(生物化学教学ppt课件)第12章 dna的生物合成.ppt
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1、第12章,DNA的生物合成,DNA Biosynthesis,生物化学与分子生物学 江黎明,2023年3月26日3时31分,1,DNA,RNA,Protein,中心法则The Central Dogma1958 F.Crick,中心法则的补充:1965年发现RNA复制1970年发现逆转录酶,2023年3月26日3时31分,2,中心法则的提出和发展,DNA复制的概念:,2023年3月26日3时31分,3,DNA复制是一个由多种酶催化,多种蛋白因子参与,并且受到精密调控的复杂过程。E.coli 染色质的复制涉及约30种蛋白质。,指遗传物质的传代,是以母链DNA为模板,按碱基配对的原则,合成两个完全
2、相同的子链DNA分子的过程。,复制的基本规律,第一节,Basic Rules of DNA Replication,2023年3月26日3时31分,4,学习要求:,掌握复制及其基本规律、半保留复制、双向复制、半不连续性复制、复制叉、复制子、领头链、随从链、冈崎片段的概念。熟悉半保留复制的实验依据。,复制的基本规律,半保留复制(semi-conservative replication),双向复制(bidirectional replication),半不连续复制(semi-discontinuous replication),2023年3月26日3时31分,5,一、半保留复制,DNA复制时,母
3、链DNA解开成两股单链作为模板,按碱基配对规律合成与模板互补的子链;形成的2个子代DNA中,一股单链从亲代完整地接受过来,另一股单链则完全从新合成;2个子代DNA碱基序列都和亲代DNA的一致。,Watson and Crick,1953.,荣获1962年诺贝尔医学与生理学奖。,图12-1 DNA复制理论上有三种可能形式,2023年3月26日3时31分,7,1958,M.Mmlson&F.W.Stahl设计的实验,2023年3月26日3时31分,8,1.细菌在N15培养基上培养,2.细菌在N14培养基上培养,3.在N14培养基上培养不同时间后提取出DNA,4.将DNA悬浮于氯化铯密度梯度介质,5
4、.离心,N14对照组DNA,N15 亲代DNA,N14 第1代DNA,N14第2代DNA,按半保留复制方式,子代DNA与亲代DNA的碱基序列一致,即子代保留了亲代的全部遗传信息,体现了遗传的保守性。,半保留复制的意义,遗传的保守性,是物种稳定性的分子基础,但不是绝对的。,2023年3月26日3时31分,9,二、双向复制,DNA复制从固定的复制起始点(origin,ori)开始,分别向两个方向进行解链、复制,称为双向复制。,复制叉,复制叉,5,3,5,5,3,3,5,3,3,5,原核DNA:单点双向复制,2023年3月26日3时31分,10,ori是指DNA复制起始时必需的一段特殊DNA序列。共
5、同特征:,这些短重复序列能被多亚基的复制起始因子(DnaA;ORC:origin recognition complex)所识别并结合;,一般富含AT,利于双螺旋DNA解旋解链产生单链 DNA。,由多个独特的短重复序列组成;,E.Coli的称ori C,由245 bp的保守序列和控制元件组成;酵母的称自主复制序列(autonomously replicating sequence,ARS),含含11 bp富含AT的核心序列。,2023年3月26日3时31分,11,A.环状双链DNA及复制起始点B.复制中的两个复制叉C.复制接近终止点(termination,ter),原核DNA:单点双向复制,
6、真核DNA:多点双向复制,两个相邻复制起始点之间的距离定为一个复制子长度。,2023年3月26日3时31分,13,复制子(replicon):独立完成复制的功能单位。,三、复制的半不连续性,领头链(leading strand),随从链(lagging strand),2023年3月26日3时31分,14,半不连续性 复制过程中,领头链连续复制,而随从链不连续复制的现象。冈崎片段(okazaki fragment)指不连续复制的片段 原核:10002000 个核苷酸(nt)(相当于1个顺反子,即基因的大小)真核:100200个核苷酸(nt)(相当于1个核小体DNA的大小),2023年3月26日
7、3时31分,15,DNA复制的酶学和拓扑学变化,第二节,The Enzymology of DNA Replication,2023年3月26日3时31分,16,学习要求:,掌握参与DNA复制的主要物质种类,原核和真核生物DNA聚合酶作用、种类及特点,拓补异构酶、引物酶、单链DNA结合蛋白和DNA连接酶的作用和特点。熟悉DNA复制的化学反应、保真性的酶学依据。了解DNA聚合酶的分子结构特点,复制中DNA分子的拓补学变化。,底物(substrate):dATP,dGTP,dCTP,dTTP;(dNTP)聚合酶(polymerase):依赖DNA的DNA聚合酶,简写为 DNA-pol;模板(tem
8、plate):解开成单链的DNA母链;引物(primer):提供3-OH末端使dNTP可以依次聚合;其他的酶和蛋白质因子。,参与DNA复制的物质:,2023年3月26日3时31分,17,一、复制的化学反应,(dNMP)n,+dNTP,(dNMP)n+1,+PPi,DNA pol,活性:1.53 聚合酶活性,需要引物;2.35核酸外切酶活性。,二、DNA聚合酶,是指以DNA作为模板,催化底物dNTP合成DNA的一类酶。,全称:依赖DNA的DNA聚合酶(DNA-dependent DNA polymerase)简称:DNA-pol,2023年3月26日3时31分,19,DNA-pol 的53聚合作
9、用,2023年3月26日3时31分,20,35外切酶,5 3外切酶,5,3,内切酶,35外切酶,5 3外切酶,外切酶与内切酶作用图解,2023年3月26日3时31分,21,(一)原核生物的DNA聚合酶,共同点:1.53 的聚合活性,需要引物;2.35 外切酶活性。,DNA-pol,DNA-pol,DNA-pol,不同点:DNA-pol还有53外切酶活性。,2023年3月26日3时31分,22,大肠杆菌三种DNA聚合酶性质与功能,2023年3月26日3时31分,23,功能:对复制中的错误进行校读,对复制 和修复中出现的空隙进行填补。,DNA-pol(109kD),2023年3月26日3时31分,
10、24,1959年诺贝尔生理学医学奖得主,(1)53 的聚合活性的功能:,(2)DNA-pol I 35外切酶活性的功能,校读(proofread)功能,将错配的核苷酸从引物链的3端除去,2023年3月26日3时31分,26,(3)DNA-pol I 53外切酶活性的功能,切除引物,切除突变片段,2023年3月26日3时31分,27,323个氨基酸,小片段,5 核酸外切酶活性,大片段/Klenow 片段,604个氨基酸,5核酸外切酶活性;DNA聚合酶活性,N 端,C 端,DNA-pol酶切片段,Klenow片段是实验室合成DNA,进行分子生物学研究中常用的工具酶。,2023年3月26日3时31分
11、,28,DNA-pol(120kD),DNA-pol II基因发生突变,细菌依然能存活;对模板的特异性不高;它参与DNA损伤的应急状态修复。,2023年3月26日3时31分,29,*由A.Kornberg的二儿子Tom B.Kornberg发现的。,DNA-pol(含10多个亚基的异二聚体),核心酶:由、构成。,2023年3月26日3时31分,30,功能:,原核生物复制延长中真正起催化作用的酶。,DNA-pol 同时合成领头链和随从链,2023年3月26日3时31分,31,(二)真核生物的DNA聚合酶,2023年3月26日3时31分,32,三、复制的保真性(fidelity),(1)严格按照碱
12、基配对规律进行复制,突变率约为1/103;,(2)DNA聚合酶对模板的依赖性和对碱基的选择,是子链与母链能准确配对(突变率1/1045),使遗传信息延续和传代的保证;,(4)DNA修复系统和复制起始必须利用引物等机制,使突变率由1/1068降低到1/10910。,(3)DNA聚合酶 35外切酶功能和53聚合酶活性实现的即时校读(proofread),可使突变率由1/1045降低到1/1068;,2023年3月26日3时31分,33,四、复制中的解链和DNA分子拓扑学变化,DNA分子的碱基埋在双螺旋内部,只有把DNA解开成单链,它才能起模板作用;因此,DNA复制涉及DNA双螺旋构象变化及解链过程
13、。,2023年3月26日3时31分,34,解螺旋酶和单链DNA结合蛋白,引物酶,DNA拓扑异构酶,种类:解旋酶、和rep蛋白,解旋酶、:沿着随从链的模板,从5 3方向,促使复制叉向前延伸;,rep蛋白(六聚体):沿着领头链的模板,从3 5方向向前移动,促使双链不断解开;,(一)解螺旋酶和单链DNA结合蛋白,解螺旋酶(helicase),又称解链酶,利用ATP供能,作用于氢键,使双螺旋DNA解旋和解链成为两条单链。,2023年3月26日3时31分,35,解螺旋酶和单链DNA结合蛋白协同作用,单链DNA结合蛋白(single stranded DNA binding protein,SSB),在复
14、制中维持模板处于单链状态并保护单链的完整。,2023年3月26日3时31分,36,(二)引物酶(primase),所有细胞和多数病毒的DNA复制,都须首先利用DNA模板合成一段被称之为引物的,长度从几个到几十个核苷酸的,短链RNA序列,为DNA聚合酶提供游离3-OH端合成DNA链。,原核细胞的引物酶是一种仅用于DNA复制所需引 物合成的RNA聚合酶;,真核细胞的引物酶是DNA聚合酶的两个小亚基。,2023年3月26日3时31分,37,是一种可逆的核酸酶,它既能水解DNA分子中的磷酸二酯键,又能将其重新连接;可快速消除DNA解链过程中所产生的正超螺旋累积,使复制叉能够顺利前进。,(三)DNA拓扑
15、异构酶(DNA topoisomerase,Topo),2023年3月26日3时31分,38,原核和真核生物都发现了三类拓扑异构酶:,Topo、Topo和近期发现的Topo;Topo 只消除负超螺旋,而且活性较弱。,原核生物:Topo将前方的正超螺旋转变为负超螺旋;Topo使DNA变为松弛状态,与转录有关。,真核生物:Topo和Topo都能清除前方的正超螺旋。,作用:通过切断、旋转和再连接,理顺DNA链。,2023年3月26日3时31分,39,DNA正超螺旋与负超螺旋,负超螺旋,DNA双螺旋,正超螺旋,原核Topo,原核Topo,真核Topo、,DNA聚合酶,2023年3月26日3时31分,4
16、0,切割DNA双链,此时不需ATP;尔后由ATP供能,使DNA分子成负超螺旋再连接切口。,不需ATP,切割双链DNA中的一条链,使DNA松弛后,连接切口。,Topo:,Topo:,临床上使用的某些抗肿瘤药(如喜树碱、鬼臼乙叉甙等)可通过抑制Topo酶活性而杀死肿瘤细胞。,作用机制,2023年3月26日3时31分,41,五、DNA连接酶(DNA ligase),由RNase H与DNA-pol外切酶活性除去冈崎片段中的RNA引物,间隙由DNA-pol填补成DNA,缺口由DNA连接酶催化相邻冈崎片段间的3-OH和5-P形成磷酸二酯键而连成完整的DNA链。,注意:只能连接碱基互补基础上双链中的单链缺
17、口;而对单独存在的DNA单链或RNA单链没有连接的作用。,AMP+PPi,2023年3月26日3时31分,42,在复制中起最后接合缺口(双链中的单链 缺口)的作用;在DNA修复、重组及剪接过程中起缝合缺 口的作用;基因工程的重要工具酶之一。,DNA连接酶功能,2023年3月26日3时31分,43,参与DNA复制的主要因子和酶,DNA生物合成过程,第三节,The Process of DNA Replication,2023年3月26日3时31分,45,学习要求:,掌握原核生物DNA复制过程和各阶段的特点;掌握端粒和端粒酶概念;熟悉真核生物DNA复制过程和各阶段的特点;熟悉复制起始、引发体、负超
18、螺旋等概念。了解端粒延长机制。,(一)复制的起始(initiation),一、原核生物的DNA生物合成,复制是一个连续的过程,根据复制的特点,人为分成起始、延长和终止三个阶段。,引物合成,DNA解链,引发体生成,1.DNA复制起始点的辨认结合与解链,原核生物DNA的复制有一个特定的复制起始点;E.coli的复制起始点称为oriC,由245 bp的保守序列和控制元件组成。,2023年3月26日3时31分,46,上游有3组13 bp串连重复序列,为DnaB(解螺旋酶)和DnaC识别结合的DNA解链元件。,下游有2对9 bp反向重复序列,为DnaA蛋白(起始因子)识别结合位点,复制起始辨认oriC并
19、解链主要需要6种蛋白因子:,DnaA(起始因子);DnaB(解螺旋酶)、DnaC、HU(类组蛋白)、SSB、拓扑酶,2023年3月26日3时31分,47,引物,3,5,3,5,引物酶,引物酶,SSB,引物,SSB,HO3,(DnaG),(DnaG),引发体:含有解螺旋酶(DnaB)、DnaC蛋白、引物酶(DnaG)和DNA复制起始区域的复合结构。,引 物:是由引物酶催化合成的短链 RNA分子,能提 供3-OH。,2.引发体的形成和引物,2023年3月26日3时31分,48,解螺旋酶(Dna B),Dna C,(二)复制的延长(elongation),复制延长指在DNA-pol 催化下,dNTP
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