DNA的生物合成(课件).ppt
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1、1,DNA的生物合成,生物化学与分子生物学教研室 刘先俊,2,3,一、DNA半保留复制的概念及其实验证据 在DNA复制过程中,DNA双螺旋结构的两条多核苷酸链彼此分开,然后,每条链各自作为模板,在其上分别合成出一条互补链,这样,新形成的两个DNA分子(子代DNA)与原来DNA分子(亲代DNA)的核苷酸序列完全相同。在此过程中,每个子代DNA的两条链,一条来自亲代DNA,另一条链则是新合成的,这种方式称为DNA的半保留复制。,4,子链继承母链遗传信息的几种可能方式,全保留式 半保留式 混合式,5,1953年,Watson和Crick在提出DNA双螺旋结构模型的同时,即提出DNA是通过半保留复制1
2、958年,Meselson和Stahl通过实验证实了“半保留复制”的设想。首先将大肠杆菌置于含15NH4Cl的培养基中培养若干代后,使大肠杆菌DNA全部成为15N-DNA(由于大肠杆菌生长繁殖过程中,需要利用培养基中的N作为氮源以合成其DNA或RNA等含氮物质,在仅提供15N的情况下,大肠杆菌合成的DNA必然为15N-DNA)。,6,普通大肠杆菌为14N-DNA,14N和15N是N元素的两种非放射性同位素,其中,15N比 14N“重”。当分别提取出其相应DNA后,在进行CsCl等密度梯度离心时,15N-DNA与14N-DNA由于两者“重量”的差别而位于离心管不同位置,前者称为“重”DNA,后者
3、称为“轻”DNA。因而可通过密度梯度离心而区分开来。随后,再将含15N-DNA的大肠杆菌置于含14N的培养基中培养,此后,在不同时间(第一代、第2代、第3代等)取样进行密度梯度离心。其结果是:,7,8,第1代:出现1条DNA带,其位置既非“轻”DNA带也非“重”DNA带的位置,而处于两带之间的中间位置。第2代:出现2条DNA带,其中一条的位置与第1代的位置相同(即处于“轻”带和“重”带之间的中间位置),另一条出现在“轻”DNA带的位置。第3代:于第2代类似,也出现2条DNA带,其位置与第2代相同,即一条中间位置的带和一条“轻”带,但“轻”带的DNA更多了。第4代及以后:均为2条DNA带,其位置
4、与第2代、第3代相似,但“轻”带的DNA越来越多,而中间位置带的DNA越来越少。,9,10,为了证实DNA分子中只有一条是新合成的,Meselson和Stahl将提取出的第1代大肠杆菌DNA加热处理,使其变性后仍通过CsCl超速离心分离,在紫外吸收扫描图上可见两个比重不同的紫外吸收峰,从而确证了第1代细菌的DNA是由两条比重不同的链所组成,排除了其它可能性。,11,12,半保留复制的意义 按半保留复制方式,子代DNA与亲代DNA的碱基序列一致,即子代保留了亲代的全部遗传信息,体现了遗传的保守性。遗传的保守性,是物种稳定性的分子基础,但不是绝对的。,13,二、DNA复制的基本特点(一)半保留复制
5、,模板原则特点,亲代的DNA双链,每股链都可作为模板按碱基配对原则指导新链的合成*合成的两个子代DNA分子碱基顺序与亲代分子完全一样*一条链来自于亲代的DNA链,另一条链是新合成的链,14,15,16,(二)半不连续复制1、体内仅存在5 3的DNA聚合酶2、前导链与随从链(岗崎片段),17,18,1.前导链 DNA复制时,一股以3 5方向的母链作为模板,指导新合成的链以5 3方向连续合成的链称为前导链。(复制方向与解链方向一致),19,2.随从链 DNA复制时,一股以5 3方向的母链作为模板,指导新合成的链沿5 3合成,10002000个核苷酸不连续的小片段的链称为随从链。(复制方向与解链方向
6、相反),20,3.岗崎片段 DNA复制时,一股以5 3方向的母链作为模板,指导新合成的链沿5 3合成10002000个核苷酸不连续的小片段称之为岗崎片段。岗崎片段由DNA连接酶连成一条完整的新链。,21,4.半不连续复制 在DNA复制过程中,亲代DNA分子中以3 5方向的母链作为模板指导新的链以5 3 方向连续合成,另一股以5 3 为方向的母链则指导新合成的链以 5 3方向合成10002000个核 苷酸长度的许多不连续的片段(岗崎片段),这种复制方式称之为半不连续复制。,22,(三)双向复制 原核生物复制时,DNA从起始点(origin)向两个方向解链,形成两个延伸方向相反的复制叉,称为双向复
7、制。复制中的DNA成为 状。,23,24,真核生物每个染色体有多个起始点,是多复制子的复制。习惯上把两个相邻起始点之间的距离定为一个复制子(replicon)。复制子是独立完成复制的功能单位。,25,26,三、参与DNA复制的一些酶类和蛋白质,DNA链合成基本条件:dNTPMg+3-OH引物DNA模板酶和蛋白质因子,27,(一)DNA聚合酶 DNA聚合酶(DNA polymerase)在有DNA模板存在时,可催化合成DNA,因此,又称为DNA指导的DNA聚合酶(DNA-directed DNA polymerase,DDDP)。1.大肠杆菌DNA聚合酶(原核生物)1956年,Kornberg等
8、人首次从大肠杆菌的提取液中发现了一种能催化合成DNA的酶,称为DNA聚合酶。,28,目前研究表明,大肠杆菌DNA聚合酶有三种功能:第一、53的聚合作用。大肠杆菌DNA聚合酶只能在引物的3端加上脱氧核苷酸,它是利用引物的3-OH与待加入的脱氧核苷三磷酸的5-磷酸基之间形成3,5-磷酸二酯键。已加入的脱氧核苷酸则仍有一个游离的3-OH,又可与下一个脱氧核苷三磷酸的5磷酸基之间形成3,5-磷酸二酯键,以后,按这种方式,DNA链不断延伸,因此,新链的合成方向是53,称为大肠杆菌DNA聚合酶的53聚合作用。,29,30,第二、35的外切作用(35exonuclease action)大肠杆菌DNA聚合酶
9、除具有53的聚合作用外,也能催化从3-末端水解DNA链,而产生游离的单核苷酸,称为35的外切作用。其35的外切作用对DNA的聚合具有校正功能。错位接上去的碱基C会被DNA聚合酶的35的外切作用水解掉,而DNA聚合酶再催化重新聚合上正确的碱基T。,31,32,第三、53的外切作用。大肠杆菌DNA聚合酶还具有53的外切作用。但这种外切作用不同于其35的外切作用:(1)首先,其裂解的键必须位于双螺旋区域。(2)其次,产物为单核苷酸或几个碱基组成的寡聚体。(3)53的外切作用随着DNA合成的进行而不断增强。(4)53的外切作用的酶的活性部位可与其聚合作用和35的外切作用的活性部位分开。大肠杆菌DNA聚
10、合酶的53外切作用在DNA复制过程中用于去除引物。,33,34,35,大肠杆菌DNA聚合酶分子量为109kD,是含有928个氨基酸残基的单条肽链。若用枯草杆菌蛋白酶处理,可将大肠杆菌DNA聚合酶水解为大小不等的两个片断,其中,分子量较小的为小片断,其分子量为33kD,它有53的外切作用;另一个分子量较大的称为大片断,其分子量为76kD,它有53聚合作用和35的外切作用,大片断又称为Klenow片断(Klenow fragment)。,36,可见,大肠杆菌DNA聚合酶的结构功能区可表示如下:53 35 53 外切作用 外切作用 聚合作用 53 35 53 外切作用+外切作用 聚合作用 小片断 大
11、片断,C,枯草杆菌蛋白酶,N,37,继DNA聚合酶之后,1970、1971年又分别从大肠杆菌中发现了另外2种DNA聚合酶,分别命名为DNA聚合酶、。现将三种大肠杆菌DNA聚合酶的主要特性列于下表中。三种大肠杆菌DNA聚合酶的主要特性比较,38,2.真核生物的DNA聚合酶DNA-pol 起始引发、有引物酶活性DNA-pol 低保真DNA复制DNA-pol 线粒体DNA的复制DNA-pol 复制中延长子链、解螺旋酶DNA-pol 修复和填补缺口,39,(二)引物酶 引物酶(primase)是一种特殊的RNA聚合酶。在DNA复制过程中,DNA聚合酶催化合成DNA时,需要一段带有3-OH末端的低聚核苷
12、酸单链(体内为一小段RNA)作引物(primer),引物的碱基序列与模板DNA呈互补结合,引物的长度在原核生物如大肠杆菌通常只有16个碱基,在真核生物,通常也只有10个碱基左右。引物酶的作用即是利用四种核苷三磷酸(简称NTP)为底物,根据模板的碱基序列,按照碱基配对规则合成一小段RNA引物。,40,引物酶(primase):依赖DNA的RNA聚合酶。催化带有3-OH末断的RNA引物的合成。引发体(primosome):是由Dna B、Dna C、引物酶、DNA复制起始区等一起形成的复合体。引发体形成后,在ATP提供能量时,引物酶以DNA作为模板而合成引物。,41,42,(三)解链、解旋酶类 解
13、开并理顺DNA双链,维持DNA处于单链状态。主要有解螺旋酶、DNA拓扑异构酶和单链DNA结合蛋白。,43,1.解螺旋酶(helicase):模板对复制的指导作用在于碱基的准确配对,而碱基却埋在双螺旋的内部。只有把DNA解开成单链,它才能起模板作用。解螺旋酶是最早发现的与复制有关的蛋白质,当时称为rep蛋白。作用是利用ATP供能,解开DNA双链。,44,2.单链DNA结合蛋白(SSB):SSB曾被称为螺旋反稳定蛋白(HDP)。在大肠杆菌,它是由177个氨基酸残基组成的同四聚体,结合单链DNA的跨度约32个核苷酸单位。SSB与解开的DNA单链紧密结合,防止 重新形成双链,并免受核酸酶降解。在复制中
14、维持模板处于单链状态。,45,3.DNA拓扑异构酶(topoisomerase):拓扑:是指物体或图像作弹性移位而又保持物体不变的性质。拓扑异构酶:是一类可改变DNA拓扑性质的酶。对DNA分子的作用是既能水解、又能连接磷酸二酯键。可松弛DNA超螺旋,有利于DNA解链。,46,47,拓扑异构酶I(topo I):在原核生物曾被称为蛋白。主要作用是将超螺旋DNA双股中的一股切断,酶仍停留在3断端,使链的末端沿着螺旋轴按超螺旋的反方向转动,DNA变为松弛状态(超螺旋消除后)再封闭切口。催化反应不需要ATP。,48,拓扑异构酶II(topo II):在原核生物又叫旋转酶(gyrase)。切断DNA双链
15、,使另一双链经过此缺口,再封闭连接断端。无ATP参与时,使螺旋松弛。在ATP参与下,松弛的DNA进入负超螺旋。,49,(四)DNA连接酶 可催化DNA链内缺口通过3,5-磷酸二酯键连接起来,在此过程中,需要消耗能量。该能量的提供者是ATP(动物细胞、噬菌体)或NAD+(细菌)。,50,51,应用:1.岗崎片段之间的连接.2.DNA损伤修复中的连接.3.一种重要的工具酶:限制性内切酶切割后形成的粘性末端或平头末端的连接.,52,53,四、DNA复制过程(起始、延长、终止),确定复制的起始点解开双链DNA,提供单链DNA模板形成复制叉DNA合成的起始和延长形成带有新合成的DNA片段的复制泡复制的终
16、止,54,1.复制的起始,(一)原核生物DNA复制过程,55,56,DNA复制的起始就是要解开双链和生成引物。(1)DNA解成单链 由拓扑异构酶松弛超螺旋,解螺旋酶 解开双链,SSB结合到单链上使其稳定。复制起始的解链需要多种蛋白质参与。这些蛋白质与复制起始点的特有序列结合,促使其邻近的DNA解链。,57,首先起始复合体(DnaA-ATP)与49bp重复序列结合,313bp(富含AT)重复序列在型拓扑异构酶的作用下,使313bp重复序列区域松弛,再在DNA解旋酶(DnaB蛋白)的作用下,313bp区域发生解链;复制泡被单链结合蛋白(SSB蛋白)覆盖,以免断裂和再复性;引物酶结合到模板DNA上并
17、合成一段短的RNA,作为合成DNA的引物,引发第一个复制叉的先导链的复制,接下来是双向复制。,58,59,60,(2)引物合成 引发体引导引物酶到达适当的位置合成引物。,61,参与原核生物复制起始的主要成分,DnaA蛋白DnaB蛋白(解螺旋酶)DnaC蛋白DnaG蛋白(引物酶)SSB拓朴异构酶oriC,辨认起始点解开DNA双链协助DnaB蛋白催化形成RNA引物稳定解开的单链DNA理顺DNA链大肠杆菌的复制起始点,62,2.复制的延长1)在DNA聚合酶的作用下2)前导链合成1000-2000个核苷酸后3)随从链开始合成,岗崎片段的长度 为1000-2000个(大肠杆菌)4)Pol为不对称二聚体,
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