第三章基因克隆载体课件.ppt
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1、章基因克隆载体,第二节 病毒(噬菌体)克隆载体,病毒基本结构:DNA(或RNA)+外壳蛋白 噬菌体:感染细菌的病毒 分类(根据病毒与宿主的关系)温和性病毒:溶原性增殖构建病毒载体 烈性病毒:溶菌性增殖改造后,噬菌体的电子显微镜照片,一、噬菌体克隆载体,DNA+外壳蛋白 1、DNA(48.5kb)噬菌体中:线性 宿主细胞:环状(cos位点),(一)噬菌体性质,在噬菌体内呈线性双链DNA分子(48502bp)在两端各有12个碱基组成的5单链互补粘性末端(Cohesive end);进入宿主细胞后,粘性末端连接形成环状分子(Cos位点)。(DNA连接酶),2、噬菌体基因组有基因61个以上,J与N、P
2、与Q之间为非必需序列,迄今已经定位的噬菌体基因至少有61个,其中有一半左右参与了噬菌体生命周期的调控(必需基因);另一部分基因则被称为非必需基因;当它们被外源基因取代后,不影响噬菌体的生命周期。由外源基因取代非必需基因所形成的重组噬菌体DNA,可以随寄主细胞一起被复制和增殖。,3、限制性核酸内切酶位点:56种4、噬菌体的生长途径 溶菌生长途径 溶原生长途径宿主合成int基因产物-DNA整合到染色体DNA上 某种胁迫条件下合成six基因产物-DNA脱离细菌染色体溶菌,(二)构建依据 1、噬菌体是一种温和噬菌体 2、能承载较大的外源DNA片段 野生型DNA头部可包装约36.451kb(自身的75%
3、105%),且约有20kb DNA可缺失(生长非必需)3、在DNA上有多种限制性内切酶位点,(三)构建的基本策略与技术路线 策略:切去部分非必需区删掉多余的限制性内切酶位点插入选择性标记基因建立体外包装系统,技术路线 1、用限制性酶切去非必需区,抹去多余识别位点 选定一种酶,以gtWES 为例,EcoRI(48.5kb)DNA E co R I 6个片段,B片段是噬菌体生长非必需的;C片段缺失可阻断溶原生长途径,但不影响溶菌途径;E片段去掉min5序列(2.6kb)。两端EcoR I别点经点突变或甲基化处理,即得gtWES:(48.5-5.5-2.6=40.4kb)克隆能力:替换B:最大:51
4、-(40.4-4.9)=15.5kb 最小:36.4-(40.4-4.9)=0.9kb 实际应用时克隆能力略有出入(p109,表3-5),2、在DNA的非必需区内插入选择标记基因(1)自然筛选(51kb或36.4kb不能包装)(2)插入选择标记基因 取代red和gam基因野生型噬菌体(Spi+表型)在P2噬菌体溶原性细胞中不能生长(red、gam基因)外源DNA取代 获Spi-表型 在P2噬菌体溶原性细胞中能生长 red、gam基因 局限性:只能以P2噬菌体溶原细胞作为受体 最常用的筛选标记:Lac Z基因,3、建立重组DNA分子体外包装系统体外重组DNA分子必须经体外包装成噬菌体颗粒后,才能
5、转导受体细胞。野生型噬菌体感染的细胞中无多余的外壳蛋白。D-(D基因缺失噬菌体)受体细胞积累除D蛋白以外所有蛋白质E-(E基因缺失噬菌体)受体细胞积累除E蛋白以外所有蛋白质混合 D、E互补 包装DNA分子 噬菌体 如:菌株BHB2688(E-)+BHB2690(D-),(四)噬菌体克隆载体的应用 1、建立c DNA基因文库 转导(transduction)由噬菌体和细胞病毒介导的遗传信息转移过程。效率高。转染(transfection)指真核细胞主动或者被动导入外源DNA 片段而获得新表型的过程。2、克隆外源目的基因,(五)重组DNA分子的体外包装(自学),1、溶原菌BHB2688(E-)和B
6、HB2690(D-)的检验2、制备包装物3、体外包装,(一)构建策略 由质粒和含cos位点的DNA片段组装成的载体,即cosmid克隆载体,又叫粘粒;或:cosmid克隆载体是一类带有噬菌体DNA粘性末端顺序的质粒DNA分子。是噬菌体质粒混合物。,二、cosmid克隆载体(柯斯质粒载体),(二)cosmid的特征 1、环形双链DNA分子,36.4kb,一般10kb 2、具有质粒的性质,可转化大肠杆菌,并按质粒方式复制 3、含有一个cos位点 A蛋白 cos末端体外包装成为噬菌体,但不含噬菌体溶菌生长途径、溶原生长途径和DNA复制系统,不会产生子代噬菌体,4、cosmid较小,可承载更大的外源D
7、NA 若cosmid为6.5kb,则可承载44.5(51-6.5)kb外源DNA,且能被包装成具有感染能力的噬菌体颗粒。因此,cosmid克隆广泛用于构建基因组文库。,(三)柯斯克隆(Cosmid cloning),(1)定义 应用柯斯质粒作载体,在大肠杆菌寄主细胞中克隆大片段的真核基因组DNA的技术,叫做柯斯克隆。这个定义的三个要点是:a.柯斯质粒作载体;b.大肠杆菌为寄主;c.克隆大片段的真核基因组DNA。,(2)理论依据,a.在phage线性DNA分子的每一端都具有彼此互补的单链突出序列,即所谓的粘性末端(cos位点)b.phage的多连体分子是由cos连接而成的。cos cos cos
8、 cos cos cosc.末端酶(treminase)或叫Ter体系即phage具有一种位点特异的切割体系(site-specific cutting system).A蛋白*此系统能识别两个相距适宜的(36.451kb)cos位点,并切割之。*根据上述分析可知phage DNA包装的两个必要条件是:cos位点、Ter体系(A蛋白),(3)柯斯质粒包装条件,由于只有在被作用的DNA分子具有两个cos位点,而且它们之间距离保持在36.451kb的条件下,Ter体系才能对它发生作用。据此推断:柯斯质粒是不能作为包装体系的,因为它只有一个cos位点。因此:柯斯质粒只有在同适当大小的外源DNA片段重
9、组成具有两个cos位点而且相距达36.451kb之间时,才能被包装。,利用Cos质粒进行克隆,(四)使用cosmid载体的基本程序 利用cosmid的质粒性质,可按质粒操作转化受体细胞 利用cosmid的噬菌体性质转导受体细胞(下图),三、M13噬菌体克隆载体(单链丝状噬菌体载体),含复制起始位点及可插入外源DNA的位点,(一)M13 DNA 环状单链DNA分子(“+”链DNA)大小:6.4kb 结构:10个区 基因间隔区(IS区),(二)M13DNA复制和M13噬菌体增殖 M13 DNA“+”链进入雄性大肠杆菌 合成“-”链产生双链M13 DNA(复制型DNA或RF-DNA)按环状双链DNA
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