生物技术概论基因工程精品ppt课件.ppt
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1、第二章 基因工程Gene Engineering,基因工程是生物工程的核心技术,是最具生命力和最引人注目的前沿学科之一。,学习要求,掌握基因工程的概念,DNA重组原理与技术;熟悉外源基因转入受体细胞的各种途径;了解基因工程研究的基本技术路线,基因工程的应用。,第一节 基因工程概述,一、复习DNA、基因的概念和结构1.DNA的组成、结构和功能,DNA由腺嘌呤脱氧核苷酸(A)、鸟嘌呤脱氧核苷酸(G)、胞嘧啶脱氧核苷酸(C)、胸腺嘧啶脱氧核苷酸(T)组成。脱氧核苷酸由脱氧核糖、碱基和磷酸基组成。四种脱氧核苷酸的脱氧核糖、磷酸基的结构和位置相同,只是各自的碱基不同。,DNA的双螺旋结构 DNA两条脱氧
2、核苷酸链总是按照碱基A与T互补配对和G与C互补配对的,通过氢键形成稳定的双螺旋结构,称为双链DNA。少数病毒和噬菌体中的DNA是以单链形式存在的。,DNA的功能(1)DNA分子能在细胞内复制 以原有的DNA链为模板,从特定的复制起始位点(ori)起始,复制出新的DNA链。(2)携带遗传信息 DNA 是遗传信息的主要携带者,DNA 上的部分核苷酸序列决定着RNA的核苷酸序列。通过转录,这些核苷酸序列分别指令转录出核糖体 RNA(rRNA)、转移RNA(tRNA)和信使 RNA(mRNA)。,2、基因的概念和结构,基因是编码蛋白质或RNA等具有特定功能产物的遗传信息的基本单位,是具有遗传信息一段D
3、NA序列。结构:包括编码序列(外显子)、编码区前后对于基因表达具有调控功能的序列和单个编码序列间的间隔序列(内含子)。,基因是基因工程的操作对象,原核生物基因结构,真核生物基因结构,原核生物基因启动子相关的保守核苷酸序列 Pribnow框或-10区:-4-13bp之间由个核苷酸组成,多数是TATAAT序列。-35区:-35bp前后保守的TTGACA序列。,动、植物基因启动子相关的保守核苷酸序列,终止子发夹结构序列,终止子(termi-nator):在基因编码区下游有一段使转录终止的核苷酸序列。,3、基因工程的概念,按照人们的愿望(人为的),进行严密的设计(类似工程设计),通过体外DNA重组(非
4、生命活动过程)和转基因等技术,有目的地改造生物种性,使现有的物种在较短的时间内趋于完善(区别于自然突变和常规育种),创造出更符合人们需求的新的生物类型;利用这种技术对人类疾病进行有效的诊断和治疗。,体外DNA重组是基因工程的基本内容和关键技术。自然界的DNA重组-难以预测基因工程-按人的意志进行DNA重组重组DNA技术是指将一种生物体(供体)的基因与载体在体外进行拼接重组,然后转入另一种生物体(受体)内,使之按照人们的意愿稳定遗传并表达出新产物或新性状的DNA体外操作程序,也称分子克隆技术。因此供体、受体、载体是重组DNA技术的三大基本元件。,二、基因工程诞生的基础,(一)理论上的三大发现1、
5、40年代确定的遗传信息的携带者是DNA而不是蛋白质(肺炎双球菌实验)2、50年代揭示的DNA分子的双螺旋结构模型和半保留复制机制。3、50年代末60年代:确定了遗传信息的传递方式(密码子学说,中心法则),(二)基因工程研究的理论依据(为何可对基因进行切、接、转、增、检操作)1、基因可以重组互换2、基因可切割3、基因可转移(不同生物体之间、同一染色体上、不同人染色体之间、插入到靶DNA中):可把来自任何生物的基因转移到与其毫无关系的任何其他受体细胞中,可以任意改造生物的遗传特性,创造出生物的新性状,4、多肽与基因之间存在对应关系5、遗传密码是通用的6、基因可以通过复制把遗传信息传递给下一代:某一
6、段DNA可在受体细胞内进行复制,为制备大量纯化的DNA片段提供了可能,(三)技术上的三大发明1、60年代末70年代:限制性核酸内切酶的发现 2、70年代:DNA连接酶的发现3、70年代:基因工程载体的使用。1973年第一次实现了重组转化成功的例子。从此基因工程诞生,这年定为基因工程诞生的元年。,三、基因工程操作的技术路线,生物材料,mRNA,RNA,DNA,cDNA,基因组文库,人工合成,目的基因,PCR扩增,酶切,技术路线,基因操作的基本步骤,第二节 基因工程四大要素 工具酶 载体 目的基因 受体,基因工程技术中对核酸的精雕细刻主要用酶作为工具,一、工具酶(一)限制性内切核酸酶 1、概念,一
7、类能识别双链DNA中特殊核苷酸序列,并在合适的反应条件下使每条链一定位点上的磷酸二酯键断开,产生具有3-OH和5-P基团的DNA片段的内切脱氧核糖核酸酶。,什么是限制性内切酶?,由1973年H.O Smith和D.Nathans提议的命名系统 由三部分构成,即菌种名、菌系编号、分离顺序。1、用属名的第一个字母(大写,斜体)和种名的头两个字母(小写,斜体)组成3个字母的略语表示寄主菌的物种名。大肠杆菌(Escherichia coli)用Eco表示;流感嗜血菌(Haemophilus influenzae)用Hin表示。2、用一个大写字母表示菌株或型。如Ecok,EcoR3.如果一种特殊的寄主菌
8、内有几种不同的限制与修复系统,用罗马字母表示分离到的第几个,正体书写。如EcoR I,EcoR V。,命名原则?,目前鉴定出三种不同类型的限制性内切酶I 类限制性内切酶II 类限制性内切酶 III类限制性内切酶,限制性内切酶系统的种类?,2、限制性内切核酸酶识别序列,识别双链DNA分子中4-8对碱基的特定序;大部分酶的切割位点在识别序列内部或两侧;识别切割序列呈典型的旋转对称型回文结构。,同裂酶:识别相同序列的限制酶 同裂酶可以具有不同的酶切位点,也可以具有相同的酶切位点。前者肯定是两种不同的限制性内切核酸酶,而后者往往是从不同生物中提取到的同一种限制性内切核酸酶。,同尾酶(isocaudam
9、er),与同裂酶对应的一类限制性内切酶,它们虽然来源不同,识别的靶序列也各不相同,但都能产生相同的粘性末端,特称为同尾酶。,1、黏性末端:被限制酶切开的DNA两条单链的切口,带有几个伸出的核苷酸,它们之间碱基正好互补配对。(5粘性和3粘性),3、切割方式,EcoRI等酶切产生的5粘性末端,5G-C-T-G-A-A-T-T-C-G-A-G33C-G-A-C-T-T-A-A-G-C-T-C5,EcoRI 37,5G-C-T-G-OH P-A-A-T-T-C-G-A-G33C-G-A-C-T-T-A-A-P HO-G-C-T-C5,PstI等酶切产生的3粘性末端,5G-C-T-C-T-G-C-A-G
10、-G-A-G33C-G-A-G-A-C-G-T-C-C-T-C5,PstI 37,5G-C-T-C-T-G-C-A-OH P-G-G-A-G33C-G-A-G-P HO-A-C-G-T-C-C-T-C5,PvuII等酶切产生的平末端,5G-C-T-C-A-G-C-T-G-G-A-G33C-G-A-G-T-C-G-A-C-C-T-C5,PvuII 37,5G-C-T-C-A-G-OH P-C-T-G-G-A-G33C-G-A-G-T-C-P HO-G-A-C-C-T-C5,4、限制性内切核酸酶反应系统反应底物内切酶反应缓冲液适当的温度,5、酶切方法,单酶切方法一个酶切反应体系(20L):无菌重蒸
11、水:13L,缓冲液(10):2L底物DNA:4L酶液:1L总体积为20L。,离心2S保温1-3h(30度或37度)终止反应(65水浴中保温10-15min,或乙醇沉淀处理,或者先用酚处理后再用乙醇沉淀处理除去酶蛋白。),双酶切法两种不同的酶切割同一种DNA分子的方法。()分别酶切()同时酶切先后加入酶:适于酶的稳定性不好的酶;需不同温度的酶。同时加入酶:适于酶的热稳定性强,则两种酶同时加入反应系统,待最适反应温度低的那种限制性核酸内切酶完全切割后,升温到第二种酶的最适反应温度完成第二种酶的完全切割。,完全消化(完全酶切):内切酶在DNA上的所有识别位点都被切开。部分酶切法(不完全酶切):只有有
12、限数量的酶切位点被切开。部分酶切的原因:底物DNA的纯度低;识别序列的甲基化;酶用量的不足以及反应缓冲液和温度不适宜;反应时间不足等。(若要想部分酶切的话,则可通过缩短保温时间、降低反应温度或减少酶的用量可达到局部消化的目的。),(二)DNA连接酶(DNA ligase)能催化双链DNA片段紧靠在一起的 3OH末端与 5P末端之间形成磷酸二酯键,使两末端连接。,两种DNA连接酶(1)大肠杆菌连接酶:只能连接粘性末端(2)T4噬菌体的连接酶:连接粘性末端、齐平末端功用:DNA重组中促使载体与DNA连接,具互补粘性末端片段之间的连接,具平末端DNA片段之间的连接,DNA片段末端修饰后进行连接,DN
13、A片段加连杆后或加衔接头连接,基因克隆载体的含义能够承载外源基因,并将其带入受体细胞得以相对稳定维持的DNA分子称为基因克隆载体(gene cloning vector)。基因克隆载体应具备的基本条件具有1个或多个克隆位点。进入受体细胞后,一般是能够以不同的形式进行复制。含有供选择克隆子的标记基因。克隆载体必须是安全的。,二、基因克隆载体,载体的功能运送外源基因高效转入受体细胞为外源基因提供复制能力或整合能力为外源基因的扩增或表达提供必要的条件,克隆载体种类按构建克隆载体的材料来源分:质粒克隆载体、病毒(噬菌体)克隆载体、线粒体克隆载、人工染色体克隆载体、叶绿体克隆载体.按克隆载体的用途分:一
14、般克隆载体、表达载体、建库载体、T或U载体.,按克隆载体的受体生物分:原核生物克隆载体 大肠杆菌克隆载体、放线菌克隆载体.真核生物克隆载体 酵母克隆载体、植物克隆载体、动物克隆 载体、人克隆载体.,克隆载体种类,含义:以质粒DNA分子为基础构建的克隆载体,必须含有质粒的复制起始位点。种类:大肠杆菌质粒载体 蓝藻穿梭质粒载体 农杆菌Ti质粒载体 酵母2m质粒载体.,1、质粒克隆载体(重点掌握),质粒DNA,质粒载体的一般特征,染色体DNA,质粒DNA,大肠杆菌细胞,质粒的改造构建删除非必需区:减小质粒的分子量,提高外源DNA的装载量(一般来说,大于20kb的质粒很难导入受体细胞)加入新的遗传标记
15、基因。引入具有多种限制酶识别及切割位点的DNA序列:即多克隆位点(multiple cloning sites,MCS)。插入特殊的基因表达调控序列。,PBR322 由大肠杆菌源质粒Col El衔生的质粒pMBl作为出发质粒构建而成含有Col El复制起始位点(Col-ori),能在大肠杆菌细胞中高拷贝复制。,蓝藻穿梭质粒载体,穿梭载体(shuttle vector):是指在两种不同的生物中复制的载体。蓝藻穿梭质粒载体:既有大肠杆菌质粒载体必备元件,还含有蓝藻的复制起始位点。,农杆菌Ti质粒,致癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)含有一种内源质粒,当农杆菌同植物接触时
16、,这种质粒会引发植物产生肿瘤(冠瘿瘤),所以称此质粒为 Ti 质粒(tumor in-ducing plasmid),几乎所有的酿酒酵母菌中都存在一种质粒,即 2m质粒;构建了一系列用于酵母转基因的质粒载体,一般也构建成穿梭质粒载体,含有 2m 质粒的复制起始位点和大肠杆菌源质粒的复制起始位点。,含义 以病毒(噬菌体)DNA或cDNA为主构建的克隆载体,或者通过转染直接进入宿主细胞,或者包装成病毒颗粒后通过转导进入宿主细胞。种类 噬菌体克隆载体:噬菌体克隆载体 Cosmid载体 植物病毒克隆载体:CaMV克隆载体 动物病毒克隆载体:痘苗病毒载体 腺病毒载体 反转录病毒克隆载体,2、病毒(噬菌体
17、)克隆载体,噬菌体克隆载体,DNA在噬菌体中以线状双链 DNA分子存在,全长 48 502bp。其左右两端各有 12 个核苷酸组成的 5凸出黏性末端(cohesive end),而且两者的核苷酸序列互补,进入宿主细胞后,黏性末端连接成为环状 DNA 分子。把此末端称为 COS位点(cohesive end site)。,构建噬菌体克隆载体的策略,用合适的限制性内切核酸酶切去 DNA 上的部分或全部非必需区,相应保留这种酶的 1个或 2 个识别位点作为克隆位点,并用点突变或甲基化酶处理等方法使必需区内的这种酶的识别序列失效,避免外源 DNA片段插入必需区;若有必要可在非必需区组人选择标记基因;构
18、建的 DNA 载体不应小于 364kb,入噬菌体载体 gtwes-B,粘粒(Cosmid)载体,组成:质粒复制原点、抗药基因、多克隆位点、已连接入的DNAcos位点;包装范围:29.9-45kb大片段;用途:构建基因组文库。,3 人工染色体载体大DNA片段克隆载体(1)含义:指能在宿主细胞中稳定地复制并准确 传递给子细胞的人工构建的染色体。(2)特点:能容纳长达 1000kb以上的外源DNA片段。(3)用途:构建基因组文库,克隆和转移完整的高分 子量基因,基因功能鉴定,基因治疗,(4)类型:线形的人工染色体:必须含有端粒、着丝粒和 复制起始区。包含:酵母人工染色体(YAC)人类人工染色体(HA
19、C)哺乳动物人工染色体(MAC)环形的人工染色体:不需要端粒和着丝粒,但必须 含有合适的复制起始区。包含:细菌人工染色体(BAC)源于噬菌体1的人工染色体(PAC)双元细菌人工染色体(BIBAC)可转化人工染色体(TAC),三、目的基因(一)定义:目的基因含义:指已被或欲被分离、改造、扩增和表达的特定基因或DNA片段,能编码某一产物或某一性状。(二)来源:来源于各种生物,其中主要是真核生物如人和动物。,基本步骤:a.从供体基因组DNA产生适当大小的DNA片段 b.在体外将这些DNA片段同适当的噬菌体连接成重组分子 c.转化到大肠杆菌的受体细胞中去 d.从转化子克隆群体中挑选出含有目的基因的片段
20、。(方法同从cDNA基因文库中获得目的基因),四、受体细胞1、含义:所谓基因克隆的受体细胞,从实验技术上讲是能摄取外源DNA(基因)并使其稳定维持的细胞;从实验目的上讲是有应用价值和理论研究价值的细胞。2、种类:原核生物细胞、植物细胞和动物细胞可以作为受体细胞,但不是所有细胞都可以作为受体细胞。最好的是原核生物细胞。,原因:大部分原核生物没有纤维素组成的坚硬细胞壁,便于外源DNA的进入 没有核膜,染色体DNA没有固定结合的蛋白质,这为外源DNA与裸露的染色体DNA重组减少麻烦 基因组小,遗传背景简单,并且不含线粒体和叶绿体基因组,便于对引入的外源基因进行遗传分析 原核生物多为单细胞生物,容易获
21、得一致性的实验材料并且培养简单,繁殖迅速,实验周期短,重复实验快,第三节 基因工程技术路线,目的基因的获得(分离目的基因)目的基因和载体的连接DNA重组 重组DNA导入受体细胞筛选与鉴定克隆子(目的基因)目的基因表达,一、分离目的基因的途径1、利用限制性内切核酸酶酶切法直接分离目的基因,PCR扩增含目的基因DNA示意,2、利用PCR直接扩增目的基因,PCR技术是基因扩增技术的一次重大革新-1985年美国Cetus 公司的Millis等研制,于1993年获诺贝尔化学奖。,什么是PCR(聚合酶链式反应)即在体外选择性地将DNA某个特殊区域扩增出来的技术。所用的仪器是PCR仪。,(1)PCR的原理:
22、PCR技术的原理并不复杂,实质为体内DNA复制的体外模拟。当双链DNA变性为单链后,DNA聚合酶以单链DNA为模板,并利用反应混合物的四种dNTPs,以与模板互补的核苷酸为引物,合成新生的DNA互补链。PCR技术能快速特异地扩增所希望的目的基因或DNA片段,并能很容易地使微微克(pg)水平的起始物达到微克(g)水平的量。现已发展成为生命科学实验室获取某一目的DNA片段的常规技术,并逐渐被应用于各个领域。,变性使双链变为单链,退火使复性-引物与模板DNA结合,Tac聚合酶使延伸,PCR扩增的步骤,(2)PCR反应体系,水 18(l)dNTP(原料)2 Primer1(引物)0.5Primer2(
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