细胞识别统计系统的开发毕业论文.doc
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1、细胞识别统计系统的开发【摘要】 “细胞识别统计系统”是针对医学细胞图片的识别统计算法进行探索,用Visual C+ 6.0开发的小型应用程序。它的主要功能是通过对细胞图像进行一些列图像处理从而进行识别统计,本系统是典型的医学工程领域的应用,通过传统的方法寻求到改进的识别统计方法,从而能够使本系统有更大的应用面,能够适应更多类型的图片统计,加快统计速度,并将误差严格控制在要求范围内。【关键词】 细胞;医学图像;图像处理;阈值;识别统计The System of Recognition and StatisticHU Bing-Yang(Grade 07,Class 3, Major Comput
2、er Science and Technology, Computer Science and Technology Dept., Shaanxi University of Technology, Hanzhong 723003, Shaanxi)Tutor: WEI JiaAbstract:“The System of Recognition and Statistic” is a small application that aims at a medical science cell picture to statistics algorithm to carry on quest a
3、nd developed by program tool Visual C+ 6.0, Its main function is pass carry on some row icons vs the cell icon transaction to carry on an identification statistics thus .THSI issue is a typical application in medical engineering.HSI issue aims at medical cellular image to explore the arithmetic of r
4、ecognition and statistic.With the hope that finds out the methods about improving on recognition and statistic,and can apply in larger respects and more kinds of images,quicken the calculate speed,and control the error in the required range strictly. Key words: cell;recognition;statistic;threshold;s
5、ystem毕业设计(论文)原创性声明和使用授权说明原创性声明本人郑重承诺:所呈交的毕业设计(论文),是我个人在指导教师的指导下进行的研究工作及取得的成果。尽我所知,除文中特别加以标注和致谢的地方外,不包含其他人或组织已经发表或公布过的研究成果,也不包含我为获得 及其它教育机构的学位或学历而使用过的材料。对本研究提供过帮助和做出过贡献的个人或集体,均已在文中作了明确的说明并表示了谢意。作 者 签 名: 日 期: 指导教师签名: 日期: 使用授权说明本人完全了解 大学关于收集、保存、使用毕业设计(论文)的规定,即:按照学校要求提交毕业设计(论文)的印刷本和电子版本;学校有权保存毕业设计(论文)的印
6、刷本和电子版,并提供目录检索与阅览服务;学校可以采用影印、缩印、数字化或其它复制手段保存论文;在不以赢利为目的前提下,学校可以公布论文的部分或全部内容。作者签名: 日 期: 学位论文原创性声明本人郑重声明:所呈交的论文是本人在导师的指导下独立进行研究所取得的研究成果。除了文中特别加以标注引用的内容外,本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写的成果作品。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体,均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律后果由本人承担。作者签名: 日期: 年 月 日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定,同意学校保留并向国家有关部门
7、或机构送交论文的复印件和电子版,允许论文被查阅和借阅。本人授权 大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索,可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。涉密论文按学校规定处理。作者签名:日期: 年 月 日导师签名: 日期: 年 月 日目 录引 言11 图像处理的基本方法21.1 图像处理基础知识21.2图像数据格式21.3图像的直方图31.4高维直方图和彩色空间变换41.5图像的灰度拉伸61.6图像的平滑71.8图像的分割81.9图像形态学101.10图像的边缘提取111.11本章总结132 细胞识别统计系统142.1系统基本概述142.2图像的平滑152.3图像的
8、阈值分割162.4图像的孔洞填充182.5梯度提取边界202.6图像的腐蚀212.7图像的细化222.7细胞数量的统计252.8本章总结263 改进的细胞识别统计系统273.1自适应矢量中值滤波273.2基于HSI的彩色图像分割283.3图像的修正303.4本章总结314 识别统计系统最优化讨论324.1影响因素的讨论324.2各影响因素结果的对比334.3本章总结355 总结36致谢37参考文献38附录A:科技外文文献39附录B:源程序代码41附录C:系统使用说明书54引 言近年来,随着计算机及其相关技术的迅速发展及图形图像技术的日渐成熟,使得图像处理技术逐步渗入医学领域中,开创了数字的新时
9、代。医学是关系到千千万万人的身心健康的应用学科,医学的发展水平体现了一个国家的人民生活标准,代表了一个国家的综合国力。自古以来,“望、闻、问、切”都是国内外进行医学诊断最基本的手段。但是,自伦琴1895年发现X射线以来,医学的诊断方式发生了翻天覆地的变化。随着可视化技术的不断发展,现代医学己越来越离不开医学影像技术,医学影像在临床诊断、教学科研等方面正发挥着极其重要的作用【1】。 生物医学工程是建立在现代高科技基础上的新兴交叉学科,涉及现代图像技术、信号处理、计算机视觉、医学成像、人工智能等学科。数字图像处理和模式识别等技术在生物医学领域得到广泛的应用,如病理切片图像、X射线透视图像、CT和M
10、RJ、核医学影像、超声影像、红外线热成像图像等。其中在染色体分析、血细胞自动分类、胸部X光照片的鉴别、眼睛虹膜和指纹识别等生物识别技术方面都开展了卓有成效的研究工作。 图像处理技术是把经过数学变换后得到数字图像信息,再由计算机进行编码、增强、复原、压缩、存储等处理,最后产生可视图像。图像处理技术在通信科学、机器人视觉、多媒体技术、高清晰度电视、医用图像、目标跟踪等领域得到了广泛的应用。自九十年代起,借助计算机图像处理与分析、计算机图形学、虚拟现实和计算机网络等技术的医学影像分析与处理一直是国内外研究与应用的热点【3】。目前生物医学工程是数字图像处理技术应用的一个非常活跃的领域。 目前,医学影像
11、包括B超扫描图机图像、X射线透视图像、核磁共振(MRF)图像、CT图像、PET图像、SPECT图像、数字X光机(DX)图像、各种电子内窥图像、显微镜下病理切片图像等,同时,更清晰、更有诊断价值的高质量医学图像技术正在不断研究和发展中。 图像的预处理技术对图像数据进行各种处理以期达到最好的显示效果,常用的预处理技术有直方图处理、滤波、增强、恢复、插值、形态学、旋转、平移以及缩放等变换技术。几何变换可以方便的使用户从不同角度多方位的观察图像。滤波、增强、恢复操作可以消除图像数据中的噪音,提高图像质量。在所提供的医学细胞图像当中,经常存在源图像在图像质量上存在较大的噪音或者缺陷,需要进行以上一系列工
12、作才能得到一个较为清晰的图像。 医学图像与普通图像相比,本质上具有模糊性和不均匀性的特点,一是医学影象有灰度的含糊性,即在同一类组织中,像素值也会出现大幅度的变化,同种组织里面也会有像素的不均匀。另外由于图片源的来源问题,带来的噪声信号往往模糊了物体边缘的高频信号,造成了图像在一定程度上的模糊效应。此外,还存在局部效应。比如在一个边界的体素中,常常包含了边缘和物体两种物质,图像中的物体的边缘拐角及区域间的关系都难以精确的描述,一些组织相互重叠,边缘无法界定。这就需要使用滤波以及增强等方法对其处理,使局部区域的对比度上升,方便以后的处理中进行比如分割,确定边缘等系列工作。1 图像处理的基本方法1
13、.1 图像处理基础知识由于受到各种条件的限制和随机干扰,各种医学图像在图像获取,传输和转换过程中往往会发生一定程度的降质,比如灰度变化,噪声污染,几何畸变等。医学图像的处理的目的是简化图像数据,为后续的图像处理做准备,图像与处理的方法这里做了以下总结,其分类如图1.1所示图1.1 图像预处理方法分类下面针对图像的数据格式以及基本的图像处理方法进行介绍。1.2图像数据格式 了解图像,最简单的是从二维图像入手。二维图像最直观的例子就是计算机屏幕上的图像【11】。计算机图像由一些极小尺寸的矩形小块组合而成。组成图像的这种最小基本元素称作像素(pixel),例如,一幅图像水平方向上有256个像素,垂直
14、方向上也有256个像素,整幅图像有256*25665536个像素,这就是图像的大小(size),又称作图像的尺度。图像的尺度计算公式为:S=N*N尺度等于图像X方向像素个数与Y方向像素个数之积。 像素本身也有自己的大小,即对应实际物体空间的大小,尽管在图像处理过程中,可以根据需要设定像素的大小,但像素对应的最小尺度受到成像设备本身的分辨能力限制,例如某个扫描图像的分辨率是2mm*2mm。知道像素所代表的实际尺寸,才能了解医学图像中具体器官或组织的准确大小。 像素除了物理尺寸外,它的另一个重要属性就是强度(Intensity),对于黑白图像来说,图像的强度用灰度的等级Gray(level)来表示
15、【5】。等级往往用2的整数次幂表示,例如,8bit(256个灰度等级),常用的还有10bit,12bit等灰度等级。 图像在计算机中是以数据文件形式存储的,存储的格式有多种,较常用的有BMP,GIF,JPEG,TIFE,PGX等,这些图像格式原理不同,各有自己的特点和应用价值,常用的为BMP文件。 BMP文件又叫位图文件(BitMap),BitMap文件格式是微软公司为其Windows环境设置的标准图像格式,可在Windows系统环境下使用,而且是一种与设备无关的点阵位图文件格式。Windows系统软件中还同时内含了一系列支持BMP图像处理的API函数。 随着Windows在世界范围内的不断普
16、及,BMP文件格式无疑也已经成为PC机上的流行的图像文件格式【13】。BMP图像文件格式可以存储单色、16色、256色以及真彩色四种图像数据,其数据的排列顺序与一般文件不同,它以图像的左下角为起点存储图像,而不是以图像左上角为起点。BMP图像文件的结构可以分为三个部分:文件头、位图信息数据块以及图像数据。Windows将BMP图像文件头分成两个数据结构,其中一个数据结构中包含BMP文件的类型、大小和打印格式等信息,称为BITMAP FILE HEADER,另外一个数 据结构 中则 包含BMP文 件的 尺寸定 义等 信息, 称为BIT MAP INFO HEADER,如果图像文件还需要调色板数据
17、,则将其存放在文件头信息之后【3】。 位图信息数据由一个位图信息头和一个颜色表组成。位图数据的长度由图像尺寸,像素的位数和压缩方式等共同决定,实际尺寸可由文件头中的第1项“文件大小”减去第5项“数据偏移值”得到。1.3图像的直方图 对一幅图像所包含的全部像素的灰度做统计,并以横坐标表示灰度值,纵坐标表示图像之中具有该灰度的像素个数,这样绘制出的曲线称作图像灰度分布直方图(HSITOGRAM),对于高分辨率灰度的图像,例如,灰度分辨率8BIT的图像共有256个不同的灰度值(O,1,2,3.一255)。灰度统计分布近似为一条连续的曲线(实际为一组离散的线段),横坐标为灰度级,纵坐标为该灰度出现的频
18、率【20】。 有一个连续图像:设A(R)代表灰度小于R的所有像素的面积,则: 如果为数字图像:设图像尺寸为MXN,共有K级灰度,并且具有灰度级RK的像素数为G(RK),则有: 其中P(R)为概率密度函数。 灰度直方图反映的是图像灰度的统计性质,它有以下性质:1) 不包含图像灰度分布的空间信息,因此无法解决目标形状问题2) 具有不唯一性,即不同图像可能对应相同的直方图3) 具有可加性,即图像总体直方图等于切分的各个子图像的直方图之和下例为一细胞源灰度图像与其直方图:图1.2细胞源图像及直方图显示1.4高维直方图和彩色空间变换 在数字图像处理中,人们根据不同应用提出了许多颜色系统。最常用的是RGB
19、彩色系统。其它常见的还有CMYK,YIQ,YUV,YCBCR,HSI等【16】。其中CMYK用在工业印刷中,YIQ和YUV用在电视系统中(分别为北美NTSC制,和欧洲PAL制)。YIQ,YUV,YCBCR都是RGB的线性变换。1.4.1 HSI颜色模型的介绍 HSI(HUESATURATIONINTENSITY)中的H是色调,表示颜色的类别;S是饱和度,表示颜色的纯度;I是亮度,表示光亮程度。HSI颜色模型用直观的形式表示,如图1.3所示,H分量的值用弧度表示,变化范围在0到2之间;S分量的值由距离圆柱体中心轴的半径长度表示,离圆柱体的中心轴越近,S值越小,颜色越浅,H值越不稳定;I分量用圆柱
20、体轴方向上的高度表示,它反映了颜色的灰度等级。圆柱体底平面上的点的I值最小,所有点的颜色都为黑色;圆柱体平面上的点的I值最大,所有点的颜色都为白色,此两平面上H、S的取值没有意义,图1.3中底平面上的线段和弧只起示意作用。图1.3 HSI颜色模型的图形表示1.4.2彩色空间的选择 表达颜色的彩色空间有很多种,它们常是根据不同的应用目的而提出的。最常见的色彩空间是红绿蓝(RED,GREEN,BLUE,RGB)空间,彩色图像常用R、G、B三个分量的值来表示,但R、G、B三分量之间有很强的相关性,直接利用这些分量往往不能得到所需的效果。微机上显示的彩色图像一般用RGB颜色模型来表示和存储像素点的颜色
21、信息。RGB模型有利于图像的显示,但不符合人们的视觉习惯,也不利于程序对图像颜色特征的利用。 比较接近人对颜色视觉感知的是色度、饱和度和亮度(HUE,SATURATION,INTENSITY,HSI)空间【20】。在对色彩信息的利用中,HSI空间的优点在于它将亮度(I)与反映色彩本质特性的两个参数色度(H)和饱和度(S)分开。光照明暗给物体颜色带来的直接影响就是亮度分量(I),它与彩色信息无关,而H和S分量与人感受彩色的方式紧密相连。HSI空间比较直观并符合人的视觉特性,因此采用此空间作为图像分割的基础,会获得比较好的效果。本文中,我们将彩色图像转化到HSI彩色空间。 针对染色后得到的细胞图像
22、,本文选用HSI模型表达细胞的颜色信息。选择该模型的原因有四个:1) 人们对颜色的感知经过外界光刺激、色感觉、色知觉三个过程,最终形成对物体颜色三方面的认识:颜色的类别、颜色的纯度、颜色的明亮程度,而根据上面的介绍,HSI颜色模型的三个分量正好与人们对颜色三方面的认识相对应,符合人们的视觉习惯与视觉心理,有利于利用计算机视觉方面的知识;2) 在HSI颜色模型中,将人眼视觉上得到的颜色感受转换为特定的数值表示,使得程序能够容易地利用颜色信息,而在RGB模型中,虽然也是用数值表示颜色,但程序不能根据人眼的视觉判断机制有效地利用其中所蕴含的信息,且三原色之问相关性大;3) HSI颜色模型将颜色信息和
23、亮度信息分开,H分量和S分量表示颜色,I分量表示光亮强度,这点对于处理细胞图像各个部分亮度变化较大的情况尤为有用;4) 对于经过染色的红细胞,其细胞本身和另外的血小板或者白细胞在H值或S值上有明显的区别,根据这个区别设定恰当的阈值,可以分割出红细胞的区域。使用HSI颜色模型使我们能够利用人眼得到的颜色差别达到分割细胞图像的目的。显微图像是由彩色CCD摄像机获得的由R,G,B三基色组成的图像。大部分情况下,可以直接在RGB彩色空间中处理图像,但对于分割目标可能在三维空间形成混叠的情况,有必要对图像作变换,映射到其它彩色空间中,得到较好的分离效果。HSI空间是RGB的非线性变换空间,其中H分量在大
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