利用SAS统计软件定位家畜群体QTL.ppt

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1、利用SAS统计软件定位家畜群体的QTL,报告人:殷 宗 俊安徽农业大学动物科技学院,报告内容,用于QTL检测定位的资源群体类型.家畜群体QTL检测定位的方法和手段.利用SAS统计分析软件进行QTL检测定位.实例分析.,一、用于QTL定位的资源群体,QTL定位主要是确定其在连锁图上的位置，定位的依据是遗传标记与数量性状之间的相关性，其基本步骤为：,资源群体构建(试验设计)数据收集构建标记连锁图谱标记-QTL连锁分析或连锁不平衡分析及定位。,资源群体类型,近交系杂交,分离群体,BC设计,TC设计,F2设计,重组近交,FS设计,HS设计,孙女设计,动物模型,二、家畜群体QTL定位的方法和手段,现状

2、目前，用于分离群体QTL区间定位的统计方法主要有最大似然法和贝叶斯方法等，不同的方法也都形成了很多相应的分析软件，但从现有软件的使用情况来看，在使用上存在许多不便：专用性太强；对分子与表型数据的录入要求十分严格；输出的结果不易被完全理解，使用起来有一定的难度。,),SAS统计软件的强大功能,SAS统计分析软件具有强大的计算分析功能，并具有易编程和直观易懂等优点。Proc mixed;Proc nlin;Proc ilm;SAS Macro,三、回交群体的QTL分析,Proc Nlin;R=0.30;/*Recombination fraction from the linkage map*/p

3、arms a=1 r1=.15 mu=0;bounds 0=r1=R;r2=(R-r1)/(1-2*r1);if M=1 and N=1 then x=r1*r2/(1-R);if M=2 and N=2 then x=1-r1*r2/(1-R);if M=1 and N=2 then x=r1*(1-r2)/R;if M=2 and N=1 then x=r2*(1-r1)/R;model y=mu-a*x;run;,1、SAS程序（最小二乘分析）,运行结果,Gauss-Newton Iterative phase Iter r1 a Squares 0 0 1.0000 2069.6 1

4、2.0540 1.5945 1489.4 8 0.2550 3.6547 89.1923 9 0.2619 3.5742 89.0796 10 0.2618 3.5755 89.0796 11 0.2619 3.5755 89.0796,标准差与置信区间,Approx Parameter Estimate Std Error CI(95%)r1 0.2619 0.0683 0.2115 0.3122 a 3.5755 0.5627 1.7279 5.5866,四、半同胞群体的QTL分析,分析模型：通用SAS程序编制 程序中考虑了双侧翼标记单个区间的情况，但对于多标记的情况程序也是适用的，只要在

5、原程序的基础上进行适当的扩展即可。QTL区间定位的分析方法采用常规的最大似然法。,混合模型过程的最大似然求解,proc mixed data=sire method=ml;class sire;model y=sire;run;proc mixed data=sirel method=ml;by l1;class sire;model y=sire;random z1*sire;run;,运行结果,Obs L0 interval L1 LA LRT1 24062.46 1 0.0001 24028.12 34.33482 24062.46 1 0.0101 24024.96 37.49663

6、24062.46 1 0.0201 24021.91 40.55004 24062.46 1 0.0301 24019.07 43.38765 24062.46 1 0.0401 24016.56 45.89916 24062.46 1 0.0501 24014.48 47.98167 24062.46 1 0.0601 24012.91 49.55038 24062.46 1 0.0701 24011.91 50.5477 9 24062.46 1 0.0801 24011.51 50.949810 24062.46 1 0.0901 24011.69 50.767411 24062.46 1 0.1001 24012.42 50.043012 24062.46 1 0.1101 24013.62 48.8440,LRT剖面图,五、应用总结,SAS软件能进行一般群体的QTL定位研究。Proc iml 和SAS宏能解决极复杂计算过程。可以在统计基因组学的多个方面扩展应用。,谢谢大家！,