5 DNA甲基化芯片技术服务.docx

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1、康成生物甲基化芯片技术服务DNA甲基化在人的正常发育、X染色体失活、衰老以及许多人类疾病(如发育畸形、癌症、心血管疾病、糖尿病和神经心理失调等) 过程中发挥重要作用。通过MeDIP (甲基化DNA免疫共沉淀)与甲基化芯片结合，研究者可快速高通量地发现靶基因组上的甲基化区域，比 较不同细胞、组织、肿瘤样本间的DNA甲基化差异。Agilent DNA甲基化芯片康成生物为您提供Agilent公司甲基化芯片全程技术服务。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可 为您完成全部实验操作，并为您提供包括实验方法、实验数据与图表的详细实验报告通过SurePrint芯片合成专利技术、优化

2、探针设计、及实验方法，Agilent的甲基化芯片可灵活进行甲基化研究，得到高灵敏度、高特 异性、高重复性的结果。 高覆盖面，高解析度的探针每个甲基化芯片上都集成有约244,000个60-mer的寡聚核甘酸探针，视设计方案不同这些探针以100-300bp的平均间隔覆盖研究者感 兴趣的UCSC数据库中所有的CpG岛和RefSeq数据库中所有已研究清楚的约17000个转录本。 优异的芯片质量Agilent公司拥有众多芯片专利技术，每个芯片探针都经反复实验筛选优化而来，使用双色标记系统比单色标记系统得到灵敏度和精 确度更高、重复性更好的结果，既可以有效地检测出弱的、低演NA甲基化水平改变，又可以在同一

3、张芯片上直接比较不同样本的差异。 快速的芯片更新Agilent公司的SurePrint专利技术可以实现在1 x 3 ”的玻璃片基上灵活地大规模地原位合成芯片探针，该技术可以很快很灵活地 响应最新的探针设计，使研究者快速、容易地得到高质量的、最新的芯片。 可灵活定制的芯片Agilent公司有完整的探针集供研究者选择，研究者可根据感兴趣的组织、基因组区域自己定制各种不同探针密度的芯片。 严格的质控体系为了保证实验结果的可靠性，从基因组DNA片断的大小到染色 质免疫共沉淀的成功与否都有完善的质控措施。 专业的数据处理软件Agilent公司专门设计了 ChIP Analytics Software软件

4、处理甲基化芯 片数据，保证研究者更好检测出DNA甲基化事件并降低错判率。该软 件还有可视化数据浏览器功能，研究者可方便的将数据定位到基因组 上，结合各种已有的基因组注释进行研究甲基化芯片技术示意图A. 将基因组DNA超声打断成400bp-500bpDNA片段；B. 加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份；C. 其中一份单链DNA样品加入抗5-甲基化胞嘧啶核甘抗体。D. 使用免疫磁珠法分离C步样品中甲基化DNA片段的抗体复合物，样品中其余的非甲基化DNA片段被洗脱；E. 纯化免疫共沉淀的DNA片段(MeDIP)；视需要可对MeDIP与Input 样品进行扩增；F. 对MeDIP(Cy5)与I

5、nput(Cy3样品分别进行标记；G. 标记后的MeDIP与Input样品混合、变性，与DNA微阵列芯片杂 交；H. 用高解析度芯片扫描仪检测杂交信号；对杂交结果进行数据提取、 标准化、峰值分析、报告。Agilent甲基化芯片产品列表:Agilent芯片格式探针解析度描述Human CpG Islands244K x 1195K探针在CpG岛内，50K探针在CpG岛间探针平均间距95bp数据来源 UCSC hg17(NCEI Build35) 覆盖约27800个CpG岛Mouse CpG Islands2 x 105K97652个CpG岛探针 探针平均间距95bp数据来源 UCSC mm8(N

6、CBI Build36) 覆盖16030个CpG岛Human Promoter244K x 2探针覆盖转录起始位点上游5.5kb至下游2.5kb平均每基因探针数25个探针平均间距195bp数据来源 UCSC hg17（NCB Build35） 覆盖约17000个RefSeq数据库中已研究 清楚人转录本的启动子Mouse Promoter244K x 2探针覆盖转录起始位点上游5.5kb至下游2.5kb平均每基因探针数25个探针平均间距200bp数据来源 UCSC mm7（NCBI Build35） 覆盖约17000个RefSeq数据库中已研究 清楚小鼠转录本的启动子NimbleGen DNA甲

7、基化芯片康成生物为您提供NimbleGen公司甲基化芯片全程技术服务。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就 可为您完成全部实验操作，并为您提供包括实验方法、实验数据与图表的详细实验报告NimbleGen的专利光导合成技术可制作高密度的长片断Olig5探针（50-85mer）芯片，结合高严谨度的杂交方法可得到具高灵敏度和特 异性的结果，另外，因为NimbleGen公司的DNA甲基化检测实验使用双色标记Cy3/Cy5），同一张芯片上的信号变异几乎可以忽略。Peaks图A用NimlGenesCpG blands）leGen公司的芯片验证DNA甲基化从原始探针信号数据，经过数

8、据校正得到P/fp）值，此值代表每个探针呻DNA和in针的 p-value相对富集强度|计算每个探（ACME算法），p值表示log2（IP/inpLt）值是由随机因素造成而非真实值的概率，图中为方便观看以-log10 p代替原始p值。ipH DNA中的根据每个探针的值计算相应的peaks （代表可能的甲基化区域）结合基因组基因和QG位点注释可非常方便地进行研究。/Tdinor BTumor BPeaks图B检测不同样本中DNA甲基化差异由ENCODE数据库设计的DNA微阵列芯片结合MeDIP法（甲基化DNA免疫共沉淀）可检测不同肿瘤样本中的DNA甲基化差异。图B 中可明显看出肿瘤样本B比肿瘤样

9、本A有更多的区域发生了DNA甲基化。NimbleGen含CpG岛和启动子的芯片系列单芯片设计覆盖所有UCSC注释的CpG岛和所有RefSeq数据库基因的启动子区覆盖了人 的28226个CpG岛和小鼠的15963个CpG岛，人的启动子区覆盖区为1kb而小鼠的为1.8kb （小鼠基因组的CpG岛的出现频率比人的低） 特别针对小的CpG岛向两翼延伸使之达到700bp的覆盖范围从而更可靠地被检测。包括DNA甲基化阳性对照区，如HoxA、H19/IGF2、 KCNQ1基因簇，IGF2R基因。产品目录号产品名物种基因组版本CpG岛数 启动子上游Tiling （bp启动子下游Tiling （bp）00892

10、2006-11-02 HG18 CpG Promoter Homo sapiensHG1828226800200008932007-02-27 MM8 CpG Promoter Mus musculusMM8159631300500另外还有探针根据RefSeq数据库设计的芯片，包插efSeq数据库中所有已被研究清楚的基因（带M前缀的RefSeq基因）。人类（2.8Kb）、小鼠（2.6Kb）及大鼠（2.8kb）的启动子区被覆盖，启动子覆盖区平均探针间隔为00bp。产品目录号探针设计名启动子上游Tiling（bp）启动子下游Tiling（bp）C4226-00-01HG18 RefSeq prom

11、oter2200500C4222-00-01MM8 RefSeq promoter2000500C4495001-00-01RN34 RefSeq promoter2250500UHN DNA甲基化芯片康成生物为您提供UHN DNA甲基化芯片全程技术服务。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本完成全部实验操作，并为您提供包括实验方法、实验数据与图表的详细实验报告UHN DNA甲基化芯片加拿大芯片中心（UHNMAC，the University Health Network Microarray Centre专业提供高质量芯片和相关技术支持所有芯片均根据 加拿大芯片中心标准的标记，杂交，扫描实验方

12、法进行严格质量检测，确认芯片点样的忠实性和芯片中各点的完整性，从而保证芯片实验 结果的可靠性和准确性。同时，加拿大芯片中心为每种芯片的实际应用提供经过优化的详细实验操作说明。加拿大芯片中心开发的DNA甲基化分析芯片，用于分析基因组中CpG岛（CpG island）的甲基化。CpG岛是基因组中CpG二核甘酸 含量高的区域。据估计，60%的人类基因和47%的小鼠基因都与CpG有关。CpG多集中在5区。大部分CGI集中在转录起始位点500至 +1500的区域。在启动子区域的CpG岛甲基化，能调控下游基因的转录。Yan等在文章中指出Methods，2002, 27： 162-169），应用DNA甲基化

13、芯片，结合其他甲基化研究方法，可以根据肿瘤的甲基化水平对其进行分类。加拿大芯片中心开发的DNA甲基化分析芯片，设计严谨，CpG岛克隆来源于Wellcome Trust Sanger IrtMi芯片上固定的所有探针 经过严格的质量检测，首先在Sanger （entre, UI克隆测序，并且进一步经过Michael Smith Genome Sciences Centre验证（在NIH/NCI 支持下）和the UHN Microarray Centr的内部验证UHNMAC 在芯片中使用了芯片验证体系。在芯片生产过程中，UHNMAC采用UltraGAPS玻k（Corning Inc）作为片基，点样

14、则采用高效精确的机械手臂完成。保证芯片灵敏度高和特异性好，实验结果准确可靠。康成生物提供加拿大芯片中心的DNA甲基化芯片实验技术服务，通过MeDIP（甲基化。豳免疫共沉淀）与高通量DNA甲基化芯片的 结合，研究者可快速高效地发现实验样品中基因组的甲基化区域通过比较不同细胞或组织样本间的甲基化差异，可以研究DNA甲基化与 疾病发生发展的关系。UHN DNA 甲基化芯片产品名称物种探针来源CpG岛数量HCGI12KHuman CpG-island 12K ArrayHomo sapiensWellcome Trust Sanger InstituUKte12192MCGI4.6KMouse CpG

15、-island 4.6K ArrayMus musculusWellcome Trust Sanger InstituUKte4,642DNA甲基化芯片技术服务康成生物提供的DNA甲基化芯片技术服务实验流程：1. 超声打断基因组将基因组DNA超声打断成400bp-500bpDNA片段；2. 甲基化DNA免疫共沉淀a. 加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份；b. 其中一份单链DNA样品加入抗5-甲基化胞嘧啶核苷抗体。c. 用免疫磁珠法分离b步样品中甲基化DNA片段的抗体复合物，样品中其余的非甲基化）NAk段被清洗；上纯化免疫共沉淀的DNAR段（MeDIP）;3. MeDIP与Input DNA片段线性扩增使用Sigma WGA Kit对两份DNA上述片段（MeDIP与Input）进行扩增。该步骤使检测的的灵敏度得到大幅度提升，用微量的检测样品就 能得到精确的检测结果；4. 荧光标记对MeDIP（Cy5）与Input（Cy3）样品分别进行标记；5. 芯片杂交标记后的MeDIP与Input样品混合、变性，与甲基化微阵列检测芯片杂交；6. 图像采集和数据分析用高解析度芯片扫描仪检测杂交信号；用专业商用分析软件对杂交结果进行数据提取、标准化、峰值分析、报告。7. 提供实验报告包括详细的实验方法和芯片实验数据和图表。