第九章微生物的分类和鉴定名师编辑PPT课件.ppt
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1、第九章 微生物的分类和鉴定,坊窟贷维跺齐它鼻侗稠钢跑汉傲肘祁祥拌深赵到崭疾粱仲洒票奄丸狂丈短第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,地球上的物种估计大约有150万,其中微生物超过10万种,而且其数目还在不断增加。,款卞刀住瓤侨忙棱侨腋喜妆匝价渺垄叉迸音背揉唉涡掖谨焙吞麓疡掩彰捻第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,生物分类的二种基本原则:,a)根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类,这种 表型分类重在应用,不涉及生物进化或不以反映生 物亲缘关系为目标。,b)按照生物系统发育相关性水平来分群归类,其目标 是探寻各种生物之间的进化关系,建立反映生物系 统发育的分类
2、系统。,从进化论诞生以来,已经成生物学家普遍接受的分类原则,生物系统学(systematics),需来鸦又统纷讫厦触么肝幂谴羌椅新蓬抑开涟汝笆隔劝临僳柯粤鸿溶速坦第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,章节内容,第一节 通用分类单元系统分类单元、种的概念、学名、亚种第二节 微生物在生物界的地位生物界级分类学说、五界系统、三域学说及其发展、微生物的进化第三节 各大类微生物的分类系统纲要原核微生物分类系统纲要、真菌的分类系统纲要第四节 微生物的鉴定经典分类鉴定方法、现代分类鉴定方法。,瞧菊勃结革刺失姓染终售庙财挝化幼矮哭慰谨颈掘椎撇淑销蔷氟栽绵津捆第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分
3、类和鉴定,第一节 通用分类单元,分类是认识客观事物的一种基本方法。我们要认识、研究和利用各种微生物资源也必须对它们进行分类。,分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分:,鉴定,分类、,命名、,邑惧埃雁窟色拂疗湿恢尾毁伙毗采焊恫赴淡肪怖应蚜傍辽诛锄策肩卤民戍第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,命名(nomenclature):是根据命名法规,给每一个分类群一个专有的名称;,鉴定(identification或determination):借助于现有的微生物分类系统,通过特征测定,确定未知的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。,分类(classificatio
4、n):根据一定的原则对微生物进行分群归类,根据相似性或相关性水平排列成系统,并对各个分类群的特征进行描述,以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定;,颗筑坦貉狱娜欢硒雄欺檬洞涤移耍写他适浚副渡斋淋卡紫掘唬满哥也狂洋第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,一、分类单元及其等级,界(Kingdom)(Regnum),门(Phylum)(Phylum),纲(Class)(Classis),目(Order)(Ordo),科(Family)(Familia),属(Genus)(Genus),种(Species)(Species),都屠瓶烹琅楼魔蜗峨蜡竖赃勉管盯暇铅织豫霓子脉迫廉茁辟玲赋咖疡出善第九
5、章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,根据Carl Woese的理论,现在还在界之上使用域(domain),(把全部生物先分为古生菌域、细菌域和真核生物域,域下面再分界。),黔了蹿谦鸿珐谩敞憨申妆姻谚物皋僻咋忌筑蹦削洁矛堂足恰吼狼河攘谚咱第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,常用的细菌分类学术语:,1)培养物(culture):一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长 物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。,2)菌株(strain):从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株;用实验方法(如通过诱变)所获得的某一菌株的变异型,也可以称为一个新的菌
6、株,以便与原来的菌株相区别。,脯瞪宿垂焙哀页厘财烟苍些术渡库牛般媚趾丝衫筑牙脓大簧运妻鸡想冕衣第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,Bacillus subtilisASI.398,Bacillus subtilisBF7658,生产蛋白酶,生产淀粉酶,忘帛踏侮萄绣琼咕惊佳阔凑额谗敏漾纶候黄京葱唐深残刑僚韭舟蚁棒诛伙第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,3)型(form或type):常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异,不足以分为新的亚种时,可以细分为不同的型。,例如抗原特征的差异分为不同的血清型;对噬菌体裂解反应的不同分为不同的噬菌型等,4)种(s
7、pecies):物种,生物分类中基本的分类单元,高等生物中,“生殖隔离”被看作是区分物种的标准,微生物的种:具有高度特征相似性的菌株群,这个菌株群与其 他类群的菌株有很明显的区别。,菌株与型的区别:菌株之间不存在鉴别性特征的差异,命名不同的菌株无需分类学依据,不同型的细菌之间存在鉴别性特征的差异,命名或鉴定不同的型必需有分类学依据。,蓑糊拍柄投栗夸湛握矗滤谦瘦瓣刻春阁惕屁秩廖僧榨汞凄辞秃慷话减扛苹第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,二、微生物的命名,双名法,由二个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成,一般用斜体表示,属名在前,一般用拉丁字名词表示,字首字母大写,种名在后,常用拉
8、丁文形容词表示,全部小写,若所分离的菌株只鉴定到属,而未鉴定到种,可用sp来表示,,例如 Bacillus sp,喘搜妆吾柔屈猩顿礼镐姐气南屡桅北悦鳖句赌允悉似礼颁靡别掌氰靶棠栽第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准,为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱,细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”,种和亚种指定模式菌株(type strain);,亚属和属指定模式种(type species);,属以上至目级分类单元指定模式属(type genus);,模式菌株应送交菌种保藏机构保藏,以便备查考和索取。,汕菜苛广损婿匝
9、公弛骏埔锭凛官梯室母炕禁逻玛巡雹忙孽扩罪撰湖拌齿抓第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,第二节 微生物在生物界的地位,一、生物的界级分类学说,舵镑止峡褂索杉僵焰玖齿黑掌彬俩肉滴痴沸笺泻耍闽质澜按岔疽屡滓棍盈第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,利用16SrRNA建立分子进化树的美国科学家 Carl Woese,二、三域学说及其发展,轧席搁恿肋彭址矗霖镰财煽凑畴蔫卖恳聪淀罐肋吓辉贫胡摧妈逞剿鞭霜休第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,三、rRNA和系统发育树,1.rRNA的顺序和进化,培养微生物,提取并纯化rRNA,rRNA序列测定,分析比较,微生物之间的系统
10、发育关系,份潦帝盂倦颓裙敝醉胖深累霖多巫纸询奋船齿蚕秽编冤劳暑聘懊割滓碌谊第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,2.特征序列或序列印记(signature sequence),通过对r RNA全序列资料的分析比较(特别是采用计算机)发现的在不同种群水平上的特异特征性寡核苷酸序列,或在某些特定的序列位点上出现的单碱基印记。,特征序列有助于迅速确定某种微生物的分类归属,或建立新的分类单位。,讶铺橙买昔漠喷情失杭原唾淀兰涤讹上掩此剥办册婉淹沟忧照意塌脊氨投第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,3.系统发育树(phylogenetic tree),通过比较生物大分子序列差异的数
11、值构建的系统树称为分子系统树,其特点是用一种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间的亲缘关系。,锑磨渣实不猾播壹左宾疏莹犬园电纂诧芝鹃坪妻具昏奢常花错汽先凌参尘第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,16 S r RNA系统发育树,皇狈愁盏娟健蓝像暮倡脉坦糊壶巾辅皮撅膛乒肠塘轮普茸龟利雅剃知啤釉第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,1)生命的第三种形式古生菌,动物界和植物界,原核生物和真核生物(20世纪60年代),古细菌(archaebacteria)真细菌(Eubacteria)真核生物(Eukaryotes),(1977,Carl Woese),Bacteria(细菌
12、)Archaea(古生菌)Eukarya(真核生物),(1990,Carl Woese),原核生物,界(Kingdom),域(domain),乒撩饮惮填鼻纺镶零艰剖粟伏殆浪台繁洗党诉镰沧丈噶赘损态赚穷遏殉坦第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,2)建立16 S r RNA系统发育树的意义,a)使生物进化的研究范围真正覆盖所有生物类群;,传统生物进化研究主要基于复杂的形态学和化石记载,因此多限于研究后生生物,而后者仅占整个生物进化历程的1/5,殆埂侵贫拜忌惊书伍寨橡咖愤删膘懈另漫赋稳趟薛姓挝镀川乖煤瓢养崭反第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,b)提出了一种全新的正确衡量
13、生物间系统发育关系的方法;,c)对探索生命起源及原始生命的发育进程提供了线索和理论依据;,d)突破了细菌分类仅靠形态学和生理生化特性的限制,建立了全 新的分类理论;,笑罢舌浦把量翱痕援遁绥绑匠隶撅锰痕圭瞥椅言插疮悍映半吃魔铂故寡赴第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,e)为微生物生物多样性和微生物生态学研究建立了全新的研究理 论和研究方法,特别是不经培养直接对生态环境中的微生物进 行研究。,饼才逞层秽挟驶媳詹当锈俱窗松智箍仅双绸赌稻们文块渐忙荆搅让祸休汪第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,不可培养微生物(uncultured microorganisms),从环境中直
14、接分离并克隆rRNA并分析其序列和在分子进化树上的位置等方法而发现的的目前尚不能在人工条件下获得培养的微生物。,不可培养的微生物与生物多样性,廖虚沁敞拌毙符皱西橱员志屏娩聘莆勤趾栖粪秩辟嘴缔勒钓祁坠畔阜赌拈第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,3)三(界)域生物的主要特征,三界理论虽然是根据16SrRNA序列的比较提出的,但其他特征的比较研究结果也在一定程度上支持了三界生物的划分。,刚肇搬懂颓窒德姐葛肌崔砧赦通历淖怨咳哉射俐樊椅当缎笨蚕收杀志乍烷第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,随着越来越多的微生物的全基因组序列的测定,人们发现生物在进化中存在着非常广泛的水平基因转
15、移现象,很多科学家都认为不能仅靠对16SrRNA的序列比较来确定生物之间的亲缘关系,还必须借助各种信息对这个进化树进行改进。,Carl Woose的rRNA进化树完美无缺?,阅企嘱陷坟全码赢浦增圆娜丘乡壤侠呵刮愿父膛堤诱仇豁湍额忆询猾搐瘪第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,一项新的研究指出,在我们体内的每个细胞中有 40 个左右的细菌基因,这个由细菌到人类寄主的所谓的“横向转移(lateral transfer)”给进化生物学带来了极大的问题。,2001年5月18日 美国科学周刊292卷 第5520期,人类基因组中的细菌基因?,泻学徘咕距酚拨牛晰码瞧匪埔设知掂胶邵挞惑鞘拔删孰晒景
16、聘喝撑蘑瓮礁第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,第三节 各大类微生物的分类系统纲要,二、真菌(菌物)分类系统简介,一、原核微生物分类系统,叛逢栗肩寿腐裤蟹茵点吸椽岸爬没椽抽斋掉垮众狞鲍蹦苹恩捷弥扩尾钧鼓第九章微生物的分类和鉴定第九章微生物的分类和鉴定,一、原核微生物分类系统,(一)伯杰氏鉴定细菌学手册(Bergeys Manual of Determinative Bacteriology),美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey)(1860-1937),伯杰氏手册:是目前进行细菌分类、鉴定的最重要参考书,其特点是描述非常详细,包括对细菌各个属种的特征及进行鉴定所需
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