医学遗传学8章群体.ppt
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1、学习要求 掌握:群体、基因频率、基因型频率 遗传平衡、基因库、选择系数 遗传漂变、适合度、遗传负荷、熟悉:近婚系数的计算方法。基因频率与基因型频率的转换。了解:影响群体遗传平衡的各种因素。,第八章 群体遗传学,群体(种群)-同一区域内生活,相互婚配产生正常 能育后代的个体集群(孟德尔群体)。,研究群体的遗传结构及基因变化规律的学科称群体 遗传学。主要是应用数学原理(概率)和方法研究群体的基因 和基因型频率、探讨基因突变、选择、迁移等因素对 基因和基因型频率的影响和变化的规律。探讨遗传病和致病基因在群体的分布和发生、发展 规律的学科称医学群体遗传学(遗传流行病学)。,第一节 群体的遗传平衡,一个
2、群体具有的全部遗传信息或基因称基因库。群体的遗传组成就是基因库中的基因和基因型的 种类和频率的组成。,一、基因频率和基因型频率 1、基因频率 群体中某一基因占所有等位基因总量的比率。如;群体的等位基因Aa;总和是A+a=1 A或a各自所占的比率就是A、a的基因频率。,设;一对等位基因A、a。群体内任一基因 座上全部等位基因的总和是 A+a=1 例;群体500人,等位基因A和a;基因型AA/Aa/aa。每人一对基因,500人2=1000个 设;A=600、a=400;因 600+400=1000=1 则;A基因频率=600/1000=0.6(p)a基因频率=400/1000=0.4(q)A+a=
3、p+q=1,=1,2、基因型频率 群体某基因型个体占该群体各基因型总数的比率。设;一对等位基因A、a,大群体内随机婚配,有 三种基因型;AA、Aa、aa。设;1000人,AA=300、Aa=500、aa=200。求AA/Aa/aa各基因型的频率?基因型频率:AA=300/1000=0.3 Aa=500/1000=0.5 aa=200/1000=0.2,基因频率:设;A=p,a=q;p+q=1。则(p+q)2=p2+2pq+q2=1 基因型频率:AA=p2;Aa=2pq;aa=q2 因 p+q=1 基因频率:A=p2+1/2(2pq)a=q2+1/2(2pq),3、基因型频率和基因频率的换算关系
4、,基因型频率可从群体的表型调查中获得;基因频率可通过与基因型频率换算得出。,基因型 血型(表型)基因型频率-LMLM M 355/1000=0.355 LMLM=0.355-LMLN MN480/1000=0.480 LMLN=0.480-LNLN N 165/1000=0.165 LNLN=0.165-0.355+0.480+0.165=1,例MN血型(LM、LN共显性);M=LMLM、N=LNLN、MN=LMLN-设;调查1000人,M=355人、N=165人、MN=480人,依基因频率和基因型频率关系换算出基因频率:,LM频率=0.355+1/20.480=0.595 LN频率=0.16
5、5+1/20.480=0.405,遗传平衡群体,知道基因型频率,可依遗传平衡定 理计算基因频率,亦可据基因频率推出基因型频率。例;PKU(AR)群体发病率0.0001(aa=0.0001=q2),求a(q)和杂合子Aa(2pq)频率。已知;aa(q2)=0.0001;a=0.0001=0.01 A+a=1;A=1-0.01=0.99 已知;AA:2Aa:aa=p2+2pq+q2 Aa=20.990.01=0.02=1/50 50人中有一个携带者(Aa)。,二、Hardy-Weinberg定律,1、群体足够大。2、随机婚配。3、无基因突变或突变均衡。4、生存、生育机会均等。5、无大规模迁移(迁入
6、或迁出)。,(一)遗传平衡定律的概念 随机婚配大群体内,若没有突变、选择、迁移和漂变等,基因频率将代代保持不变。,基因型频率和基因频率累代保持不变称遗传平衡。,设;一对基因A和a;亲代基因A=p,a=q;在平衡群体中;(p+q)2=p2+2pq+q2=1 亲代基因型频率;AA=p2;Aa=2pq,aa=q2 在随机婚配的大群体,后代各基因型比例应为;,子代基因型频率符合AA:Aa:aa=p2+2pq+q2=1;则是遗传平衡群体。遗传平衡公式:p2+2pq+q2=1,A(p)a(q)A(p)AA=p2 Aa=Pq a(q)aA=pq aa=q2,精子,卵子,设;100人平衡群体,AA60人,Aa
7、20人,aa20人。基因型 频率 AA 60 0.6 p2 Aa 20 0.2 2pq aa 20 0.2 q2 合计 100 1.0 遗传平衡群体?,求;亲代100人A、a的基因频率?A=602+20=140;a=202+20=60 A=140/200=0.7;a=60/200=0.3,子代基因型频率、基因频率:AA(0.49)+2Aa(0.42)+aa(0.09)=p2:2pq:q2=1 A=0.49+1/2(0.42)=0.70 a=0.09+1/2(0.42)=0.30,亲代:AA:Aa:aa=60:20:20 男 A a 女 0.7 0.3A 0.7 AA 0.49 Aa 0.21
8、a 0.3 Aa 0.21 aa 0.09,按Hard-Weinbeng原则,随机婚配时,子代A和a 基因频率应保持不变,仍是 A=0.7;a=0.3。,三、Hard-Weinberg定律的应用,(一)群体遗传平衡的评判,群体是否遗传平衡,判断步骤如下;根据基因频率和基因型频率的关系,由已知基 因型频率求出基因频率。据平衡公式,由基因频率求出平衡状态时基因 型频率的理论值。将理论值与实际值比较;理论值与实际值一致,肯定是平衡群体。如不一致,也不能直接否定,则需通过2显著性检验来判断其是否平衡?,例;检测4080名汉族大学生PTC尝味能力(半显性),结果(实际值):TT=1180、Tt=2053
9、、tt=847 是否为平衡群体?与理论值进行比较。【书101】求 基因型频率:设 TT=D=1180/4080=0.2892 Tt=H=2053/4080=0.5032 tt=R=847/4080=0.2076 算 基因频率:T=P=D+1/2H=0.2892+1/20.5032=0.5408 t=q=R+1/2H=0.2076+1/20.5032=0.4592,基因频率实际值调查总人数=基因型频率理论值 TT=P2=0.540824080=1193.26 Tt=2pq=20.54080.45924080=2026.42 tt=q2=0.459224080=860.33,实际值与理论值不完全一
10、致时,不能就判定实际与 理论预期不符(不平衡),需吻合度检验再作判断。吻合度检验:用统计学方法检验实际值与理论值是 否吻合;依统计学规定:差异率:P5%;差异不显著,符合假设。,PTC尝味2检验(书P101),基因型 TT Tt tt 总计实际值(o)1180 2053 847 4080理论值(e)1193.26 2026.42 860.33 4080(o-e)2/e 0.147 0.349 0.206 0.702,自由度n=1;2=0.72;查表(p102)1.320.720.45 P在0.250.50之间,P0.05,差异不显著。,根据2值查出偏差出现的概率大小,判断偏差性质。,计算公式:
11、2=,(o-e)2,e,o=实际值;e=理论值;=比值的总和,(二)基因频率的计算,1、常染色体基因频率计算,(1)共显性基因频率计算(MN血型),总人数 M型 MN型 N型 1788人 397 861 530 已知表型 M-MM MN-MN N-NN 求M和N的频率:M=(3972+861)/(17882)=0.4628 N=(5302+861)/(17882)=0.5372,(2)常显基因频率计算 AD病,AA/Aa患病,患者基因型频率是p2和2pq,正常人基因型频率是q2。但AA/Aa表型无法区别,需利用遗传平衡公式计算。如家族性结肠息肉(AD)发病率是1/1000,求致病 基因P(A)
12、的频率?P(A)=p2+2pq=0.0012+1/20.0001=0.000001+0.00005=0.00005;因 P+q=1 q(a)=1-0.000050.99995,(3)常隐基因频率计算,因;p+q=1,所以 p=A=1-q=1-0.001=0.999 携带者Aa=2pq=20.9990.001=0.002,故在AR病系谱中,因患者aa多是Aa-Aa后代,所以 家族聚集性不明显,呈散发。,群体中杂合子频率是0.002,是隐性致病基因频 率(0.001)的2倍,是患者(1/100万)的2000倍。,遗传平衡时,隐性基因频率可以从发病率求出。如;尿黑酸尿症为AR,发病率(aa)1/10
13、0万。aa=q2=0.000001;a=q=0.000001=0.001,在遗传平衡的基础上,可推出以下结论:罕见的AR病:q值很小,p=1-q1;2pq2q 即杂合子(Aa)频率约是致病基因频率的2倍。常见的AR病:q很小,P1,故携带者(Aa)与患者 的比例为2pq/q2,致病基因(q)的频率越低,该比值 越大,致病基因(a)几乎都在携带者(Aa)中。如;尿黑酸尿症群体发病率(aa)q2=0.000001;q=0.001;携带者(Aa)与患者(aa)之比是2:0.001。故携带者检出,对预防AR患儿出生有重要意义。,罕见的AD病 由于P(A)值很小,纯合患者(AA=P2)频率很低,故P2可
14、忽略不计,所以杂合患者(Aa=2Pq)占全 部患者的比例约为;,P2+2Pq,2Pq,1,即AD患者几乎都是杂合子;所以AD病的发病率 可以看成杂合子的频率。2Pq2P;则P1/2Pq2P 1/2发病率。,(4)复等位基因频率(ABO血型),归类,平衡状态时,基因型频率和基因频率关系:,ABO血型随机婚配后代基因型及基因频率,IA(p)IB(q)i(r),IAIA(p2)IAIB(pq)IAi(pr),IBIA(pq),IBIB(q2),IBi(qr),IAi(pr),i(r),IB(q),IA(p),IBi(qr),ii(p2),男,女,(p+q+r)2=p2+q2+r2+2pq+2pr+2
15、qr=1,IAIA IBIB ii IAIB IAi IBi,设;IA=p、IB=q、i=r;p+q+r=1,表型、基因型、基因频率的关系,设:A,B,AB,O为A、B、AB、O四种表型频率。,即;A=p2+2Pr B=q2+2qr AB=2pq O=r2,表型 基因型 基因频率,A IAIA p2,IAi 2pr,B IBIB q2,IBi 2qr,AB IAIB 2pq,O ii r2,P=1-(q+r)2=1-q2+2qr+r2=1-B+O,q=1-(p+r)2=1-p2+2pr+r2=1-A+O,r=0,例;人群“ABO”血型调查。A型=38.3%,O型=30.6%;B型=21.7%;
16、AB型=9.4%求;p、q、r 的频率(IA、IB、i)。,r=O p=1-B+O q=1-A+O,i=r=30.6%=0.553,IA=P=1-21.7%+30.6%=0.2777,IB=q=1-38.3%+30.6%=0.18,已知表型频率,利用公式代入换算出基因频率:,性别 基因型 基因频率 XAXA p2 女 XAXa 2pq XaXa q2 XAY p XaY q,2、X连锁基因频率计算,X男女数量不同,女XX、男XY,故群体2/3的X 存在于女性,1/3X在男性。设一对基因A和a。,男,X连锁遗传平衡时,男/女的基因型和基因频率。,群体中男性的表型频率=男性对应的基因频率。如红绿色
17、盲男性发病率是7%;其红绿色盲基因频率也是7%(q)。群体中q频率同样是7%。即XR遗传时,男性的发病率就等于群体男性的 隐性致病基因(q)的频率。女性的发病率等于q2。男=0.07=7%;女=(0.07)20.5%,隐性致病基因(a=q)很少,A=p1。患者男与女的比例为;q/q21/q。故男患者约为女患者的2倍,群体中多男患者。而女携带者(XAXa)频率为2pq2q,故女携带者 约为男患者的2倍。如;红绿色盲(XR);男性(XaY)发病率为0.07,女 患 者=q2=(0.07)2=0.0049 女携带者=2Pq2q=20.07=0.14,(1)罕见XR病,(2)XD病(罕见)显性致病基因
18、频率(A=P)很低,可忽略不计。隐形正常基因的频率a=q1 群体中男患者与女患者的比例为:,即群体中XD病,女患者是男患者的2倍。,(p2+2pq),P,1/2,(p+2q),1,男女,第二节 影响群体基因频率的因素,一、突变对遗传平衡的影响,基因突变频率很低,用(n10-6/基因.代)表示。如;2010-6/基因.代;即每代100万个基因中有20个突变。设一对等位基因A和a,基因突变设Aa=,aA=;,时,A、a 时,A、a=时,Aa;频率不变。,1、突变率的计算(1)AD基因突变率的计算 选择对显性致病基因(A)不利时,作用较大,AA和Aa个体都被淘汰,一代后A在群体中消失。新的A基因由突
19、变补充(aA=)。群体突变率(aA)=1/2SH,=突变率 S-选择系数(0S1)H=2Pq=(A=P=1/2H),如;丹麦调查,94075名婴儿中有10个软骨发育不 全性侏儒(AD)患儿,求该病基因突变率(aA=)。发病率=10/94075=0.0001063;已知;选择系数(S)=0.8,=1/2SH=1/20.80.0001063=42.510-6/基因.代,AD病越严重,淘汰作用越大,S=1时,全部淘汰 掉A,群体恒定的发病率全靠突变基因维持。,(2)AR基因突变率的计算 AR时,仅aa个体被淘汰,aa=q2。如;PKU群体发病率1/16500,求突变率()?已知;aa=q2=0.00
20、006 S=0.7,Aa=计算公式;=Sq2=0.70.00006=4210-6/基因.代,二、选择,环境对个体的保留或淘汰作用称选择。群体中不同基因型的个体对环境的适应能 力不同,即各自生存力和生育力不同。因选择存在,不同基因型个体对后代因基 库的贡献大小则不同。选择作用的大小用适合度和选择系数进行 定量研究。,(1)适合度(适应值;适合值)某基因型个体与其它基因型个体相比,能够 生存并将基因传给后代的相对能力。,1、适合度(f)和选择系数(S),个体适合度与其生存力和生殖力有关,最终由 其生殖力(生殖适合度)决定。生殖适合度可用相对生育率衡量。,相对生育率:生殖力最高的基因型定为1,用 其
21、它基因型与之比较的相对值。,某种基因型平均子女数与最佳基因型平 均子女数的比值称该基因型的适合度。例:软骨发育不全症型侏儒(AD)调查108个侏儒,生27个后代,其正常同胞 457人,生582个后代,求侏儒的适合度(f)?f=(27108)/(582457)=0.25/1.27=0.1960.20(适合度),几种遗传病的相对适合度(正常人f=1),性 状 相对适合度,视网膜母细胞瘤(杂合子)0,软骨发育不全(杂合子)0.20,血友病A(男性)男0.20、女0,舞蹈症(杂合子)男0.82、女1.25,HbS(杂合子)1.26(疟疾高发区),神经纤维瘤(杂合子)男0.41、女0.75,(2)选择系
22、数(淘汰系数),在选择的作用下,降低了的适合度。S 是测量某种基因型不利于生存的程度。计算公式:S=1-f,如;软骨发育不全患者 适 合 度:f=0.20 选择系数:S=1-f=1-0.20=0.80 正常人留下一个后代时;患者仅有0.2个后代。,2、选择的效应,选择对显性基因的影响,设基因A和a,选择对A不利,群体中AA、Aa个体 则被淘汰。选择系数为S(0 S 1),适合度为1-S。在AD中,aa适合度=1。因AA、Aa后代少于aa,选择结果;A、a。选择系数越大,A下降越快。当S=1时,AA和Aa适合度为0,一代后A消失。,选择引发基因频率和基因型频率在增减和方向 上的改变称选择效应。,
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