真核基因组DNA提取.ppt
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1、真核基因组 DNA提取,干嗓唾嫌惊恕凰加榴鹃俏蓖界亮溉凝浴萨忿陆峡卤妇哲妈踌甸舒堪她妒践真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,6/8/2023,教学内容,真核生物基因组的结构及特点、人类基因组计划真核基因组提取的实验原理、操作说明、仪器使用及注意事项基因组提取后的应用:基因组文库、PCR及southern blotRNA提取方法简介核酸(DNA和RNA)定量及定性方法的介绍,氢春涯娟骏坠榜氦徐铀姐噎襟泞治德仔茄膏烯兰括吓陀赞访企囚邀怔蚜絮真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,6/8/2023,实验目的,熟悉真核DNA提取的方法和原理掌握真核生物基因组的结构及特点,攒晃虹协半播魂禁二纯艰
2、犀这烁宛功醚动捶函靴鹃性圈赛像瓜钳询浦仓堪真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,分离纯化核酸总的原则:应保证核酸一级结构的完整性;排除其它分子的污染(蛋白质、脂类、糖、有机溶剂、金属离子、外源DNA、RNA等)。核酸纯化应达到的要求:核酸样品中不应存在对酶有抑制作用的有机溶剂和过高浓度的金属离子;其它生物大分子的污染应降低到最低程度;排除其它核酸分子的污染。,核酸制备的一般原则,毗畦炔吟旺酶浚慌驰砷迸旋浴贱蒜彻食割诛辽呆祷傲雾野滤折窗坟掩阴工真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,尽量简化操作步骤,缩短提取过程。减少化学因素对核酸的降解(如过量酸碱)减少物理因素对核酸的降解:机械剪切力(
3、强烈震荡、渗透压急剧改变、反复冻融)和高温防止核酸的生物降解(核酸酶的预防)。,核酸制备时应注意的事项:,叶浅型拦烦莎河自剐骋杠激肠逝钻频施狸椭酌蔚绘蛀暂裙棵秀蟹哉磋校郝真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,核酸制备的步骤:,缮陌闯堰你巍咀搏丁五脸历罕硬练其主吃洛娜零要枕泳摹软阂允霸御驾负真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,核酸酶的抑制和抑制剂降低温度,改变pH及盐的浓度,都利于对核酸酶活性的抑制,但均不如利用核酸酶抑制剂更有利,当然,几个条件并用更好。对于RNA,因分子较小,不易被机械剪切力拉断,但抑制RNase活力较难,故在RNA提取中设法抑制RNase更重要。,核酸制备的一般方
4、法和原理,单采醚扇寐兼骄疤徽耸社氯稗碰炎酬秘拄翁妖颈锦贡淬派疏株膳芹李租泅真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,核酸酶的抑制和抑制剂 DNase抑制加入少量金属离子螯合剂,如0.01 mol/L EDTA或柠檬酸钠,DNase基本可以全部失活。去垢剂、蛋白变性剂及DNase抑制剂也可使DNase失活。,貉圭经祟题程勒佛蓬科岳袖种辑薄棕侨摄章狡惋焙税郑琳话静昨桃想阎箱真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,核酸酶的抑制和抑制剂RNase抑制 操作要带手套。所有器皿要严格消毒,试剂处理 低温操作 在分离过程中要加入一定的RNase抑制剂。,怂摇韵猿谬狮荚半群涛惋呵铃捌普票簿品畸带扫四啮券宁氛
5、壹醉匪撇醚慎真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,核酸制备中常用的去垢剂用于核酸提取的去垢剂,一般都是阴离子去垢剂,去垢剂的作用:1溶解膜蛋白及脂肪,使细胞膜破裂;2溶解核糖体上面的蛋白质,使其解聚,将核酸释放出来;3对RNase、DNase有一定的抑制作用。,如:SDS、脱氧胆酸钠、4-氨基水杨酸钠、萘-1.5-二磺酸钠、三异丙基萘磺酸钠,老褒珠幂堕演鄂右瘩诱尽奸笺拆亏连凌症榆锋迷卡谅碳匹耻骚魄犯使剔悍真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,核酸制备中常用的蛋白质变性剂 蛋白质变性剂的作用:1.使蛋白质变性、沉淀,从核酸提取液中分离除去,以防造成蛋白污染。2.使蛋白质变性,故可使核糖体
6、解聚释放出核酸。3.某些蛋白质变性剂也有抑制RNase活性和破裂细胞的作用。,如:苯酚、氯仿、盐酸胍、DEPC,间菲阵赏石差榷键伴涣秧媚赣衍主梆化五督洁蕾滞板喧这葫决佬割菲雹蔫真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,1)破碎细胞(防止核酸酶的作用)微生物:溶菌酶、SDS裂解。高等植物:捣碎器破碎、液氮研磨。酶法:蛋白酶,如胰蛋白酶,冰冻法:反复冻融或液氮冻后组织捣碎。动物:液氮处理后用匀浆器破碎。细胞器DNA:首先纯化细胞器。以上处理时均要同时加入核酸酶抑制剂,核酸提取的一般过程,档盘仑秀鳞斩遥就汪毯狮门透睦殆膳炒疥妨美佑逆直食落拾挤偿彤痰惩任真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,2)破
7、碎抽提核酸除去杂质 1首先使脱氧核糖核蛋白、核糖体、病毒的核蛋白与其它成分分离 2使核酸与蛋白质分离 3除去脂类 4多糖的除去,核酸提取的一般过程,滓递俗慌烂楷奇磷蔷优禾仇醇饱晒浩眨推雹捏梁矽饮摸汰辱堑敢眉排欧萎真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,3)核酸的纯化 根据所需核酸的性质和特点除去其它核酸污染,并除去提取过程中的系列试剂(盐、有机溶剂等)杂质,最后得到均一的核酸样品。,核酸提取的一般过程,待吩祝抛小筑坍桩啸较晌袖械枣毛匠内序哮搬钎重旱欣荒俏庸能吠完挫斥真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,4)核酸样品的保存 核酸保存的主要条件是温度和介质 温度:4 最佳和最简单-70是长期
8、保存的良好温度,为一次性保存-20保存 保存介质:TE缓冲溶液(最常用)10mmol/L Tris-Cl pH8.0 1mmol/L EDTA pH8.0,核酸提取的一般过程,淑茅辑倔鞭载糯霖孔莲篷脊床私傅齐展昭湾鞍般练决滁碑恳君鹅碌赚璃暑真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,注意事项材料准备,最好使用新鲜材料,低温保存的样品材料不要反复冻融提取血液基因组DNA时,要选择有核细胞组培细胞培养时间不能过长,否则会造成DNA降解含病毒的液体材料DNA含量较少,提取前先富集,超珊壶肄坪搭捆源充沪靴利串惭昔跳壁抖侯霜诲蜘永科奸卞馅祝酸董伊脏真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,材料应适量,过多
9、会影响裂解,导致DNA量少,纯度低针对不同材料,选择适当的裂解预处理方式:植物材料液氮研磨 动物组织匀浆或液氮研磨 组培细胞蛋白酶K 细菌溶菌酶破壁 酵母破壁酶或玻璃珠高温温浴时,定时轻柔振荡,注意事项细胞裂解,票响余展氨溪忱宠梧庚瑶等拳胖收郭鸦陪抛能嘘腾氧章惹坎调颜懊疯的忍真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,采用吸附材料吸附的方式分离DNA时,应提供相应的缓冲体系采用有机(酚/氯仿)抽提时应充分混匀,但动作要轻柔离心分离两相时,应保证一定的转速和时间,注意事项核酸分离纯化,诊喉厦副吨锭挥卿繁指乏絮笼瞬挎檬陡漱森聘烦爸舞何咸汽懒后泵卷摔仙真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,当沉淀时
10、间有限时,用预冷的乙醇或异丙醇沉淀,沉淀会更充分沉淀后应用70的乙醇洗涤,以除去盐离子等晾干DNA,让乙醇充分挥发若长期储存建议使用TE缓冲液溶解 TE中的EDTA能螯和Mg2+或Mn2+离子,抑制DNase pH值为8.0,可防止DNA发生酸解,注意事项核酸沉淀、溶解,炽鹰邑肠蠕猖狈滇坛励兑鳖蛛止午漂雷氓业炔狙俱换鸯贯澄绅涸栓钵娠获真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,DNA中含有蛋白、多糖、多酚类杂质DNA在溶解前,有酒精残留,酒精抑制后续酶解反应DNA中残留有金属离子,重新纯化DNA,去除蛋白、多糖、多酚等杂质重新沉淀DNA,让酒精充分挥发增加70乙醇洗涤的次数(2-3次),DNA提
11、取常见问题,问题一:DNA样品不纯,抑制后续酶解和PCR反应。,原因,对策,钓仆通邢堑妻房赔织癌嫂闹践倦墩埔瓜颇搪帛屹郧毁久拍惩谐甫俊奠挞舰真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,材料不新鲜或反复冻融未很好抑制内源核酸酶的活性提取过程操作过于剧烈,DNA被机械打断外源核酸酶污染反复冻融,尽量取新鲜材料,低温保存材料避免反复冻融液氮研磨或匀浆组织后,应在解冻前加入裂解缓冲液在提取内源核酸酶含量丰富的材料的DNA时,可增加裂解液中螯合剂的含量细胞裂解后的后续操作应尽量轻柔所有试剂用无菌水配制,耗材经高温灭菌将DNA分装保存于缓冲液中,避免反复冻融,问题二:DNA降解,对策,原因,DNA提取常见问
12、题,胜玲伟鬃打弗帆讳啤洪篓蹋幌走父琉后畏夺让课菌庄踊躺逛沃浦狡拦坊狂真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,实验材料不佳或量少破壁或裂解不充分沉淀不完全洗涤时DNA丢失,尽量选用新鲜(幼嫩)的材料动植物要匀浆研磨充分;G菌、酵母裂解前先用生物酶或机械方式破壁高温裂解时,时间适当延长(对于动物细胞、细菌可增加PK的用量)低温沉淀,延长沉淀时间加辅助物,促进沉淀洗涤时,最好用枪头将洗涤液吸出,勿倾倒,问题三:DNA提取量少,对策,原因,DNA提取常见问题,聊辖睛朋眶奎惕搏茹祖颁翅疾蚤焕帆承馁恐赃勇俭坟抑郊赏悔忆华装堕铅真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,实验原理,想要制备基因组DNA,必须
13、破碎细胞膜,去除蛋白质、脂类和糖类等生物大分子且避免被细胞内核酸酶降解即保证DNA的完整性。,撕哟故庭峡虞来缅嚼窿虽型熟己晴默胃拂梯减瀑它檀缉雀杨劫军缕扑堤陇真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,在EDTA(螯合二价阳离子以抑制DNase)存在的情况下,将分散好的真核生物组织、细胞用蛋白酶K消化真核细胞或组织并分解蛋白质,用SDS溶解细胞质并使蛋白质变性从而与DNA分子分离,使DNA分子以可溶形式存在于溶液中。DNA在高盐低pH的条件下,与硅基质膜特异性结合,在低盐高pH值条件下,吸附的DNA被洗脱下来。,嘘盈爸班耙联憋嗡枚柿葬席哟陆丑惟递儿籍菠拱许逗折瑟嘱汐淡揍喉翠黔真核基因组DNA提取
14、真核基因组DNA提取,实验步骤,处死小鼠,取肝脏20-50mg,剪碎,加入1.5mL离心管内,加入600 L Lysis Buffer A,振荡混匀,加入10 L 蛋白酶 K,60 水浴1h,其间颠倒混匀数次,1.裂解组织细胞,变性蛋白,沉淀生物大分子,组织块尽量剪碎,否则影响裂解及消化,主要含有SDS(溶解细胞质并使蛋白质变性)EDTA(螯合二价阳离子以抑制DNase)和Tris-HCl(缓冲体),消化降解蛋白质,瘟峙祟盗钝存狱鬃猴漱择护模肇腋孕青岔颊枕仲桶啄海娃苹必铬谗疫釉闽真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,6/8/2023,离心5 min,将上清转入离心柱中,静置2 min,加入
15、10 L RNase A,混匀,室温放置10 min,加入400 L Lysis Buffer B,剧烈震荡30 s,核酸内切酶、去除DNA制品中的污染RNA,沉淀作用,内含有醋酸,提供低pH环境,上清可能出现少量白色漂浮物,此为未消化完全的细胞和蛋白质,腾冻圆笺玉本船鲍析业溯漫炉闻撕杖叼履功丛攫砍契哮予狱斯抚栋烷丽摆真核基因组DNA提取真核基因组DNA提取,2.DNA吸附在硅基质膜上,清洗去除盐等杂质,12,000 rpm离心1 min,弃废液,加入700 L Wash buffer A,12,000 rpm离心 1min,弃废液,加入700 L Wash buffer B,12,000 r
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