第十章复制ppt课件.ppt
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1、第三篇 基因信息传递,反转录,翻译,DNA,RNA,Protein,中心法则(the central dogma),复 制,1958 F.Crick 1970 H.Temin(逆转录),转录,复制 replication转录 transcription翻译 translation,基因表达调控,基因工程,本篇内容,DNA的生物合成(复制)DNA Biosynthesis,Replication,第 十 章,复制(replication)是指遗传物质的传代,以母链DNA为模板合成子链DNA的过程。,本章主要内容:,复制的基本规律 DNA复制的酶学和拓扑学变化 复制的过程 逆转录和其他复制方式 D
2、NA损伤(突变)与修复,1 复制的基本规律,一、半保留复制是DNA复制的基本特征,二、DNA复制从起始点向两个方向延伸形成双向复制,三、DNA一股子链复制的方向与解链方向相反导致半不连续复制,半保留复制的的理论设想和实验依据,半保留复制的概念,复制时母链的双链DNA解开成各自作为模板指导子代合成互补链。子代的两条链,一条来自亲代,另一条重新合成。由于碱基互补,子代DNA双链和亲代DNA 碱基序列一致。,知识点1,全保留,半保留,混合式,亲代DNA,子代DNA,子链继承母链遗传信息的几种可能方式,轻链14N-DNA,重链15N-DNA,轻、重链DNA混合,细菌在含NH4Cl 的普通培养液中培养后
3、提取DNA,DNA半保留复制的证据,将轻链DNA和重链DNA混合,把细菌放在含15NH4Cl 的培养液中培养若干代后提取含15N的“重”DNA,轻链14N-DNA,重链15N-DNA,轻、重链DNA混合,半保留复制第一代DNA,半保留复制第二代DNA,半保留复制第三代DNA,DNA半保留复制的证据,把含15N-DNA的细菌放回含NH4Cl 的普通培养液中培养20分钟后提取子一代DNA,把含15N-DNA的细菌在含NH4Cl 的普通培养液中培养40分钟后提取子二代DNA,把含15N-DNA的细菌在含NH4Cl 的普通培养液中培养60分钟后提取子三代DNA,1958年M.Messelson and
4、 F.W.Stahl 将含14N-DNA(轻链)的细菌放在15N培养液中培养后得到15N-DNA(重链)细菌,提取轻链和重链DNA经密度梯度离心两种DNA处于离心管的不同位置;将15N-DNA再放回14N-培养液中培养,,DNA半保留复制的证据,DNA半保留复制的证据,提取子一代细菌DNA离心,DNA既不在重链DNA的位置也不在轻链DNA的位置,而是在中间位置;提取子二代细菌DNA离心出现了轻链和中间位置,第三代以后轻链带越来越宽,中间带保持不变。重密度带消失了。,L+H,一,二,三,AGAACTTAG,TCTTGAATC,AGAACTTAG,TCTTGAATC,AGAACTTAG,TCTTG
5、AATC,通过半保留复制,子代DNA和亲代的 DNA是一致的,实验结果说明,子一代DNA双链中一股是15N单链,从亲代接受和保留下来的;另一股是14N单链,完全是新合成的。Messelson和Stahl的实验支持半保留复制。,按半保留复制方式,子代DNA与亲代DNA的碱基序列一致,即子代保留了亲代的全部遗传信息,体现了遗传的保守性。,半保留复制的意义,遗传的保守性,是物种稳定性的分子基础,但不是绝对的。在强调遗传恒定性的同时不能忽视其变异性。,1 复制的基本规律,一、半保留复制是DNA复制的基本特征,二、DNA复制从起始点向两个方向延伸形成双向复制,三、DNA一股子链复制的方向与解链方向相反导
6、致半不连续复制,原核生物复制时,DNA从起始点向两个方向解链,形成两个延伸方向相反的复制叉,称为双向复制。,二、双向复制(主要),复制起点(origin):指DNA复制所必需的一段特殊的DNA序列。,知识点2,TGTGGATTA-TTATACACA-TTTGGATAA-TTATCCACA,串联重复序列,反向重复序列,5,3,5,3,1 13 17 29 32 44 58 66 166 209 245,E.coli 复制起始点 oriC,复制中的放射自显影图像(眼睛状图形)(大肠杆菌DNA经放射性标记后电镜下观察结果),复制叉指的是DNA双链分成两股各自作为模板,子链沿模板延长形成的Y字形结构,
7、真核生物每个染色体有多个起始点,是多复制子的复制。习惯上把两个相邻起始点之间的距离定为一个复制子(replicon),包括复制起点和终点。复制子是独立完成复制的功能单位。,真核生物的多复制子复制,已完成复制的复制子,DNA母链,ori为复制点,复制子的大小和起始的先后不同,复制子长度为相邻起点间距离,复制子:一个复制起点所作用的DNA 区域;或独立完成复制的功能单位。,复制进程,真核细胞复制子小且复制速度慢,1 复制的基本规律,一、半保留复制是DNA复制的基本特征,二、DNA复制从起始点向两个方向延伸形成双向复制,三、DNA一股子链复制的方向与解链方向相反导致半不连续复制,5,3,解链方向,领
8、头链(leading strand),随从链(lagging strand),冈崎片段,复制中的不连续片段称为岡崎片段(okazaki fragment)。,三、半不连续复制,顺着解链方向生成的子链,复制是连续进行的,这股链称为领头链。另一股链因为复制的方向与解链方向相反,不能顺着解链方向连续延长,这股不连续复制的链称为随从链。复制中的不连续片段称为岡崎片段(okazaki fragment)。,领头链连续复制而随从链不连续复制,就是复制的半不连续性。,知识点3,2 DNA复制的酶学和拓扑学变化,一、核苷酸和核苷酸之间生成磷酸二酯键 是复制的基本化学反应,二、DNA聚合酶催化核苷酸之间聚合,三
9、、核酸外切酶的校读活性和碱基选择功能是复制保真性的酶学依据,四、复制中的分子解链伴有DNA分子拓扑学变化,五、DNA连接酶连接DNA双链中的单链缺口,1.反应原料:dNTP 2.反应场所:细胞核 3.反应条件:模板:亲代DNA双链打开同时作模板 引物:RNA片段 酶与蛋白因子,一、复制的化学反应,知识点4,4.反应规则 模板作用规则:Chagaff碱基配对原则 反应方向 53,dATPm,dGTPn,dCTPy,dTTPz,+DNA,DNA聚合酶,引物RNAMg2+,DNA,dAMP,dGMP,dCMP,dTMP,+(m+n+y+z)PPi,m+n+y+z,聚合总化学反应:,知识点5,P,P,
10、5,3,A,T,G,C,T,C,A,A,A,G,T,G,A,3,5,3,5,OH,T,C,T,OH,P,5,复制过程的脱氧核苷酸聚合,带斜线的小方框代表引物,dTTP,dATP,dCTP,聚合反应的特点,DNA 新链生成需引物和模板;新链的延长只可沿5 3方向进行;。严格遵守碱基配对原则,2 DNA复制的酶学和拓扑学变化,一、核苷酸和核苷酸之间生成磷酸二酯键 是复制的基本化学反应,二、DNA聚合酶催化核苷酸之间聚合,三、核酸外切酶的校读活性和碱基选择功能是复制保真性的酶学依据,四、复制中的分子解链伴有DNA分子拓扑学变化,五、DNA连接酶连接DNA双链中的单链缺口,二.DNA聚合酶,全称:依赖
11、DNA的DNA聚合酶(DNA-dependent DNA polymerase、DDDP)简称:DNA-pol,活性:1.53 的聚合活性 2.核酸外切酶活性,3 5外切酶活性,能辨认错配的碱基对,并将其水解5 3外切酶活性,能切除突变的 DNA片段。,知识点6,核酸外切酶活性,3 5外切酶活性能辨认错配的碱基对,并将其水解,5 3 外切酶活性能切除突变的 DNA片段。,合成中的DNA分子,(一)原核生物的DNA聚合酶,DNA-pol DNA-pol DNA-pol,三种酶共同点:都具有 5 3 聚合酶活性3 5外切酶活性,小片段,大片段,DNA-pol(109kD),H和I螺旋之间有较大的非
12、螺旋区50个氨基酸(未标示出,功能:对复制中的错误进行校读,对复制和修复中出现的空隙进行填补。,模板链,引物,Klenow片段,323个氨基酸,小片段,5 核酸外切酶活性,大片段:Klenow 片段,604个氨基酸,DNA聚合酶活性 5 核酸外切酶活性,N 端,C 端,木瓜蛋白酶,DNA-pol,Klenow片段是实验室合成DNA,进行分子生物学研究中常用的工具酶。,知识点7,聚合酶(polymerase)活性 可以催化脱氧核苷酸的聚合,但速度不快。(10个核苷酸/S)主要功能是填补随从链片断空隙。,知识点8,外切酶活性,3 5外切酶活性,5 3外切酶活性,DNA-pol,DNA-pol(12
13、0kD),DNA-pol II基因发生突变,细菌依然能存活 在pol I和pol III缺失情况下暂时起作用参与DNA损伤的应急状态修复(SOS修复),DNA-pol III,Pol 活性高于Pol 此酶是原核生物DNA复制延长反应中真正起作用的酶。10种亚基组成的不对称二聚体,知识点9,E.coli DNA 聚合酶不对称二聚体,核心酶,-复合物,个核心酶1个-复合物(、5种亚基)可滑动的DNA夹子(含1对-亚基),DNA聚合酶全酶结构,全酶结构包括:,亚基(130,000)主要功能是合成DNA亚基执行碱基选择功能亚基可能起组装作用,核心酶由、和亚基组成:,2个-亚基分别和1个核心酶相互作用,
14、其柔性连接区可以确保在复制叉1个全酶分子的2个核心酶能够相对独立运动,分别负责合成前导链和后随链。,功能:-复合物是DNA夹子加载蛋白,负责将可沿DNA链滑动的一对-亚基(DNA夹子)加载于DNA,使DNA聚合酶具有持续合成能力。,-复合物由5种亚基组成:、,表10-1 大肠杆菌中DNA聚合酶,Pol Pol Pol酶活性5 3聚合作用 3 5外切酶活性-+5 3外切酶活性-构成(亚基数)单体 单体 多亚基分子大小(103)109 90 900体外链延长速度(核苷酸数/分)600 30 9000分子数/细胞 400?1020功能 校读改错 不详 复制延长 去除引物、填补空隙,(二)真核生物的D
15、NA聚合酶,5种 DNA-pol、DNA-pol:起始引发,有引物酶活性。DNA-pol:延长子链的主要酶,有解螺旋酶活性DNA-pol:与DNA-pol I相似,在复制过程中起校 读、修复和填补缺口的作用。DNA-pol:线粒体内DNA复制酶DNA-pol:参与低保真度的复制,2 DNA复制的酶学和拓扑学变化,一、核苷酸和核苷酸之间生成磷酸二酯键 是复制的基本化学反应,二、DNA聚合酶催化核苷酸之间聚合,三、核酸外切酶的校读活性和碱基选择功能是复制保真性的酶学依据,四、复制中的分子解链伴有DNA分子拓扑学变化,五、DNA连接酶连接DNA双链中的单链缺口,2.聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能
16、,1.遵守严格的碱基配对规律,3.复制出错时DNA-pol的及时校读功能,DNA复制的保真性至少要依赖三种机制,DNA聚合酶对模板的依赖性是子链与母链准确配对、是遗传信息得以延续和传代的保证。碱基配对的关键是氢键的形成。,1.遵守严格的碱基配对规律,2.核酸外切酶活性在复制中辨认切除错配碱基并加以校正,核酸外切酶(exonuclease)是指能从核酸链的末端把核苷酸依次水解出来的酶,外切酶是有方向性的。,DNA-pol的校读功能,DNA-pol I,外切活性,聚合活性,dCTP,A:碱基配对错误,DNA-pol I表现外切酶活性,切除错配碱基;并用其聚合活性掺入正确配对的底物,模板链,新合成链
17、,知识点10,B:如果碱基配对正确,DNA-pol I 则不表现外切酶活性;只表现聚合酶活性。,模板链,新合成链,3.复制的保真性依赖正确的碱基选择,DNA聚合酶靠其大分子结构协调非共价(氢键)与共价(磷酸二酯键)键的有序形成。嘌呤的化学结构能形成顺式和反式构型,与相应的嘧啶形成氢键配对,嘌呤应处于反式构型。,2 DNA复制的酶学和拓扑学变化,一、核苷酸和核苷酸之间生成磷酸二酯键 是复制的基本化学反应,二、DNA聚合酶催化核苷酸之间聚合,三、核酸外切酶的校读活性和碱基选择功能是复制保真性的酶学依据,四、复制中的分子解链伴有DNA分子拓扑学变化,五、DNA连接酶连接DNA双链中的单链缺口,四、与
18、解链有关的酶和蛋白质因子,DNA分子的碱基埋在双螺旋内部,只有把DNA解成单链,它才能起模板作用。但无论是合成前、合成后,以及合成中的上下游DNA链,都是处于高度旋转、盘曲,高度压缩,并填塞满蛋白质的双股螺旋的超级结构状态。Watson-Crick指出DNA复制最难、最复杂的是解开双螺旋。大肠杆菌复制的实验研究证明了他们的预见。参与模板制作的酶和蛋白因子远比参与复制的酶和蛋白因子多。,原核生物复制其始的相关蛋白质,原核生物复制其始的相关蛋白质,DnaA(dnaA)辨认起始点,DnaC(dnaC)运送并协同DnaB,拓扑异构酶(gyrA,B)理顺DNA链,单链DNA结合蛋白稳定已解开的单链,解螺
19、旋酶DnaB(dnaB)解开DNA双链,注:括号内为该蛋白质的基因,蛋白质名称首字母大写,引物酶DnaG(dnaG)催化RNA引物生成,(一)解螺旋酶(DnaB),解螺旋酶(helicase),亦称解链酶现已研究证明,E.coli复制时的解链酶,是由dnaB基因编码的,其作用是利用ATP供能解开双链。作用前它需要DnaA蛋白帮助辨认起始点(E.coli的起始点称 oriC,由245 bp组成,其中富含A-T处为解链酶的作用点),还需要DnaC蛋白带到起始点。,解螺旋酶(DnaB)动画,(二)DNA拓扑异构酶(DNA topoisomerase),在复制过程中,DNA每复制10bp,复制叉前方的
20、模板DNA双螺旋就要绕其长轴旋转一周,产生正超螺旋。,拓扑是指物体或图像作弹性移位而保持物体原有的性质。通常DNA分子的拧转是适度的。盘绕过分,称为正超螺旋,盘绕不足为负超螺旋。,拓扑学的英文名是Topology,直译是地志学,也就是和研究地形、地貌相类似的有关学科。我国早期曾经翻译成“形势几何学”、“连续几何学”、“一对一的连续变换群下的几何学”。,11个螺旋,超螺旋局部解开后,图10-12 复制过程中正超螺旋的形成,复制过程中正超螺旋的形成,超螺旋解开前,2,9,解链过程中正超螺旋的形成,拓扑异构酶是一种可逆的核酸酶。既能水解、又能连接磷酸二酯键。,DNA拓扑异构酶的作用特点及功能,消除正
21、超螺旋,负超螺旋使复制叉能够顺利前进。,Topo,切断DNA双链中一股链,使DNA解链旋转不致打结;适当时候封闭切口,DNA变为松弛状反应不需ATP。,拓扑酶I,图12-13 拓扑异构酶 I 的作用方式,Topo,切断DNA分子两股链,断端通过切口旋转使超螺旋松弛。利用ATP供能,连接断端,DNA分子进入负超螺旋状态。,拓扑异构酶的作用是改变DNA分子拓扑构象,理顺DNA链来配合复制进程。,所有细胞和多数病毒的DNA复制,首先利用模板合成一段RNA引物,这一过程称为引发。RNA引物的大小,在原核生物中通常为50100个核苷酸,而在真核生物中约为10个核苷酸。RNA引物的碱基顺序,与其模板DNA
22、的碱基顺序相配对。,(三)引物酶-复制起始时催化生成RNA引物的酶,这是一些能够与单链DNA结合的蛋白质因子,其作用为:使解开双螺旋后的DNA单链能够稳定存在,即稳定单链DNA,有利于发挥模板作用。保护新生的单链DNA,避免核酸酶的降解。循环利用发挥其保护单链DNA的作用。,(四)、单链DNA结合蛋白(single strand binding protein,SSB),理顺DNA链,拓扑异构酶,(,gyrA,B),稳定已解开的单链,单链DNA结合蛋白,SSB,催化RNA引物生成,引物酶,DnaG,(dnaG),运送和协同DnaB,DnaC,(dnaC),解开DNA双链,解螺旋酶,DnaB,(
23、dnaB),辨认起始点,DnaA,(dnaA),蛋白质(基因),通用名,功 能,原核生物复制起始的相关蛋白质,E.Coli 基因图,umuC,D,dnaC,dnaG,dnaL,mutHmutS,dnaZ,mutL,dnaI,dnaA,dam,rpoA,D,oriC,ter,rep,recCrecBrecD,gyrA,gyrB,recA,lig,uvC,uvB,0/100,10,20,30,40,50,60,70,80,90,dnaA、Z 较早发现的与复制有关的基因gyrA、gyrB-DNA拓扑异构酶基因recA、B 和 uvrA、B、C、D、E-与重组、修复有关的基因。mut(突变子)-和复制
24、保真性有关的基因oriC-复制起始点ter-复制终点,E.coli基因图,DNA拓朴异构酶 解开超螺旋,SSB 保护单链,解开、理顺DNA链、维持DNA单链状态,知识点11,2 DNA复制的酶学和拓扑学变化,一、核苷酸和核苷酸之间生成磷酸二酯键 是复制的基本化学反应,二、DNA聚合酶催化核苷酸之间聚合,三、核酸外切酶的校读活性和碱基选择功能是复制保真性的酶学依据,四、复制中的分子解链伴有DNA分子拓扑学变化,五、DNA连接酶连接DNA双链中的单链缺口,五、DNA连接酶,催化一个DNA片段的3-OH末端和相邻DNA片段的5-P末端生成磷酸二酯键,从而把两段相邻的DNA链连接成一条完整的链。需要消
25、耗ATP,只能连接互补链中的单链缺口。在DNA修复、重组、剪接中也起缝合缺口的作用。也是基因工程的重要工具酶之一,知识点12,DNA连接酶,ATP,ADP,ATP,ADP,DNA连接酶,图10-14 DNA连接酶的作用,2 DNA复制的酶学和拓扑学变化,一、核苷酸和核苷酸之间生成磷酸二酯键 是复制的基本化学反应,二、DNA聚合酶催化核苷酸之间聚合,三、核酸外切酶的校读活性和碱基选择功能是复制保真性的酶学依据,四、复制中的分子解链伴有DNA分子拓扑学变化,五、DNA连接酶连接DNA双链中的单链缺口,3 DNA生物合成过程,一、原核生物的DNA生物合成,二、真核生物的DNA生物合成,(一)复制的起
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