分子生物学概论基因、基因组和基因组学课件.ppt

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1、1,Molecular Biology,2,绪 论,分子生物学定义分子生物学发展简史分子生物学研究内容分子生物学与医学的关系,分子生物学 第一章,3,一、分子生物学定义,从分子水平研究生物分子的结构与功能从而阐明生命现象本质和生命过程规律的一门交叉科学；主要研究遗传信息的传递（复制）、保持（损伤和修复）、基因的表达（转录和翻译）与调控。,4,分子生物学的发展大致可分为三个阶段：准备和酝酿阶段 现代分子生物学的建立和发展阶段 初步认识生命本质并开始改造生命的深入发展阶段,二、分子生物学发展简史,5,1.准备和酝酿阶段,19世纪后期-20世纪50年代初。该阶段产生了两点对生命本质的认识上的重大突破

2、：,确定了蛋白质是生命活动的主要物质基础,19 世纪末 Buchner 兄弟证明酵母无细胞提取液能使糖发酵产生酒精，第1次提出酶(enzyme)的名称，酶是生物催化剂。,20 世纪 20-40 年代提纯和结晶了一些酶（包括尿素酶、胃蛋白酶、胰蛋白酶、黄酶、细胞色素C、肌动蛋白等），证明酶的本质是蛋白质。,6,对蛋白质一级结构和空间结构的认识,1902年Emil Fisher证明蛋白质结构是多肽；,1953年Sanger和Thompson完成了第一个多肽分子胰岛素A链和B链的氨基全序列分析。,1950年Pauling和Corey提出了-角蛋白的-螺旋结构模型。,7,1865年，孟德尔发表了他的植

3、物杂交实验一文，首次阐述了生物界有规律的遗传现象-分离定律和自由组合定律。“遗传因子”1900年，孟德尔遗传规律被证实，成为近代遗传学基础。1910年，Morgan的染色体基因遗传理论，Gene 存在于染色体上。进一步将“性状”与“基因”相耦联，成为现代遗传学的奠基石。,确定了生物遗传的物质基础是DNA,8,1944年，美国微生物学家Avery证明肺炎球菌转化因子就是DNA分子，提出 DNA是遗传信息的载体。,9,从50年代初到70年代初，以1953年Watson和Crick提出的DNA双螺旋结构模型作为现代分子生物学诞生的里程碑，开创了分子遗传学基本理论建立和发展的黄金时代。,2.现代分子生

4、物学的建立和发展阶段,10,（1）遗传信息传递中心法则的建立,1953年Watson和Crick提出DNA复制的模型；,逐渐完善了对DNA复制机理的认识,1954年Crick提出遗传信息传递的规律中心法则；1970年Crick提出了完整的中心法则。,实线箭头的转移普遍地存在于所有生物细胞中。虚线箭头是特殊情况下的遗传信息转移。,朊病毒？,11,中心法则合理地说明了在细胞的生命活动中两类大分子的联系和分工：核酸的功能是储存和转移遗传信息，指导和控制蛋白质的合成。蛋白质的主要功能是进行新陈代谢活动和作为细胞结构的组成成分。,12,2 对蛋白质结构和功能的进一步认识,1956-1958 年 Anfi

5、nsen 和 White根据对酶蛋白的变性和复性实验，提出蛋白质的三维空间结构是由其氨基酸序列来确定的。1958 年 Ingram 证明正常的血红蛋白与镰刀状红细胞贫血病人的血红蛋白之间，肽链上仅有一个氨基酸残基的差别，使人们对蛋白质的一级结构影响功能有了深刻的印象。对蛋白质研究的方法手段也有很大改进。1969 年 Weber 应用 SDS-PAGE 测定蛋白质分子量；1973 年氨基酸自动测序仪问世。中国科学家在 1973 年通过 1.8A X 线衍射，分析测定了牛胰岛素的空间结构。,13,3.认识生命本质并改造生命的发展阶段,70年代后，以基因工程技术的出现作为新的里程碑，标志着人类深入认

6、识生命本质并能动改造生命的新时期开始。其间的重大成就包括：,14,(1)重组DNA技术的建立和发展,1967-1970年R.Yuan和H.O.Smith等发现的限制性核酸内切酶为基因工程提供了有力的工具；,第一个实现DNA重组的人Berg 1972年斯坦福大学的Paul Berg 小组首次完成了体外重组实验：用E.coR 切割SV40 DNA和噬菌体DNA，经过连接组成重组的DNA分子。(1980年诺贝尔化学奖),Paul Berg,SV40,l噬菌体,15,1973年，美国斯坦福大学的Cohen 组将E.coli的tetr质粒psclol和neorsr Rb-3质粒体外限制酶切割，连接成一个

7、新的质粒，转化E.coli，在含有四环素和新霉素的平板上筛选出了tetrner，实现了细菌遗传性状的转移。这是基因工程史上的第一个克隆化并取得成功的例子，由此宣告了基因工程的诞生，这一年被定为基因工程诞生的元年。,第一个取得基因工程成功的人Cohen,Cohen,16,(2)基因组研究的发展,目前分子生物学已经从研究单个基因发展到研究生物基因组的结构与功能。1977年Sanger测定了X174-DNA全部5375个核苷酸的序列；1978年Fiers等测出SV-40DNA全部5224bp序列；80年代噬菌体DNA全部48,502bp的序列全部测出；一些小的病毒包括乙型肝炎病毒、艾滋病毒等基因组的

8、全序列也陆续被测定；,17,三、分子生物学的主要研究内容,1.核酸的分子生物学,研究核酸的结构及其功能，包括核酸/基因组的结构、遗传信息的复制、转录与翻译，核酸存储的信息修复与突变，基因表达调控和基因工程技术的发展和应用等。遗传信息传递的中心法则是其理论体系的核心。,18,2.蛋白质的分子生物学,研究蛋白质的结构与功能。,蛋白质的研究比早，但难度较大，发展较慢。近年来在蛋白质的结构及其与功能关系方面取得了一些进展，但是对其基本规律的认识尚缺乏突破性的进展。,19,3.细胞信号转导的分子生物学,研究细胞内、细胞间信息传递的分子基础。,生物体的细胞分裂与分化及其它各种功能的完成，均依赖于环境所赋予

9、的各种信号。在外源信号的刺激下，细胞将信号转变为一系列的生物化学变化，例如蛋白质构象的转变、蛋白质分子的磷酸化以及蛋白与蛋白互作的变化等，从而使其发生改变以适应内外环境的需要。,20,四、分子生物学与医学的关系,由于分子生物学涉及认识生命的本质，它也就自然而然地渗透到医学各学科领域中，成为现代医学的重要基础。在医学各学科中，包括生理学、微生物学、免疫学、病理学、药理学以及临床各学科，分子生物学都正在广泛地形成交叉和渗透，形成了一些交叉学科，如分子免疫学、分子病理学、分子病毒学和分子药理学，大大促进了医学的发展。分子生物学在医学各个领域中的渗透使医学进入分子水平。分子生物学的发展终将解决诸多的重

10、大医学问题，如人脑的机能、生育控制、肿瘤防治、器官移植、免疫调节、新药开发等。因此，可以说分子生物学将是未来医学的核心内容。,21,基因、基因组和基因组学,分子生物学 第二章,22,主要内容,第一节 基因的结构和功能第二节 病毒基因组的结构和功能第三节 原核生物基因组的结构和功能第四节 真核生物基因组的结构和功能第五节 基因组学,23,遗传学角度：基因（gene）：是指携带有遗传信息的DNA或RNA序列，也称为遗传因子。分子生物学角度：基因（gene）：是合成有功能的蛋白质或RNA所必需的全部DNA，包括编码蛋白质或RNA的核酸序列及为保证转录所必需的调控序列。,第一节 基因的结构和功能,24

11、,（1）具有转录和翻译功能，编码蛋白质的基因。包括结构基因和调节基因；,基因的分类,基因按其功能可分为：,结构基因 可被转录成mRNA，并可翻译成多肽，构成结构蛋白或催化各种生化反应的酶。调节基因 指某些可调节、控制结构基因表达的基因。,25,（2）只有转录功能而没有翻译功能的基因，包括tRNA基因和rRNA基因。（3）不转录的基因，它对基因表达起调节控制作用，包括启动基因和操纵基因。,26,基因的结构,真核生物,编码区：能够编码产生蛋白质的序列，包括外显子与内含子。前导区：位于编码区上游，相当于mRNA5端非编码区。调节区：包括启动子和增强子等基因编码区的两侧，也称为侧翼序列。,27,断裂基

12、因（splite gene）,真核生物结构基因，由若干个编码区和非编码区互相间隔开但又连续镶嵌而成，去除非编码区再连接后，可翻译出由连续氨基酸组成的完整蛋白质，这些基因称为断裂基因编码序列称外显子(exon)，非编码序列称内含子(intron)。,1977年发现断裂基因，1993年获诺贝尔奖,28,断裂基因,29,基因大小,低等生物的基因较小，高等生物基因较大,基因的大小主要取决于内含子的有无、大小及数量,病毒与原核生物（古细菌除外）基因没有内含子，不是断裂基因（split gene）低等真核生物（如酵母和真菌）大多数基因没有内含子，因此其基因较小，一般不超过5kb高等真核生物基因普遍含有内含

13、子，内含子通常比外显子（exon）大很多，使基因比其mRNA分子大很多,30,基因携带遗传信息基因控制生物体的性状（1）控制酶的合成；（2）控制结构蛋白的成分 遗传信息的表达过程是一个基因所携带的信息转变为一种具有正常功能产物（蛋白质、多肽、RNA）的过程。(严格的时间和空间特异性),基因功能,31,基因组（genome）：是指一个物种的单倍体的染色体所携带的全部遗传信息。,原核生物（prokaryote）和真核生物（eukaryote）的基因组都是DNA 病毒基因组有的是DNA，有的是RNA,基因组（原核生物和真核生物）,第二节 基因组的结构和功能,染色体基因组（chromosomal ge

14、nome）染色体外基因组（extrachromosomal genome）如：细菌的质粒（plasmid）DNA 真核生物的线粒体（mitochondria）DNA 叶绿体（chloroplast）DNA,32,C值（C value）：一种生物体单倍体基因组的DNA含量总是恒定的，它通常称为该物种DNA的C值。不同物种的C值差异很大，如最小的支原体只有104bp，而最大的某些显花植物和两栖动物可达1011bp。,基因组的大小,33,不同生物种类基因组DNA的C值分布图,34,主要表现:1.C值不随生物的进化程度和复杂性而增加,如肺鱼的C值为112.2109bp，而人的是3.2109bp；2.亲

15、缘关系密切的生物C值相差甚大，如两栖动物，C值小的可以低至109bp以下，C值大的可以高至几乎1011bp；3.高等真核生物具有比用于遗传高得多的C值，如人的染色体组DNA含量在理论上包含300万个基因，但实际有用途的基因只有2-3万左右。,C值矛盾：生物体的进化程度与基因组大小之间不完全成比例的现象（又称：C值悖论，C value paradox）,35,必需基因：指关系到生物体存活的基因，可通过基因突变的方法确定致死位点的数量，以得知基因组必需基因的数量,有相当一部分基因对生物体的存活没有影响。原因之一可能是冗余（也即多拷贝）基因的存在基因组中是否存在非必需基因，其比例是多少等有待研究,基

16、因总数与必需基因,生物体的复杂程度与基因组中基因数目成正相关（不完全成比例）,36,（1）病毒基因组的核酸类型,病毒基因组有4种不同类型双链DNA（乳头瘤病毒）单链DNA（X174）双链RNA（轮状病毒）单链RNA（流感病毒）对于单链DNA或RNA病毒而言，如果基因组序列与mRNA相同，称为正链DNA（+DNA）或正链RNA（+RNA）病毒，如果与mRNA互补，则称为负链DNA（-DNA）或负链RNA（-RNA）病毒,一、病毒基因组的结构和功能,37,（2）病毒基因组的大小及碱基组成,病毒基因组大小在不同病毒有较大差异，变化范围在1.5103bp（核苷酸，nucleotide，nt）3.610

17、6bp（nt）之间 乙肝病毒DNA：3kb，信息量较小，编码4种蛋白质 痘病毒的基因组：300kb，编码几百种蛋白质（病毒复制所涉及 的酶类编码，核苷酸代谢的酶类）病毒基因组大小与病毒对宿主的依赖性有关不同病毒核酸的碱基组成相差很大疱疹病毒属，G+C含量高达75%痘病毒属G+C含量却低至26%,38,（3）RNA病毒基因组编码序列具有节段性 多数RNA病毒的基因组是由连续的RNA链组成；但有些病毒的基因组RNA由不连续的几条核酸链组成；如：流感病毒由8条RNA分子构成，每条RNA分子都含有编码蛋白质分子的信息；轮状病毒由10个节段性的线性双链RNA分子构成，每段RNA分子都编码一种蛋白质。有分

18、段基因组的病毒一般感染效率较低；容易重组，发生变异。,39,所谓重叠基因（overlapping gene）是指两个或两个以上的基因共有一段DNA序列，或是指一段DNA序列成为两个或两个以上基因的组成部分。某些原核生物、病毒或噬菌体,（4）病毒基因存在基因重叠；,40,基因重叠,1977年，Sanger 在研究X174时发现,X174是一种单链DNA病毒，感染大肠杆菌后共合成总分子量为25万左右蛋白质分子，相当于6078个核苷酸所容纳的信息量X174 DNA本身只有5386个核苷酸，最多能编码总分子量为20万的蛋白质分子,41,基因重叠,基因重叠有以下几种情况：（1）完全重叠（2）部分重叠（3

19、）两个基因只有一个碱基重叠 一个基因终止密码子的最后一个碱基是另一个基因起始密码子的第一个碱基,42,（5）病毒基因组的大部分序列可编码蛋白质，只有非常小的一部份不编码蛋白质；（6）病毒基因组的转录单元是多顺反子；DNA序列中功能相关的蛋白质的基因丛集在基因组的一个或几个特定的部位，形成一个功能单位或转录单元，它们可被一起转录成含有多个mRNA的分子，称为多顺反子mRNA。,43,（7）病毒基因组都是单倍体（逆转录病毒除外）（8）噬菌体（细菌病毒）的基因是连续的，而真核细胞病毒的基因是不连续的,44,病毒基因组的结构与功能特征,病毒基因组基因组很小，且大小相差较大。病毒基因组可以由DNA组成，

20、或由RNA组成。多数RNA病毒的基因组是由连续的RNA链组成；基因重叠。基因组的大部分可编码蛋白质，只有非常小的一部份不编码蛋白质。形成多顺反子结构（polycistronie）。病毒基因组都是单倍体（逆转录病毒除外）。噬菌体（细菌病毒）的基因是连续的，而少数真核细胞病毒的基因是不连续的。,45,2.2.2原核生物基因组的结构和功能,原核生物基因组通常比较简单，其基因组大小在106bp107bp之间，所包含的基因数目几百个到数千个之间。,类核（nucleoid）：是指原核生物基因组通常由一条环状的双链DNA分子组成，在细胞中与蛋白质结合成染色体的形式，在细胞内形成一个致密的区域。,46,图 大

21、肠杆菌的类核结构模型,47,基因组较小（106bp107bp）功能上相关的几个结构基因串联在一起组成操纵子(operon)结构。结构基因均为单拷贝基因（除18s、28s、5s rRNA及tRNA基因外）,（1）原核生物基因组的一般特点,48,不编码的DNA序列约占全基因组的10%以内（比真核生物少得多）：基因组中几乎没有重复序列，基因间几乎没有间隔，基因内没有内含子（古细菌除外）。不编码部分通常包含调控基因表达的序列DNA分子中有各种功能区，如复制起始区OriC，复制终止区TerC，转录起始区和终止区等，这些区域往往有反向重复序列，能形成特殊的结构,49,有色部分代表编码序列外环为顺时针转录的

22、编码序列内环为逆时针转录的编码序列,化脓性链球菌基因组,50,大肠杆菌染色体基因组的结构和功能,大肠杆菌染色体基因组是研究最清楚的基因组。结构特点：（1）仅有一条环状双链DNA分子组成，总共具有4288个基因，平均编码长度950bp，且这些结构基因没有内含子。（2）几乎所有的基因都是单拷贝基因；（3）和病毒的基因相似，不编码的DNA部分所占比例比真核细胞基因组少得多。（4）基因组种编码顺序一般不会重叠，即不会出现基因重叠现象。,51,（5）具有操纵子结构，其中的结构基因为多顺反子，即数个功能相关的结构基因串联在一起，受同一个调节区的调节。,52,（6）DNA分子中重复序列很少，但是在大肠杆菌基

23、因组的不同部位可以称为转座子的50kb的重复片段。转座子：能在基因组中从一个位点移至另一位点的DNA序列称为转座因子（transposable element），又称为可转座元件 原核生物转座因子的种类及结构功能特征：根据分子结构及转座特点，原核生物的转座因子可分为插入序列（insertion sequence，IS）复合型转座子,53,插入序列(insertion sequence，IS)：2 000bp以内，两端正向重复序列（direct repeats，DR）、反向重复序列（inverted repeats，IR），中间1kb左右的编码序列，仅编码和转座有关的转座酶。复合型转座子(com

24、posite transposon)：2 00020 000bp之间，两端由一对IS元件组成，带有与转座作用有关的基因和其他基因。,图 Tn的基本结构,54,大肠杆菌染色体外基因组的结构和功能,大肠杆菌质粒是双链环状结构的DNA分子。可以有共价闭合环状DNA、缺口的环状、DNA线性DNA 三种结构状态。,质粒（plasmid）：是指一类染色体外具有自主复制能力的环状双链DNA分子，属染色体外基因组。,没有游离的末端，每条链上的核苷酸通过共价键彼此头尾相连，这种 结构称为共价闭环DNA（covalently closed circular DNA，cccDNA）,常形成超螺旋结构。如果双链中一条

25、链产生一个缺口，则形成带缺口的开环DNA；如果两条链都产生缺口则成为线状DNA分子；琼脂糖凝胶电泳时泳动速度依次为：共价闭环DNA线状DNA开环DNA,55,质粒(plasmid),特点：能在宿主细胞内独立自主复制；带有某些遗传信息,会赋予宿主细胞一些遗传性状。,56,质粒的功能（细菌质粒控制的性状）,质粒对宿主细胞的生存一般不是必需的，但质粒带有某些特殊的不同于宿主细胞的遗传信息，其存在赋予宿主细胞一些新的遗传性状，某些情况下有利于细胞的生长。,57,表2-2 细菌质粒所控制的一些性状,58,质粒的复制,质粒能自主复制，是能独立复制的复制子（autonomous replicon）。严紧控制

26、（stringent control）型质粒：其复制常与宿主的繁殖偶联，拷贝数较少，每个细胞中只有1个到十几个拷贝。松弛控制（relaxed control）型质粒：其复制与宿主不偶联，每个细胞中有几十到几百个拷贝。,59,质粒的稳定性与不相容性,质粒的稳定性：质粒在宿主细胞内稳定地存在而不丢失称为质粒地稳定性。影响质粒稳定性的因素有两种：（1）宿主细胞分裂时质粒能否均衡地分配到子代细胞；（2）质粒分子自身结构的稳定性。,质粒的不相容性：两种不同的质粒因利用同一复制和维持机制，在复制和随后向子代细胞分配的过程中会发生竞争，从而不能在同一宿主细胞内稳定存在，其中一种质粒将被丢失的现象。携带不同复

27、制和维持机制的质粒则属于不同的不相容群，它们可以共存于同一细胞中。,60,原核生物基因组的一般特点,基因组较小（106bp107bp）。操纵子结构是原核生物基因组的功能单位。结构基因均为单拷贝基因（除18s、28s、5s rRNA及tRNA基因外）。不编码的DNA序列约占全基因组的10%以内（比真核生物少得多）：基因组中几乎没有重复序列，基因间几乎没有间隔，基因内没有内含子（古细菌除外）。不编码部分通常包含调控基因表达的序列DNA分子中有各种功能区，如复制起始区OriC，复制终止区TerC，转录起始区和终止区等，这些区域往往有反向重复序列，能形成特殊的结构。,61,真核生物的遗传物质绝大部分存

28、在于细胞核染色体，少部分存在于线粒体或叶绿体中，因此真核生物基因组可分为细胞核基因组和细胞器（质）基因组。,细胞核基因组：不同物种之间，大小相差悬殊（1071012bp）,三、真核生物基因组的结构与功能特点,线粒体 叶绿体,62,（一）细胞核染色体基因组1.细胞核基因组由染色体DNA组成 DNA以线形分子的形式存在于染色体中,63,64,真核生物染色体基因组特点,真核生物基因组存在大量的重复序列；真核基因组的另一特点是存在多基因家族与假基因。,65,真核生物的染色体基因组一般比较庞大，例如人的单倍体基因组由3109bp碱基组成，按1000个碱基编码一种蛋白质计算，理论上可有300万个基因。但实

29、际上，人类基因组中仅含有2500030000个基因。这些与表达无关的DNA大部分是基因间隔区序列，基因间隔区序列主要由重复DNA构成。只有很少一部份（约占2-3）的DNA序列用以编码蛋白质和结构RNA。,66,真核生物基因组存在大量的重复序列,单拷贝序列中度重复序列高度重复序列,67,单拷贝序列（低度重复序列）,在单倍体基因组中，单拷贝序列只有一个或几个拷贝，占DNA总量的40-80：果蝇中占79，小鼠中占70。结构基因基本上属于单拷贝序列，储存的巨大遗传信息，用来编码各种不同功能的蛋白质，体现了生物的各种功能。,68,中度重复序列,中度重复序列在真核基因组中重复次数为10105，占DNA总量

30、的10-40：果蝇中占15，小鼠中占20。编码rRNA、tRNA、组蛋白以及免疫球蛋白的结构基因等都属于这一类，另有部分可能与基因的调控有关。,69,Alu家族,Alu家族是灵长类基因组特有的含量丰富的中度重复序列，是散在重复序列中最大的一个家族，因序列内部有限制性内切酶AluI的酶切位点而得名。Alu序列每个成员的长度约300bp，由两个130bp的正向重复序列组成，二者之间有31bp的间隔序列，Alu序列的重复次数为30-50万次。,70,rRNA基因,rRNA基因通常集中成簇存在，而不是分散于基因组中，这样的区域称为rDNA，如染色体的核仁组织区（nucleolus organizer

31、region）即为rDNA区。,图 非洲爪蟾的rRNA基因结构,71,高度重复序列,高度重复序列在真核基因组中重复次数可高达百万(106)以上，在基因组中所占比例随种属而异，约占DNA总量10-60，可以集中串联排列在某一区域。典型的高度重复序列DNA有反向重复序列(inverted repeats)和卫星DNA(satellite DNA)。,反向重复序列：是指两个相同顺序的互补拷贝在同一DNA链上的反向排列。,卫星DNA 是另一类高度重复序列，这类重复序列的重复单位一般由2-10bp组成，成串排列。,72,图 反向重复序列发夹式结构,反向重复序列：两个相同顺序的互补拷贝在同一DNA链上的反

32、向排列。,73,重复序列的多态性,DNA多态性是指DNA序列发生变异从而导致的个体间核苷酸序列的差异，主要包括：单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）串联重复序列多态性（tandem repeats polymorphism）,一般认为，DNA序列的某一特定位点的变异频率低于1%为基因突变，高于1%则为DNA分子多态性。,74,SNP是由基因组DNA上的单个碱基的变异引起的DNA序列多态性。是人群中个体差异最具代表性的DNA多态性，相当一部分还直接或间接与个体的表型差异、对疾病的易感性或抵抗能力、对药物的反应性等相关。SNP被认为是一种能稳定遗传

33、的早期突变。,75,Alu序列多态性,Alu序列每个成员的长度约300bp，由于其内部都有一个限制性内切酶AluI的酶切位点（AGCT），将其切割为170bp和130bp的两个片段；但是这种序列很容易形成限制性内切酶识别位点，也容易失去一个酶切位点，造成限制性片段长度多态性。,170 bp,130 bp,AluI酶切位点（AGCT）,外部重复序列,富含CpG的重复序列,插入序列,76,真核基因组的另一特点是存在多基因家族与假基因,多基因家族（multi gene family）：是指由某一祖先基因经过复制和变异所产生的一组基因。,多基因家族分为两类：基因家族成员相对集中地存在于某一染色体的特定

34、区域，又称为基因簇（gene cluster）基因家族成员在整个染色体上散在分布，甚至存在于不同染色体上,77,2 1 21 2 1,珠蛋白基因,G A,珠蛋白基因,胚胎基因,胎儿基因,成人基因,假基因,珠蛋白基因家族：家族的不同成员成簇地分布在不同染色体上，但核酸序列高度同源，编码一组功能上紧密相关的蛋白质。,78,假基因(pseudogene)具有与功能基因相似的序列，但由于有许多突变以致失去了原有的功能，不能转录或转录后生成无功能的蛋白质的基因，常用表示。,假基因,79,传统假基因的形成,the rabbit pseudogene,2,80,加工假基因可在由RNA向DNA的反转录过程中产

35、生并整合到基因组中,A processed pseudogene is an inactive gene copy that lacks introns,contrasted with the interrupted structure of the active gene.Such genes originate by reverse transcription of mRNA and insertion of a duplex copy into the genome,图 加工的假基因,81,真核生物细胞器基因组的结构与功能特点,真核生物有两类细胞器能携带遗传物质：线粒体和叶绿体。这些遗传

36、物质独立于细胞核基因组外，能够自行复制和表达，又称为染色体外基因组。大多数细胞器基因组是环状DNA，某些低等真核生物（如草履虫、衣滴虫和几种酵母）的线粒体DNA是线状分子。通常每个细胞内有许多细胞器，每个细胞器基因组又有许多拷贝。,82,线粒体基因组编码其自身蛋白质合成体系的某些成员，如rRNA和tRNA等，以及呼吸链中的某些成员，如ATP酶、NADH还原酶、细胞色素氧化酶复合体中的某些组分。线粒体蛋白质合成体系及呼吸链中的其它成员由细胞核基因组编码。,83,人类线粒体（mitochondrion）基因组,16569 bp 37个基因 22 tRNA 2 rRNA 13 蛋白质,84,核基因组

37、和线粒体基因组的协同作用,核基因组编码了近千个线粒体蛋白,线粒体基因组只编码了13条多肽链，22个tRNA和2个rRNA,?,85,高等动物线粒体基因组具有独特的特点：,母系遗传。子代线粒体基因组来自母亲，父系的线粒体基因组在精卵结合时一般不能进入卵细胞。因此，在子代个体发育过程中没有父母双方线粒体DNA的重组发生。线粒体DNA损伤后不易修复，突变率较高，可能与衰老及某些疾病有关。遗传密码与通用遗传密码存在差别，如UGA（终止密码子）编码Trp，AGA/AGG（Arg）为终止密码子，AUA（Ile）为起始密码子并编码Met。,86,线粒体相关疾病母系遗传性耳聋Leber遗传性视神经病线粒体糖尿

38、病肿瘤原发性高血压弱精子症,87,真核生物基因组的结构与功能特点,1.基因组DNA与蛋白质结合形成染色体，储存于细胞核内，除配子细胞外，体细胞内基因组是双份的（即双倍体，diploid），有两份同源的基因组。2.基因转录产物为单顺反子。一个结构基因经过转录生成一个mRNA分子，再翻译生成一条多肽链。3.存在重复序列，重复次数可达百万次以上。4.基因组中不编码的区域多于编码的区域。5.大部分基因含有内含子，因此，基因是不连续的（断裂基因，split gene）6.基因组远远大于原核生物的基因组，具有许多复制起始点，而每个复制子的长度较小,88,基因组学,基因组学（Genomics）是一门对生命有

39、机体全基因组进行序列分析和功能研究的新兴学科。随着人类基因组测序工作的初步完成，基因组学的研究由最初的结构基因组学向功能基因组学转移。研究目标从单纯的基因结构和表达发展为整体水平上的基因组分析。,89,基因组学,人类基因组计划结构基因组学 基因定位克隆 基因组功能研究 基因组学与进化 宏基因组学,90,人类基因组计划,人类基因组计划（The Human Genome Project，HGP）是二十世纪九十年代初开始启动的多国科学合作计划，对少数人进行全基因组（即24条非同源染色体，共30亿碱基）的测序和拼接，绘制出人类基因的谱图。,1986年诺贝尔奖获得者R.Dulbecco在科学杂志上发表一

40、篇短文肿瘤研究的转折点人类基因组研究，提出人类基因组计划，也即测出人类基因组全部碱基的序列（1n3109）。,91,School of Laboratory Medicine,Wenzhou Medical College,91,1990年，美国政府决定正式启动HGP，预计用15年时间，投入30亿美元完成HGP；由美国国立卫生研究院和能源部共同组成“人类基因组研究所；逐渐地，HGP扩展为多国协作计划，主要由6个国家，20个研究所，2000多位科学工作者组成；这6个国家对HGO地贡献依次是：美（67%）、英（22%）、日（6%）、法（2%）、德（2%）、中（1%，人类3号染色体上约3000万个碱

41、基对的测序任务）,92,人类基因组计划,遗传图谱物理图谱 序列图谱转录图谱,HGP的主要任务,93,遗传图谱（genetic map）：又称连锁图谱(linkage map)，它是以具有遗传多态性的遗传标记为“路标”，以遗传学距离为图距的基因组图。遗传多态性：在一个遗传位点上具有一个以上的等位基因，在群体中的出现频率皆高于1%遗传学距离：在减数分裂中，两个位点之间进行交换、重组的百分率，1%的重组率称为1cM遗传图谱的建立为基因识别和完成基因定位创造了条件,94,School of Laboratory Medicine,Wenzhou Medical College,94,物理图谱（phys

42、ical map）：利用限制性内切酶将大分子DNA切成片段，再根据重叠序列确定片段间连接顺序，以及遗传标志之间物理距离碱基对(bp)或千碱基(kb)或兆碱基(Mb)为路标的图谱。物理图谱的完成是一个里程碑式的成功，它准确地得出了基因的相对位置。,95,School of Laboratory Medicine,Wenzhou Medical College,95,序列图谱：是分子水平上最高层次，最为详尽的物理图谱，可得到全部的DNA序列。实际上是一长串由4个字母（A、G、C、T）组成的碱基序列，是由30亿个字母写成的“天书”。,96,School of Laboratory Medicine,

43、Wenzhou Medical College,96,基因图谱（转录图谱）：在识别基因组所包含的蛋白质编码序列的基础上绘制的结合有关基因序列、位置及表达模式等信息的图谱。此图的目的是找出基因顺序与具体遗传现象的一一对应关系，是真正意义的实际应用。,97,School of Laboratory Medicine,Wenzhou Medical College,97,HGP对医学和社会发展的影响：新药的开发；估计人类基因中可能称为药物靶点的基因数约为3000个；个性化给药/个性化医学；个人遗传背景不同，对相同药物可有不同的反应；药物遗传学；司法鉴定对社会伦理的影响，个人基因档案，基因歧视？,98

44、,结构基因组学,主要包括全基因组测序和序列信息的结构分析。基因组研究的中心内容之一。,99,基因定位克隆,基因定位克隆：是指利用微卫星和SNP全基因组扫描来搜索与疾病性状紧密相关的位点，从而确定疾病相关基因的位置并进一步获得克隆。随着基因组序列信息的积累，基因的定位克隆成果丰富，并且在多基因疾病的数量性状等基因的克隆方面也有很大进展。,100,基因组功能研究,根据已有基因的功能推测基因组中具有相似结构的基因的功能，借助这种同源性分析认识一个新基因的功能。基因突变失活有效的方法有定点突变、基因敲除（knock-out）和RNA干扰技术等。,101,基因组学与进化,生物进化的研究表明，所有生命都来自一个共同的祖先。基因组信息数学分析可获得的最重要的直接结果之一就是物种之间的进化距离。比较基因组学：是一门新兴的交叉学科，在基因组学水平上研究不同物种在基因组结构与功能方面亲缘关系、内在的联系，以及进化地位。,102,宏基因组学（Metagenomics）,宏基因组是指生境中全部微小生物遗传物质的总和。宏基因组学就是以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象,以功能基因筛选和测序分析为研究手段,通过非培方法进行某个特殊生态环境中微生物群落的鉴定。主要技术包括DNA的提取、文库的构建和目标基因克隆的筛选。可用于发现新基因、开发新的生物活性物质、研究群落中微生物多样性等。,