14级文献信息分析课件.ppt

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1、,文 献 信 息 分 析,Analysis of the literature information,中山大学医学文献检索教研室 朱伟丽 2014-9-9,课程内容介绍,去哪检索,检索技巧,如何跟踪最新进展,如何有效管理文献,一个新问题 面对海量文献，该如何开始？,文献检索目的,追踪进展特定参考全面调研,开题前的调研了解新的领域基金申请论文投稿,快速了解一个领域,教材、专著综述、经典文章专家.,如何获得重要文献,导师或高人推荐大家、顶尖刊物、代表性研究机构网站检索并分析(WOK、Scopus、GoPubMed)软件统计分析文献管理软件（如EndNote等）文本分析软件（如Refviz,omn

2、iviz等）引文分析软件（如HistCite、CiteSpace等）,关于分析的观点,分析正变得越来越重要数据的海量增加，超出我们的阅读能力高效获取有价值的信息越来越重要分析不能代替阅读但能够提高我们的阅读效率,信息分析途径,数据库内嵌检索结果分析WOKScopusSinoMed信息分析平台分析GoPubMedSCImago journal&Country Rank分析平台分析软件CiteSpaceHistCiteRefViz阅读分析综合分析法对比分析法,1.数据库内嵌检索结果分析,1.2.,Web of Science提供的分析功能,多角度的过滤分析引文分析Citation Map,作者分析

3、：-发现该领域的高产出研究人员-有利于机构的人才招聘-选择小同行审稿专家-选择潜在的合作者国家与地区分析-领域高产出的国家与地区来源期刊分析：发现此领域相关的学术期刊进行跟踪关注和投稿 出版年分析：了解该研究的发展过程和趋势，分析各阶段的重要理论及发现。,多角度过滤分析,引文分析,引证图谱,Scopus提供的分析功能,2.信息分析平台,GoPubMed(http:/)SCImago journal&Country Rank分析平台(http:/),SCImago Journal&country Rank,SCImago公司开发的一个利用科学指标对期刊和国家学术水平进行评价的门户网站,数据来源为

4、Scopus.四大功能模块,能对期刊和国家的文献信息进行排名、分析、比较和可视化呈现,3.信息分析软件,CiteSpaceHistCiteRefVizBibexcelUcinetPajek,科学计量学之父,伦敦大学物理学博士,耶鲁大学科学史博士、教授,主要贡献：,科学的指数曲线（普赖斯曲线,1956）巴比伦以来的科学与小科学，大科学（1961，1963）,Price(普赖斯,1921-1983),引文索引创始人,哥伦比亚大学化学系学士、图书馆学硕士、宾夕法尼亚博士,Eugene Garfield(E.加菲尔德,1925),主要贡献：科学引文索引（1963）,HistCite(2000+),20

5、04,Cited References,1993,1991,1995,1980,2003,Times Cited,Related Records,2003,2004,1999,2002,1994,2004,Citing,1995,HistCite,科学计量学之父,伦敦大学物理学博士,耶鲁大学科学史博士、教授,主要贡献：,科学的指数曲线（普赖斯曲线,1956）巴比伦以来的科学与小科学，大科学（1961，1963）,Price(普赖斯,1921-1983),科学论文的网络（研究前沿，1965）,在科学论文之间形成的引文网络结构中，只有极少数论文被新发表的论文较多引用，表明被引频次甚高的这一小部分论

6、文可视为学科的新生长点，成为热门的科学前沿,科学知识图谱开创者,科学计量学家、汤姆森科技信息集团首席科学家,主要贡献：,创造性提出论文“共被引”的概念和共被引分析法（1973）,Henry Small(亨利 斯莫尔,1941),共被引分析定量的揭示科学的结构、亲缘关系和演化规律。斯莫尔等又提出作者其被引、期刊共被引等多种建立在耦合强度和共被引强度基础上的文献聚类分析方法,科学知识图谱可视化,网络分析六度分隔社会网络分析数学模型信息可视化可视化技术图形绘制数据挖掘,无数研究者的贡献,陈超美 陈悦 侯海燕,杨国立 李品 刘竟,梁永霞,杨中楷,尹春丽,刘则渊,科学知识图谱：是把应用数学、图形学、信息

7、可视化技术、信息科学等学科的理论与方法与计量学引文分析、共现分析等方法结合，用可视化的图谱形象的展示学科的核心框架、发展历史、前沿领域以及整体知识架构的多学科融合的一种研究方法。,引文分析共被引分析多元统计分析词频分析社会网络分析,科学知识图谱应用技术,主要分析字段：引文/作者/关键词/期刊/数据库：WOS/CNKI/CSSCI/arXiv/Scopus/NSF/DII等,科学知识图谱分析数据来源,HistCite,引文可视化软件,主要功能是将某一领域高被引和高引用文献转换成引文编年图,帮助用户快速定位某研究领域的原创文献、重要文献和重要文献之间的引用关系.（仅能处理WOS数据）免费获取网址：

8、http:/,CiteSpace软件,CiteSpace简介,由陈超美博士与大连理工大学WISE联合开发的用来分析和可视共被引网络的JAVA程序，可以在网上免费下载使用。分析、挖掘和可视科研文献数据的应用软件，通过引文分析和聚类分析寻找某一学科领域的研究进展和当前的研究前沿，及其对应的知识基础,并以可视化的方式展示。,CiteSpace基本知识,CiteSpace相关理论基础：研究前沿（Research Front)被定义为一组突现的动态概念和潜在的研究问题，知识基础（Intellectual Base)是研究前沿在科学文献中的引文和共引轨迹，即承载动态概念的引文及其参考文献形成的聚类。陈超美

9、，2005,有什么用?,通过引文网络分析,找出学科领域演进的关键路径找出学科领域演进的关键点文献（知识拐点）分析学科演进的潜在动力机制分析学科热点和前沿,关键点：研究前沿总是沿着时间推进，一个研究领域的知识基础将会同其研究前沿一起随着时间的变化而演进。在这种演进的过程中，必须会产生导致研究前沿演进的关键节点文献，这些节点可能成为网络中的一个时间段向另一个时间段过渡的关键点。一般由提出重要的新理论或是具有重大理论创新的经典文献，也是最有可能形成科学研究前沿的热点的文献。图谱中以紫色圈圈表示。突测算法:在CiteSpace中，采用Kleinberg的突变检测算法来确定研究前沿中的概念，基本原理是统

10、计相关领域论文的标题、摘要、系索词和文献记录的标识符中词汇频率，根据这些词的词频增长率来确定哪些是研究前沿的热点词汇。根据这些术语在同一篇文章中共同出现的情况进行聚类分析后，可以得到“研究前沿术语的共现网络”。,CiteSpace基本知识,节点文献在单个时区中的被引次数,节点文献记录,节点文献总被引次数,两个节点文献首次共被引年份,年份色标,引文年环,CiteSpace基本知识,软件获取与安装,The CiteSpace 网站http:/cluster.cis.drexel.edu/cchen/citespace,下载citespace程序及安装JRE,Citespace程度自带数据包,数据准

11、备,文献检索数据保存,系统使用,导入数据谐调数据,图谱运用,判读图谱获取论文,分析结论,研读引文分析结论咨询专家,CiteSpace 使用步骤,数据准备,从Web of Science中检索文献将文献保存,选择全部字段,包括参考文献,以纯文本文献保存,并且文件名必须以download开头,即必须是download*.txt的形式.在本地电脑创建两个空文件夹,如“分析”与“数据”,其中“数据”用于存放从数据库中下载的数据,而“分析”必须是空文件夹,以备后用.,A:AuthorsB:Title,Descriptors,AbstractC:Cited ReferencesD:Times CitedE

12、:Year of PublicationF：SourceG：Institute,CiteSpace中使用的文献信息字段,11,2001,was unprecedented in the United States.We assessed the prevalence and correlates of acute post-traumatic stress disorder(PTSD)and depression among residents of Manhattan five to eight weeks after the attacks.Methods:We used random-d

13、igit dialing to contact a representative sample of adults living south of 110th Street in Manhattan.Participants were asked about demographic characteristics,exposure to the events of September 11,and psychological symptoms after the attacks.,AU Galea,S Ahern,J Resnick,H Kilpatrick,D Bucuvalas,M Gol

14、d,J Vlahov,DTI Psychological sequelae of the September 11 terrorist attacks in New York City.SO NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICINELA EnglishDT ArticleID POSTTRAUMATIC-STRESS-DISORDER;NATIONAL COMORBIDITY SURVEY;MAJOR DEPRESSION;NATURAL DISASTER;SOCIAL SUPPORT;OKLAHOMA-CITY;PREVALENCE;PSYCHOPATHOLOGY;SU

15、RVIVORS;SYMPTOMSAB Background:The scope of the terrorist attacks of September,co-authorship,co-occurring burst terms,A,B,B,B,F,CR 2001,NY TIMES 1226,B2*AM PSYCH ASS,1994,DIAGN STAT MAN MENT*DEP HLTH HUMAN SE,1999,MENT HLTH REP SURG G*US BUR CENS,2000,STF3A DEP COMM BUR C BLAZER DG,1994,AM J PSYCHIAT

16、,V151,P979 EATON L,2001,NY TIMES 1116,A1 FOTHERGILL A,1999,DISASTERS,V23,P156 FULLERTON CS,1999,AVIAT SPACE ENVIR MD,V70,P902 GINEXI EM,2000,AM J COMMUN PSYCHOL,V28,P495 GOENJIAN AK,2001,AM J PSYCHIAT,V158,P788 GREEN BL,1990,J APPL SOC PSYCHOL,V20,P1033 HANSON RF,1995,J CONSULT CLIN PSYCH,V63,P987 H

17、ARVEY AG,1999,J CONSULT CLIN PSYCH,V67,P985 KAWACHI I,2001,J URBAN HEALTH,V78,P458 KESSLER RC,1995,ARCH GEN PSYCHIAT,V52,P1048 KILPATRICK DG,1987,CRIME DELINQUENCY,V33,P479 MADAKASIRA S,1987,J NERV MENT DIS,V175,P286 MAZURE CM,2000,AM J PSYCHIAT,V157,P896 NORTH CS,1999,JAMA-J AM MED ASSOC,V282,P755

18、ORTEGA AN,2000,AM J PSYCHIAT,V157,P615 POLE N,2001,J NERV MENT DIS,V189,P442 RESNICK H,1999,J ANXIETY DISORD,V13,P359 RESNICK HS,1993,J CONSULT CLIN PSYCH,V61,P984 ROTHBAUM BO,1992,J TRAUMA STRESS,V5,P455 RUBONIS AV,1991,PSYCHOL BULL,V109,P384,C,NR 32TC 179PU MASSACHUSETTS MEDICAL SOC/NEJMPI WALTHAM

19、PA WALTHAM WOODS CENTER,860 WINTER ST,WALTHAM,MA 02451-1413 USASN 0028-4793J9 N ENGL J MEDJI N.Engl.J.Med.PD MAR 28PY 2002VL 346IS 13BP 982EP 987PG 6SC Medicine,General&InternalGA 534UYUT ISI:000174608600006ER,D,E,G,系统使用,数据谐调区,数据处理显示区,文件设置区,CiteSpace导入数据,编辑新项目,CiteSpace调谐数据,处理结果,处理过程,参数设置区,Time slic

20、ing:时间分割From 1996 to 2003：设置数据源的时间跨度.#Year per slice：单个时间分区长度.,时间分片,Text Processing(文本处理)Term Source:聚类词生成来源,主要指WOS系统中引文信息,包括篇名、文摘、作者关键词及数据附加关键词。Term Type：包括名词短语与突现词，指从Term Source中提取的词语类型，是聚类词的依据。突现词：burst term，指通过考察词频的时间分布，将那些频次变化率高，增长速度快的“突发词”从大量的常用词中检测出来，用词频的变动趋势而不仅仅是词频的高低，来分析学科的前沿领域和发展趋势。,聚类词,Bu

21、rst探测步骤,选择词汇来源点击detect burst选择plain text/选择noun phrase选择create POS TagsNode type选择term,top n per slice选择5或10点击GO重新点击detect burst参考链接:http:/210.75.240.149/blog-496649-566289.html,Node Types：节点类型Author:COA,Co-Authors合著者Institution:合作机构分析Country：合作地区分析Term：Co Term，共现词分析Keyword：共现关键词分析Category：共现学科类别分析C

22、ited Reference：Document Co-Citation Analysis(DCA)共被引文献分析Cited Author：Author Co-Citation Analysis(ACA)共被引作者分析Cited Journal：Journal Co-Citation Analysis(JCA)共被引来源刊分析,节点选择区,三种微调设置方式(进入统计分析的文献标准)TopN per Slice:系统设定N=30，意为在每个time slice中提取N个被引次数最高的文献。N越大生成的网络将相对更全面一些。TopN%per Slice:将每个time slice中的被引文献按被引次

23、数排序后，保留最高的N%作为节点。Threshold Interpolation:设定三个time slices的值，其余time slices的值由线性插值赋值。c:为最低被引次数只有满足这个条件的文献才能参加下面的运算.cc:本slice内的共被引次数 ccv:为规范化以后的共被引次数（0100）。,入选文献选择区,网络精简(pruning)Pathfinder:路径网络简化减少Link数量，只有那些最突出的可免于裁剪 Pruning slicednetworks:修剪切片网 Pruning mergednetworks:修剪合并网最小生成树：Minimum spanning tree,寻

24、径算法选择区,图谱可视化(Visualization)Cluster View-Static(静态图谱)Cluster View-Animated(动态图谱)Show Networks by Time Slices(按时间片显示多个图谱)Show Merged Network（显示各时间片最终合成的图谱）,选择图谱可视化方式,关键点文献,链接全文,中心度大于0.1的为关键点文章,保存图谱/图像,开始/终止迭代,发现聚类/最优聚类，以不同色点显示,以标题词/关键词/或摘要词来标记聚类,聚类显示,显示类组成员及引证文献,Contorl panel（控制面板）,节点选择keyword,term时有效

25、，调谐其节点大小，字体大小及显示阈值,节点除keyword,term外时有效，调谐其节点大小，字体大小及显示阈值,显示聚类标识词的字体大小,显示图谱方式,默认聚类视图,timeline表示时区视图,时区视图,时区视图,案例,恐怖主义研究terrorism,选择节点,设置阈值,设置图谱呈现模式,分析结果,分析过程,可视化图谱,图谱原始状态,图谱迭代变化过程,迭代,停止迭代过程,紫色圆环为关键节点,点击节点右键,弹出窗口选择全文链接,显示聚类,以不同的色点显示不同的聚类,显示聚类标识(标题词模式),显示聚类数,#14 posttraumatic stress disorder,聚类信息探索,每个聚

26、类的信息,#1聚类成员,#1引证文献,通过从文献中提取句子概况本类主要内容,获取主要聚类的信息,图谱聚类分析,三个主要的聚类CA左上绿色部分,恐怖主义爆炸中的身体外伤CB中部,黄-桔色,与生化武器威胁相关的卫生保健CC左下桔色部分,911恐怖袭击事件对心理和精神的影响,关键点文献分析,CA与CB通过一个关键点Mallonee-1996相联,这篇文章对由1995年俄克拉何马城爆炸引起的灾祸作了全面的研究,因为这是一篇关于恐怖爆炸的人体外伤治疗的灾难处理的文章,故与CA相联,另一方面,这篇文章中的伤病和灾难是起因于俄克拉何马城爆炸,故也同CB相联.,1990-2003年间涌现的研究前沿术语,共被引

27、文献剪切视图,只保留最主要的链接,突显关键节点,突显不同时间段主要链接,时区视图,共现词分析,作者共被引分析,作者共被引分析作用,聚集作者相关群体，确定研究同行组建科学合作网络，促进科学攻关,期刊共被引分析,期刊共被引分析作用,判断期刊的学科或专业性质确定核心期刊依据,作者共现分析,国家共现分析,确定一个研究领域，收集尽可能多的该领域的词汇。保证接下来的分析能覆盖该领域所有主要的组成部分。数据收集及加载。从数据库上检索符合要求的数据，下载到本地，创建New Project。根据词汇在文章标题、文摘、表述中出现的频率的增长率来确定哪些是前沿热点词汇。并提取研究前沿术语。时间切片。用户确定总的时间

28、段的范围和分割后每一个时间片的长度。阈值选择（选择合适的引文数量、共被引频次和共被引系数）。选择算法精简和合并网络。展示。生成标准的聚类视图和时间序列视图。可视化检测。Citespace让用户可以通过几种方法与这个可视化系统进行交互。用户可以根据运算法则通过控制各种参数来控制可视化属性和标签的展示。确认关键点。确定的关键点的意义可以通过询问该领域的专家来确认。这些专家可以是处于关键点的文章的作者，或者是文章中引用过关键点处的文章的作者。,Citespace 的使用一般步骤,其他分析软件,RefVize:利用标准的数学聚类算法对文献进行分析,并以可视化的图形将处理后的文献归类结果显示出来,从中可

29、选择性阅读某一组文献,还可根据导入文献之间的主题关系,揭示某学科领域的研究热点,帮助推断研究趋势和挖掘新的学科生长点.BibexcelUcinetPajek,RefVize,小结,数据库内嵌分析功能(作者分析,期刊分析,主题分析,时间分析,引文分析)，帮助精炼检索结果GoPubMed 与SCImago Journal&country Rank分析平台，分析功能进一步深化.CiteSpace、HistCite、Refvize分析软件，提取高被引或高引用论文，分析研究趋势，析取关键文章，探测研究热点。,任何分析软件都不可能替代我们大量阅读文献,软件充其量只是辅助并提高我们的效率,或者从另外的角度将信息展示给我们，最终需要依靠阅读进行深层次分析。,朱伟丽,谢 谢！,