1,3二氯丙烯熏蒸剂对土壤细菌微生物多样性的影响毕业论文.doc
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1、 本科毕业论文1,3-二氯丙烯熏蒸剂对土壤细菌微生物多样性的影响1-3 two allyl chloride fumigant effect on soil bacteria microbial diversity系(院)名称: 太原师范学院学院 专 业 班 级: 10级生物科学 学 生 姓 名: 学 号: 2010131126 指导教师姓名: 指导教师职称: 教授 2014年5月目录中文摘要1关键词1引言11.材料与方法21.1 实验材料21.2研究方法2 1.2.3 变性梯度凝胶电泳(DGGE)21.2.3.1 16S rDNA V3片段的PCR扩增31.2.3.2 切胶回收41.2.3.
2、3 16S rDNA V3片段的二次PCR及产物回收41.2.3.4 细菌16S rDNA V3片段的克隆测序4 1.2.4 DGGE图谱分析方法51.2.5 DGGE条带结构多样性分析51.2.6 相似性聚类分析5 1.2.7 系统发育分析方法52.结果与分析62.1土壤微生物总 DNA 的提取62.2 土壤样品基因组 DNA 的 PCR 扩增6 2.3微生物的 DGGE 凝胶图谱的分析及比较6 2.4 DGGE条带结构多样性分析6 2.5 相似性聚类分析8 2.6 系统发育树分析83. 讨论与结论9参考文献10英文摘要11后记11附录121-3二氯丙烯熏蒸剂对土壤细菌微生物多样性的影响学生
3、姓名: 韩超 指导教师: 燕平梅摘 要 为了研究1,3- 二氯丙烯土壤熏蒸剂处理对土壤细菌微生物的多样性的影响。在温室大棚以1-3二氯丙烯混合式(27g/m2)、1-3二氯丙烯顺式(27g/m2)、1-3二氯丙烯反式(27g/m2)、溴甲烷(50g/m2) 、对照的浓度采用覆膜熏蒸法熏蒸。收集土壤并提取土壤微生物的DNA。PCR扩增后,采用DGGE图谱分析方法测定土壤微生物细菌多样性。结果表明:4种熏蒸剂对土壤进行处理后,总体上看土壤当中的多样性、均匀度、丰富度都有减小的趋势,但是在每一项当中又有例外,1-3二氯丙烯反式(27g/m2)处理多样性没有减小反而略有增加。溴甲烷(50g/m2)处理
4、没有减小反而增大,1-3二氯丙烯反式(27g/m2)处理过的土壤样品微生物细菌丰富度增大没有减小。在相似性聚类分析中可以看出,5个样品中,细菌微生物群落多样性的相似性程度并不高,其中3号样品和5号样品的相似度最高但也只有62%左右。综上可知,1,3- 二氯丙烯土壤熏蒸剂处理对土壤细菌微生物的多样性有明显的影响。关键词 1,3- 二氯丙烯;土壤微生物;多样性; 引 言 1,3-D 作为土壤熏蒸杀线虫剂,主要用于蔬菜、苗木、观赏性园艺作物、果树、草莓和葡萄等高投入、高产值作物种植前土壤消毒处理,对于多种土传病虫害具有很好的防治效果,但对于一些土传病原菌的厚垣孢子、菌核以及杂草的休眠种子活性较差(D
5、uniway,2002;Zasada 等,2010)。 国内外研究者对 1,3-D 的应用展开了多方面的研究。国内方面,范昆等采用盆栽和田间试验研究了 1,3-D 对番茄根结线虫病的防治效果(范昆等,2006b)。结果表明各剂量 1,3-D 熏蒸处理土壤均能显著减轻番茄根结线虫病的为害,刺激番茄生长。宋兆欣等采用室内生物测定及田间试验测定 1,3-D 对土传病原菌和根结线虫的生物活性及田间应用效果,探索 1,3-D 为甲基溴替代品的可行性(宋兆欣,2008)。结果表明,1,3-D 能够有效防治根结线虫和土传病原菌,而且对黄瓜、番茄有明显的增产效果。颜冬冬等通过室内培养的方法,以北京黄瓜和番茄大
6、棚轮作地土壤为对象,研究 1,3-D 对土壤氮素转化的影响(颜冬冬等,2010)1。结果表明,1,3-D 处理后能显著增加土壤中NH4+-N 累积量,而在后期培养过程中,各处理矿化作用和硝化作用都逐渐恢复至对照水平。 国外方面,Klose 等人研究了杂草种子和土传病原物对 1,3-D+氯化苦(InLine)的剂量响应关系(Klose 等,2007)。结果表明,在杂草中,马齿苋的种子是对 InLine 最为敏感,其次是繁缕和蓼属植物,小花锦葵和牻牛儿苗的种子对 InLine 不敏感;在所有的病原菌中,腐霉最敏感而黄萎病菌最不敏感,辣椒疫霉和枯萎病菌表现出中等程度的敏感性。Santos 等人进行大
7、田试验明确了 1,3-D+氯化苦在鲜食番茄上与甲基溴相比在控制线虫、土传病害和杂草的效果(Santos 等,2006)2。结果表明,1,3-D+氯化苦与敌草胺+氯吡嘧磺隆或是甲氧毒草胺或是三氟啶磺隆混用,其效率与甲基溴+氯化苦相当,并且在两个生长季节 1,3-D+氯化苦在 VIF 下始终与甲基溴+氯化苦效果相当。Gilreath 等进行田间试验来对照不同的除草剂与 1,3-D+氯化苦(C-17)混用对莎草的控制作用和它们对番茄和辣椒的产量效果(Gilreath 等,2004)。结果表明,虽然 C-17 能减少了莎草的密度,但是只依靠熏蒸剂不足以避免番茄产量损失。因此,有必要将熏蒸剂与除草剂混用
8、来增强对莎草的控制效果。Klose 等研究了甲基溴替代物 1,3-D、溴丙炔、甲基碘和氯化苦熏蒸土壤后对于土壤酶的影响(Klose 等,2004)。结果表明,土壤施用甲基溴替代物后具有改变土壤微生物群落的潜力,并在营养转化过程中发挥重要作用。Dungan 等人研究了经 1,3-D 和溴丙炔熏蒸处理过的土壤的微生物群落变化情况(Dungan 等,2003)。结果表明可以通过向土壤中添加有机质来减少熏蒸剂对于土壤微生物群落的影响3。 1.材料与方法1.1 实验材料供试土壤供试土壤为北京市密云县黄瓜大棚轮作3年以上土壤。土壤为沙壤土,其理化性质为:有机质3255 gkg,铵态氮6991 mgkg,硝
9、态氮24876 mgkg,速效钾43931 mg/kg,有效磷66077 mg/kg,pH 685。 表1.1 土壤理化性质分析有机质铵态氮硝态氮速效钾有效磷pH255 gkg6991 mgkg24876 mgkg43931 mg/kg66077 mg/kg6851.1.1药品1, 3-二氯丙烯(1, 32Dichloropropene)97%原油(山东淄博鲁达化工有限公司)。1.2研究方法1.2.1 土壤的处理试验地前茬为番茄,于2010年11月2日分别在温室大棚以1-3二氯丙烯混合式(27g/m2)、1-3二氯丙烯顺式(27g/m2)、1-3二氯丙烯反式(27g/m2)、溴甲烷(50g/m
10、2) 、溴甲烷(30 g/m2)、对照的浓度采用覆膜熏蒸法熏蒸,半个月揭取PE膜,定值黄瓜苗。在黄瓜生长期未施用化学肥料。土壤样品采样时间为2011年10月22日,采用对角线取样法取三个大棚515cm土壤样品,混合后保存于-20和-80各一份备用。1.2.2 土壤总DNA的提取与检测土壤总DNA的提取按照MO BIO 公司生产的土壤DNA提取试剂盒步骤提取。DNA提取物用2%胶浓度的琼脂糖凝胶电泳检测。每个处理样品3个重复,然后混合DNA提取液,保存于-20冰箱中备用。1.2.3 变性梯度凝胶电泳(DGGE)DGGE凝胶系统是由变性胶和上层胶组成的,具体配方见表2.1表1.2 变性梯度凝胶的配
11、方Table 2.1 Denatured gradient gel formula试剂变性胶浓度上层胶浓度35%50%8%40%Acryl/Bis Solution20ml20ml1ml50xTAE buffer2ml2ml100lFormamide Deionized14ml20ml-Urea14.7g21g-ddH2O补至100ml100ml5ml10%Ammonium persulfate20l20l10lTEMED160l160l80l操作步骤:1.将海绵胶条固定在制胶架上,把类似“三明治”结构的制胶板系统垂直放在海绵胶条上方用分布在制胶架两侧的偏心轮固定好制胶板系统。2 在两个注射器
12、上分别标记“高”与“低”。3.逆时针方向旋转凸轮到传送体积的起始位置,固定体积调整旋钮。调整梯度传送系统的刻度到12.5ml。4.取表2.1配制好的变性胶各12.5ml,分别加入10%的Ammonium persulfate 20l和TEMED160l,混匀后迅速用标记高的注射器将50%的变性胶吸入注射器以及标记低的注射器将35%的变性胶吸入注射器,推动注射器排除体系空气,并安装上相关的配件。5匀速旋转凸轮进行灌胶,完成后注入1ml无菌水,静置凝固约45min,小心倾倒出上层无菌水,用滤纸小心拭去制胶板上水珠,迅速注入上层胶5ml(加入10%的Ammonium persulfate 10l和T
13、EMED 80l)。6.小心插入梳子,在电泳前至少60min打开开关,以便电泳缓冲液在60达到平衡。7.待电泳缓冲液温度升至60,关掉开关,打开盖子,待凝胶聚合完成后,拔出梳子,清洗加样孔,将胶板系统放入电泳槽内。8 PCR产物5l和loading buffers5l,混合后注射针上样,盖上盖子,打开开关。9.打开电源,电泳:200V 3.5h。10.电泳完毕后,用镊子敲开一侧玻璃板,将胶置于染色盘中,用1xTAE buffer轻轻冲洗摇动,使胶与玻璃板脱离。11.将胶置于盛有lxTAE buffer的染色盘中,待染色。12 .将稀释10000倍的SYBR Green I约25ml倒入染色盘中
14、置于摇床上染色 45 min后,在Bio-Rad公司的凝胶成像系统进行拍照并分析染色。1.2.3 PCR反应程序1.2.3.1 16S rDNA V3片段的PCR扩增设计细菌的16S rDNA序列V3片段扩增的通用引物。引物选用341f-GC(CGCCCGCCGCGCGCGGCGGGCGGGGCGGGGGCACGGGGGGCCTACGGGAGGCAGCAG)和534r(ATTACCGCGGCTGCTGG),由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。反应体系:PCR Master Mix 12.5l,每种引物 1l(10pmol-1),1.5l 的发酵蔬菜总 DNA,加 ddH2O 至终体积 25
15、 l。反应程序:94预变性 5 min,94 30s,48.830 s,7245s,728min,35个循环,最后于 4恒定保存。取 PCR 产物各 5l,1.0%琼脂糖凝胶电泳检测,Bio-Rad 公司凝胶成像系统观察。1.2.3.2 切胶回收 用无菌手术刀将DGGE凝胶上的特征条带切下并置于无菌PCR管中,用无菌枪头将回收条带胶条碾碎,加约40l去离子水于PCR管中4过夜。1.2.3.3 16S rDNA V3片段的二次PCR及产物回收引物341f(CCTACGGGAGGCAGCAG),534r(ATTACCGCGGCTGCTGG),由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。反应体系:PCR
16、 Master Mix 12.5l,每种引物 1l(10pmol-1),取2.3.5的产物1.5l 为模板,加 ddH2O 至终体积 25 l。PCR反应程序同2.3.3PCR 产物于1.0%琼脂糖凝胶电泳检测后,回收目的条带,操作步骤参见大量琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒。1.2.3.4 细菌16S rDNA V3片段的克隆测序1.2.3.5 纯化PCR产物的连接经纯化后的PCR产物(即2.3.6的产物)与pGM-T Vector进行连接,连接反应体系参照pGM-T克隆试剂盒操作说明如下:表 1.3 连接的反应体系Table 2.2 Reaction systerm of linkage试剂加样
17、量目的PCR片段6lpGM-T Vector(50ng/l)1l10xT4 DNA Ligation Buffer1lT4 DNA Ligase1lddH2O补足到10l混匀后,16过夜。1.2.3.6 转化在超净台内将10l连接产物加入到装有90l感受态细胞的1.5mL离心管中,轻轻混匀,冰上静置30min,42热击90s,迅速静置于冰上2-3min,加入250-500l的LB(不含抗生素)液体培养基,混匀,37150r/min振荡培养45min,将100l已转化的感受态细胞涂布于含氨青霉素(100l/ml)IPTG和X-Gal的LB平板上,于37倒置过夜培养。1.2.3.7 检测(1)快速
18、检测:操作步骤参照重组菌落PCR鉴定试剂盒如下1.按以下体系配好含有引物的Taq MasterMix反应液。表1.4 反应体系Table 2.3 Reaction systerm试剂加样量T7 Primer(10M)1lT3 Primer(10M)1l2xTaq MasterMix10lddH2O8l2.将过夜培养的平板上的菌落编号后,使用灭菌的牙签挑取一部分单菌落加入上述反应液,剧烈振荡使菌落充分分散到反应液中。3.短暂离心收集管中的液体后,进行PCR反应。4.PCR反应循环的设置:94预变性 3min,94 30s,5530 s,720.5-1min,72 5min,30个循环。5.结果检
19、测:反应结束后取5l反应产物,琼脂糖凝胶电泳检测。1.2.3.8 测序在超净工作台用灭菌枪头挑取经检测为阳性的白色菌落于已装有1ml灭菌的液体LB(含氨苄青霉素)培养基的2ml离心管中,150rpm振荡,37温育2h,菌液混浊后,送至华大基因进行测序。1.2.4 DGGE图谱分析方法DGGE指纹图谱分析借助于Bio-Rad公司的凝胶成像系统进行条带判读,并用Quantity One software进行分析。1.2.5 DGGE条带结构多样性分析使用Quantity One软件进行DGGE条带分析,每个条带的位置和相对光密度值被该软件自动分析确定。为了最大程度的降低DGGE过程中不同样品间DN
20、A上样浓度的差异,每个条带的光密度峰值除以该条带所在泳道所有条带光密度峰值的平均值进行数据的标准化处理。每条泳道内的条带数量用以评价物种丰富度(Species Richness),并通过条带相对密度值计算物种均匀度(Species Evenness)及物种多样性(Shannon)4。多样性指数(H)、均匀度指数(E)及丰富度指数(R)的计算公式:H=-(ni/N)In(ni/N) (2.1)E=H/InS (2.2)R=S-1/InN (2.3)式中,ni为单一条带的峰面积,N为某一泳道所有峰面积,S为某一泳道的总条带数。1.2.6 相似性聚类分析使用Quantity One软件的UWPGA(
21、Unweighted Pair Group Method using Arithmetic averages)方法对DGGE图谱进行相似性聚类分析。1.2.7 系统发育分析方法对测序结果进行去载体,目的片段的筛选,将得到的目的片段序列提交到GenBank中进行BLAST比对,获得与目的片段相似度高的序列,通过MEGA4.0利用Neighbor-Joining法建立16S rDNA的的系统发育树,对其进行系统发育分析5。2.结果与分析2.1土壤微生物总 DNA 的提取 土壤总DNA的提取按照MO BIO 公司生产的土壤DNA提取试剂盒步骤提取。将土壤样品提取所得的 DNA 进行 1%的琼脂糖凝胶
22、电泳检测,结果见图 2.1。从图中电泳结果可见,各个土壤样品获得的土壤微生物基因组总 DNA 条带清晰可见,纯度较高,符合 DGGE 分析的 DNA 质量要求6。 2.2 土壤样品基因组 DNA 的 PCR 扩增 设计细菌的16S rDNA序列V3片段扩增的通用引物。引物选用341f-GC和534r(ATTACCGCGGCTGCTGG),由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。由于土壤中含有大量的腐殖质成分,在提取纯化过程中无法完全除去。如果直接以提取的总 DNA 作为模板进行扩增,扩增效率较低,无法满足下一步的 DGGE 分析,本试验采用稀释模板和利用巢氏 PCR(nest-PCR) 进行扩
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