人类基因组技术.ppt
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1、,人类基因组计划与后基因组时代,TransgenicMouse,1982,Achievements of gene engineering,Transgenicplant,克隆羊“多莉”,克隆羊“多莉”的研究者伊斯维姆.穆特,Nucleus transferring,cloning,Biochip,Human Genome Project,中心法则(The Central Dogma),DNA是遗传信息的载体,能够为生物活性产物(蛋白质或RNA)编码的DNA功能片段称为基因(gene)。DNA通过复制,将遗传信息代代相传。通过基因表达(转录和翻译),将DNA分子携带的遗传信息转变 为蛋白质分子
2、的氨基酸信息或RNA的信息,从而表现出生物体的 各种遗传性状。RNA参与遗传信息的表达过程。RNA也可作为遗传信息的载体。以RNA携带遗传信息的病毒可以RNA为模板逆转录合成DNA。,核酸(nucleic acid)是以核苷酸为基本组成单位 的生物信息大分子,起携带和传递遗 传信息的作用。,核酸的分类、分布及功能,脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid,DNA):90%以上分布于细胞核,其余分布于线粒体内。储存和携带遗传信息。核糖核酸(ribonucleic acid,RNA):分布于胞核、胞质、线粒体中。参与遗传信息的表达,病毒RNA也可作为遗传信息的载体。,核酸可在核酸酶
3、的作用下水解成核苷酸,因此核苷酸是核酸的基本构成单位。核苷酸又由碱基、戊糖和磷酸组成。,一、碱基(base),碱基结构:,嘌呤和嘧啶环中的共轭双键对260nm左右的紫外光具有较强的光吸收。此特点可用作对核酸、核苷酸、核苷及碱基进行定性和定量分析。,二、戊糖戊糖结构:,三、核苷(ribonucleoside):嘌呤碱N-9或嘧啶碱N-1与核糖或脱氧核糖C-1通过C-N糖苷键相连形成核苷或脱氧核苷。核苷的命名就是在核苷的前面加上碱基的名称,如腺嘌呤核苷,简称腺苷;如果由脱氧核糖构成的,就再加上“脱氧”二字,如脱氧胞嘧啶核苷,简称脱氧胞苷,依次类推(P.156表91)。,四、核苷酸(nucleoti
4、de)核苷(或脱氧核苷)与磷酸通过酯键结合构成核 苷酸(或脱氧核苷酸)。生物体内多数核苷酸都是5-核苷酸。,核苷酸的命名:“核苷”“磷酸”:核苷一磷酸(nucleoside monophosphate,NMP)核苷二磷酸(nucleoside diphosphate,NDP)核苷三磷酸(nucleoside triphosphate,NTP)再加上碱基的名称,就构成了各种核苷酸的命名。,五、核酸的一级结构 指核酸中核苷酸的排列顺序。又称为核苷酸序列或碱基序列。核苷酸之间通过3,5-磷酸二酯键相连形成的线性大分子,称为核苷酸链。(是前一核苷酸的3-OH和后一核苷酸的5-磷酸形成的),书写方法:从
5、5 到3方向,DNA 与RNA的区别,第二节 DNA的结构与功能,一、DNA的二级结构双螺旋结构(一)DNA双螺旋结构研究背景 Chargaff规则:A=T,G=C;不同生物种属的DNA碱基组成不同;同一个体的不同器官或组织的DNA碱基组成相同。此外,Franklin获得了DNA的X线衍射照片,提示DNA是双链的螺旋形分子。,(二)DNA双螺旋结构 1953年,Watson和Crick以Chargaff规则为基础,经过对DNA晶体的X射线衍射分析,提出了右手DNA双螺旋结构模型。,DNA双螺旋结构模型的要点:1.DNA分子由两条反向平行的多核苷酸链围绕同一中心轴构成的双螺旋结构,一条链的走向是
6、5-3,另一条链的走向是3-5。两条链均为右手双螺旋(double helix)。2.磷酸-脱氧核糖骨架位于螺旋外侧,碱基垂直于螺旋轴而伸入内侧。表面有大沟和小沟。这些沟状结构与蛋白质、DNA之间的相互识别有关。3.螺旋直径2nm,碱基平面与螺旋轴垂直,相邻碱基的距离为0.34nm,其旋转夹角为36,每圈螺旋含10个碱基对(bp),螺距为3.4nm,,5,5,3,3,4.两条链通过碱基间的氢键相连,AT配对含两个氢键,CG配对含三个氢键,这种A-T、C-G配对的规律,称为碱基互补规则。5.维持双螺旋稳定的因素:横向为氢键,纵向为碱基间的堆积力。,碱基互补配对:,(三)DNA结构的多样性B型DN
7、A双螺旋是核酸二级结构的重要形式。当改变了溶液的离子强度和相对湿度时,DNA螺旋结构可以改变,除B型外,还有Z型及A型。在体内,不同构象的DNA可能与基因表达的调控有关。,三种类型DNA双螺旋的比较,二、DNA的超级结构(一)超螺旋:原核生物DNA的高级结构。正超螺旋,负超螺旋,(二)核小体、真核生物染色质的基本组成单位是核小体。,核小体:DNA与组蛋白构成;1.H2A,H2B,H3,H4各两分子构成八聚体(核心组蛋白),DNA双链缠绕形成核心颗粒,2.连接DNA与组蛋白H1结合,将各核心颗粒连接成串株样结构。,3.由许多核小体形成的串珠样结构又进一步盘曲成直径为 30nm 的中空的染色质纤维
8、,称为螺线管。,螺线管再经几次卷曲才能形成染色单体。人类细胞核中有 46条染色体,这些染色 体的DNA总长达1.7m,经过这样的折叠 压缩,46 条染色体总长亦不过 200nm 左右。,三、DNA的功能 以基因的形式携带遗传信息;并作为基因复制和转录的模板。它是生命遗传的物质基础(基因的物质基础),也是个体生命活动的信息基础。基因:(从结构上定义)是指DNA分子中的特定区段,其中的核苷酸排列顺序决定了基因的功能。(从功能上定义)是为生物活性物质编码的DNA功能片段。,mRNA的功能:把核内DNA的碱基顺序(遗传信息),按照碱基互补的原则,抄录并转送至胞质,在蛋白质合成中用以翻译成蛋白质中氨基酸
9、的排列顺序(作为蛋白质合成的模板)。mRNA分子上每3个核苷酸为一组,称为三联体密码(triplet code)。,tRNA的功能:在蛋白质合成中作为氨基酸的载体,三、rRNA的结构与功能 大亚基rRNA+核蛋白体蛋白核蛋白体(ribosome)小亚基,核蛋白体的组成,rRNA的功能:参与构成核蛋白体,核蛋白体是蛋白质合成的场所。,人类基因组计划的问世和实施虽然人类已经经过多年的努力,但解开生命之谜的愿望还未实现。以往的失败使大家认识到,单靠一门学科的独自努力太局限了,难以完成人类对自身的认识和保护。美国投巨资的肿瘤十年计划基本上以失败告终就说明这个问题。现在,人们认识到先认识全局再研究局部也
10、许会讯捷和方便的多。于是,决定开始进行人的基因组的研究,由此形成了基因组学和人类基因组计划.,2000年6月26日,六国科学家宣布完成了99%的测序计划,获得了HGP的“工作框架图”(Working Draft),此为人类基因组计划中的一个重要的里程碑。2003月4月,人类基因组计划宣布测序工作全部提前完成。人类基因组计划最初的目标是:测定30亿个碱基对的排列顺序,确定基因在染色体上的位置,破译人类全部遗传信息。人类基因组计划开展至今,对生命科学、医学、生物技术和制药工业产生了深远的影响,一批新的交叉学科如功能基因组学,蛋白质组学,药物基因组学和生物信息学等应运而生,并得到了迅速发展,成为新千
11、年中生物科学研究中最活跃的领域。,基因是控制生物体遗传性状的基本单元。基因组则是表示一个生物体所有遗传信息的总和。人的单倍体基因组包括3109 碱基对(bp)。总长度约1米。有大约5万10万个基因。一个生物体基因组所包含的信息决定了该生物体的生长、发育、繁殖和消亡等所有生命现象。,人类基因组,核基因组 分布在22条常染色体和X、Y性染色体上。,线粒体基因组(双链环状DNA),经典的“基因学”与“基因组学”的相同之处是研究基因,不同之处是在策略上,前者是“零敲碎打”,而后者是“整体阐明”,从整体上研究人类整个基因组的序列基因组学是以分子生物学技术,计算机技术和信息网络技术为研究手段,以生物体内全
12、部基因为研究对象,在全基因背景下和整体水平上探讨生命活动的内在规律及其与内外环境的关系的一门科学。基因组学的分类根据研究的目的可分为:结构基因组学;建立高分辨率的遗传、物理转录和序列等图谱。功能基因组学;确定并分析基因组的全部功能。,HGP的首要目标是测定全部DNA序列,因目前的测序技术不能进行很长的DNA测序,因此计划的第一阶段要分解基因组这一巨大的研究对象,将其分为容易操作的小的区域,这个过程简称为染色体作图。根据使用的标记和手段的不同,HGP的基本任务可用4张图谱来概括;即遗传图谱,物理图谱,序列图谱和表达图谱。,1、遗传图谱(genetic map)遗传图谱又称遗传连锁图(linkag
13、e map)。是指基因或DNA标志在染色体上的相对位置与遗传距离。遗传距离用重组率来衡量。即通过计算两个连锁的遗传标记在每次减数分裂中的重组概率,确定两者的相对距离。其单位用厘摩(cM)表示。1厘摩表示每次减数分裂的重组频率为。厘摩值越高表明遗传标志物两点之间距离越远,值越低则两点间距离越近。此基因定位属遗传学的研究范畴。遗传图既然是图,就应在图上设标记,标记越细找到东西就越方便,在过去若干年里,标记已有几次从“粗”演变到“细”。遗传图谱的绘制需要应用多态性标志。所有“遗传多态性”的分子基础都是核酸的差异,人类基因组研究的主要内容,遗传多态性(Polymorphism)标志 人类的DNA序列上
14、平均每几百个碱基会出现一些变异,这些变异通常不产生病理性后果,并按照遗传规律由亲代传给子代,从而在不同个体间表现出不同,既遗传多态性。多态性可用作为遗传标志。限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)。RFLP是最早得到应用的多态性标记;不同个体的DNA在用某种限制性内切酶水解时,会产生两种不同长度的水解片段。是因为一个多态性位点出现在某种限制性内切酶的酶切位点上造成的。RFLP最成功的运用是在Hungtington舞蹈症的基因定位上。但由于这类标记数量较少,多态性信息因而较低。,80年代发展起来的第二代多态性标记包括:可
15、变数目的串联重复(Variable Number Tandem Repeats,VNTR)VNTR分布在人类基因组的非编码区,是一些串联排列的十几个碱基的重复序列,重复次数一般在十次左右。VNTR的等位基因常常在10个以上,信息量比RFLP大得多。短串联重复序列(short tandem repeat,STR),又称微卫星(micro-satellite,MS)标志。是一些由2-6个碱基组成的重复序列。微卫星标记在人类基因组中分布比较平均,数目较多,提供的信息量相对很大。MS的出现不但使遗传图的精度得到了进一步提高,同时也成为物理图谱上的标志,从而促进了遗传图谱与物理图谱的整合。,单核苷酸多态
16、性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)第三代SNP是一种双等位的多态性标记,多态性仅表现为单个核苷酸的差异。SNP在基因组中的数目多,可达到300万个,平均每1000个碱基对就有一个。因而成为一种信息量非常大的遗传标记系统。SNP可能在密度上达到人类基因组“多态”位点数目的极限。SNP与RFLP、STR等DNA标记的不同,是不再以“长度”的差异作为检测手段,而直接以序列的差异作为标记。SNP成为研究基因多样性和识别、定位疾病基因的一种新型手段这种标记覆盖密度大,为DNA芯片技术应用于遗传作图提供了基础。SNP的一个突出优点是可以利用多种技术手段方便的检出,因
17、而在医药领域具有广阔的应用前景。,SNP,2、遗传图谱的应用通过遗传图谱,可大致了解各个基因或DNA片断之间的相对距离与方向,如哪个基因更靠近着丝粒,哪个更靠近端粒等。遗传距离是通过遗传连锁分析获得的,遗传图谱不仅是定位基因的重要手段,即使在人类基因组物理图谱建立起来之后,它依然是研究人类基因组遗传与变异的重要手段。,二.物理图谱 即确定两个遗传标记之间的实际(绝对)距离。物理图以一段已知核苷酸序列的片段STS序列为路标,以碱基对数目的多少为图距表示,图距基本单位是Mb、kb、bp。序列标签位点(Sequence Tagged Sites,STS)用来确定相连或重叠的DNA片段,近而确定片段在
18、基因组的位置。首先,物理图要获得大量定位明确STS,其次,在此基础上构建覆盖每条染色体的大片段DNA的连续克隆系,为最终完成全序列的测定奠定基础。,2、物理图谱的应用首先,物理图要获得大量定位明确STS,每个基因、每条染色体,每一个个体的基因组都具有其特异的物理图。其次在此基础上构建覆盖每条染色体的大片段DNA的连续克隆系,为最终完成大规模全序列的测定奠定基础。物理图谱是进行DNA分析和基因结构研究的基础。,三、序列图谱 是分别将各染色体全部碱基序列绘制的图谱。包括转录序列和非转录序列。目前的策略是把庞大的基因组分成若干有路标的区域后,进行测序分析。将测出的每一个DNA片段按其染色体位置进行准
19、确的排列,从而得到人类基因组DNA序列的全貌。测序方法有多种:全基因组的“鸟枪法”测序策略,cDNA测序,及BAC DNA测序等。目前,我们可以从基因网的数据库中查到所有基因的序列,人类基因组测序中国实验室探密,1990年10月,被誉为生命科学阿波罗登月计划的国际人类基因组计划启动。1999年9月,中国获准加入人类基因组计划,负责测定全部序列的1。承担1主要测序任务的中科院遗传所人类基因组中心坐落在北京顺义空港工业园B区,一座并不显眼的四层楼内。,1998年8月11日,中科院遗传所的人类基因组中心开张。1999年2月,中心决定搞大规模基因组测序,以创造加入国际测序俱乐部的条件。同年7月7日,中
20、国在国际人类基因组测序协作组登记,申请加入国际测序俱乐部。9月1日,在伦敦举行的第五次人类基因组测序战略会议上,北京中心(中科院遗传所人类基因组中心)作为新的会员加入。目前我国已启动了中国生物资源基因组计划,第一个项目是水稻;第二个将是猪,人类的器官移植需要它们;第三个是血吸虫,现在血吸虫病还没有消灭,并且还在回头。,中国科学家今年4月提前完成了人类基因组计划1的测序任务,使得这一由六国参加的重大生物工程于6月26日如期完成。通过参与这一国际项目,中国的基因组测序能力一举进入世界四强,为21世纪的中国生物产业带来了光明和希望。,生物信息学(bioinformatics)是一门新兴的交叉学科。既
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