计算机化学与分子设计.ppt
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1、计算机化学与分子设计,Computational Chemistry&Molecular CAD,现代化学前沿问题讲座,二十世纪八十年代以来,先进的分析仪器的应用、量子化学计算方法的进展和计算机技术的飞速发展,对化学科学的发展产生了冲击性的影响。其研究内容、方法、乃至学科的结构和性质都在发生深刻的变化。长期以来,化学一直被科学界公认为一门纯实验科学。其理由要追溯到人类认识自然的两种科学方法。,归纳法(F.Bacon,1561-1626),演绎法(R.Decartes,1596-1650),设计实验,实验数据,唯象理论,“预测”,数据拟合,公理假设,形式理论,二次形式化、近似、计算和模拟,预 测
2、,模 型,实验检验,迄80年代,归纳法是多数化学家采用的唯一科学方法;演绎法在化学界从未得到普遍承认原因:对象复杂;习惯观念,归纳法(Reduction)与演绎法(Deduction)的比较,运用数学的多少是一门科学成熟程度的标志。,马克思,数学的应用:在刚体力学中是绝对的,在气体力学中是近似的,在液体力学中就已经比较困难了;在物理学中是试验性的和相对的;在化学中是最简单的一次方程式;在生物学中等于零。,恩格斯,恩格斯的论断反映了19世纪中叶自然科学各学科的“成熟程度”。表明各学科研究对象 物质运动形式与规律 其复杂程度的差异然而,百年来科技的发展使各学科的“成熟程度”发生了巨大变化,化学科学
3、发展简要回顾,冶金、建材工业推动了无机药物、染料、酿酒工业推动了有机,经典价键理论、苯结构奠定有机化学基础,元素周期表奠定无机化学基础,无机、有机化学在19世纪率先建立,物理化学在20世纪初形成。旨在揭示化学反应的普遍规律 反应进行的方向、程度和速度,Gibbs 化学热力学,反应速率常数:,Arrhenius 化学动力学,物理化学的建立使化学科学开始拥有了理论。高等数学首次派上了用场 虽然仅是一阶的常、偏微分方程而已(以后在经典统计热力学中用到了概率论)经典物理化学的理论是唯象的,是有限的地球空间内宏观化学反应规律的经验总结30年代量子化学和量子统计力学分支的形成使化学科学开始与演绎法“沾上了
4、边”。但在80年代前进展十分缓慢,Einstein广义和狭义相对论(1905)量子力学的创建(19251926),上世纪初理论物理两项重大突破,对廿世纪人类科技和物质文明进步产生巨大影响。其中,量子力学的影响更为直接和广泛。,Heisenberg、Schrdinger、Dirac、Born等于19251926创建30年代初由von Neumann完成形式理论体系,量子力学是演绎法最成功的实例,量子力学的建立未依据任何实验事实或经验规律。它用少数几条基本假定作为公理,由此出发,通过严格的逻辑演绎,迅速地建成一个自洽、完备、严密的理论体系,微观粒子或体系的性质由状态波函数 唯一确定,服从Schrd
5、inger方程,基本运动方程 Schrdinger方程,Schrdinger方程:,Hamilton算符:,在10-13 m的微观层次,方程放之四海而皆准方程建立容易,困难在于求解,历70余年,量子力学经受物质世界不同领域(原子、分子、各种凝聚态、基本粒子、宇宙物质等)实验事实的检验,其正确性无一例外。任何唯象理论无法与之同日而语。,用完备的形式理论体系统一理论解释和预测不同科学领域的实验结果。量子力学的“第一原理”(First Principle)计算(从头算)只采用5 个基本物理常数:0、e、h、c、k 而不依赖任何经验参数即可正确预测微观体系的状态和性质,20世纪人类光彩夺目的科技成就大
6、都与量子力学有关。量子理论不仅有力地促进了社会的物质文明改观,且改变了人类的思维方式,量子力学的辉煌使理论物理学家18次共25人荣获诺贝尔物理奖,1919Planck1921Einstein1922Bohr1929de Broglie1932Heisenberg1933SchrdingerDirac1938Fermi1945Pauli1949Yukawa1954BornBothe1957T.D.LeeC.N.Yang,近20年理论物理领域未见再获奖。表明物理学科的高度成熟,1962Landau1963Wigner1965TomonagaSchwingerFeyman1967Bethe1969G
7、ell-Mann1972Cooper1979WeinbergSalamGlashow,量子力学的建立和发展促进了:现代化学键理论奠基(1930)Pauling是杰出代表Slater、Mulliken、Hund、Heitler-London分别作出贡献 量子力学引入化学,促进量子化学、量子统计力学形成Einstein-Bose、Fermi-Dirac两种统计理论Hckel分子轨道理论(1932)Roothaan方程(1952)计算量子化学发展,化学科学的体系和结构发生深刻变化对象:宏观现象 微观本质方法学:描述、归纳 演绎、推理理论层次:定性 定量化学与物理学的界限在模糊,在理论上趋于统一化学各
8、分支学科的交叉;与其他学科相互渗透带动生物、材料科学进入分子水平与化学相关的新领域不断涌现,化学及交叉学科的发展促进了数学向化学的渗透众多的数学工具应用于物理化学领域:矩阵代数 复变函数 数理方程 数理统计 数值方法 群论 不可约张量法 李代数 非线性数学 模糊数学 分型理论与方法 数学与物理化学的交叉使有关的数学知识在其他各化学分支亦得以应用,一门新的交叉学科计算机化学已形成。它将帮助化学家在原子、分子水平上阐明化学问题的本质,在创造特殊性能的新材料、新物质方面发挥重大的作用。,计算机化学是化学与多个学科的交叉,化 学,物理学,计算机科 学,材料科学,生命科学,数 学,计算机化 学,环境科学
9、,体系数据和性质的综合分析,分子(材料)CAD,合成路线CAD,化学 CAI,数据采集、统计分析及其它应用,化学数据库,量子化学计算,计 算 机分 子 模 拟,分子结构建模与图象显示,化学人工智能,分子力学(MM),分子动力学(MD&MC),计算机化学,计算机化学的主要内容,化学数据库(Data base)分子结构库 晶体库 热力学数据库 药物库高分子库 分子光谱、波谱图谱库 生物数据库(蛋白质、核酸、多糖库)化学文献库化学人工智能(需借助数据库)计算机辅助分子结构解释 化学模式识别 结构活性关系分析 结构性质关系分析 神经网络算法与神经网络计算机,分子结构建模与图形显示,结构建模 确定各原子
10、的初始空间排布这是用计算机处理分子大多数作业的起点综合的计算机化学软件包,主程序应提供建模的友好界面,同时具有分子图形显示与结构参数分析功能可采用二维或三维建模。程序可自动将二维图形转换为三维,分子的计算机模拟,Molecular Modeling(Atomic Simulation),What isMolecular Modeling?,用计算机模拟化学体系的微观结构和运动,并用数值运算、统计求和方法对系统的平衡热力学、动力学、非平衡输运等性质进行理论预测分子模拟是化学CAD的重要部分,什么是分子计算机模拟?,为何进行分子计算机模拟?,宏观化学现象是1024个分子(原子)的集体行为,固有统计
11、属性化学统计力学的局限性:通常仅适用于“理想体系”理想气体、完美晶体、稀溶液等量子力学方法的局限性:对象为平衡态、单分子或几个分子组成的体系;不适用于动力学过程和有温度压力变化的体系,分子模拟将原子、分子按经典粒子处理,可提供微观结构、运动过程以及它们与宏观性质相关的数据和直观图象分子模拟结果取决于所采用的粒子间作用势的合理、精确程度。又称为“计算机实验”,是理论与真实实验之间的桥梁,分子模拟的两种主要方法:分子动力学法(MD,Molecular Dynamics)基于粒子运动的经典轨迹Monte Carlo法(MC)基于统计力学,分子力学法,Molecular Mechanics Metho
12、d,一、原理,忽略分子振、转、平动运动。原子视为经典粒子,原子间作用力用经验势函数表示体系的平衡几何结构由能量最低原理确定,分子力学法(MM)用于预测大分子的几何构型,其势函数可用于分子动力学模拟(MD),二、作用在粒子上的瞬时合力,原子 i 在其它原子的作用势场 Ei(ri)中运动,在平衡位置,总作用力:,三、有效作用势近似,粒子的势能 Ei 及梯度 Ei 借助经验势函数计算经验作用势 二体及三体以上作用势的叠加,分子动力学法,Molecular Dynamics Method,一、MD法原理,将微观粒子视为经典粒子,服从 Newton 第二定律,或,若各粒子的瞬时受力已知,可用数值积分求出
13、运动的经典轨迹,在合适选定的时间步长 t 内,粒子可视作匀加速直线运动,加速度:,位 移:,二、粒子 i 在时间 t 内的位移 ri,步长取值:t0.010.0001 ps,假定1:有效作用势近似 同 MM 法假定2:周期性边界条件(Periodical Boudary Condition),三、MD法基本假定,困难 欲重现实际体系的统计行为,模拟体系应有足够数量的粒子1dm3水 31027个H2O计算机只能处理 102 104 个粒子!解决办法 赝无限大近似取较小的模拟体系作中心原胞,令其在空间重复排列,二维周期性边界条件示意图,8 个近邻重复单元包围着中心原胞,为其提供合理的边界条件近似,
14、中心原胞,N102,计算机实际处理的是原胞内数量较少的粒子,三维周期边界实例苏氨酸水溶液模拟,111nm 的立方原胞含 1 个苏氨酸(threonine)分子和 24 个水分子,原子总数 88分子总数 25,粒子数取得过少是为求显示的直观欲得合理的模拟结果,原胞体积至少应增大10倍!,用途 预测:复杂有机分子可能的稳定异构体分子量和元素成分已确定的未知化合物的可能分子结构,四、MD处理用于单个分子(无周期边界),办法:将分子用计算机“加热”至高温(1000K)进行“逐步退火”MD 计算,在不同温度下取样作为初始构型用 MM 法作构型优化,MM和MD的比较,MM法 每步原子初速均为零,粒子位移趋
15、于无限小,MD法 原子初速不为零,给出分子内部热运动的经典图象,计算机分子模拟的应用,一、物质和大分子的结构和性质,根据体系的化学成分推断微观结构计算MD+MM计算机辅助结构分析与静态性质计算复杂有机分子 高分子 晶体 液晶态 非晶态 溶液熔盐 界面和表面 气体 热力学性质 材料力学性质与动态过程有关性质的计算分子内和分子间的相互作用扩散 吸附与解附 熔融 结晶 相变 分子散射 分子适配材料应力应变 蠕变与断裂,计算机分子模拟的应用,二、化学CAD,计算机辅助有机分子和生物分子设计计算机辅助药物设计计算机辅助材料设计,若干应用实例,(1,2,4)-4-(1,1-e二甲乙基)-2-烃基环戊羰基酰
16、胺晶体,实验测定与 MD 模拟结果的比较W.Linert,and F.Renz,J.Chem.Inf.Comput.Sci.,33,776(1993),Experimentally Determined,MD-predicted,GnRH(gonadotrophin-releaing hormon,促性腺释放激素)分子构象理论预测,D.G.Hangauer,in Computer Aided Drug Design,T.J.Perun&C.L.Propst ed.,Marcel Dekker Inc.,New York,p253,1989.,分子式:pGlu-His-Trp-Ser-Tyr-G
17、ly-Leu-Arg-Pro-Gly-NH,用MD中的“模板强制法”(Template-forcing)确定一对柔性分子相应功能团可能的空间取向,起始取向为线型的两个分子逐步转化为能量较低的环型构象,模 板,加模板,MD预测的顺磁性和反磁性冰晶体结构,O.A Karim&A.D.J.Haymet,J.Chem.Phys.,89,6889(1988),Ferromagnetic ice,Antiferromagnetic ice,MD法模拟的熔盐体系 T*V*相图,D.A.Young&B.J.Alder,J.Chem.Phys.,73,2434(1980),Ru-Al 合金断裂过程动态模拟,C.
18、S.Becquart,D.Kim,J.A,Rifkin,and P.C.Clapp,Mat.Sci.Engin.,A170,87(1993),断裂点周围的损坏区域,两块晶体界面结构的模拟,FCC单晶硅,13(150)晶界,晶面倾角 67.38,较小晶面倾角(=9.53)下单晶硅晶界的一种稳定结构,计算量子化学,Computational Quantum Chemistry,经典模型的局限 未涉及化学行为的物理本质化合物的性质 电子结构化学反应 核与电子运动状态的变化伴随有电子跃迁、转移、变价的过程,经典的分子模拟不能处理,分子轨道法简介,一、量子力学第一原理 多体Shrdinger方程,物理模
19、型:分子中电子和原子核均在运动中粒子间存在着相互作用,定态Shrdinger方程:,原子单位:三个基本物理常数,单电子近似 每个电子行为视为独立,用单电子波函数 i(ri)描述(MO),二、物理模型的三个基本近似,非相对论近似:i=0 Born-Oppenheimer 近似:电子与核运动分离,电子 哈密顿:,三、LCAO-MO近似,为寻找试探波函数的合理形式,将分子轨道表示为原子轨道i的线性组合,优点:利于建立化学键理论的电子结构基础Molecular Obital expressed as a Linear Combination of Atomic Orbitals,四、Roothaan
20、方程(1952),对 Hartree-Fock 方程引入 LCAO-MO 近似在以AO集 i为基的线性空间中,Fock算符的表示为Fock矩阵,MO组合系数表示为列矢量,电子总能量变分要求,c 满足 Roothaan 方程,F c=S c,S 为 AO 重叠矩阵:,1927年Heitler和London用变分法求解了氢分子的波函数,首次在形式理论的水平上解释了化学键本质,开创了量子化学分支学科,量子力学为在原子分子水平上揭示化学问题的本质奠定了牢固的理论基础。因为,化学反应基本过程是伴随着反应体系原子核的重排而发生的电子运动状态的改变,这些微观运动均服从薛定谔方程。量子力学的统一理论(Unit
21、ed theory)使化学与物理学在原子、分子水平上会师,两学科的界限趋于模糊,量子力学奠基人之一的 Dirac 在 1929说:,The fundamental laws necessary for the mathematical treatment of large parts of physics and the whole of chemistry are thus fully known,and the difficulty lies only in the fact that application of these laws leads to equations that ar
22、e too complex to be solved,因处理实际分子在数学上的困难。Dirac本人对量子力学在化学上的应用前景是悲观的。,1952年H.Schull等三人用手摇计算机花两年才完成一个N2分子的从头算。有人断言:用尽世界上的纸张恐亦无法完成一个Fe原子的计算,50年代末,大型计算机的浮点运算速度为0.01Mflops,仅及PIII 的 1/5000!,量子化学从二十世纪30年代初的理论奠基到90年代末在计算技术与应用上的成熟,经历了漫长的将近七十年这是几代杰出理论化学家不懈努力的结果,并得益与计算机和计算技术的巨大进步1998年诺贝尔化学奖的颁布是计算量子化学在化学和整个自然科学
23、中的重要地位被确立和获得普遍承认的重要标志,The Laureates of 1998 Nobel Prize in Chemistry,Walter Kohn&John A.Pople,瑞典皇家科学院10月13日宣布将1998年度诺贝尔化学奖授予两位年迈的量子化学家 Kohn和Pople,表彰他们在开拓用于分子性质及其参与化学过程研究的理论和方法上的杰出贡献。,(瑞典皇家科学院在Web上发表的新闻公告),颁奖公告称:The development did not really started until the beginning of the 1960s,when two events b
24、ecame decisive:,To develop of an entirely new theory for describing the spatial distribution of electronsTo use of the increasing potential offered by the computer,Walter Kohn and John Pople are the two most prominent figures in this process.,65,对1998 年诺贝尔化学奖划 时 代 的 评 价,“量子化学已发展成为广大化学家都能使用的工具,将化学带入一
25、个新时代 实验与理论能携手协力揭示分子体系的性质。化学不再是一门纯实验科学了”,66,“卅年前,如果说并非大多数化学家,那末至少是有许多化学家嘲笑量子化学研究,认为这些工作对化学用处不大,甚至几乎完全无用。现在的情况却是完全两样了。当90年代行将结束之际,我们看到化学理论和计算研究的巨大进展,导致整个化学正在经历一场革命性的变化。Kohn和Pople是其中的两位最优秀代表”“这项突破被广泛地公认为近一、二十年来化学学科中最重要的成果之一”,John Poples Contributions,John Pople has developed quantum chemistry into a to
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