis, post-translational modification and over-expression of selected enzymes and modifications in lignocellulosic biomass
7、 are also discussed.基于酶水解技术基础上的纤维素乙醇生产技术是20世纪80年代生物质技术 的主要研究领域,自从20世纪70年代“能源危机”之后,美国能源部一直积极支 持规模以上乙醇生产,并建立独立部门用于管理和支持这项工作。虽然通过纤维 素酶水解纤维素生物质产生的生物燃料和化学产品提供了更高的收益率,较高的 选择性,降低能源成本以及相对化学过程更温和的操作条件等,但是这种技术在 那个时代依然被判定为高风险行业1。然而新兴生物技术为纤维素乙醇生产成 本降低并使其更具有竞争性提供了重要的保证。改进的稀酸预处理方法和二战时 期发现的纤维素酶生产菌Trichoderma reese
8、i是20世纪80年代纤维素乙醇历史 性成本降低的主要原因2-4。Rutgers University通过经典突变技术和菌种选育获 得了来源于野生型T. reesei QM9414的著名纤维素生产菌株Trichoderma reesei Rut305。杰能科公司的纤维素酶150 L非常高效是因为3葡萄糖苷酶的水平大 幅提高6,501。最近宣布糖苷水解酶成本显着改善多达20至307,8。值得注意的是自然环境中大多数的细菌和真菌具有生产生物质水解酶的能 力。纤维素相关微生物进化形成了具有完全降解能力的微生物个体以及作为某些 微生物群落中生物质水解反应链中某一环节的微生物个体。通过这些微生物分泌 的纤
9、维素酶被分类为糖苷水解酶(GHs),其中也包括某些具有木素修饰能力的 酶。酶和微生物的结合在不同的生物质水解生态系统中是动态变化的,这依赖于 初始的生物质资源和环境影响因子。通过已有的生物技术,发现以及改良新的酶 资源,并使这些酶具有新的特性就具有了更大的潜力,这些特性包括平衡协同基 础上更高的特异活性,更好的热稳定性,更好的抗抑制能力以及改进的多种组合 (如纤维素酶,半纤维素酶,果胶酶以及蛋白酶)酶活性以获得低成本前提下的 高产量的复合糖。不幸的是,纤维素乙醇生产技术尚未被商业化的部分原因至少是因为从具有 天然生物结构屏障的纤维素材料中释放糖具有极大的困难9,10。其结果是水解 时需要大量的
10、酶制剂,根据每g经过预处理的纤维素通常需要使用15 FPU剂量 纤维素酶实现经济的糖产量换算,相当于制成1L的生物乙醇需要大约30g纤维 素酶。图1说明了酶蛋白的生产成本(美元/千克酶)和包括所需要所有酶种类 情况下必须用于乙醇的成本关系(美元/加仑的乙醇),这一数据包括不同的酶达 到同样乙醇产量所需要的成本(数据来源于国家可再生能源实验室报告的数据) 11。因此,为了实现预期的生物乙醇成本目标($0.10/加仑或更低),美国能源 部计划将酶的成本控制在低于$ 2/kg,并大幅削减产量高所需的酶负荷即提高酶 的效率或者两种战略并行实施12-14。此外,酶水解机制以及限制水解效率的因 素还不清楚
11、,这也使许多的商业应用因此受到了一定的限制15。提高对生物 质及其水解酶的结构和功能的认识将对确定影响木质纤维素生物质转化和生物 预处理,水解以及酶对生物质转化中的作用以及制定适当的策略以实现高糖得率 和低酶用量起到重要的作用。Cost of protein, US$ per kg of proteinFigure 1 + Coit of cellulase forethanol production versus cost of protein at different loadings that all achieve the sa m 令 ethanol yield. Data from
12、-0 IwqlQ-口 UO-ES 打 d ssnSE 3s jo-woo酶的水解效率是由纤维素的结构特点和酶作用机制决定的。虽然过去的几十 年里通过大量的研究,在酶的结构,酶分子性质以及纤维素超微结构等方面掌握 了一些细节的知识,但是由于纤维素底物结构的复杂性以及酶组分的多样性,纤 维素底物的水解机制至今仍然未被完全了解。因此,本文着重对目前预处理生物 质的特性以及影响糖释放的糖苷水解酶的主要特点进行综述,并建议进一步推进 如基因组学,蛋白质组学和显微技术等新兴技术对生物质转化的研究。底物相关因素这一节的目标是对新近获得的对生物质结构性质和相关酶的特征的研究进 展进行综述,同时提供通过改善底物
13、结构影响酶水解的研究视角。生物质具有许 多妨碍自身被酶解的结构特点。大多数的生物聚合物,包括纤维素,半纤维素和 木质素在细胞壁中不是孤立存在的,它们之间形成紧密的相互联系16。木质素 和碳水化合物(如纤维素和半纤维素)形成木质素-碳水化合物复合体17。最近 的研究显示在草本植物中,聚糖-木质素交联通过阿魏酸连接到阿拉伯木聚糖上。 阿魏酸修饰的半纤维素为木质素的增加提供了使木质素锚定在植物细胞壁多糖 上的结合位点,这样的结构可能使植物细胞壁具有屏障作用18 20。木质素这 种结合在纤维素纤维上形成的复杂结构降低了酶接触纤维素的可能性21,但是 这种结构至今还没有被清楚地认识。为了完全的降解这种植
14、物细胞壁中的异质性 结构需要多种酶的协同作用,包括纤维素酶,半纤维素酶,辅助酶以及木质素修 饰酶。我们目前的知识结构不足以使我们理解整个纤维素生物质酶水解的过程, 目前获得的大多数实验结果都是来自于:纯酶组分作用于纯底物或者复合酶组分 作用于热化学预处理的生物质。纤维素的特点酶水解纤维素的主要商业用途是水解纤维素和其他聚糖类物质并产生可发 酵糖,这些可发酵糖包括葡萄糖和/或寡糖,这些水解产物可以通过进一步的生 物或化学方法转换成有价值的产品。虽然由于其他物质以及经预处理后的纤维素 衍生物的出现(例如半纤维素和木质素)使纤维素酶水解过程变得更加复杂,但 是了解纤维素本身的主要结构特点对酶水解速度
15、和效益的影响仍然是必须的。由于极小的尺寸,以及与其他基质聚合物(主要是半纤维素和木质素)形成 的紧密交联,要准确的描绘植物细胞壁中纤维素的结构是十分困难的。纤维素可 以被视为建立在纳米层次上的微纤维复合材料。利用先进的成像技术如原子力显 微镜(AFM)可以完成天然状态下对纤维素精确的测量和详细的表面结构研究。 基于原子力显微镜技术对植物细胞壁22-24的研究显示,微纤丝的直径约为 3-5nm,根据推测的含有36个纤维素合成酶的纤维素酶复合体(玫瑰花样),微 纤丝含有36根链(CEF)。从AFM成像中发现一个有趣的现象是大原纤维仅存 在于初生细胞壁的最外层。大原纤维由一束微纤丝组成,在这束微纤丝
16、末端出现 分裂并形成更小的微纤丝束直到最终的单根微纤丝。每根在成熟初生细胞壁中观 测到的微纤丝包含一根链,在这根链外层还交联结合了一些半纤维素25,26。玉 米细胞壁的新鲜细胞的原子力显微镜图像进一步证实了这一观察27。图2显示 了植物细胞壁的合成原理模型。Microfibril is a cellulose elementary fibril surrounded by hemicellulosesMatrix polysaccharides are associated to the surface of cellulose elementary fibrilMacrofibril spl
17、itting and hemicelluloses coatingCell wallRibbon-like macrofibril is synthesized by arrayed 、 rosettesMicrofibriliMacrofibril36-chain nascent elementary fibrilMatrix polymers are synthesized by Golgi apparatus and secreted to cell wallVesiclesMicrotubulep-1,4-glucan chains emerging from rosettesArra
18、yed rosettesCellulose synthase complex (rosette)Plasma membraneGolgi apparatusFigure 2. Model of plant cell wall cellulose elementary fibril and its synthesis. The dimensions of cellulose elementary fibril are estimated as 3 x 5.5 nm.Adapted with permission from 29.在这个模型中,至少需要3种纤维素合成酶(CESA亚基,A1, A2和
19、B)通过自发的形成6X6CESA酶才能完成28。每个酶复合体合成36根CEF。基于 纤维素I痿吉构估测的CEF束的尺度为3 X 5.5 nm,并且这一数值与AFM实测值 相同。一定数目的CEFs形成束并称为微纤丝。其他胞壁聚合物的沉积,主要是 半纤维素,在细胞生长过程中完成,这种沉积作用导致大原纤维分裂形成含有表 面半纤维素的微纤丝25,26。纤维素酶测定使用的底物要是纯纤维素(如Avicel或者Sigmacell),当然这 种纯纤维素不可避免的含有少量其他的聚糖,主要包括半纤维素。无论纤维素制 备过程中其自身来源和纯化方法如何要求,纯纤维素的结构特点都随着结晶度, 聚合度以及表面结构发生变化
20、这可能会显著影响酶水解。结晶度纯净的纤维素是由纳米级别的微纤丝组成的毫米级别大小的颗粒(图2)。一般认为纤维素颗粒由结晶区,半结晶区(无序)和无定形区组成。历史上,一 些报道证实无定形纤维素能够迅速被纤维素酶降解形成cellobiose,而结晶区纤维 素水解过程要慢得多。因此一些学者提出纤维素水解速率取决于纤维素的结晶程 度29-32。虽然某些研究证明随着结晶度的增加水解速率下降33-35,而同时 其他人却发现了相反的效果36-38。根据预测,结晶纤维素水解导致更多半结晶 区和无定形纤维素去除38-40的结果,从而使结晶度增加。但是在某些研究中纤 维素水解过程中结晶度没有显着的变化41,42。
21、一些报道认为纤维素的结晶度不 影响水解的效率37,43-49。另据报道纤维素的结晶度也影响到酶的吸附作用,这一结果将影响水解速率 和可发酵糖产率。增加的水解速率和产率(100倍)被证明是与较高的无定形 区比例相关的35,39,50-55。许多实验结果显示酶的吸附作用,包括整个糖苷水 解酶系统,纤维素结合结构域(CBM)以及单一的酶组分都随着纤维素结晶度 的提高而下降。最近,Joeh和同事发现结晶度极大地影响了 Cel7A(CBHI)吸 附,导致水解程度的下降55。Hall和同事发现初始酶水解率随结晶度下降而上 升,而吸附酶浓度保持恒定42。此外,不同纤维素酶组分已被证明有不同的吸 附电能力和纤
22、维素酶活性50,51。纤维素内切酶(EGI)是一种用于进攻并优先 吸附在无定形区纤维素的酶,似乎具有相同的吸附能力,并且在两类纤维素的研 究中活性大大高于CBHI。类似的模式在丁,徐56的研究中也存在。此外,Banka 和Mishra发现在瑞氏木霉中结晶度上升将导致一种非水解蛋白质的结合能力提 高,这种蛋白质命名为纤维形成蛋白57。这样的结果表明纤维素的结晶度对非 水解酶组分具有重要影响,它可以有效的影响纤维素酶水解。纤维素结晶度不仅仅影响纤维素酶的吸附,同时还影响了纤维素酶组分的吸 附效率。文献报道纤维素的结晶度影响了纤维素酶的协同42,51,58 66。Hoshino 等发现瑞氏木霉中EG
23、II和CBH1之间协同作用将随着结晶度的上升而增加,最 高的协同作用出现在结晶度达到约1.0时。在另外一项研究中,Igarashi和同事 发现天然结晶纤维素聚合区影响CBHI的水解能力67-69。另外Mizutani70和 Gama以及Mota 71展示表面活性剂对纯纤维素糖化过程的增加是通过影响结 晶度实现的。一些研究针对纤维素酶水解过程和结晶度之间的关系开展。瑞氏木霉酶系中 的主要酶CBHI的酶解过程受到结晶度的影响。通过对纤维二糖和葡萄糖比例关 系间接反应的酶解过程的粗略估计发现,细菌纤维素和无定性纤维素分别有23 和14个纤维二糖单元形成72。在另一项研究中,CBHI from T.
24、rees酶解过程 分别是88 10, 42 + 10 and 34 + 2.0二糖单元分别对应于细菌纤维素(CrI88), BMCC(CrI92)以及内切酶处理过的纤维素(unknown CrI)73。目前还需要更多 的证据证明结晶度对酶水解过程和酶效率的影响。聚合度一些研究和文献讨论在不溶性和可溶性纤维素中改变DP后,底物被一套完 整的纤维素酶或纯化的酶组分水解的影响43,44,51,52,74-80。然而,对纤维素链 长度对水解过程的影响了解仍然有限。Sinistyn等研究表明通过G -辐照降低棉 绒聚合度的同时保持结晶度不变时对水解速率的影响可以忽略不计35。Zhang and Lynd
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