临床分子诊断与个体化治疗模板课件.pptx
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1、临床分子诊断与个体化治疗,xx暨南大学附属珠海/珠海市人民医院,1,感谢你的观看,2019年6月29,分子诊断,狭义分子诊断:应用分子生物学方法检测患者体内遗传物质的结构或表达水平的变化而做出诊断的技术,称为分子诊断,包括肿瘤分子诊断、传染病分子诊断、产前诊断等。广义分子诊断:指应用分子生物学方法,对受检者体内各类生物分子(包括DNA、RNA、蛋白质等)进行定性和定量分析,确定其结构或表达水平,从而为个性化预防、治疗提供依据的一种诊断技术,包括肿瘤分子诊断、传染病分子诊断、产前诊断、单基因诊断、易感基因检测以及天赋基因检测等。,2,感谢你的观看,2019年6月29,PCR国内回顾,1990年:
2、PCR技术在国内开始用于临床检测90年代中期:假阴性?/假阳性?,引发思考1996年:卫生部科研课题1998年3月20日:临床PCR实验室管理专家咨询会1998年4月16日:卫生部下发,3,感谢你的观看,2019年6月29,国内回顾2,1999年4月29-30日:,针对临床开展PCR检验的问题,达成八点意见.1999年8月17-24日:(在北京卫生部临床检验中心举办.2002年1月14日:卫生部下发(卫医发200210号),4,感谢你的观看,2019年6月29,2010年:医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法(卫办医政发【2010】194号)医疗机构临床基因扩增检验室工作导则(卫办医政发【2
3、010】194号),5,感谢你的观看,2019年6月29,截止到2014年1月,全国按照所制定的标准通过验收的临床基因扩增检验实验室共2670余家。采用所编写的培训教材和培训模式共举办了培训班280多期,培训实验室技术人员21000多人。涉及全国28个省、直辖市和自治区。,6,感谢你的观看,2019年6月29,目前国内临床分子诊断现状,绝大部分用于病原体核酸检测较少部分用于遗传病的产前诊断个体化用药的分子诊断正在兴起,7,感谢你的观看,2019年6月29,一些常见的认识误区,临床实验室=检验科基因(遗传携带、突变等)与病原体核酸检测完全不同临床PCR检验在病理科、药剂科或肿瘤科做,不属于临床检
4、验管理?必须达成一点共识:实验不管在哪做,都属于检验管理,必须有严格的质量控制。,8,感谢你的观看,2019年6月29,问题与思考,问题:应用实验室分区质量管理:分析前,分析中,分析后人员:(医生、实验室技术人员):均需“洗脑”严格的培训出现问题,即分析问题产生的原因,采取措施加以改进质理管理的习惯养成需要时间。,9,感谢你的观看,2019年6月29,几个策略比较,家族病史研究与基因研究相比较说法不一,孰优孰劣?各有所长。肿瘤早期诊断带来的真正收益有没有我们所希望的那么大?,10,感谢你的观看,2019年6月29,WHO has developed three principles for c
5、ancer issues,Current prevention strategies could block up to one-third of all new cancerImproved early sreening could result in the detection of one-third of cancer at an early stage。A comprehensive treatment could improve survial aquality another one-third of pattients with cancer,国家自然科学基金委医学部主任、国家
6、肝癌科学中心主任王红阳院士,,11,感谢你的观看,2019年6月29,中国肿瘤治疗现状,治愈率10%,五年生存率23%。低于欧美国家31%、57%,低于日本27%和43%主要原因:1)早期诊断低 2)缺乏规范化治疗 3)经济状况差,华南肿瘤国家重点实验室,中山大学肿瘤防治中心-钱朝南教授,12,感谢你的观看,2019年6月29,较早期诊断(和)提高治愈率和五年生存率46%,72%分子诊断为肿瘤早期诊断提供技术支撑!,13,感谢你的观看,2019年6月29,个体差异与个体化医疗,个体差异:基础个体化医疗(Personalized medicine)这个名词最早由Gibson提出,其意义是家庭医生
7、独立行医的意思。现代意义的个体化医学概念于1999年由Langreth和Waldholz在Oncologist杂志上首次提出,其意义是根据病人的遗传学背景,结合生物信息学和高端成像技术进行诊断,从而合理选择药物进行治疗。,14,感谢你的观看,2019年6月29,个体化医学的发展趋势,200,20,220,180,160,140,120,100,40,80,60,240,1999,2000,2001,2003,2007,2002,2004,2006,2005,2008,2009,2010,2011,Number of articles per year from 1999 to 2011 tha
8、t included the term“personalized figures on Pubmed”,260,280,15,感谢你的观看,2019年6月29,个体化医学,16,感谢你的观看,2019年6月29,GWAS分析方法,1)基因组规模微阵列基因分型平台,确定SNP和插入/缺失和拷贝数变异区域(copy number variation,CNVS)2)比较基因组杂交芯片(comparative genomic hybridization arry,CGH array)检测染色体拷贝数变化3)转录水平的基因表达平台(检测mRNA表达水平)4)大型数据集分析软件,17,感谢你的观看,201
9、9年6月29,常用的基因突变检测方法优缺点比较,检测方法,优点,缺点,直接测序法,可以检测所有突变,不灵敏,操作繁琐,易污染,RFLP,无特殊设备、价廉,不能定量、不能确定特殊突变,SSCP,无特殊设备、简便、快捷、灵敏,不能对突变精确定位,焦磷酸测序法,准确,可以检测质量的样本,测序长度短、易污染,HRM,可以检测所有突变,复杂,操作繁琐,ARMS,灵敏度高,周期短,需要特殊探针,每次只能检测一种突变,18,感谢你的观看,2019年6月29,FDA批准的遗传检测试剂或设备,试剂/设备,生产厂家,FDA批准时间,检测样本类型及基因,检测方法,相关药物,Roche AmpliChip cytoc
10、hrome P450 Genotyping test and Aftymetrix GeneChip Microarray Instrumentation System,罗氏公司,2004-12,血CYP4502D6,基因芯片,Aripiprazole,Atomoxetine,Carceilor,Cerimeline Chlordiazepoxide,Amitrptyline,Dakocytomention Her2FISH pharm OX kit,2005-05,组织,FISH,Herceptin(Trastuzumab)Lapatinib,Dakocytomenation Denmark
11、 A/S,Tag-lt Cystic Fibrosis kit,2005-09,血,CRTR,Tag-lt平台,Tm Bioscience Corporation,Ivacaltor,Invader Molecular Assay,2005-08,外周血,FISH,三浪技术公司,Indacaterol,Irinotecan,Nilotinib,Invitrogen SPOT-Ligh HER2 CISH Kit,2008-07,组织,HER2,免疫荧光,Invitrogen公司,Herceptin(Trstuzmab),Dako HER2 FISH pharmDx,2010-10,组织,HER
12、2,FISH,Dako DenmarK A/S,Herceptin(Trstuzmab),Cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test,2011-08,组织,BRAF,RT-PCR,罗氏公司,Zeiboraf(vemurafenib),Vysis ALK Break Apart FISH Probe Kit,2011-08,组织,ALK,FISH,雅培公司,Xalkon(crizotinb),19,感谢你的观看,2019年6月29,基因突变和表达与肿瘤靶向治疗,肿 瘤,治疗药物,检测位点,结果判断,结直肠癌,西妥腊单抗(Cetuximab)帕尼单抗(Paritumuma
13、b),12号染色体KRAS基因2号外显子的12密码子和13密码子、3号外显子的61号密码子,其中有7个突变热点:G12C、G12R、G12S、G12V、G12D、G12A、G13V/D占到KRAS基因突变的90%以上,野生型治疗效果较好突变型治疗效果差,非小细胞肺癌,古非替尼,人类染色体7p13-q22区,第19位外显子的缺失、L858R、T790M、G719X、L861Q、S7681、第20位外显子的插入等,以前两者居多,占所有突变的90%,野生型治疗效果较差突变型治疗效果好,乳腺癌,核赛叮(Herceptin,曲妥珠单抗),Her2/neu表达,Her2/neu表达者效果较好,特罗氨(Ta
14、rceva),KRAS突变,20,感谢你的观看,2019年6月29,基因多肽性与药物治疗,基 因,药物,CYP2C19,伏立康唑、奥美拉唑、泮托拉唑、艾美拉唑、雷贝拉唑、地西洋、那非那韦,CYP2C9,塞来考替,华法林,CYP2D6,阿托西丁、文拉法辛、利哌利酮、塞托溴胺、他莫普芬、噻吗洛尔、氟西叮、奥氮平、西维美林、托特罗定、特比萘酚、曲马多、啊立哌唑、美托洛尔、卡维地洛、普罗帕酮、硫利达嗪、普罗替林,可待因,DPYD,卡培他滨、氟尿嘧啶乳膏外用液,G6PD,拉布立酶、氨苯矾、伯氨喹、氯喹,NAT,利福平、异烟肼、吡嗪酰胺,TPMT,硫唑嘌呤、硫鸟嘌呤、6-巯基嘌呤,VKORC1,华法林,2
15、1,感谢你的观看,2019年6月29,IL28b基因多态性与丙型肝炎治疗及预后,基因多态性,结果判断,rs12979860,邻近IL28b基因,位于IFN-r3编码基因上游3kb处,是目前已知的与HCV感染者的持续病毒应答(SVR)相关,其中C/C与SVR相关联,C/T和T/T与非病毒应答(NVR)相关。SNPrs12979860T基因型也与应用PEG-IFN/RBV治疗引起的初相病毒载量的下降显著关联,但仅与1型慢性HCV患者的二相病毒载量下降有关。,rs8099917,位于IL28b基因下游8kb,与非病毒学应答相关,其中T/T为保护性基因型,G/T与G/G为非保护性基因型。G等位基因与乙
16、肝病毒相关的肝细胞损伤密切相关,能提高SNPrs12979860C/T基因型的非病毒学应答预测价值,rs12980275,位于IL28b基因下游2.4kb处,用于预测型HCV应用PEG-IFN/RBV治疗效果,其中A/A为保护性基因型,A/G和G/G为非保护性基因,但对感染2、3型HCV病毒患者无预测价值。SNPRS12980275 A/G基因型患者治疗前低密度脂蛋白-胆固醇130mg/dl、HCV RNA600000U/ml,预期治愈率可能大于80%,22,感谢你的观看,2019年6月29,个性化检测的局限性,一些疾病是由一个或多个基因突变引起基因检测方法确实能对这些疾病的患病风险、确诊和治
17、疗起指导作用大多数疾病发生、发展及预后可能涉及更多的基因以及这些基因和环境因素相互作用仅通过基因检测盒基因表达谱的检测有很大局限性,23,感谢你的观看,2019年6月29,CLIA:分子检测有关的主要质控要求,对于每一个检测系统,实验室由此又控制程序的责任监控整个分析过程的准确性和精密度。(42 CFR 493.1256(A))控制程序必须是:o检出即时误差由检测系统故障、不利于环境和操作者能力导致(42 CFR 493.1256(C)(1))o监控检测性能的准确性和精密度检测系统能和环境的改变以及操作者的能力都可能会影响检测性能。实验室必须确定使用检测物质的数量、类型和频率,如果适用,由实验
18、室验证或建立性能规范(42 CFR 493.1256(b))如果实验室引进了未经FDA认可或批准的检测系统包括自主研制的方法在报告病人检测据结果前,必须建立检测系统的性能规范,如果适用,包括下面的性能特征:o准确性,o精密度,o分析灵敏性,o分析特异性,包括干扰物质。检测系统对检测结果的可报告区间,o参考区间(正常值),和o检测性能要求的其他性能特征。(42 CFR 493.1253(b)(2))包括提取过程中的检测系统包括两种质控物质,其中之一可以检出提取过程的错误。(42 CFR 493.1256(d)(3)(iv))每一扩增过程,包括两种质控材料,如果反应的抑制是假阴性结果的重要来源一个
19、质控材料能够检出该抑制作用。(42 CFR 493.1256(d)(3)(v)),24,感谢你的观看,2019年6月29,国际相关机构的PT计划,CAP 美国病理家协会CDC 美国疾病预防控制中心(基因检测质量控制物计划GTQC)QCMD 分子诊断的质量控制EMQN 欧洲分子遗传实验质控网ENVID 欧洲重要病毒性疾病诊断网EQAP 西班牙室间质评计划EQUAL 欧盟质量控制一致行动(现在被称作分子诊断的质量控制QCMD)INQAT 意大利肿瘤标志物质量保证网NEQAS 英国国家质量保证计划,25,感谢你的观看,2019年6月29,临床基因扩增实验室的质量控制(一),实验室各种常规工作的规章制
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