医学索引(Index-Medicus(IM)、MEDLINE、PubMed.ppt

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1、1,Index Medicus(IM)、MEDLINE、PubMed,汕大医学院图书馆 2009.11,2,发展历史,MEDLINE的由来最早可追溯到1879年NLM出版的INDEX MEDICUS(IM)。1964年开发MEDLARS(Medical Literature Analysis and Retrieval System,医学文献分析与检索系统）。1971年建成联机数据库MEDLINE(MEDLARS online)。20世纪80年代，MEDLINE光盘问世。1997年6月26日，MEDLINE的网络版PubMed向Internet用户免费开放。,3,Index Medics(IM

2、),医学索引（Index Medicus,IM）由美国国立医学图书馆（National Library of Medicine,NLM）编辑出版。NLM的宗旨是搜集覆盖全世界多种语言的医学刊物，为美国和世界的读者服务。医学索引创刊于1879年，其刊名、编辑形式及出版机构，几经变更，至1960年才定型为Index Medicus。,4,Index Medics(IM),Index Medicus 60年代初收录期刊仅1800余种，80年代增至2800余种，90年代上升至3000余种。2004年，Index Medicus收录约3 700种期刊。收录的期刊以生物医学为主，对非生物医学期刊（在引用刊

3、名字顺表中刊名前标有“S”），仅选录其中与生物医学有关的文献。收录内容包括被收录期刊中的各类文献，如原始论文、综述、编辑部社论、著名人物传记、通信及具有实质内容的讣告等。其特点是收集文献种类多，报道速度快。,5,MEDLARS,1964年NLM建立了MEDLARS(MEDical Literature Analysis and Retrieval System)，MEDLARS是计算机化的医学文献分析与检索系统，实现了文献加工、检索与编制的计算机化。报道时差仅2-3个月。,6,MEDLINE(Medical Literature Analysis and Retrieval System On

4、line),MEDLINE是Index Medicus的联机检索版。MEDLINE中增加了500种护理和口腔类刊物,由护理和口腔专业学会负责选择。MEDLINE光盘储存了1949年到现在全部MEDLINE数据库中的内容，其中包括三种重要的索引：医学索引(Index Medicus)、牙科文献索引(Index to Dental Literature)、国际护理索引(International Nursing Index)。,7,MEDLINE,收录了全世界范围37种语言（包括老期刊，有60种语言）的5200多种期刊的文献。其中大约有90%的文献为英文文献，文献来源以美国为主(47%)。目前ME

5、DLINE的记录数已经超过了1600多万条，覆盖了基础医学、临床医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健、营养卫生、职业卫生、卫生管理等。数据库不提供全文，79%的文献都带有英文文摘（1975年以前的文献无文摘）。,8,PUBMED,由美国国立医学图书馆（NLM）所属国家生物技术信息中心(NCBI)建立。PUBMED是NCBIs Entrez retrieval system众多数据库之一。PUBMED目前收录的文献记录超过1900多万篇。PUBMED提供全文链接。,9,PUBMED（是NCBI的Entrez系统中的数据库之一）,检索入口：http:/National Center for Bi

6、otechnology Information,NCBI（美国国立生物技术信息中心）National Library of Medicine,NLM（美国国立医学图书馆）National Institutes of Health,NIH（美国国立卫生研究院）,10,Entrez,Entrez是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)主持的一个数据库检索系统，它包括PubMed,Nucleotide and Protein Sequences,Protein Structures,Complete Genomes,Taxonomy,等数据库。http:/Database/,11,PUBMED收录范

7、围(1),Publisher Supplied Citations：出版商直接向PubMed提供电子记录，记录中用PubMed-as supplied by publisher标记表示。大部分记录会发展为“in-process”状态，稍后成为“indexed for MEDLINE”状态，但是，并不是所有的记录都能被MEDLINE 收录。出版商也可能还会提供一些期刊发行前的一些数据，这些记录会被标记为：Epub ahead of print。记录标注为：PubMed-as supplied by publisher,12,PUBMED收录范围(2),In Process Citations：没

8、有完成MeSH标引、加入到MEDLINE之前的数据，是一个临时性医学文献数据库。它每天都在不断地接受新数据，可为用户提供基本的文献条目和文摘，其文献条目在标引和加工后向MEDLINE移交（周二到周六）。记录标注为：PubMed-in process,13,PUBMED收录范围(3),MEDLINE Citations：是美国国立医学图书馆（National Library of Medicine,NLM）首要的生物医学文献数据库，MEDLINE最明显的特征就是用Medical Subject Headings(MeSH)作了标引，内容涉及医学学科的各个领域。记录标注为：PubMed-index

9、ed for MEDLINE,14,PUBMED收录范围(4),OLDMEDLINE Citations：1948-1965年出版的Cumulated Index Medicus(CIM)和Current List of Medical Literature(CLML)两种索引所含有的180万篇文献记录（大多数无摘要）。记录标注为：PubMed OLDMEDLINE从2005年始，文献记录中原来的主题用当前主题词重新匹配，工作完成后，记录标注为：PubMed indexed for MEDLINE,15,PUBMED收录范围(5)：Non-MeSH Indexed Citations,出版商提

10、供的一些不可能成为MEDLINE Citations的文献。这些文献没有用MeSH Terms标引。这些记录用PubMed or PubMed as supplied by publisher 标注。这些记录在PUBMED中存在，但不是MEDLINE Citations。有如下几种类型：,16,PUBMED收录范围(5)：Non-MeSH Indexed Citations,Out-of-scope articles from selectively indexed MEDLINE journals 记录标注为：PubMedArticles from issues of journals pu

11、blished prior to selection for MEDLINE indexing Articles from non-MEDLINE journals,17,18,PUBMED检索字段描述及标签,19,PUBMED检索字段,Affiliation AD第一作者所在机构和地址（包括e-mail）。如：shantou ad AND hospital adArticle Identifier AID包括一些由期刊出版商提供的文献标识符号，比如：DOI(digital object identifier，数字对象标识符)，是数字资源的“条形码”，为网络信息提供了具有唯一性的标识和永久性的

12、有效链接。这些数据可用来产生LinkOut链接。All Fields ALL 包括除Place of PublicationPL和Transliterated TitleTT以外的可检索字段。用双引号双引的、用*省略的词，才能检索此字段。并且PubMed自动忽略stopwords。,20,Stopwords,21,PUBMED检索字段,Author AU格式：Smith jc 自动截略功能：Smith jauSmith ja,Smith jb,Smith jc,etc.关闭自动截略：“Smith j”auSmith jComment Correction TypeComment in、Comm

13、ent on、Erratum in、Erratum for、Corrected and republished in、Corrected and republished from、Partial Retraction in、Partial Retraction of、Republished in、Republished from、Retraction in、Retraction of、Update in、Update of、Summary for patients in、Original Report in,22,PUBMED检索字段,Corporate Author CN团体作者或集体作者。

14、2000年以前标引的文献和某些在20002001年标引的文献中，团体作者名称出现在文献题名的末尾。Create Date CRDT 记录建立的日期。EC/RN Number RN由国际酶学委员会(Enzyme Commission,EC)分配给特定酶的编号和美国化学文摘社(Chemical Abstracts Service,CAS)的登记号，如：1-5-20-4rn Entrez Date EDAT记录添加到PubMed数据库的日期。格式：YYYY/MM/DDedat，例如：1998/04/06edat，month和day还可选，如：1998edat或1998/03edat。还可用于一个时间

15、段：1996:1997 edat or 1998/01:1998/04 edat。,23,PUBMED检索字段,Filter FILTER SB由PubMED系统链接的外部资源站点(LinkOut)所使用的用来限定文献的技术标识，包括：(1)loallsb-Citations with LinkOut links in PubMed;(2)free full textsb-Citations that include a link to a free full-text article;(3)full textsb-Citations that include a link to a full

16、-text article.First Author Name 1AU第一作者。Full Author Name FAU作者全名(2002年起），如：harry janes or janes harry,24,PUBMED检索字段,Full Investigator or Collaborator Name FIR投资或合作者的全名，如：harry janes or janes harryGrant Number GR合同号或科研资助号(any agency of the US PHS(Public Health Service),several United Kingdom granting

17、 agencies and other funding sources)。Issue IP期刊的期号。,25,PUBMED检索字段,Investigator IR主要投资或合作者姓名。如：soller b ir Journal Title TA期刊缩写刊名，全称刊名或ISSN号码。如：J Biol Chem,Journal of Biological Chemistry,0021-9258。再如：J Hand Surg Am J Hand Surg Am Language LA文献出版语种。如：chila chinesela，但是，jpnla japaneselaLast Author Nam

18、e LASTAU文献中最后作者姓名。,26,PUBMED检索字段,Location ID LIDThe doi or publisher ID.MeSH Date MHDA标引MeSH主题词的日期，格式同Entrez Date EDAT.MeSH Major Topic MAJR主要MeSH主题词（带有*号），如：Cytokines/physiology*,27,PUBMED检索字段,MeSH Subheadings SH(1)副主题词与主题词一起使用是用来描述一个主题的某一个特定方面，如：the drug therapy of asthma（哮喘）asthma/drug therapy;(2

19、)“free float”（自由浮动）Subheadings，如:hypertension mh AND toxicity sh;(3)副主题词可以自动扩展，如要关闭自动扩展，sh:noexp,如：therapy sh:noexp;(4)副主题词可简写为：dh sh=diet therapy sh MeSH Terms MHNLMs Medical Subject Headings(MeSH)在MEDLINE中是用来描述生物医学期刊文献主题内容的控制性词汇，数量大于23,000。(1)如果只是用主题词检索文献，一定要使用标签mh或majr。在词汇自动转换中，有一些概念可能转换为两个或更多个主题

20、词，为了避免，可使用下面例子：“cold”mh;(2)MeSH/Subheading检索，如：neoplasms/diet therapy，主题词和副主题词会自动扩展；(3)如果要关闭自动扩展，可采用field:noexp,如：hypertension mh:noexp,or hypertension majr:noexp,or hypertension/therapy mh:noexp;(4)Benzo(a)pyrene benzo a pyrene mh.,28,PUBMED检索字段,NLM Unique ID JIDNLMs Integrated Library System Locat

21、orPlus分配的标识符，如：0375267 jid.Other Term OT大部分non-MeSH subject terms(keywords),就用Text Word tw 和Other Term ot Ownerowner+提供数据的机构名称缩写，如：ownernasa.Pagination PG标记页数(First Page),29,PUBMED检索字段,Personal Name as Subject PS人名主题词，如：varmus hps.Pharmacological Action MeSH Terms PA某些物质已知有特定的药物作用。Place of Publicati

22、on PL出版地，这个字段不包含在All Fields ALL和Text Words TW字段中。PMCID&MID 检索PubMed Central or Manuscript Identifiers用的ID Number。如PMC2600426。Publication Date DP出版日期，格式同Entrez Date EDAT和MeSH Date MHDA，如：YYYY/MM/DD dp,还有下面的用法：“last X days”dp,“last X months”dp,“last X year”dp,30,PUBMED检索字段,Publication Type PT文献类型，包括综述

23、、临床试验、通信等，如：reviewpt Secondary Source ID SI用于限定检索与PubMED系统中的文献条目相关的分子序列资源数据库（如GenBanksi）和/或该数据库中的存取号（如：AF001892si，genbank/AF001892 si）Subset SB文献子集。Substance Name NM化学物质名称。,31,PUBMED检索字段,Text Words TWIncludes all words and numbers in the title,abstract,other abstract,MeSH terms,MeSH Subheadings,Publ

24、ication Types,Substance Names,Personal Name as Subject,Corporate Author,MEDLINE Secondary Source,and Other Terms(see Other Term OT above)typically non-MeSH subject terms(keywords),including NASA Space Flight Mission,assigned by an organization other than NLM.Title TI题名词Title/Abstract TIAB题名/文摘中的词Tra

25、nsliterated Title TT译名词Unique Identifier PMIDPubMED系统中的唯一记录标识符Volume VI期刊卷号,32,PubMed系统的主要特点,词汇自动转换功能（Automatic Term Mapping,ATM）在PubMed主页的检索提问框中键入检索词，系统将使用如下表或索引，对检索词进行转换后再检索。MeSH(Medical Subject Headings)translation tableJournals translation tableFull Author translation tableAuthor indexFull Inves

26、tigator(Collaborator)translation tableInvestigator(Collaborator)index.,33,PubMed系统的主要特点,MeSH Translation Table MeSH转换表(MeSH Translation Table)，包括MeSH词、参见词、副主题词、出版物类型、Pharmacologic action terms等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其转换为相应的MeSH词，并同时检索All Fields。例如：键入“Vitamin h”，系统将其转换成“biotin”MeSH Terms OR“bioti

27、n”All Fields OR“vitamin h”All Fields后进行检索。Pharmacologic Action词 MeSH Terms,Pharmacologic Action,and All Fields IL-22“interleukin-22”Substance Name OR“interleukin-22”All Fields OR“il 22”All Fields,而不是 ILAll Fields AND 22All Fields.Protein C“protein c”MeSH Terms OR“protein c”All Fields,而不是 ProteinAll

28、Fields or CAll Fields.,34,PubMed 系统的主要特点,Journals translation table 刊名转换表（Journal Tanslation Table），包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN号。该转换表能把键入的刊名全称转换为“MEDLINE缩写Journal”后进行检索。如：在检索提问框中键入：“new england journal of medicine”，PubMed将其转换为N Engl J MedJournal OR new england journal of medicineAll Fields后进行检索。,35,Pub

29、Med 系统的主要特点,Full Author translation table（作者全名转换表）julia s wong Wong,Julia SFull Author Name wong julia s Wong,Julia SFull Author Name(1)区分Last Name,使用”,”:james,ryan(2)vollmer charles jr Vollmer,Charles JrFull Author Name(3)区分是否Full Author Name,使用fau:peterson dofau.,36,PubMed 系统的主要特点,Author index rya

30、nau jamesau ryanau AND jamesauFull Investigator(Collaborator)translation table Investigator(Collaborator)index,37,PubMed 系统的主要特点,如果在上述表或索引中仍找不到相匹配的词时，PubMed就将短语分开，再重复以上顺序单独分别查找，直到找到相匹配的词。如果仍找不到匹配词，则用AND 将短语中的单个词连接起来在All中查找。single cell(single personMeSH Terms OR(singleAll Fields AND personAll Fields)

31、OR single personAll Fields OR singleAll Fields)AND(cellular phoneMeSH Terms OR(cellularAll Fields AND phoneAll Fields)OR cellular phoneAll Fields OR cellAll Fields OR cellsMeSH Terms OR cellsAll Fields),38,PubMed检索,基本检索(Basic Search),39,Example,Find citations about bronchodilators（支气管扩张剂）for treatin

32、g asthma（哮喘）in children.bronchodilators,asthma and children(bronchodilator agentsMeSH Terms OR(bronchodilatorAll Fields AND agentsAll Fields)OR bronchodilator agentsAll Fields OR bronchodilatorsAll Fields OR bronchodilator agentsPharmacological Action)AND(asthmaMeSH Terms OR asthmaAll Fields)AND(chi

33、ldMeSH Terms OR childAll Fields OR childrenAll Fields),40,PubMed检索,作者检索(Searching by Author),41,Example,Advanced Search Search by Author,Journal,Publication Date,and more,42,PubMed检索,刊名检索(Searching by journal title),43,Advanced Search,Previewing（预览）the number of search results Advanced Search-Previe

34、w Displaying the search detailsCombining searches using history AND、OR、NOT、Delete、Go、Details、Save in My NCBISearching by a specific field“Search by Author,Journal,Publication Date,and more”Limiting searches Browsing the index of terms,44,Search Details,45,Search History,46,Searching by a specific fi

35、eld,47,PubMed检索,限定检索(Limits)详细列表：Full Text,Free Full Text,and Abstracts Humans or Animals:Humans or AnimalsGender:Male or FemaleType of Article:Clinical Trial,Editorial,Letter,Review,etc.Languages:English,French,German,Italian,Japanese,etc.Subsets:Core clinical journals,Dental journals,Nursing journ

36、als,etc.Ages,48,Limits,49,Index of Fields and Field Values,50,短语检索(Searching for a phrase)：,也可称为强迫词组检索，即，将短语用双引号“”引起来，作为一个词组检索。如“single cell”，作为一个词组检索，系统不进行自动转换匹配，也不进行Mesh词的扩展检索。“kidney allograft（肾同种异体移植）”kidney allograftAll Fieldskidney allografttw用连字符号”-”：first-line first-lineAll Fieldskidney allo

37、graft*kidney allograftAll Fields OR kidney allograftedAll Fields OR kidney allograftingAll Fields OR kidney allograftsAll Fields,51,PubMed截词检索,截词检索功能(Truncating search terms)flavor*flavored,flavorful,flavoring,etc.只检索最前600个变化词。如：Tox*Wildcard search for tox*used only the first 600 variations.Lengthen

38、 the root word to search for all endings.截词检索会关闭“automatic term mapping”。如：heart attack*heart attackAll Fields OR heart attack/strokeAll Fields OR heart attacksAll Fields,52,PubMed检索,Single Citation Matcher,53,PubMed检索,Batch Citation Matcher:以指令式的方式检索数据库中共有几篇相关文献，输入方式：journal_title|year|volume|first

39、_page|author_name|your_key|见下图：,54,Batch Citation Matcher,55,布尔逻辑运算符(AND,OR,NOT),Find citations on DNA that were authored by Dr.Crick in 1993:dna mh AND crick au AND 1993 dp Find articles on the effects of heat or humidity（湿）on multiple sclerosis（多发性硬化症）:(heat OR humidity)AND multiple sclerosis Find

40、 citations about arthritis（关节炎）excluding the Publication Type Letter:arthritis NOT letter pt,56,PubMed检索,临床查询(Clinical Queries)：这是一个专门为临床医生设计的检索入口。有以下三方面的功能：Search by Clinical Study Category Finding Systematic Reviews Medical Genetics Searches,57,PubMed检索,Search by Clinical Study Category（临床研究范畴）Cat

41、egory:etiology,diagnosis,therapy,prognosis（预后），clinical prediction guides（诊治预测指南）Scope:narrow,specific search/broad,sensitive search Example:Find research on diagnosing cystic fibrosis（囊肿性纤维化（属遗传性胰腺病）.On the Clinical Queries page click Search by Clinical Study Category.Enter cystic fibrosis in the s

42、earch box.Click“diagnosis”under Category and“narrow,specific search”under Scope,click Go.,58,PubMed检索,Finding systematic reviews:systematic reviews,meta-analyses,reviews of clinical trials,evidence-based medicine,consensus development conferences,guidelines,citations from journals specializing in cl

43、inical review studies Medical genetics searches:Diagnosis,Differential Diagnosis,Clinical Description,Management,Genetic Counseling,Molecular Genetics,Genetic Testing,59,PubMed检索,Searching with the MeSH Databases,60,PubMed检索,Combining MeSH Terms,61,PubMed检索,Subheadings and other features of the MeSH

44、 Database,62,检索结果(Serach Results),63,Free Full Text,64,Free Biomedical Literature Resources,1.PubMed Central(PMC):来自于the U.S.National Institutes of Health(NIH),免费的生物医学和生命科学方面的电子文献。2.NCBI Bookshelf3.Other Resources(1)Open access journals are available from the following sources:Public Library of Scie

45、nce BioMed Central Directory of Open Access Journals(2)Highwire Press has an archive of free full-text science articles.(3)Your local medical library can also provide assistance with identifying and locating useful information free of charge.,65,举例1：在框内可输入任何有实质意义的词，系统将进行自动匹配。还可输入逻辑符号（大写）、及截词符（*）。输入l

46、ung cancer AND smok*，点击“Search”，查到结果14123篇。,66,举例2：用双引号（“”）来强制系统进行短语检索。输入“single cell”，点击Search按扭，检索结果17690篇。,67,举例3：查找近两年有关子宫内膜异位症的综述文献。点击Advanced Search按扭，在检索框输入endometriosis AND“last 2 years”dp，type of article中选择review，点击“Search”。结果235篇。,68,举例4：查找特定的文献。已知作者为Llovet JM,出处：hepatology，2000，32（3）：679-

47、80。点击Single Citation Matcher的检索界面,按检索框的要求，输入上述已知信息，点击Go按扭。,69,检索结果,70,PubMed练习题,查找有关胎盘生长(Placenta growth)与氧(oxygen)的关系近十年的英文文献（带有摘要）。请回答：（1）第一作者为Yonekura H 的文献的原文出处；（2）它的第一篇参考文献的第一著者。用Mesh Database来查找肾功能衰竭(Kidney failure)的饮食疗法(Diet therapy)的文献。写出著者Rao M所写文献所涉及的化学物质。已知：第一著者是Challis DE，出处是Pediatric Research 2000，47（3）：309-15。要求写出其他合著者。,71,The end,